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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0160000 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0160000.6 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1; TAIR: AT5G51660.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 160; Swiss-Prot: sp|Q9FGR0|CPSF1_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|I1MQ84|I1MQ84_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0160000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:56179927..56200734) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTTGGAAATTATCTTATAAAGGAAGTTTGTAGTAAAATTTAATATGAAGTTCTTAACCCAATGCAAAAGCTACATTTTT TTTCACTTCAGTTGAACTTGCTTTTAGAAGCAAAATAATTTTAACTTGCAATAATCAAACCTCGTTTTTTTTTCTTTTTA AAATTTTGTTTTCTTGCATCAAACGTGATTTTGGAGGATGCAAATGCTTTACCAAGCACACTATTTGTGGTTGATTTGGG TTTTTATCTCAGTCCTGCTTTTATGCTTACAATTCAGGTTGCATGGAAATGTTAAAAGCATGGCTGTCTTGAGCATTGGG GGTGGTGATACTTCTAAAAGGAGAGATTCTATCATCTTAACTTTTAAAGATGCGAAGATTTCAGTTCTAGAGTATGATGA TTCTATTCATGGACTCCGAACTAGGTGAGTCGGTTGTTAAAATCAGCATTTAAATGAATATGATTTTTGTTTCTGTTAAT TCATTTTTTTAATGGCATTATATTTGGGTTTGCACTTCTGCAAACTGAGAATTAGGAAGGATTTATAATAGGAAATGTAG AGAGATAGCTCCGGGAAAAATAACTTTGAATTTGTGGTGTAGTCTGATTATGGGTGGTTTTATCCAACTTCAAGTTTTAT TCTTTCTCCAACGTCTTATTCTTCATGGTTGGATATTGAAATAGTTGACTAAATTTTAGAAGGGTTCTTTCTTTGATGGT TATTTTGTGGATTTTGGTGGGCTTTATATTTAGTGTTAAAGTTGTGTTTTTTTTTTCCTTTGGTTTTTTCAATTTATATT TTTCTTTGTCCTTTCAATCTTTTATCTTCATCTCTTGTGCGTTTCTCAAATCTTCCATCATTAGATTTCTTTTGTTTATA AATAGGAGAGTGAAATGAGGGTACGTGAGATTATATAAATTGGATCACATTTGAGATTTTGAGCTGTGTTAATGTAGTCA 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ACAAATTATTTCCAACTTTTAAACTTTGAATTAGACTACATAAAATAATTCTGCATTTAAAGTTTCTTTCTCCATTTGCT TGTATCTTGATTAGTAAATTGTGTTATATATTATTAATACATTCCGTATTATTGAAAAATGTATATTTAGGATTGAGCAA TGATACATCCTGCTACGTATCTTCCGATTATGAAAATATATTAAGTGAAAAAAGTAAATTCATTCAATATCTTGTAAACA TAAAAAGCTTTCAATACTTTCTTAATTTAATAGTTAGAAAAATTATTAGGATAAATAAGTAGTAGGAATTAGAATAATTC TGTACAATTTACTTATGAAGTAATCACTTTCACTAGTTTGTTAATTTACTAGTGCATTTCAACGTTGTCAGTGGTTCTTT CAATATTTAGGTGATTGAGTATATTATTTTGTTGGCTTGGTGTTAAATGAGATTTTGTCCTACTCTGCTGGATCACTTGA AATTTTTGCTTGATTGCTCTATGTGTCACAGATTTTTTAATGCAACTTTTTAATTATTCTCATCAGGTTCTTAAGCCACT AAGTCAAGTTGTTTCTCTGGTTGACCCAGATGCCAACCATCAGACTGAGAATCCGAATTTGAACTCTGATGAACAAAACC GCTTTTATACTGTTGATGAATTTGAGGTTCGTATCATGGAGCCAGAAAAGTCTGGTGGCCCTTGGCAAACTAAGGCAACC ATACCTATGCAGAGTTCTGAAAATGCCCTCACTGTGAAGATGGTTACTCTGGTGGTAGGTTTTCTCCCTTGGTTTTCAAA GCAAACTGAATGCTGAATATGGTAATACAAGTATACAACTAACTGTGGTGATTGCTTCTGGCCCTTATTAATTTTTATGT GAAATCTATCTTCATCGTAGAATACAACCTCAAAAGAAAATGAAACACTTTTAGCCGTTGGTACTGCTTATGTGCAAGGC GAGGATGTTGCTGCGAGAGGTCGAATCCTCTTGTTTTCCTTGGGCAAAAATACTGATAATCCACAAAATCTGGTAACCAA TATTGTCCTCTATTTTTATCTAATTTTGGGTGATACTTTCATTTGGACATCATTTAAAATGTTCATCTCATCTCCTTACA GGTTTCAGAGGTTTACTCGAAGGAATCAAAAGGTGATGTGTCTGCATTGGCCTCACTTCAGGGCCATCTATTAATAGCAT CTGGTCCAAAAATTACTCTGCATAAGTGGACTGGCACTGAGTTGACTGGTATTGCATTTTTTGATGCACCACCATTACAT GTTGTGAGCTTAAATATTGTAAGTGACATTTCCTTAAATCTTTTATCATTAGGATAAAATGGGCAATGTATCAAAGACAT GCAAAGTTTAGTTATTTAGATGTCTTTAGTTTTCCCAAGTTTCTCTTGCAAGATGTAAAGTTTCACTGTTTTCATTTTAG AAATATTGTGTTCACAGCTGTTTTTTAGTGTTATCATTGAATGCTTAATAAGATTCATGATACAATTTATAAATTGGCAG AGAGCTAAAAATAACATAATGAAAACTCAGATAATTGGACGTTAACTAAGGCACATTAGTTTTTCTCTTTTGGTTGATAC CTATTAATGATTTTGCAGGTAAAGAACTTCATTCTTATCGGTGATGTCCATAAAAGCATATACTTTCTTAGTTGGAAAGA GCAGGGTGCTCAACTTAACTTGTTAGCTAAGGATTTTGGCTCTCTTAATTGTTTTGCGACAGAATTTTTGATTGATGGAA GTACTCTGAGTCTCATGGTTTCAGATGATCAAAAAAATATCCAGGTCTGACCATTTATTTGTTCTGATTTGCATTTACCA TTTTTAAATGATAACAGCAAAAACCTTATTCCACTAAGTGAGGTCGGCTATTTGGATCACACGACGCCATTGCGCTCAGT CAAAAACCAAATTTTGTGGTATATTATTGACCATGTGACTGTTTTTAAAATATCTTCCTACGTCCTTTTTGGCTTCTTGT ACCTCTTATCATAGGGCTGAAAACCTTGTTATCAACCTTTCTGATTGGTGCCTCAGAATGTCTTCTTTGCACTGAAAACC TTGTTATCAACCTTGATAGCTTTCATGTGAAATGGTCAAGGTGATATTGGCAATTTTTAGTCAGTCAGTCAAATTGGATT ACATTGACCTATTGGGATTTTGGAATGCACATTCTGCTGCAGTTCGTTGTACCATGATTTTATTTTTTCTTAATTAGTTA CATTTCTTATTTTTGACTTTATTAATATTTAAAGTCTTGCCTTATTTAGTATATTTAAATGTTACCCGATTCATCTGAGA AGTTGCTTTCATTTCATAAAAGCATAATTATATATGCTGGGGTTTTTCCTTGGCTGAAAGTGTTCATTTGCCTAGTTCTT TTTAAATTTATAGTATGTTACATTTTCCTTTTCTTCTTCATCGTAATTGTAATTCTTTAATATCTAATAGGCTGTTGGTT GCATGTTCCTATTTGCCTCCTGTTGTTACAGTGAAATGAAAACCTGAAATCATCATTGTTGGGTTTGTTGTGTTTGTTTG TATTATATTTTCGGCCTTTTAGTTGAGACATAAGTTATAACCTTTGTAATGTCTGGACTCTGGAAGCAGATTTTTTACTA TGCTCCAAAGATGTCTGAGAGTTGGAAAGGACAGAAGCTTCTTTCAAGGGCTGAATTTCATGTTGGTGCACATGTGACTA AATTCTTAAGGTTGCAGATGCTATCCACTTCTGACCGAACTGGTGCAGGTCCAGGCTCAGATAAAACCAATCGATTTGCC TTATTATTTGGTACCTTGGATGGCAGTATTGGTTGCATTGCTCCTCTTGATGAAATCACGTTTCGTAGACTGCAATCTTT GCAGAGGAAGCTTGTAGATGCTGTACCGCATGTTGCTGGCTTGAATCCAAGAGCTTTCAGGCAGTTCAATTCAAATGGAA AGGCCCATCGGCCTGGCCCTGACAGTATAGTTGACTGCGAGCTTCTATGCCAGTATGTTCTATCTTCGCCCAAAACATTA TTGTATATGCCATTAAGTAATATATATATATATATATACATTTAGTGTTACAAAAGTGAAAAAATAAAGTAGATTATTCA ATACATGTTAATGAATTGTGTTTTGCAACAAGAAAAGAATGTTCATATAAAAGGCACGAAACCTGCACAGTCAACCAGAG TTGAATCATAAGAAGTTAAAACCAACAGATAACTGCAAGAAAAATGTTGGTGATTTCTTCACTTGGCTTAGTCAATCTAT TGTGGTGGATCCAGCTAAAGAGCTATATCTAGTACTAGTAGTTACAGACATGACTTGTTTTTTATGTTTACAACTTAAGT ATATTTTGTTAATATGTTAGTTGCTTGTTTTTAATTGGGCTGCTTTGTTACAGTTATGAAATGCTTCCATTGGAGGAACA GCTTGAAATTGCTCACCTAATTGGGACGACTCGATCACAAATTCTCACAAATCTAAGCGATCTGTCCCTTGGAACAAGCT TCTTGTGA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0160000.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAAATGCTTTACCAAGCACACTATTTGTGGTTGATTTGGGTTTTTATCTCAGTCCTGCTTTTATGCTTACAATTCAG GTTGCATGGAAATGTTAAAAGCATGGCTGTCTTGAGCATTGGGGGTGGTGATACTTCTAAAAGGAGAGATTCTATCATCT TAACTTTTAAAGATGCGAAGATTTCAGTTCTAGAGTATGATGATTCTATTCATGGACTCCGAACTAGTTCTTTGCATTGC TTTGAGGGTCCAGAATGGCTCCATTTAAAAAGAGGCAGGGAACAATTTGCAAGAGGTCCAGTGGTAAAGGTTGATCCTCA AGGAAGGTGTGGTGGAGTTCTAGTCTACGATTTGCAAATGATAATACTAAAGACTACTCAGGCTGGTTCTGGTTTAGTTG GGGAGGATGATCCGTTGGGTTCTGGAGGTGCAGTTGCTGCTCGCATTGACTCATCTTATATGATAAATCTGCGTGACTTG GATATGAGGCATGTAAAAGATTTTACATTTGTTCATGGCTATATTGAACCTGTGATGGTGATCTTGCACGAACGTGAGCT TAGCTGGGCTGGGCGTGTCGCATGGAAGCATCATACTTGCATGATATCAGCGCTTAGTATCAGCACAACTTTGAAGCAAC ATCCACTTATTTGGTCAGCTGTTAATCTGCCTCACGATGCTTACAAGCTTATTGCAGTGCCCTCTCCAATTGGTGGTGTT CTTGTAATTGCTGCTAATACTATTCATTATCACAGTCAGTCTGCTTCTTGTGCACTGGCCTTGAACAGCTATGCGGTTTC ACTTGATAGTAGTCAGGAGATGCCAAGATCATTTTTCAACGTAGAACTTGATGCTGCCAATGCTACTTGGTTGTCGAATG ATGTGGCCTTATTGTCAACAAAAACTGGTGAATTGCTATTGCTTACTCTTATTTTTGATGGAAGGGTTGTACAGAGACTT GATCTTTCCAAGTCAAAAGCTTCAGTTCTGTCATCTGGTATTACGACAATCGGAAATTCTCTGTTTTTTCTCGCCAGTCG ATTAGGAGACAGTATGCTAGTGCAATTTTCTTGTGGATCAAGTGTTTCAATGTTGTCTTCCAATCTAAAAGAAGAGGTCG GTGATATTGAAGGAGATGCTTCTTCAACAAAGAGATTGCGGAGGTCACCTTCTGATTCTTTACATGATATGGTTAGTGGT GAGGAACTCTCCTTGTATGGATCTGCTCCAAATAGAACAGAATCAGCACAGAAATCCTTCTCGTTTGCAGTAAGGGATTC ATTGATTAACATTGGTCCTTTGAAAGATTTCTCATACGGTTTGAGAATAAATGCTGATGCAAATGCTACAGGGATAGCCA AGCAGAGTAACTATGAATTGGTCTGCTGTTCTGGTCATGGAAAGAATGGTTCTCTGTGTGTTCTTCGGCAATCAATTCGC CCAGAAGTTATTACTGAGGTTGAACTTCCTGGGTGCAAAGGAATTTGGACTGTTTATCATAAGAGCGCACGCTCTCATAT TTCCGATTCTTCTAAGCTGGCCGATGATGATGATGAGTATCATGCATACCTTATTATAAGTTTGGAGGCTCGTACTATGG TACTAGAAACAGCCGATCTGCTAAGTGAGGTTACTGAAAGTGTTGACTATTATGTTCAAGGAAAAACACTTGCGGCAGGG AATTTATTCGGAAGGCGTCGAGTTATTCAAGTGTATGAACGTGGTGCTCGGATCCTAGATGGTTCTTTTATGACCCAAGA TATAAGCTTTGGGCCTTCTAACTCTGATTCTAATTCGGGATCTGAGAGTGCTTTAGCACTCTCGGTGTCTATAGCTGATC CATATGTCTTACTCAGAATGAGTGATGGAAGTATTCGACTTTTGGTTGGAGATCCTAGTACATGCACCATTTCTGTCACT TCTCCAGCTTCATTTGAGAGCTCTAAGGAATCAGTTTCTTCATGTACACTGTATCATGATAAAGGACCTGAGCCATGGCT AAGGAAGACAAGCACTGATGCATGGCTTTCTACTGGTGTTGGTGAGGCTATTGATGGCACTGATGGTGCACCTCAGGACC ATGGGGATATTTATTGTGTTGTTTGTTATGAAAATGGAAACCTTGAAATATTTGATGTGCCCAATTTTAGTTGTGTTTTT TCTGTTGAGAATTTTATGTCTGGAAAGAGCCATCTTGTTGATGCTCTGACGAAAGAGGTGGCCAAAGATTCTCAAAAGGG GGATAAAGGTTCTGATGCAGTGGCCAACCAAGGCAGGAAGGAAAATGTACTGAATATGAAGGTTGTAGAGTTAGCCATGC AGAGATGGTCAGGGCAGCACAGCCGCCCATTTCTTTTTGGTATTTTGAGTGATGGAACAATACTTTGTTACCATGCTTAC CTTTATGAAAGCCCTGATGGTACTTCTAAAGTTGAGGACTCAGTTTCAGCCAGTGGACCTGTTGACCTTAGCAGCACTAG TGTTTCTAGGCTTAGAAATTTGAGATTTGTTCGTTTGCCATTGGATGCATATCCCAGGGAGGAGACATCAAATGGATCAC CTGGTCAACATATTACTATTTTCAAGAATATTGGTAGTTATGAAGGGTTCTTCCTATCAGGGTCAAGACCGGCTTGGGTT ATGGTATTGAGAGAGCGACTCCGTGTTCATCCGCAGTTATGTGACGGGTCCATTCTTGCTTTTACTGTCCTACACAACGT GAACTGCAATCACGGACTCATATATGTTACATCACAGGGTGTTCTAAAGATATGCCAATTACCTACTGGCTCAAACTACG ACAGCCACTGGCCTGTACAGAAAGTTCCATTGAAAGCCACACCTCATCAAGTAACTTACTTTGCAGAGAAGAATTTGTAT CCGCTTATTGTTTCATTTCCTGTTCTTAAGCCACTAAGTCAAGTTGTTTCTCTGGTTGACCCAGATGCCAACCATCAGAC TGAGAATCCGAATTTGAACTCTGATGAACAAAACCGCTTTTATACTGTTGATGAATTTGAGGTTCGTATCATGGAGCCAG AAAAGTCTGGTGGCCCTTGGCAAACTAAGGCAACCATACCTATGCAGAGTTCTGAAAATGCCCTCACTGTGAAGATGGTT ACTCTGGTGAATACAACCTCAAAAGAAAATGAAACACTTTTAGCCGTTGGTACTGCTTATGTGCAAGGTTTCAGAGGTTT ACTCGAAGGAATCAAAAGGTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0160000.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQMLYQAHYLWLIWVFISVLLLCLQFRLHGNVKSMAVLSIGGGDTSKRRDSIILTFKDAKISVLEYDDSIHGLRTSSLHC FEGPEWLHLKRGREQFARGPVVKVDPQGRCGGVLVYDLQMIILKTTQAGSGLVGEDDPLGSGGAVAARIDSSYMINLRDL DMRHVKDFTFVHGYIEPVMVILHERELSWAGRVAWKHHTCMISALSISTTLKQHPLIWSAVNLPHDAYKLIAVPSPIGGV LVIAANTIHYHSQSASCALALNSYAVSLDSSQEMPRSFFNVELDAANATWLSNDVALLSTKTGELLLLTLIFDGRVVQRL DLSKSKASVLSSGITTIGNSLFFLASRLGDSMLVQFSCGSSVSMLSSNLKEEVGDIEGDASSTKRLRRSPSDSLHDMVSG EELSLYGSAPNRTESAQKSFSFAVRDSLINIGPLKDFSYGLRINADANATGIAKQSNYELVCCSGHGKNGSLCVLRQSIR PEVITEVELPGCKGIWTVYHKSARSHISDSSKLADDDDEYHAYLIISLEARTMVLETADLLSEVTESVDYYVQGKTLAAG NLFGRRRVIQVYERGARILDGSFMTQDISFGPSNSDSNSGSESALALSVSIADPYVLLRMSDGSIRLLVGDPSTCTISVT SPASFESSKESVSSCTLYHDKGPEPWLRKTSTDAWLSTGVGEAIDGTDGAPQDHGDIYCVVCYENGNLEIFDVPNFSCVF SVENFMSGKSHLVDALTKEVAKDSQKGDKGSDAVANQGRKENVLNMKVVELAMQRWSGQHSRPFLFGILSDGTILCYHAY LYESPDGTSKVEDSVSASGPVDLSSTSVSRLRNLRFVRLPLDAYPREETSNGSPGQHITIFKNIGSYEGFFLSGSRPAWV MVLRERLRVHPQLCDGSILAFTVLHNVNCNHGLIYVTSQGVLKICQLPTGSNYDSHWPVQKVPLKATPHQVTYFAEKNLY PLIVSFPVLKPLSQVVSLVDPDANHQTENPNLNSDEQNRFYTVDEFEVRIMEPEKSGGPWQTKATIPMQSSENALTVKMV TLVNTTSKENETLLAVGTAYVQGFRGLLEGIKR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 8 | 8 | - | – | |
| TMHMM | 7 | 29 | 23 | - | – | |
| Phobius | 9 | 28 | 20 | - | – | |
| Gene3D | 15 | 368 | 354 | 2.7E-42 | ||
| PANTHER | 17 | 660 | 644 | 5.2E-240 | – | |
| PANTHER | 17 | 660 | 644 | 5.2E-240 | – | |
| Phobius | 29 | 1073 | 1045 | - | – | |
| Pfam | 50 | 611 | 562 | 5.1E-38 | – | |
| PANTHER | 651 | 1063 | 413 | 5.2E-240 | – | |
| PANTHER | 651 | 1063 | 413 | 5.2E-240 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0160000.6, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…