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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0011100 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0011100.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Pectin lyase-like superfamily protein; TAIR: AT1G80170.1 Pectin lyase-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q94AJ5|PGLR5_ARATH Probable polygalacturonase At1g80170; TrEMBL-Plants: tr|I1MCH5|I1MCH5_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0011100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:1217610..1235436) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTTTATAAAGTGATCTTGAGGAAATGAGTAGGGTGAAAGCAAGTCTCACGGGCTAGGGCCACGGTGATAGCTTGTGAGT TGTGACTTGTGCGCCGGTCACACACAAACACCTTATGAGTACCTTAAATCCCATGTGGGACCAACCATAACCATGGGAGA TGCACTAATCTGCTCTCACTCTCTCATTCTCTCACTTGATTTCTCTCTCTCGGCCCTCTCTTCATCATCACCATCACCAT TTTCTTCTTCCTTTTCACACTTCTATTTTCACCCAATGGCTTCCAAATTTCTTCCCGCTGCTCCCACCGCTTCGTACGCC GTTGTCGCCGAGTGGCGGCTGCGGCGGTGTTGTTCTCCGCCGTCGTATGTCACTGTTCTCGCTGGTCTTGTGGCTCCAGT TCCAGTCAGTATCACCGCAAGCTTTCTATTGCTTGTTATTACTACAGGTTCGATTTCGTTGCCGTTCTTTTTGTGCTTGT TTTACACTTGTCTTTGCTTGCTATTATAGGAGCCAAAATGTTCCATCAGTGAGTGGTGATTCGAGTTTTGATGTGGTTCA ATTTTAGTAACTGGAACAAACATTGATCTGGGGTTGGGTTGGATTGGATTGGGGTTTTGCAGTTTCTGCATTTCAAGTAC TTTCTTGATACTATGCTGCTGAATTTTGAATTGCTACTGATGATTTGATAAATTGCTACTGAATCTTTTGTCTTGGCCTG AAAAACTCTATGATCTTCCCAAATATGGCTAGTCACTACTCTTAGGATTGCTAGCAGAATACTCTATAGATTTCTTGATA TAGTCCAATTTCTGTATTTTTATGATGTTAAGGCTATTGCTACATGTTTTGCATATGGACCTATCCTAATTTCCATAATC ATCATTTTACTAATTTGGCTTTATCACTCCTGCTTTTCTTTTATGTTCAATTATGAAGAAATTTGTTATGGGAAGTTGGT 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GGAGGAAACACAAGATCTTACTGCTGGCAAGCTCATGGTTTTGCTCGCGGTGTGATGCATCCAGCTGCCTGTTTTTCAAG CAGTGACGATTTCATTAGACAGAATGTGTTGTTAGATTCAGACCTTGCTATTCATTCGGTGTGAATAATTTGTGCATGAT ATAACTAGTGCATGAATCCCTTTAATAATTATTTTGCTTACTGATTAAGGGGTAGGGAGATATGGTGGACACATCCATAT GAATGCCTAAGTTAATATGAAATTGTATCCCTTAATAACTATTTTGCTTACTAGTTAAGGGGTAGGGAGATGTGGTGAAA CCATCCATATGAATGCATAAGTTAATATGAAATTGTCTACTCTTATCTACGGGCTATGAGTGCATTTAGCCGTTTTAGTT AAGTGTTTATAACAGTAAGCTTTTATAACATAGATGTACAGTCATAAATCAATTTGAGAAGTTTATTGAAATAAACTCAA AATGTTATAGGTAAGCATAAACACTTGCTCTTAAGTTAACTTAAGCAGCTTATGAAAATAAGCCAAA
CDS sequence (LotjaGi3g1v0011100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAACCAAACCAACCGTTCCTAGCTAACAGCAAGCCACTAGCTGAACCGACAAATACGTGTAAGAATCTATTGGTATC ATCAGCAATGGTCTGTCTGACAAGAATGAAGAACCTCGGACATTGTTCTTCTCCAAGATTTATCCTGTTCTTCATTCATA TAAATATACTTGTTGTGACTCCTTTTCTCACCCATGTTCAAGGGTTTGACTCTGTTATCCAGCTCCCACATTCTGGGTTA ACCCGAACCCGAAGCAGATCCAAGCGTGTTCTCTCTGTCGGTGATTATGGTGCCAAAGGGGATGGCTTGCATAATGACAC CGAGGCCTTCCTAGAGGCTTGGAACATCGCTTGCTCTCTCTCTGGATTTGTAAATGTTGTTTTTCCCTATGGAAAAACTT TTCTTGTACATCCAATTAACATTGGTGGACCTTGTCGATCTAAGATCACTTTGAGGATCTCTGGTACAATAGTTGCACCC AAGGATCCTGAAGCGTGGCATGGTTTGAGTCAGCGCAAATGGCTCTACTTCTATGGTGTTAATCACCTTACTTTAGAAGG TGGAGGGAAGATAAATGGAATGGGACAGGAGTGGTGGGCAAGATCTTGCAAGAGAAACTCCACAAATCCATGTCATCCTG CTCCAACGGCCCTGACTTTTCATAGATGCAAGAATCTGAAAATGAGAAACCTTATGGTGCTAAATAGCCAACAAATGCAC TTGGCATTCACTAGCTGTATGCGGGTTGTTGCATCCCATCTCAAAGTGTTAGCACCTGCTTTCAGCCCTAATACTGATGG AATCCACATTAGTGCAACAAAGGGTGTTGAGGTCAGCAATTGTGTAATTAGAACAGGTGATGACTGCATCTCAATTGTCA GAAATTCATCACGGGTCTGGATCAGAAACATTTCCTGTGGTCCAGGACATGGCATAAGCATTGGTAGCTTGGGAAAATCA AAGGCATGGGAGAAGGTGCAAGATATAAATGTTAATGGAGCTTATCTTTTCAACACTGATAATGGGTTGAGAATCAAAAC ATGGCAGGGTGGAGATGGTCTTGCTTCCAAGATCACATTCCAGAATATCTTGATGGAAAATGTGTCCAATCCAATAATAA TAGATCAATACTACTGTGATTCCCGACATCCATGCAAGAATCAGACTTCGGCGGTTCAAGTGAGGAATATATCCTTCATT GATATTCAAGGAACTTCAGCCACAGAAGAAGCAATTAAATTTGCTTGCAGTGATGCCTCTCCATGTGAAGGATTATATCT GAAAAACATTTTTCTTGAATCATGCTTCGGAGGAAACACAAGATCTTACTGCTGGCAAGCTCATGGTTTTGCTCGCGGTG TGATGCATCCAGCTGCCTGTTTTTCAAGCAGTGACGATTTCATTAGACAGAATGTGTTGTTAGATTCAGACCTTGCTATT CATTCGGTGTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0011100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQPNQPFLANSKPLAEPTNTCKNLLVSSAMVCLTRMKNLGHCSSPRFILFFIHINILVVTPFLTHVQGFDSVIQLPHSGL TRTRSRSKRVLSVGDYGAKGDGLHNDTEAFLEAWNIACSLSGFVNVVFPYGKTFLVHPINIGGPCRSKITLRISGTIVAP KDPEAWHGLSQRKWLYFYGVNHLTLEGGGKINGMGQEWWARSCKRNSTNPCHPAPTALTFHRCKNLKMRNLMVLNSQQMH LAFTSCMRVVASHLKVLAPAFSPNTDGIHISATKGVEVSNCVIRTGDDCISIVRNSSRVWIRNISCGPGHGISIGSLGKS KAWEKVQDINVNGAYLFNTDNGLRIKTWQGGDGLASKITFQNILMENVSNPIIIDQYYCDSRHPCKNQTSAVQVRNISFI DIQGTSATEEAIKFACSDASPCEGLYLKNIFLESCFGGNTRSYCWQAHGFARGVMHPAACFSSSDDFIRQNVLLDSDLAI HSV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 46 | 46 | - | – | |
| Phobius | 47 | 66 | 20 | - | – | |
| TMHMM | 47 | 69 | 23 | - | – | |
| Phobius | 67 | 483 | 417 | - | – | |
| PANTHER | 70 | 463 | 394 | 5.0E-191 | – | |
| PANTHER | 70 | 463 | 394 | 5.0E-191 | – | |
| Gene3D | 78 | 473 | 396 | 1.0E-122 | ||
| SUPERFAMILY | 86 | 461 | 376 | 1.83E-123 | ||
| Pfam | 118 | 446 | 329 | 1.9E-95 | ||
| SMART | 246 | 272 | 27 | 9900.0 | ||
| SMART | 273 | 294 | 22 | 110.0 | ||
| SMART | 296 | 316 | 21 | 1700.0 | ||
| ProSitePatterns | 303 | 316 | 14 | - | ||
| SMART | 326 | 347 | 22 | 1800.0 | ||
| SMART | 355 | 376 | 22 | 3600.0 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Polygalacturonase activity | Catalysis of the random hydrolysis of (1->4)-alpha-D-galactosiduronic linkages in pectate and other galacturonans. | ||
| Biological process | Carbohydrate metabolic process | The chemical reactions and pathways involving carbohydrates, any of a group of organic compounds based of the general formula Cx(H2O)y. Includes the formation of carbohydrate derivatives by the addition of a carbohydrate residue to another molecule. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0011100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…