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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0427700 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0427700.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | AT hook, DNA-binding motif-containing protein; TAIR: AT4G12080.1 AT-hook motif nuclear-localized protein 1; Swiss-Prot: sp|Q8VYJ2|AHL1_ARATH AT-hook motif nuclear-localized protein 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A068VB24|A0A068VB24_COFCA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0427700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:92488401..92499323) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AACTACTAACACAGCTCGTTTGGATACAACAAAAAAAACATTTGTTGAAGATTAGGACGATTGATTATAGACTCTTCAGG TAAATGGATTCGTGGATTCATACCTAACTATAGGGAGGCAACCAGCAGTCCATTCCTTGCAAAAGCTTTGGCTTTGAGGA TGGTCTTTTACTAACTTGGGAGCGAGGTGTCCGGAAACTAATCTGCAATTCAAACTGTCAAGAACTTATGCAGATAGCAA GGGATCCTGCACAAGCAGTTCACCATGCTCATGAGTGGGTTCTAACGGAGATCCAAAACTTGTTGTCAAGAAATTGGCGA GTGGAGTTGAATTGGTGTTGTCGCGACGTGAACGCAGCAGCAGACTTGTTGGCAAAACAAGGCTCGTTACTCCCCATGGC TGATTACAGGTTATTGAAGACGTCATTTCAGGAGCTTGAAGTTCTTCTTCTCAAGGACGTTATTTGGATTAGTTAATTTC TTATTTTGTAAAAAAGTATTTTTTAGTAATTAAGCTTCAATAAACTTTAAATTAATATCCAAACAACGTCAAGTTTATTT TCCATTTTTCTTTGGCGGCAAGTTAGCCGCCTTTGACACTTATGAAGAAAGCAATGTATAGCATAATTCTCTTCTTTAAA CTAAAATATGAATCTAAGGAATTGGTATTTACAAACATTATTTTTTAAACATATGTCGTTTTCCCTTGTAATAACAATAC ACCAATTTGGGGTGATTTATCTTACTAACAATAATCAACACACACCAAATTGCAGAACTAAGACTTTGATGTGTTCAAGT TTTGAGCAAGCAACACTATTGCAAGAATCTGCCATGTTCTTTAAAGATTGTACAGTTGAAATCTATCAGGCTTCTAGGAG ATGAACAACGCAGTTGACTTTCTTGCTCGTCAAGCTTATAAAGAGATTATCTACGCGAGGTTTAGAGGAGTCCGCCATCT AATGTTATGACGTCCCTTTGTTTAGACGCTTTTGGGTAGTTTTGCTAATTCTTTTATTTTTCCTCATATAACGCAAAAAG GAGGACTTTGTTTGGGAGCTTTTAGGCGATGACAAAAGGAGATGAGGGAAGTGGAGGTAAGTTATCACCTCGCATTCGAA CATTGGAAAGTCGTTTGTTGGAAAAATTAACAGATTTTACTGAACGAGAAAATCGGTCAAAGACAAAAAGAAAATACACT AGTAAAAATATAATCATTCATATGTCTTTTATTCATCAATTTAAGCTTTTGAAATAATTAATTTATGACATGATATTAGA GTCTCTATGACCAAGTAGTATAAGTTCAATTATTACCGCTCTTACATAAAAATAAAAAGTTAGATTTCAACATATGATTG GTAAACATTTGCATTGTGTATTATTCACGCTTAAATCTAAGTGTGTTTTTGTGTGAGAATGCGTGTTAGATATATAATTA TTCATATATATGTTATTTTACTCATTAGAACTTAGACTTTTGAAATGATTAGTTTGTGAGTGACAACACTGAAGTTTCCA TTTTGTCTCTTGAATCTCTAGATGCTCACACCAGTACTTAAAAAAAGTGTGAAGGAATATTTAGATGCCAAATGTTGGCA TCTTCTTCCTTTGTAATTTTGGTTTGGGGTTTCATTTGCTTCATTGGGTGGTGATATCTATGGGATTAGATCCTTGAAAT GTGTTCTTTTGTCTATATGTATTGAACATCCCTAAAAAGTATATTTTAATTTCTTCTATTAAAGCTAAAGTTTGTCTATT CATAGTCACGTTAATTTACATTTGTCAGTTAACGTTATGTTTGGTTCTTTCACAAGTATAATACATTTTCAAATATACAT GCTATAAAAAACTATATGTGCTTCCAACCTATCGTACAACAAGAATAAGGAAGTGTCAGCAACTACAGATTTTATTATTC 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CTTGATGAGTGTTAGACTGAGATTAAATTATTAAAATGGTTAACTGCTTGGAGTAATGGTGCACTATATTAGAAGGAAAT CTACTTTTCAATCCTCTAGCTTAAAACAATTGAGTTATGAATGGAAATAGTTAAAGCTTCATCCCGTGTTTATTGTTTTA TAATTTGATGTTAGATGGGTTTACACACTTGATCAATATCTGGAAACTTGCTGCAAAAGTAGTTTTTTGATAGCACATTA ATTTTTTCAAATCTATTAATACTTTTTTTTTGGGGAGTTAATTTTCCTATTCAATTTGCTTGCTTTTCTGCTTTAGTTTA AGTTTTGGTAAGCTTTCAGTTTGGTCGAGTGATCAAGAAAAATTATATTCCATGAGTGGCTTTTGATTTATCCCTTGCAT TGAGTTGGATAGCTTGTGGAAGACATCCAAGAAAAAGTTACCAAAAGAACTATTCTCTAAAGGATTTTTTTGTTTGTATT TTCAATAACAAAAGATATAAAATTGATGTACTATTTTCCGGACGCAGAATTTTAGAATAGTTATTTGCAGATGACTGTAA CATTTTGTTATGTGAAAGATTATTTTGTTTTGCTATGACTACCTGATATAAAATAAGTGGTATTAAGTTTAAACTCCTTA ACTGACGAGTTGTCTGCTGTCCTATACCAGAACAAAACCTATGTAAAGAATCCTATAATCACATTTATGATTATCTAGTT AATTAGATGTATATTGGTGGCATGGTAGTCAAAATCCCGATTTTAATCGCTTAATCCTACGATATGCGATTACAATCCAC CTAGGCGATTAATATCAAATCATCCTTTTTTGGCTAAATTGAAGCTTATTGCGATTATAAGTGTGATTACATGAAGCTCG GCCCATGTAATGTGGGTTTAATACGTTTCCTAAACGCGGCCCGATTTGCGAAACCCCAATTCTTTTTAGCTGCCAAGCCC CCTCACTCATGTTCACAAACCCCTTCTCTCCCTACTGCACCAGTGACGACGCTCTGGCGCTGTTTGACAAGGCTCCTCCA CCAGAGATGAACCTCGCTACTCGACGTCTGTTTGTGAAGCTTCTTTGTTCCCTGACACTTTTTTTTTGTTATTTATATAT ACACATGTATTGGAATTTTGCTAAATCTTACAATTAGTCTTACAAATTAACACCCCCTTCCTGATTAAAAGCATAATCCC GATTTTTACTACCTTGATTGGTGCTACTTGCATGAATCTACAACATAATTTTCTAGATGATGCTTCTACTTCTTTAGATC GTGGTGTTTGAGGTCTAAATGCTCACATTCTTTGAATGAGGACTCGTTATCATAGAACTGATTCTGTTCACTATTTCCAT TTTGACAGTGAACTTCTTCATGGTCAATTATGATTTATTGAAAATTCTCTTTTATTTTTCCAGGTGTACGGGCTGAAGAC TCATCTATGCTTACTCCACATCTCATCACCATCAATTCTGGAGAGGTAAGCGTCAGTTATATCAATTAATGTTCTGAAAT TCTATTAAGTAATGCAATATTCATGGCTAGATAATTACCAAGTTTTTGGTGGTGGCACCTATATCTGATATTTTGAATGG GTAGAAGCACAACTTTAACCGAATTTTCTTGCAAGAATTATATTTATTTTCTTCGTTACTGTGATGACTAATTAAAAAGT ATATATGATTGAGAGCTACTTGTCTTGTGGTTGTCTTAGGATGTTTTTAGGGAGATAATGGTATTCTCTCAGCAAACTCC GCGAGATATATGCATTCTCTCTGCAGTGGGACACATATCAACTGTCACCCTTAACCAGCCTGGTTCTTCTGCTAGGACAG TAACCCATGAGGTGAAGCATTTATGTAATCTGATAGTATCATTTCTCGTTAATTCAATGAACTCATGTGGAATATAATTG CAGCGTGTTATTCATTTGTTCTTTTTTCTGTGTTTCTTTCAACCATGAGCATCAAATGTCAGCCTCAGGTTTAAATAGGC TCTAACCCATTTTTTAATCTTGAGTATCTTTTTATGCTGTTTTTGTTGGCGACTTGCAATTTGTTACTCATAACTCGTAT TATCACTAGAGCAGATAGTAAATTTACTTGAATATATTCCTAGCATGAAGTTATTGTTAGTGTCTAAATGCTGATACGTG ATGTAACTAATGAAAGGAATAATAGACATGCTTACGTTTGTTTTCTTTTATCCATTTGTGCTATTGTGCTTTTCCTCTCT TTTTGTTCTTATTCTTTTTTGAACTTAAGATTTGCCCAAATGGCATTTTGTGTAGCATTTACTATGAACCTGAAAGGCAT CTAGCCATAAAAACAATGATTGTATACCTTCAATAAATTGTGTATGTGTACTGATTCTAGAATTATTTTTAACACCATAT TGGACAGGGTTCTTTATTAATTATGTACAATCTAGAGGACACCAGTGTTTCAATAAAAACTAATTTCAGAAACTGATGTA CATTCCTGATCGCTCTGCTCAAAACACTACATCAATTGAGTAGGATTGTATGTGGTCCGGTCAAATGCACTTTTATGAAT GATGTGTCAATTTACATGTTAATTTGTGCTAAAAAAACTGCCAGGATAAATGTTTATCTTTTCGTACATAGTATTCACTT CATTATTTGTTGCTTTGGTTTTGGATTCATTGCTTCTGCTATGTGCTTTATATTTAAAAAAAAAATACCTGCTACCGAAG TCTGCACTATTTATTGAGCATTACCATTTCTGTTCTAAAACCACTTTTGTCCTTCAGAAGTGGAATTTTCATCTTTCTCA TTGTCGTTTCTTCAGGGACAGTTTAGGATTCTATCATTATCAGGCCATTTCTGTCCACATGAAAGTGGTGGGGAAACACT TGGCCGTTCTGGCAACATGAGCATTGTTTTTGCAAGTCCAGATGGACGTGTTGCAGGTGGTACATTAGCTGGTATGTTGG TGGCTGCAACTCCCGTGCAGGTAGATACATTACAAATTTATTGCCTTTTCCTATTTTTCACGGGGCAGGGATTAGTTAGT CTATAATCTAACCTGTAAAGGGCTAATGTGCTTTTCGCATTCTAAAAATACCAATTAGAGGGATGCTTATGTAGTTATCC AGAATGAGTCAAGTTGATGATCCAGTTGTTATGAATCATTTAAGTGTATACAAGGTGAAAAACATAATGGTTTTGTATTA TATTTCTAACATGCCATTTCACGCAAGAGTGCATTTGGCTTGAACCGTGAACAATACATAGATCCACCTCCATCGTGCTG AAATTTAACTTCATTACTTGAATAATTCGGTAACAAAGATGAAACTTTAGCCTACTTAATCATAGATGCTCTTATTCTTA TATCATGCAATGAATGAACTAACTATCCCTAAAACTTAAGCTATCGGGTAAAGACATATGAATGATTTTATATTATGTCT CTAAAACCAGTGTGCAGTGACATGTATTAGCAATGATTAGTTAATTACTGTTTGGTGACAAGTTAATCACTCTTTTCCAA TGGGTTGATATGTATCAGGTGATTGTAGGCAGTTTTGTGCCATATGAGATAAGATCAAGACCAACTGCAGCTGTTCCTGT GTCTGCTATTCCAATGTCTAATCTCCGTTGAGATAATTGGTCTGCAATGACAGCAATGGCGGATGCTTAATGGGTCGCTT CGAAACATTTGCACTTATAATGAAGACTTTTTCAAAAGATTATTTAGTTAAAAATAAAATGGATTATTTAAAATGTCTTG TTAGTTTATTTAAATAAATATAATTTATGTAACATTATTTTTATTATGATTGTTTATTATGATGTACTAAAATCATATTT CAAGGTTTAGGTTTACTGGGGTGTGAAAGCAGGCATGGCCCGCGGGTTCAACCCGCAAACCCTGCCCTGCCCCGCAAACA TGGCGGGACTGGCCAGCACGCAGTTTTCTCATTTATTATATATTTTTGAAATATTGTAGCACGAATCATGGGATGGGTAT TCATAGATATCATTATAAAAAGGTTTATAGTTTTCTCTTTCTTTAAAATCAATTTTTTTTTTGAAATATTGAATATTGGA TTACCACGGTTAAATTATGGTTTGGATATCCAATATTTTGGCTCAAGTTAAACTTTAAGACATTTGATCTTATTTGATAA ATGAACATTTGCAGGTGAAATTATTTGCTATATTGGCTTTTCA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0427700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCTTACTCCACATCTCATCACCATCAATTCTGGAGAGGATGTTTTTAGGGAGATAATGGTATTCTCTCAGCAAACTCC GCGAGATATATGCATTCTCTCTGCAGTGGGACACATATCAACTGTCACCCTTAACCAGCCTGGTTCTTCTGCTAGGACAG TAACCCATGAGGGACAGTTTAGGATTCTATCATTATCAGGCCATTTCTGTCCACATGAAAGTGGTGGGGAAACACTTGGC CGTTCTGGCAACATGAGCATTGTTTTTGCAAGTCCAGATGGACGTGTTGCAGGTGGTACATTAGCTGGTATGTTGGTGGC TGCAACTCCCGTGCAGGTGATTGTAGGCAGTTTTGTGCCATATGAGATAAGATCAAGACCAACTGCAGCTGTTCCTGTGT CTGCTATTCCAATGTCTAATCTCCGTTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0427700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MLTPHLITINSGEDVFREIMVFSQQTPRDICILSAVGHISTVTLNQPGSSARTVTHEGQFRILSLSGHFCPHESGGETLG RSGNMSIVFASPDGRVAGGTLAGMLVAATPVQVIVGSFVPYEIRSRPTAAVPVSAIPMSNLR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ProSiteProfiles | 1 | 139 | 139 | 34.626 | ||
| SUPERFAMILY | 2 | 129 | 128 | 6.54E-27 | – | |
| PANTHER | 3 | 122 | 120 | 4.2E-59 | – | |
| Gene3D | 3 | 131 | 129 | 1.8E-9 | – | |
| CDD | 3 | 118 | 116 | 2.27321E-26 | ||
| Pfam | 3 | 119 | 117 | 1.1E-25 | ||
| PANTHER | 3 | 122 | 120 | 4.2E-59 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | AT DNA binding | Interacting selectively and non-covalently with oligo(A) and oligo(T) tracts of DNA (AT DNA). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0427700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…