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LotjaGi3g1v0045000.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0045000
Transcript ID LotjaGi3g1v0045000.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description ARM repeat superfamily protein; TAIR: AT3G15180.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q0P5A6|PSMD5_BOVIN 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 5; TrEMBL-Plants: tr|I1KDR0|I1KDR0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0045000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:4799233..4818399) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTCTACTCATCTTCTCTCTTTCTCTTCACTCCCTTTTTCTCATCAACCAAACAAAAACATACAAATTGGACCGTTTATTG TCTGCATTACACGTAGAACAACCTAGTGCCACGTTGGTAGTCGTTGTAGGTTACATTCCTTTCCTTCCCCTCTTTTCTTT TCTCTTGTTGCTTCACATATCACACTGCGAGTTCCATCCAGCCATGGATGATCCATCTCAGCTACTCCAAGCAGCTACTG ATTTCGCCAATTACCCTGGTCACTTCCCTATTCTTCACTTCCACTCTCACTCTGTAGTTACCACTCTTCTCTCTCTCTAA CTAACATTGCTTCGATTTTCAGGTGTTCAAAGTGATGATTCTGCTAGGGACTTTCTCAATCGCTTTCCCCTCCCACTTAT AATCAAGTTAGCATCTTTTTCTCATTTTGTGCTTACCCTTTTCCTCGTTTTGTCTATTGTCGGTTATTGAAGTGGTTCCT TTGTTTTGTTACAGTGACTAGGTTGTTGTTCTCATTGTTGAGCTTTAATTTTGTGTATTTGATTGCATTTTTCATCTAGG GTTTCTTAAAAAAACTTGTTTTTGTTTCAGAAATTTGTGATGATGTGTGAGGAATTTTGAACAAAATAATCTCTTGGCTA CATTGTACTTTAATCTACCCTATCCTTGTCACCTAATTTGAAAACTATGATTGTCTTAGAACTTCCATATACATGCTTTC CTGTCTTTTATCAGTGGAAGATTATTTTTCTTGCCTAATGAGTAATGATATCTTTGCTGTAGAATTTGGTGTTGTCGATT ATTATTATTTTTTTAAATTCTTCTGTTCTTTGTTGTGAAATAAAACTTGGGTTTTGTTGAATAAAATTGGGGTTTGTTCA ATGTCAATTTAAAATTTATAGTCCATCCTTCTAGATAAATTTGTTCCTGATTTTCTCCATTAATTTTGCAGTGCATTACA 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TTTTAGTTTCCGCAAGCTGAGTGATCAAGCAATAACTGAAGTTTTTTTGTTTGTTTCAAATACAATGTGCAGTGGTATGG AACAAAAACCTTTTTCCTTAAAATTTAGTCTAGTGTTGACACTTCACGGAATGAGCATGTAGCAAAATATGCGGAGTGGA CTGTATTAAGGGAAAAAGAAACGAGATATTTGATCAGTTTCGTGTTAAGTGAGTCTCTCAAAAGAGCTGAATGAAAACAA AATAAATAAATACTAAAGGATCACAGTCACAGAAATCTTTAATTAAGCAAGTATTACTTACGTTTAGTTTCAACACCTTG TGTTGGAACTTACGGGCTTGTTTGGTAGTCATGACTGGATAGGATAAGATAGGAAAATTGGATAGTAATAGGATAGGATA GGATAAGAGCATGATAAACTTTTATCCTGTCTAGCGATTGGTGCGCACCAGTCTCGTTTGTGACAAAAGATTATATGAGC CAAATAAAGATTATCAAAACAAGGGAAAATGACTGAAAAGCAACAAGTCTCGGTTTCAAAATTCTATCTTCCTGTCGTTT TCTATTCCAAGTCTCTCCTAGGATAATTTTTTTTTACTAAACGGCTAAGATAGGATAAGACAAAAGGATAAACTATTAAG TTCTATAACGCAAACAAACACCGGACTAAAATAGGATAATGTGTCAAACACGCTTCAAACCTTCAAATCTTCAAATTCCC TTTGAACCAAAAAGTCCTTACATATAAGCTCCATTAGTATTGCGAATGCAATCCCCAAACCCCACACAATGGAGGATGAA ACTCCCGTCCACATTTAAAGCAGCAGACAGAGCCGCTGAGGTTAGTTGCCCAACTAAACGCACTACGAGAGCAAGTTGCC ACCTCAAACCCATTCGTGATATAAGTCATCTATGCAACAATTTTAGC 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0045000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGATGATCCATCTCAGCTACTCCAAGCAGCTACTGATTTCGCCAATTACCCTGGTGTTCAAAGTGATGATTCTGCTAG GGACTTTCTCAATCGCTTTCCCCTCCCACTTATAATCAATGCATTACAGACTCAAGTTGATGTGCCTGGCCTAGAAAATA CTCTAGTTGCGTGTCTTGAAAGCATATTCAAAACAAAGTTGGGTGCTTCTTTGATCCCTCAGTACATGCCTTTTGTTCAA GTCGGTCTGCAGGCAGATTCTCAAGCAGTCAGATCCTTAGCTTGCAAAACAGTCACTTGCCTTCTGGATAATCTTGATAA TGATCACAAAGTTGCTGCTCATCTAATAGCGGAATTCAACATATATCCTCTTTTGCTTGATTGCCTTATCAAGGGCGATG AACAAGTGGCAGCTGTGGCAATGGATGCAATAATAAAATTAGCTGCTTTTCCTGAAGGCATGGGAATTATCTTTCCATCT GTCAAAGGAGGCCATACAGACCTTGGAATTATCGCATCACAATGTTCATCACTGGGTCGAGTTCGCGTATTGGCTTTAGT GGTGAAGCTTTTTTCTGTATCTAGGTCAGCAGCATCTACCATTTACAGTTTAAATCTACTTAAGTTGGTGGAAGCTGAAA TCAGAAATGCTGATGATACCCTTGTAACTTTAAGTGTTTTGGAGCTTCTATATGAGTTAGCGGAGGTTGAGCATAGTACA GAATTTTTGTCAAAGACTAGCATCCTTCAGATTCTTTCATCTATAATTAGCAACAATTCTGTGGAATCAATTTTAAGATC AAGAGCGATGATGATAACAGGAAGGCTACTGTCCAAGGAAATTGTATACTCCTTCATAGATGAAGCTTGTGTTAAAATTG TCATTTCATCTATTGATGGTAGACTTCAGTCCATGGAACCTTCAGATAGAGATGAATGTGAAACTGCATTAGAATCATTG GGTCACATAGGATCATCTATCCAAGGAGCTACATTACTACTCTTGGGTTCATCACCTGCCGCTAGACATGTTATTAATGC AGCTTTTGATCGACAAGGACCACAAGGGCATGGTAAACAGCTGGCTGCATTGCATGCTCTTGGAAACATCTCAGGAGAAC CCAGAACTGAGAATAACATCATACTCAATGCTGAGGCAGAAGAAAATCTGCGACGCTTGGTCTATGAAACTGCATCCAGG AGCTCAAAGCTGACACCATCGGGTCTTTTTCTGTCAGTTTTGCAGCAGGATTCAGAAATCCGTTTAGCGGGCTATAGAAT GATAAGTGGATTGGTTGCTCGACCATGGTGCTTGTTGGAGATATGCTCAAGACAAGAGATTATAAATATAGTGACCAACC CAAGTACTGAGACCACAAAAATAGGTATGGAAGCTAGATATAACTGCTGCAAGGCGATAAGCAAATCATTGACGCTGTCT GGTAGGATTTCTGCTGATCCTGCTATTGCGGGAATAGCTACAAAGCTGCAGGAAGCTGTTGGAATGGGTCCATATCTTGT TAGAAAGCATGTTGAAGCCCAACCTATTGTGAAGACAGCTGAGAGATTTTAG 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0045000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDDPSQLLQAATDFANYPGVQSDDSARDFLNRFPLPLIINALQTQVDVPGLENTLVACLESIFKTKLGASLIPQYMPFVQ VGLQADSQAVRSLACKTVTCLLDNLDNDHKVAAHLIAEFNIYPLLLDCLIKGDEQVAAVAMDAIIKLAAFPEGMGIIFPS VKGGHTDLGIIASQCSSLGRVRVLALVVKLFSVSRSAASTIYSLNLLKLVEAEIRNADDTLVTLSVLELLYELAEVEHST EFLSKTSILQILSSIISNNSVESILRSRAMMITGRLLSKEIVYSFIDEACVKIVISSIDGRLQSMEPSDRDECETALESL GHIGSSIQGATLLLLGSSPAARHVINAAFDRQGPQGHGKQLAALHALGNISGEPRTENNIILNAEAEENLRRLVYETASR SSKLTPSGLFLSVLQQDSEIRLAGYRMISGLVARPWCLLEICSRQEIINIVTNPSTETTKIGMEARYNCCKAISKSLTLS GRISADPAIAGIATKLQEAVGMGPYLVRKHVEAQPIVKTAERF 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D 2 404 403 4.1E-14
PANTHER 3 523 521 7.1E-206
SUPERFAMILY 36 475 440 1.68E-13
Pfam 68 512 445 3.6E-14

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Biological process Proteasome assembly The aggregation, arrangement and bonding together of a mature, active proteasome complex.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0045000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…