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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0316500 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0316500.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Trichome birefringence-like protein; TAIR: AT1G70230.1 TRICHOME BIREFRINGENCE-LIKE 27; Swiss-Prot: sp|O04523|TBL27_ARATH Protein ALTERED XYLOGLUCAN 4; TrEMBL-Plants: tr|I1JC00|I1JC00_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0316500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:79166169..79181269) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCCCTCCCTTTCACTTCCGACGACCCAACACAAACCCGTTTTATCCGGCTCCGGCGAGTGCGTTTCCGGCGGCAGCATGT TCTCCATTGGAGGAGTCACCACGGCGACGGCCAGTCGCAGCAACGTTCTTGAAGCACATTTGGAACACTCTGACACTGGC TTGGTGCTGCAGGGGTGCACGCTCTTGCAGTTCTTGAAGAAGACGATGAAGGTGCACTCTCTTCTTTTACGCTTTTCGGG TTTCTTGTTACCTGTTAAATTTGTTTCTTTGATTATATTGAGGATGCTTGATAGTTGTTCCTCATTTTCTTGCTAGTTGA TAGTTGTATCTTGTATGTGACTGGTTTTGTGTGATGTTTTTAGTCTTGGATTGTTCTTTTTGTTTCTTGATTAAATAGCC ATCTGATAATCTAATTTTGTTTTGGGTTGAATAGGAGATGATGAATAGGTTAAACAATGCAAGAATTGAAGGTCAAGGAA AGTTTGGGGTTAATTCTGTAATAGGTGTTATATGTCTATAATCAAATCATTTATTGTTTTTGGTGGCACTGATAGTTATC TGGTGACAAGAATTACCAGCACCATTTCTATTGAATTTGATATAAGTAAAAATGATTATAGAGTTGTTGTCATGCATTAG AAGAGGGACGTCTCTCTATGGTGCTGTGTGTCAAATGATGGGGTATAGGATTTGCTAATAGTATGTATTTACATGAAAGG TAAATGTTATGTGTGCTATAGGTTGCTGTAATTGGTATATGTTATGGTGATCTTCAGCTAGCCCAACCACCCTCAAGGAG TAGATGTCCTGTAAAATACAAGAAGATGGTGTAAATTATTAGGTGACAGTTTACGGTGGATGTTACTTCATGAACGGATA TTAATATGTACTTAAAAGAAGGAACATACAGGACATTAGTAAGATAGAGAGTGGGAGAGAACAAGATGGCTTCTGAATAA 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AAAAATGGAGAATGACTAAAAAAATATTTTTTATGGAACAAAAAGAGTAAAATATAAGAATGTGCGTTTTGAAAAAAGTG TGTCGTTAGTGTTTTTTAAAGAAAATAAGGTCTTCACACATCATTCTCACCCACACTATATGAATAAAAATGAAATGAAA AATATGATATTTAATGTGATAGAAAAAGAAGAGAAATTGTGTGAAAATAAAATGGTAAAGAAAATGAATTTATATATTAA TGCTTGGACATTAAAGTCCAAATCAGAGTTTCTGAAACCCAGAAGATTAGTAAGATCACAGTGTTGTTTACTGTACTGAA TGGGTGAAATAAATCTCTGTGCCTCACTGTTGTACGTCTTCACTTTCAGTCACACCACCTGACAGGCTCAATAATTAAGC CAGTTGCAATAAAATACAATGTACTAAGAAATAGAAATTTTCATTTGGCTTCTTCTGACTAGCAGTTTAATAAGCCAATT AAAACTTATTAAGCAACATTCGTCACTCTCATTCTTATATTAAGAATTTCATCTGTTACTCATGTCATTCCTCTATATGG TAATTAAAATTTCCTCACATTTTCAATGTTGCTATCATTCCAGCTCTCCACTATGGACCACACATTTTCTTGGTCCATAC TAAACAAGGACGTATTTAGAAGGACATAACCTTCTCCTCTCAGGGAACCACTCACAAAATTAGAACCAGAGAGCTTTCAA TGATGAAGCACAGAAAAATAAACCAGGAAGGAGTCCTCAGAGTCACCATGAAAGGTCTCAAGATGAGAACTGTTCTAAAA GCAGTTAGAAACCATTCCCTTTTCCTCATCAAGCAACTTCTTCCTGGTTTCATCTTTGCACTGCTTTGTTTATACTTTTA TCCTCTTTCACTCACTTCATATCCAAGAACTGAGCTTCATCATTCCAGCCATATCATCACCTGTATTTCCTCCATTTCTT 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GTACCATTCCTCCTTCTCCTCGAAATGTTTATTTTCTCCTCTTCATGTATTTTGATTATAAAAAAAATGTACCATTCCTC CTGCCAAAGTTATCACCAATAAAATATACCATCAAATATGCGAAATAAGGGAATATAGGATGAATAATTAATATTTTAGT ACATGGATGGACTAATAAATAGATACAGCAAGAGGCAAGATTGTAAAAATATTCCCAAAATTAGTGGTTATAATTGATAG TGATAAAAAGATTTTTTATTATAAATACACCTTCTCTCACTCATCCAAACCACTTCACTCCAAACTCTACGATGATTCCA CCCACAACCACCCTATTGTCATTCAAACAACGACCCGAAGAGTGGGGGCAGTATGGTCCCTCTTCCACATCGTCGCCATC AACGTCGTGATTCCACTCTTCCACACTATTGTCAACACAACGGTACATGAGTTCATCTGAGAGAAAGAACTGAAGAGAAG GAAGAAGTCACTTCTTATTAGAGAGGAGAGCAATAATTGTGAAGCACAAATAATCAACCTTCATCGGTTCCTACGGTGCC TGAAAACGCAAATGCATAGAGATGAGAAGTTGTCGGTTGAAGAGCTTTGATGTAGATTGTAAATACGGTTCTCGCACAGG ACAGATGTCGAACGCGATGCTGGGACAACCGGTTCGATAACTGACTAACAGTAACAAAACC
CDS sequence (LotjaGi2g1v0316500.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATGAAGCACAGAAAAATAAACCAGGAAGGAGTCCTCAGAGTCACCATGAAAGGTCTCAAGATGAGAACTGTTCTAAA AGCAGTTAGAAACCATTCCCTTTTCCTCATCAAGCAACTTCTTCCTGGTTTCATCTTTGCACTGCTTTGTTTATACTTTT ATCCTCTTTCACTCACTTCATATCCAAGAACTGAGCTTCATCATTCCAGCCATATCATCACCTGTATTTCCTCCATTTCT TCTGGTTCTCCTCCTCTTCCTGAGCTTCCTTCCACAGAAACTGAGCTTTCTGTTTCTTACCAAATCACCAACCACTCCAC TCTTTCGGGCTCTCCCACTGAACCTGATATTTCACTTACTCCATCAACTCCTCCAGTAATTGTGCTTCCTCATTCCAACA ACAACACCAACTACTCCTCTGTTTCTGAGTCTCCCCCTCTGTTGCTTACTTTATCTCCACCAACTGAGCTTCCTCTTCCT CTCATCATCACCAACAACTCCTTTATTCCTGCTTCTACCCCTTCTCCTCCTCCTACTCCACCTCCATCTTATTCAGCAGG TATTTTATTGTCAGAGAAAGACAAAGATCTCCCTCCTCCGCCTCCTCTTTATTCAGTAAAGGGAAAAGTTTATGAGAAGC AATGTGACTACTTTAATGGCAAATGGGTTCGTGAGAAGAAAGGCCCTTTGTACAATGGTACCACTTGTGGTGTGATCAAA GAAAGCCATAATTGTATGGCTAATGGGAGGCCAGACTCTGAATATCTTTATTGGAAATGGAAACCAAGAAGGTGCCATCT TCCGAGGTTTAATCCAGAGGCTTTTCTCCAACTCATCAGGAACAAGCATGTATCGTTTGTTGGAGACTCTCTAGCTAGGA ACCAATTAGAGTCCCTTATTTGCATGTTGTCCACTTTTGAAACACCTAAATTCATCTATAGAGGTATAGGCTGGTGGTAT TTTCCTTCTTACAATGCAACCTTATCATCATATTGGGCCCCATTTCTTGTGCAAGGTGTTCAAAGGCAACTAAGAGGGCC AGGACCACGTCATAACACAATGCATTTGGATCAAGTTAATGAGAATTGGGCAAAGGATGTGGGTGAAATGGACTTCATTG TGCTAGCATTTGGGAATTGGTTTGTGGAGGTTCCTTCAATTTACCATGAGGGTGATTCAGTTTTGGGTTGCCTAAACTTA CATCGTCCCAATTGCACGGAAATTGGTTATTATGTGCCAATAAGGAAGGCTTTGAGGACTGCTCTTAATAGTATAATTGA GAGGAAAACAGTGAAAGGAGATGGAATTGGTGTCATTGTGAGAACATTCGCACCTGTTCATTTTGAAGGTTCTTGGGATA AAGGAGGTACTTGTTCAAGGCTTACACCATATAGAGGGAAGAGGAAGCTTGGAAAGAATGATGCCGAGATTAGAAGAATT GGATTAGAAGAAATGCAAAAAGCCAAGGACAAAGCCAAATATTTTGGAAGGTATTTTAAGATTAAGGCATTAGATGTAAC CAAGTTATCACTAATGAGGCCAGATGGGCATCCAGGTGCTTATGTGAGTCCAAATGCATTTTCTAAAGGGGTGACAAAGG TTGTGCATAATGATTGTACCCACTGGTGCTTGCCAGGACCTATAGACACATGGAATGAGATTTTCATGGAGATGGTGAAA AAGTGGGAGCAATAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0316500.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MMKHRKINQEGVLRVTMKGLKMRTVLKAVRNHSLFLIKQLLPGFIFALLCLYFYPLSLTSYPRTELHHSSHIITCISSIS SGSPPLPELPSTETELSVSYQITNHSTLSGSPTEPDISLTPSTPPVIVLPHSNNNTNYSSVSESPPLLLTLSPPTELPLP LIITNNSFIPASTPSPPPTPPPSYSAGILLSEKDKDLPPPPPLYSVKGKVYEKQCDYFNGKWVREKKGPLYNGTTCGVIK ESHNCMANGRPDSEYLYWKWKPRRCHLPRFNPEAFLQLIRNKHVSFVGDSLARNQLESLICMLSTFETPKFIYRGIGWWY FPSYNATLSSYWAPFLVQGVQRQLRGPGPRHNTMHLDQVNENWAKDVGEMDFIVLAFGNWFVEVPSIYHEGDSVLGCLNL HRPNCTEIGYYVPIRKALRTALNSIIERKTVKGDGIGVIVRTFAPVHFEGSWDKGGTCSRLTPYRGKRKLGKNDAEIRRI GLEEMQKAKDKAKYFGRYFKIKALDVTKLSLMRPDGHPGAYVSPNAFSKGVTKVVHNDCTHWCLPGPIDTWNEIFMEMVK KWEQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 32 | 32 | - | – | |
| Phobius | 33 | 54 | 22 | - | – | |
| TMHMM | 34 | 56 | 23 | - | – | |
| Phobius | 55 | 564 | 510 | - | – | |
| PANTHER | 143 | 562 | 420 | 4.7E-164 | – | |
| PANTHER | 143 | 562 | 420 | 4.7E-164 | ||
| Pfam | 213 | 266 | 54 | 4.4E-22 | ||
| Pfam | 267 | 558 | 292 | 4.1E-81 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0316500.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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