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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0225700 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0225700.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | DIS3-like exonuclease 2; TAIR: AT5G02250.1 Ribonuclease II/R family protein; Swiss-Prot: sp|Q6NQJ6|RNR1_ARATH Ribonuclease II, chloroplastic/mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|K7MSB1|K7MSB1_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0225700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:34752622..34768442) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GGACATTAAAATCACCTAGGCTTGAGTCTGCACCACTCACTAGACAAAACTCTCCTTCAATACTTCCACTTCCTCCATCT TAACCTCATCATCACTCCATGAGCCTCTGAACTCAACCATGGCCGTTCGAGCAGTGAACACATGCTGCTTCTTCCGTCCT CACTCTCCTCCTCTCTCCACCGCCGTCCGCTTCTTCTCCCGCTACCGCCGTCCTCACCCTCTCTTCTTCTCCTCCTCCTC CTCCTCCTCCGGCTATGGCGCTCGGATTCAACGGCGCTCCATCCAGAGCCTCTTTGACAGCGTCATTGAAGAGCTACAAG CCATGCGCAAACGCCGCAAGAGAGTCGTCTCCGCCGCCGCACCTTCTTCCAAGTACGTTCCTCTCACTCTCTCTATTGCG AATTGGAAATTGTGCACCCAACGTGTGGTTGTGGATTGTATAGTTGAAAACTTGAAATCACTGGCTCAGTTACAGTTCAT GAAGATGAATACTAAAATTCGTTATAATTTGTCATTTTGTTATAAAAGGTGATTAAATTAATAAATTCTGTGAGGACAAG GTTGAATTTGAGAAGGGTGGTATTGTTAGGATGCATATTGTGGTCAGCCATTTACCGTTTAATGCAAGCACCCGCGGGCC GCAGCGAGTGTTTAGTCATTGCTGTTGGCGGTGGATACTGTGAGCTCACAAAAAAAAAAGGGAGAATTAGTTAGAGGATT TATGATAGTTAGGGGATGTTGTAGTAGTTAGTTAGTATTTACTATGAGGGGATTAATTAGATATAAGTAAGGGAGGTGAT ATTGGAGAAGCATCAATTCAGTTGTATAGTTGGGAAAAACCAGAACAGTGGCTCAGTTGTGAGAGGAAACCCTTGGAGGA AATTTCTCACAATAGTAATAGTTTCTTTCAATTCTAACTCCGGGCTTCGTAACAATTTTCTTTTGTACAAGGCTAGTTTT 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0225700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCCGTTCGAGCAGTGAACACATGCTGCTTCTTCCGTCCTCACTCTCCTCCTCTCTCCACCGCCGTCCGCTTCTTCTC CCGCTACCGCCGTCCTCACCCTCTCTTCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGGCTATGGCGCTCGGATTCAACGGCGCT CCATCCAGAGCCTCTTTGACAGCGTCATTGAAGAGCTACAAGCCATGCGCAAACGCCGCAAGAGAGTCGTCTCCGCCGCC GCACCTTCTTCCAACACAGGATTGTTCAACGGAGAGCTTCTTGAAGATAGACTTCTAAACCGTTCGTTGCAAAAAGGGTT GCTTTTGGAGTTCAAGAAGGATTCTGAAAGAATATTGCTTGCAGTTGCTCAGAGACCAGATGGCAAGAAGAACTGGATGG TTTCTGATCAGAATGGTGTCTCTTCTTCAATCAAGCCGCAACAAGTGACATTTATTGTGCCTGGTATTGACAATTTTGAC CGAGCAGATATCGCAGATTTTGTTCAGAAAGCTCAGGATAACATGGACCCATCATTACTTGAATTCGCATGGATTGAGCT ACTTGAAAAGAATAAGTCTGTAACAGTTGAAGAGTTGGCTGAGATAATTTTTGGTAGTGCTGAGCCTCTTGAGAGCTATT CTGCTCACCTCTTGCTGTCAAAAGATGAAGTATACTTTAGTGTGCTCGAGACTAAAGGATTTCGTTCCATTTATGGACCT CGGCCAAGTGAGCAGGTTGAGGAGCTTATTCGTAGGAAAATTGCAAAGGAGGCTGCTGAGAATGAATTTCAGGAGTTTAT TAAGCTGCTGGCATCTGCAAAATCAATGCCTCGACAAGATAAACCTTCCAAATCTTCTTGGGTGAATGAGGAGAAAAATT GGAGCAGAATTGAATCACTTCAAGCATATGCTCTTGATTCATGTAAAAATGACGAACAAAGGAAAACAGCTGGGGCGATT CTTAAGGAAATGGGTCTTGCAAAAACAGCATCTTCAGCCGTGAATCTCTTGGTGGATATTGGGTATTTTCCTGTACATGT CAATCTTGAGCTGTTGAAGTTGGGAATTCCCACTGATCACTCAGAAGAGATCATATCAGCTGCTCATCTTCTATCAGACT CGTATGATCCTGACGAGGTTAATAGGAAGAATCTTACTGATTTGAAGGTTTATGCCATTGATGTTGACGAAGCTGATGAG CTTGATGATGCATTGAGTGCAAAAAAGTTGCAAGATGGACGGATTCAGATTTGGATACATGTTGCAGACGCTACTAGATA TGTTCTACCTGGAAGTGTCGTGGATAGGGAGGCTATGAGAAGAGGAACTTCTGTTTTCCTGCCCACTGCTACATATTCTA TGTTTCCAGAAAAGCTTGCCATGGAAGCTATGAGTTTGAGACAAGGAGAAATTTGTAATGCTGTTACTGTATCAGTTGTG CTGCATAAGGATGGCAGCATTGCAGAATGTTCAGTGTTGAACTCACTGATTAAACCAACATACATGCTAACTTACGAGAG CGCATCTGAGCTACTCCACTTGAACCTAAAGGAGGAGGTTGAACTCAGAATTTTGTCTGAGGCTGCAACCCTTCGTTTAA ATTGGCGCCGTCAGCAGGGTGCAGTTGAGACAGCATCATTAGAAACTCGTATTAAAGTGTCTAATCCAGAGGATGCAGAG CCTTCAATAAACCTTTATGTGGAAAGCCAGGCAGATCCAGCAATGCGATTAGTCTCTGAGATGATGATACTCTGTGGTGA AGCTATGGCCACCTTTGGATCTCGGAATGAGATTCCTTTACCCTACAGGGGACAACCCCAATCAGATATAAATCTTTCTG AATTTTCCCATCTTCCAGAAGGGCCTGTTAGGAGTCTTGCCCTAGTCAAAGTAATGCGTGCTGCTGAAATTGATTTCAGG AAGCCAGCACGCCATGGGGTTTTGGGACTTCCTGGTTATGTTCAATTTACCTCTCCCATCCGTAGATATTTGGATCTTCT TGCTCATTATCAGGTAAAGGCATTCCTTAGAGGTGAGCCTCTACCCTTTTCACCTGGTAAACTTGAAGGGATAGCAGCAG TTGTAAATGACAGATTTAGAACTGTGAGGAAACTCTGCAATAGTAGTCTTCGATATTGGATATTAGAATATCTACGAAGA CAACCAAAAGAGAAAAAATATCGTGCATTGGTCCTTAGATTTTTGAAAGATCGAATTGCAGCTCTGCTTTTGGTTGAGGT TGGATTTCAAGCTTCTGCCTGGGTTTCTCTTGGAGCTCAGATAGGGGATGAAGTAATGGTTAAGGTTGAAGAAGCACATC CACGTGATGATGTTATTTTTCTAAAGGAGGTTGTAAAAGGGTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0225700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAVRAVNTCCFFRPHSPPLSTAVRFFSRYRRPHPLFFSSSSSSSGYGARIQRRSIQSLFDSVIEELQAMRKRRKRVVSAA APSSNTGLFNGELLEDRLLNRSLQKGLLLEFKKDSERILLAVAQRPDGKKNWMVSDQNGVSSSIKPQQVTFIVPGIDNFD RADIADFVQKAQDNMDPSLLEFAWIELLEKNKSVTVEELAEIIFGSAEPLESYSAHLLLSKDEVYFSVLETKGFRSIYGP RPSEQVEELIRRKIAKEAAENEFQEFIKLLASAKSMPRQDKPSKSSWVNEEKNWSRIESLQAYALDSCKNDEQRKTAGAI LKEMGLAKTASSAVNLLVDIGYFPVHVNLELLKLGIPTDHSEEIISAAHLLSDSYDPDEVNRKNLTDLKVYAIDVDEADE LDDALSAKKLQDGRIQIWIHVADATRYVLPGSVVDREAMRRGTSVFLPTATYSMFPEKLAMEAMSLRQGEICNAVTVSVV LHKDGSIAECSVLNSLIKPTYMLTYESASELLHLNLKEEVELRILSEAATLRLNWRRQQGAVETASLETRIKVSNPEDAE PSINLYVESQADPAMRLVSEMMILCGEAMATFGSRNEIPLPYRGQPQSDINLSEFSHLPEGPVRSLALVKVMRAAEIDFR KPARHGVLGLPGYVQFTSPIRRYLDLLAHYQVKAFLRGEPLPFSPGKLEGIAAVVNDRFRTVRKLCNSSLRYWILEYLRR QPKEKKYRALVLRFLKDRIAALLLVEVGFQASAWVSLGAQIGDEVMVKVEEAHPRDDVIFLKEVVKG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 3 | 783 | 781 | 3.9E-244 | – | |
| PANTHER | 3 | 783 | 781 | 3.9E-244 | – | |
| Coils | 256 | 276 | 21 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 334 | 721 | 388 | 6.85E-90 | ||
| SMART | 382 | 678 | 297 | 1.1E-78 | ||
| Pfam | 382 | 677 | 296 | 4.9E-68 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | RNA binding | Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof. | ||
| Molecular function | Ribonuclease activity | Catalysis of the hydrolysis of phosphodiester bonds in chains of RNA. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0225700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…