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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0341400 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0341400.6 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Formin-like protein; TAIR: AT1G31810.1 Formin Homology 14; Swiss-Prot: sp|Q7G6K7|FH3_ORYSJ Formin-like protein 3; TrEMBL-Plants: tr|V4T3R4|V4T3R4_9ROSI Formin-like protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0341400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:81831942..81842155) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGCTAAACGATTCATTTAGCTGAATGTTCCGTCGTTGTAACTTGGCTCTCCGCTCTCGCCGTTGATTCCTCCGGCTCCGG TGGTGTTGTATTCCGTGTCTCCTTCCTGTGCCCTCTTCCAGGTACACCTTTCATGATCGTGGTTGATTTTATTTATCAGA TTGATTCTATAGAATGTTCTAGTTTGTGTGCCATGTTAAATTGTTAATGATAAAATAATCAAAACACTTGTAATGGTGTA TTGGATGGAATGTCTTTTCTCATGTTTCATTTCATCACATCTTATTTAAGTAATGAAACGATTCTATTATTTCTATCTAT AGCCTATTCTTCAATACTTTGAACTATGCCATTTTTGCCTTGGTGTTTGTGTTTTAATTCTTGGATTTCACTGGTTGATG GATGATCAGGTAATTAGTTGTCTTTGCTAATTTTTTTGTTTAGGTGATTGTCGACTTGTCGTCGTTGGAGGTGGTGGTGC TCTTGCTCCTACTCCTGCAGGACCAGTTATGGATGTTTCTTCTGTGGTTGTGGGAGGTGGGGATACTGCTGTTCCTGCAG AAGGTGCGGCCTCGGCAGGTGAGGCTGCTCCACATGAAATACTACTATATTAGATAATGTCATATCATTCTTTCTTGCTG CATTAATTTTATTTTACTTATAACTCTTATTTGTTGACAATTGACATTGTTGTTTGTGTAATTAAATTTAAATAATAATG ATATACAAATCGTACGATACGTATTACATTTATCACATTCAAACTTTCTACTAAAATATCCACTCCATGGCAACATATAA CGAATAAATAGCCATTATTCATAGCACCTTAAACTATTAGAGATACTGTATGTTAGTCAGAATTGTATTAGTTAGAAGCT TTTAAGAACTAGGGTAAACAGAGAAACTGAATTGTAAACAGTATTTCATCAATCTACAGAGTTACAAAAGAATACTAGTT 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CAGGGCCACGAGATTGTCCATGGTGTGACATAGGCTCCTGATATGTACTTGGTTTACAAACAAGCGATTGTAAACACTGG GGCTGCATGGCTTAGGCTCCTTGCATGTCTTTGATTTACTAAAAAGCTAGTTGAATGTGAAGTATGTTTGGGTCATGGTA GTCATTCTCCGCCCACCCCAAAAGTGGGGTAGTGTGCATAGTGGGATGACCACTATTCTAACTTAAATTCTAATGAGAAG TGTTATTCTAATTTTTAAGTCTTAAAAAATTGATGAGTTGAATAATAAACATAATTAATTTAACTTGACATCATGTAACC AAACAGTATCACTGAATTTGTCTATTTTCGTCGAGGATGAAGTGGTGCCATATTTATTATTATTGATTTCTAATAACATA CTACTACAGTTAGATATGTCTAACTACTCATGATTAAAAAAAAGGGAAAAATAAGTCATTTGGGCCTTTAATCTTTTAAT CATGATCATTCATAATTATAACTGAACTGCATGATTAATTTCTACGATTCTCATAAAATATTTCACAAACAAGAAAAATA GTAGAGAAATACAAAACCAGAACGGAGAATCATAATTTATCACTTACTACACCT
CDS sequence (LotjaGi2g1v0341400.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCTGCATTGCGCATTAGGGAAGAAGGAATGTCCTATTTGTCTTTATTGGCTAAAAATCTCTGTCTTTCAGAATTATAC AGGGGACAAGGAAATGCTCGGAAAGTGTGAGCAGTTTTTTATGGAGCTCATAAAGGTTCCACGAATAGAATCCAAGTTAT GGGTGTATGCTTTCAAAATCAACTTTTTTAAGAAGGTGAGCGATTTAGAGGAAAATTTGAAAATAGCCAATGGTGCAGTC AGAGAGGTGAAAGCTTCTGTGAAATTGGCTGAGATAATGCTGACTATGCTTACTTTGGATAATGGCTTTGCCTTGAATCA GGGAACATCACAGGGATCAGCAATAGATTTCAAGTTGGAGATCCTTCTTAAATTTTCTGATAATCGCGCAAGAAATGACA AAAGGACCTTGATGCATGATTTGTGTCAGCTCCTTGCTGAGAAAAAGCCAGAATTGCTAGATTTCTATAAAGATTTTGTC AAGTTGGAAAAAGCTTCTAAGATCCAACTAAAAGCAGTAGCTGACGGAATGCAAGTTCTATGTGAAGATTTAGAGAAAGT TGACCAAGAACTCCATGCTTCTGAAACGGAATTTTACAAGGTGTTGAAGACTTTTCTGGATGACGCCGAAGCTAAGATGG GGTCACTTGTATCATCGTATACAAATGCGAGAAGATTTGCAGATTCTTTGTCCCGGTACTTTGGGGCGAATCCAGCTACA TGCCCATTTGAAAAAGTGACACAAATACTTGTTACCTTTGTCAAGATGTTCAAGAAGACAAGGGAGGAGAACAAAAAACA AGGAGATGCTGAAAAGGAGAATTTACATGCTGAAAGAGGGAATTTAAGAGTCCATGAAGGACAAGATATTATGTGTGTCC AATAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0341400.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MLHCALGKKECPICLYWLKISVFQNYTGDKEMLGKCEQFFMELIKVPRIESKLWVYAFKINFFKKVSDLEENLKIANGAV REVKASVKLAEIMLTMLTLDNGFALNQGTSQGSAIDFKLEILLKFSDNRARNDKRTLMHDLCQLLAEKKPELLDFYKDFV KLEKASKIQLKAVADGMQVLCEDLEKVDQELHASETEFYKVLKTFLDDAEAKMGSLVSSYTNARRFADSLSRYFGANPAT CPFEKVTQILVTFVKMFKKTREENKKQGDAEKENLHAERGNLRVHEGQDIMCVQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ProSiteProfiles | 1 | 283 | 283 | 34.742 | ||
| Gene3D | 18 | 287 | 270 | 2.9E-61 | ||
| SUPERFAMILY | 21 | 273 | 253 | 5.1E-57 | – | |
| PANTHER | 22 | 273 | 252 | 2.1E-95 | – | |
| PANTHER | 22 | 273 | 252 | 2.1E-95 | – | |
| Pfam | 23 | 258 | 236 | 1.7E-55 | ||
| Coils | 66 | 86 | 21 | - | – | |
| Coils | 177 | 197 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0341400.6, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…