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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0208700 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0208700.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Symplekin; TAIR: AT5G01400.3 HEAT repeat-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q92797|SYMPK_HUMAN Symplekin; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2SBL5|A0A0B2SBL5_GLYSO Symplekin; Found in the gene: LotjaGi3g1v0208700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:30799460..30819252) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATAAGGTTTGCAATTACCCCTTTTTCTCCCACATGTTGGTTTGAGCATCTCCCTTGAAATCCACCATTACACTACATATA AATATAGATGACCATGATTTTCACTCAAGAAGCAAAAAGGTAAAAAAAAATCCATGAGTTTCTGCACATAACAGTTTCAG ACGAACCTCCTTCTCCCAAATCTCCCTCTTCTTGCGAACCCTAGAAAACACTGAACACTGATCCTTCGTTCTCGCAATTC CAATGCAAATTCTCCAAAACTAGGGTTTCTTCTTCTCCTTCCTCCTCTTCTTCGTGCTGCCATGGTCGGAAAACCAATGG CCACCGCTACTTCCCGCGAAAGGCTCGCGAGTCTCGTGAACTCTGCAAACATGGCCATTGACATACCCTCCAAGCTCGAA TCGTTGCGCCAACTGAGACTCGAGCTTCCCCAGGAAGACCCCGTTCTTCTCACCGAGTTCCTCCCTTTGCTCTTCGAGTT CCTCTCCGACCACTTCAGCCCCGTTCGCAAATTCGTCACTGAGTACGCTTGGCTTTCTTGTTTTCCCCAATTTTTTTTTT CATTATTTTGTGATTTTGTTAATTGCATTGGTGTTTGGAATTGGAATTTGATGCAAAGCTCTGTTTTGTTTTTGTTTGCA GGATGGTTGGTGAGATTGGATTGAAGAACACGGAATTCTTGTCTGACATTGTGCCTGTGCTGATTGATGTATTGGATGAT GATACGCCTGTGGTTGTTCGCCAAGCTATTCTGTGTGGAATTGATTTGTTTCGCTCCACCCTCCAGAAACTCGCGATTCA GGTGCGTGTTGTGTTTTCAACTGCTTATGAATTGTTTAGCTGTTTTGGGAGTTTCGGGTTTGGATAGTGGTTGTTGTAAC AAAATGACTATTGGCATGATTGGGATGATTTATGTTGTCCTTGTATTTGATGGTGTCGGGTGTTATTGCTTCTTGTTATA 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AGCCTAGTAGACTCTCATTATAAGTTAAGCTGGTTATGTTTTCATGGCCTACCTTATTGATTTAATTCCTTATTTTCCAA TTGAATGTGTCTACCCTCTCCTTTGTTGTCGGTGTTAGACACTGGGACACTGTATTTTAGAGGTGTCCGTGCTTCATTCA AAGCTTGCTTATTTATTGAAGTGCTTACTGTAAAATGATTTTAATCCAACTTTAACTTTAAATAAGTGCAATAAAAATCC ATCCTAACACTAATTTAATGGGCTGTGTTGAGCTTATCCTATGTAAATCATTAAAAAGTGTAAAAAACATAATCCCATAG ACACATATAAATGGTTGCTGGGAATGTGTGGATTGTAATTCCTCTTTACGCGTATACAACCCTTTTGTATTATTTAGACA CCCATACCATATTTTTTATATTATGTAGAAAACAGCAGATGAATTTAGTAAAAAAAAAGTAACTAGGAAATAAAAACACC ACAAGAAGAAGCTTGGACCTTCAGCTACGCAGATGTGATCAACCTATTAATTATTGCTTTATTTCTTAAAAACTTAAATA TCCTAAGAATTGAAGAACTAGAGTGGGTTAATTTATCTCTGTAACCTCCTACAGTGGGTTAATTTAATAGCCACCACTGT TTGGTTTAAATTCGATATATTTGTACGAACTTATTGACTTCTTTGAATTGTTGCAGGTGGACTTTATAATGGAGATTCTT TCTCGCCTTGTGAAAAAGCAGGTGATTATTTGATCATTTTTCTCTGTGGCAATTCACGTAGTTGTTCTCTTACATATGTA TGGCTAAATGATTTTCTGTAGATATGGAAATACCCTAAGTTGTGGGTAGGATTCTTGAAGTGTGTGCAGTTGACAAAACC TCAATCACTTGGTGTTTTGCTTCAGGTACTAATCTGAATTGACTCCCTTGTCTAGAACTTATTTCATATTTTCAAGCTCT AATCTCCATTGTTTAACGTTCTCGAAAAGTTTTCACTGTCTTATTCATCACTGTGAAACCTTACAGTCAATTTCTAGTGT TTAGGGTGAAACAATGTAAATATGAGAATGTATATTGTTACATTCATTGTAGTCAATATTCTATTTCATACCACAAGCAC CAGTTCGGATACAATGCAATGAAATGATACCATACTTTGTAGCCCTTACCTTACTCTAAAATCTGAATTTGTACCTCTCA ATGGAATAGAATAATTTTTTCGGCTTGAAAGTGAGGAGTGCATTTGATGATATGCATTCTTAAAAGATTTTTAGAATTTA TGCTATTAAAGCAAGAGCTCGAGTCTCGGCTATTAAGAGATGTCTAACTTCTGCAGTAAAAAGGATTTGAGAAGGAGGGT TTATTGAAATTAAAAAAGACAATTCCTTTTTATCTCCTTCATAAATGATTATATTGCTCACATTGAATCATCACCTCAAG GGATGTCATTATGTTTAGATGGTCTTTCTGAAAGCTTTTTATATTTTAGATCTTGTCTATTATAATACGTTTTCTTGGTG TATGCTTGCAAGCAGCTACCTATAGCACAATTGGAAAATGCTTTAAATAGAATTGCAGCACTAAAAGCACCATTAATTGC TCATGCTACCCAGCCAGAAGTACAATCTACCCTTCCCAGGTTCATGAATCACTTATTCTTCATTTTTTGTTTTAGAACAT TTCGGTTTTTTTATGGGGATATTGATTTGAGTTTTTTAATTCGTCTTTAGGTCTGTACTGGTTCTTCTGGGAATTGTTTC TGACGCACAGATTTCAAATCAGGCGCAAACTAGTCAAACACAGACCGATGAGACAAGCCTCTCAGATAAGGACACAGTAA CAGAAAAATCTAAAGAATCTTCTATAGCGAGCTAAACTAAGACTAGTTAACTGCGAGAATCAAGTTAAACTATCCTATAT CAGAGACCAACAGCTACTAGCTATCTCCAAACAAGGGGATGAAGAGCTAGGATTGATGAATTTGCCACCCTAGATGGCCA GATTGTTCAGATGAAAAAAAGTGGCATTATTGTTGGTTGGGTGGGTTATGTGCCAAGGGTTTCGCTCCTTCCTTTGTAAT TGTACCTGTGCATTAGGCTACAACCTTGCTTGTAAATTTGAAGGTGGAACAAAACAATTTATAATGGAATGGGATGTGTA GTCTCATATTTTCAAATTGGTTCTGATGTATTATTATGACTATTCGCATGCATATATACCTTATCTCTAGTGGTCGCATA TATACCCTATCTCTAGTGGTTGCCTTTCATGTATCTATGGTTAAGACGTGCATCTGAGGTTTGCCTTTCATGTATCAGGT TATTTTATTATTTCAGATATTCTTCTTTCTAAATTTACTATTACGACTATATGCCCATTACTAGGGAGAACCTAATATGC ACCATTTTTAGGTGGTGTAATTTTACACCGCCTACTTTTAACTGGGTATAGCAGGTCAATACATTATTTTTTTTAAGAAA ATATCATTAAAAATTTGTCATATATTAAATTTC
CDS sequence (LotjaGi3g1v0208700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGTCGGAAAACCAATGGCCACCGCTACTTCCCGCGAAAGGCTCGCGAGTCTCGTGAACTCTGCAAACATGGCCATTGA CATACCCTCCAAGCTCGAATCGTTGCGCCAACTGAGACTCGAGCTTCCCCAGGAAGACCCCGTTCTTCTCACCGAGTTCC TCCCTTTGCTCTTCGAGTTCCTCTCCGACCACTTCAGCCCCGTTCGCAAATTCGTCACTGAGATGGTTGGTGAGATTGGA TTGAAGAACACGGAATTCTTGTCTGACATTGTGCCTGTGCTGATTGATGTATTGGATGATGATACGCCTGTGGTTGTTCG CCAAGCTATTCTGTGTGGAATTGATTTGTTTCGCTCCACCCTCCAGAAACTCGCGATTCAGGGTATATATTCTAGTGATT TAGACGGTGCACTTGAATCTGCATGGTCGTGGATGGTTAGATTCAAAGACAAAGTATACACATTAGCTTTTCAACATGGA AGTAGTGGTGCAAAGCTTCTGGCACTGAAGTTTGTTGAAGCAGTTATTCATCTTTATACACCTGATCCTAATGGCTCCTC AGAACCCACTCCTCACCAAGGACGGAACATGGAATTTAATATATCATGGTTGAGGCGAGGTCATCCTATTCTTAATGTTG GAGATTTGTCAATTGAAGCGAGTCATAGTTTGGGTCTCTTGCTTGATCAATTGAGATTTCCAACTGTGAAGTCTCTTAGT AATGCAGTGATCATTGTGGTAATTAAAAGTCTTTCAGCCATTGCAATAAACCGGCCAGCATTCTATGGTCGCATCTTGCC GGTTTTGCTCAGTTTGGAACCTTCAAGCTCTGTAGTTAATGGGGTCTGTGTAACTGCCGTCCATCTTGCTTTAAAGAATG CCTTTCTTAGCTGCTCGAAATGTACACACCCAAGTGCTGCTCCGTGGAGAGATCGTTTAGCAGGCGCCTTGAAGGAGATG CAATCTGAAGGGAAGGCAGATCGGGTGTTCCACCTAATCTCTCCAAGTAATGGAAGTATACAGAGAGAGAAGGATGATCA ACCAGTTATCAAGGAAGAAGAACCTGCAGTGAATTCATCTGATTCTGTGCACATTAAATTGGCAAGAAAACGATCAGGAT CACAAGACAGAGGTGATTTATCTGTAGATGAAGATGTGCCTGGAAAACGTGTCAGAACAATTGTTGGTTTAACAGAACCT AAGAAAGAGTTAGATGATTGTGCTGTTAACTCTCAGGATGACGCTCATTCAACACCAACATCATCAAAAGGAGATGTGGA GAATGGGCCTGTACAGCAACTTGTTGCCATGTTTGGTGCTTTAGTTGCTCAAGGTGAAAAAGCTGTTGCATCTTTGGAAC TTCTTATCTCAAGTATTTCTGCTGACTTGCTAGCTGAGGTGGTGATGGCAAATATGCGTTACCTACCTCCAAACTACCCC CATGCTGAAGGAAATGATGAACAGTTGCATGAAATTTGTATATTTGGTTCTGATGACAAGGCTAAATATCCACCGTCATT TGTAGCTGGTGTTATGTCACTTTCTACTACTTTCCCGCCAGTTGCTTCACTTCTTGAGACCCATCGATCTGTGTCAAATG ATGTAGTGAAGTCTCATGAGGAGGAAGAAATTTCGGCAACTGGAGTAGGCAGTGCTGTTGTGCATTCTGGCATGAATCTT TCAGCTGTAAATGTATCATCGCCTCCGGATTTTCCATCTTCTGATGCATGTATACCTGGAGTTGAGAATGGCAGCACGGC TATGGCTTCCGATATCCATGATGTTGGAAACTTAGAGAGTGGAATCCCTGGCTTGGATTCTTGTGGTCGTAGTGATACCT TGTCAGAAACTTTGGCTGCTTCCTCATTGGCTTCCACTGAGGTACAATTAGAAGATGCAGATCAAGAGCAAGTTACGAGT TTGGATCAAAGGTCATCCCTGAACTTAGTTCCATCAATATCAACAGATAGATCTGAGGAGCTGAGCCCAAAAGGAGTTGT TACAGATGCCAATAGCATTGTGTCCTCAACAGCTACATCAGCTGTGTTGCCTTCCCGTTTAGTCCTGCCAAAGATGATTG CTCCTGTTGTTGACCTTGCAGATGAACAAAAGGATGATTTGCAAATGTCATGTTTTATGCGTATCATCGATGCACTTAAG CAAATAGCTGAAGCTGGAGGCTCAAAAGTTCGATTTTCGATACTTGCCTATTTAGGAGTTGAGTTTCCCTTGGATTTAGA CCCATGGAAATTATTACAGAAGCACATTTTGATTGATTACACTAGTCATGAGGGACACGAGTTGACATTACGTGTCCTCT ACAGGTTATTTGGCGAGGCTGAAGAGGAGACTGACTTCTTTTCTTCCACGACTGCAGCTTCTGTATATGAAAGATTCCTC TTAACAGTGGCCGAAGCGCTTAGAGATTCCTTTCCACCTTCAGACAAATCATTAAGTAAACTGCTTGGTGAATCTCCTTA TTTACCAAAATCAGTTTTAAAAATTTTAGAAAACATGTGTTCTCCTGGAAATGGGGATAAAGTTGAAAAGGAATCACTTT CATTCAATGCGGATAGAGTTACTCAAGGTCTTAGTGCTGTATGGAGTTTGATTCTTCTCAGACCTCCCATTCGAGATACT TGTTTAAAAATTGCTTTACAGAGTGCAGTGCATCACTTGGAAGAAGTGCGTATGAAGGCAATACGTCTGGTGGCAAATAA ACTTTATCCTTTACCATTCATTTCCCAGAAAATAGAAGATTTTGCGAAGGAAATGCTATTCAGAGTGATGAGTGGTGATG CATCTGAAGCTACTGAAGCTGAAGGGTCTATTGCTGTTTCACAAAATGGGCCTGATGTTGAAAAGCTTCCAGAAGAACCA TCATCTTTGAGTGGCAGCAGTAAGGATGTCTCCTCAGATAATCACCAACCGTGCACATCTGACAATGCTGTGCCTGATTC AGTTTCTGAGTCTCAGAGATGCATGTCATTGTATTTTGCTTTGTGCACAAAGAAACACTCTCTCTTTCGCCAAATATTTG TCATCTATAGAAGCATACCAAAGGCTGTGAAGCAGGCTGTTCATCGTCAAATTCCTATATTAGTGCGCACTATGGGTTCA TCTTCAGATCTCCTTGAAATTATTTCAGATCCCCCAAATGGAAGCGAGAATCTCCTAATGCAGGTGTTGAATACACTTAC AGATGGTACAATCCCTTCTAAGGATTTAATATTTACTGTGAAAAGGTTACATGATTCAAAACTTAAGGATGCTGAGGTCC TTATTCCGATATTACCATTCCTACCAAAAGATGAGGTGATGCCGGTATTTCCTCACTTTGTGAGTCTTCCTTCTGAGAAG TTCCAAGTTGCACTGGGTCGCATACTGCAGGGGTCATCGCAATCTGGTCCAGTGCTTACTCCGGCTGAAGTTTTAATTGC TATTCATGGGATTGATCCTGAAAGAGATGGAATTCCCTTAAAGAGGGTAACAGATGCATGCAATGCTTGCTTTGAGCAGC GGCAAATATTCACTCAAGAAGTTCTTGCTAAAGTTTTGAATCAACTGGTCGAGCAGATTCCGCTTCCTTTACTGTTCATG CGTACAGTTTTACAAGCTATTGGTGCTTTTCCTACACTGGTGGACTTTATAATGGAGATTCTTTCTCGCCTTGTGAAAAA GCAGATATGGAAATACCCTAAGTTGTGGGTAGGATTCTTGAAGTGTGTGCAGTTGACAAAACCTCAATCACTTGGTGTTT TGCTTCAGCTACCTATAGCACAATTGGAAAATGCTTTAAATAGAATTGCAGCACTAAAAGCACCATTAATTGCTCATGCT ACCCAGCCAGAAGTACAATCTACCCTTCCCAGGTCTGTACTGGTTCTTCTGGGAATTGTTTCTGACGCACAGATTTCAAA TCAGGCGCAAACTAGTCAAACACAGACCGATGAGACAAGCCTCTCAGATAAGGACACAGTAACAGAAAAATCTAAAGAAT CTTCTATAGCGAGCTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0208700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MVGKPMATATSRERLASLVNSANMAIDIPSKLESLRQLRLELPQEDPVLLTEFLPLLFEFLSDHFSPVRKFVTEMVGEIG LKNTEFLSDIVPVLIDVLDDDTPVVVRQAILCGIDLFRSTLQKLAIQGIYSSDLDGALESAWSWMVRFKDKVYTLAFQHG SSGAKLLALKFVEAVIHLYTPDPNGSSEPTPHQGRNMEFNISWLRRGHPILNVGDLSIEASHSLGLLLDQLRFPTVKSLS NAVIIVVIKSLSAIAINRPAFYGRILPVLLSLEPSSSVVNGVCVTAVHLALKNAFLSCSKCTHPSAAPWRDRLAGALKEM QSEGKADRVFHLISPSNGSIQREKDDQPVIKEEEPAVNSSDSVHIKLARKRSGSQDRGDLSVDEDVPGKRVRTIVGLTEP KKELDDCAVNSQDDAHSTPTSSKGDVENGPVQQLVAMFGALVAQGEKAVASLELLISSISADLLAEVVMANMRYLPPNYP HAEGNDEQLHEICIFGSDDKAKYPPSFVAGVMSLSTTFPPVASLLETHRSVSNDVVKSHEEEEISATGVGSAVVHSGMNL SAVNVSSPPDFPSSDACIPGVENGSTAMASDIHDVGNLESGIPGLDSCGRSDTLSETLAASSLASTEVQLEDADQEQVTS LDQRSSLNLVPSISTDRSEELSPKGVVTDANSIVSSTATSAVLPSRLVLPKMIAPVVDLADEQKDDLQMSCFMRIIDALK QIAEAGGSKVRFSILAYLGVEFPLDLDPWKLLQKHILIDYTSHEGHELTLRVLYRLFGEAEEETDFFSSTTAASVYERFL LTVAEALRDSFPPSDKSLSKLLGESPYLPKSVLKILENMCSPGNGDKVEKESLSFNADRVTQGLSAVWSLILLRPPIRDT CLKIALQSAVHHLEEVRMKAIRLVANKLYPLPFISQKIEDFAKEMLFRVMSGDASEATEAEGSIAVSQNGPDVEKLPEEP SSLSGSSKDVSSDNHQPCTSDNAVPDSVSESQRCMSLYFALCTKKHSLFRQIFVIYRSIPKAVKQAVHRQIPILVRTMGS SSDLLEIISDPPNGSENLLMQVLNTLTDGTIPSKDLIFTVKRLHDSKLKDAEVLIPILPFLPKDEVMPVFPHFVSLPSEK FQVALGRILQGSSQSGPVLTPAEVLIAIHGIDPERDGIPLKRVTDACNACFEQRQIFTQEVLAKVLNQLVEQIPLPLLFM RTVLQAIGAFPTLVDFIMEILSRLVKKQIWKYPKLWVGFLKCVQLTKPQSLGVLLQLPIAQLENALNRIAALKAPLIAHA TQPEVQSTLPRSVLVLLGIVSDAQISNQAQTSQTQTDETSLSDKDTVTEKSKESSIAS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 1197 | 1197 | - | – | |
| PANTHER | 6 | 1338 | 1333 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 6 | 1338 | 1333 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 9 | 326 | 318 | 7.6E-83 | ||
| SUPERFAMILY | 33 | 1245 | 1213 | 4.15E-8 | ||
| SUPERFAMILY | 36 | 291 | 256 | 1.81E-9 | ||
| Pfam | 102 | 321 | 220 | 2.6E-39 | ||
| MobiDBLite | 336 | 385 | 50 | - | – | |
| MobiDBLite | 364 | 385 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 403 | 427 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 411 | 427 | 17 | - | – | |
| MobiDBLite | 938 | 986 | 49 | - | – | |
| MobiDBLite | 960 | 986 | 27 | - | – | |
| Pfam | 1090 | 1268 | 179 | 1.9E-63 | ||
| Phobius | 1198 | 1221 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1222 | 1338 | 117 | - | – | |
| MobiDBLite | 1308 | 1338 | 31 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0208700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…