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LotjaGi3g1v0243000.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0243000
Transcript ID LotjaGi3g1v0243000.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description VAC14-like protein; TAIR: AT2G01690.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9ZU97|VAC14_ARATH Protein VAC14 homolog; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VR25|A0A072VR25_MEDTR VAC14-like protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0243000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:39488580..39531917) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

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TGGTATTTTGTTTGCCTGATGACCATTTTTTTCATACTTTGACTTAGGGTTGAGCATGTTTATTTGACCCGACCCAAACC CGACTTAACCGAGCCAAAAACAGCATGAATGGGCGGGTCGGGTCGGATACATTATAACGGGTCAAACCGCCAAGGTTCCA GATGAGTAGACACGGTCGAGTTCGGGTTGAATTTTTAAAACCCGTCGAAACCCAACCCGACCCGTATATGTATAGTCTAG ATGTGCAGGTCTATCTTTGAATGTGTATCATGACTATCACACACAATGCCTAGTCTAGCTGTGCAGGACTAGCTTTGAAG GTTGCAAGTGTATCATCATTATACACTTTTTTTATTTGTAAAGATGTTACAAGTCTGATGCAAAGTCAGAGATGTCCATC ACTTATTAATTTATTATACTACTTTTTTACTGGGAAAAGTTAAAGCTTATGGAAATTTCAAAGTGTATTACTCCATCAAA CAAAACTAAAAAACCAGCAAATGTAAACCCACTCTCAATACTCTATCTTCCCACTCTGACACTCTCCTTTACCCAACACA ATGGACCGCATGGCTTGATAATTCGGTTGAAGATTTCCATGGCCAAGGCTTCGCCCCACCGCGAACATCAATGCAACACT ACTTTCTGCTCCAAAACCACCACCTTAACCGCCTCTTCCTCCGCCCATCTCTCTAACACGCCTCCGTCAAGCCCCATGCG TTCTTCTCCAACCTCTGCTGGGCCACCATACACTAGATCTGATAGTCACAAACACTGCAAGATGAAAGCTTTTTCGTGTA ATTGTAGGATCTGTGCATGCATGTGGTGGATTGCTCATTCTCTTCGACCGGAGGTTTCCAGAGTTGTGGTTGCTCATAGT CTTTGTTGGTGACTAAAAGATGAAGCTAAGGATTCACTATTTAGAGTTTGTTGAACAATTGATAGTCAATAATTTTTCTT TTATGTACTTTTATCTTCTCTACAATATGTTTTCAAGACTTCTTATTCTCTGTACTAAGTTCTGTTCTATGTAATTCTAC TATATTTTTTCAACGTTTTTCTATAATAATTCTTCTCTATTTTTTTAATCTTCTCTAATCTCTAGTCAAAACCGCCCGAA CCGCCCGCCTAAACCGCCCACCGTTTCAACCCACACCCGGGATACCCGAAGCTTAGTTCGGTCGGAAATGGGTGGAGATA TGGTTGATACAAAACCGTTCTAACCCGGTATGTTTCACCCGAATCCACCCGAACCCGACCCATGCTCAGCCCTACTTTGA CTCTTTTTTTTTTTGCGCTAACACAAGTTGACTAATCTTAAGTTAAGAGAACCACTATAATAGATAACCCTGATTTAAGC TCTAGTTTAACTGAGACAATAGAATAAGAAGCTCTAATTTAACTGAGACTATAGAATAACAAACTTTAGTTTAACTGAGA CTATAGTATAACTAAGCTCAGTTAGGAGGGTCATTAGAATAACTAACCATAATCTAATTGAGATAATAGTATAACTTACA TTCGTTTAAAAGGGTCAATGGAATAACTAACATTAAGTTAAGAGATCATTAAAATGGATAATCCTAGTTTAACGTAGACT ATAGAATAACTAAATTAGGTTAAAAGTGTCATTATCCATCAATTCACTAGTATTCATTTAAATATTAGAATAGATCTAAT CATATCCGCAAATTTGGAAAGATTTTCATGAAACGAATACCACCGTTGCTTCTGGAATGGTCGAAAACCTTAGAATCGGC TCCTCTTGGACCCAAAACAGATAAAAATGACCAAAATTATTAAAAAAACACATTACTTAAGTTTATTCAAAGTCCAATAT CTGGTCCTATTTGCAAATCTGGAAAGATTTTCAAGAAACTAACCATACCATTGCGTCCGGATCGGTCGAAAACCTTAGAA 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ATCCGGACCATTCAATTAAAATATTATAAATCAATGGCTAGGAAAGGGGAGGCACCCATGCCTCTTCAGAAAAATGGCAT ATGGAAACCTGTGCCATATAATTATCTTCCTAACTAGATAATCATATCTTAGTGGTGAGAATCCCGACTGTCACTCGGTT AAGACCTCATTCCCAACTCAATATATTATTACATAAGGGCCTAGTCTTCCATTGTCACCTAGAAAACCTCAACCCTACTC GAATACAATCATTTTCTTGGATGACTAATGCAAAGGGCGGTTCCTCTCATTTACTAAACTCACATCCATTTTTCAATTGT CACGTAAGCCATGAAAATCATCTAAGGGGCAATTGATACATGAAGCATAAAGAGAGTGAACGAACCTAAGACATATGTGT TTCTCCCCTTTCTATGAACTAAGCTAACAATAACACGTATCAATCTTCCAATCTGTTTATGAATGATTGAAGCTCTTATA ACACCTATTGATCAAAAGATGCATTAAGCATGGAAAGGAACTCCAAACAATAAAAAATTCATAAATATAATTGCATAAGG GTTTGTCGAACAAGAGTGAATCAAGTTACATCTCAGAAATAGAAACAACTTACATGGAAGGGAGGAGAGGAAAGAAGAAA CCCAAGGTGGATTGGAGACATGGCCTTCCAGAGGAGTTGTCACCTTCCTCCATGGTTCTCAAGCACCCACCCCCAAGGGG TCAACCTCCCTCTCCACCAAGCAAGCCTCTCAGCTTTGGAGAACCTCCCCACTCTAGGTCTATTGAAATGAAAGAAAATA CAAAGTATAGCAAAGATACAGAACTAAACAACTTTACAACTATTCATAGAGAAATTCTGGTGTGTCTGGGCGCTCAAGTG CTAGGAATTGGCGCTTGAGCGCCAATTACTTGAAACGCTACTGGACCAATTGACGCTCGAGCGCCAATTACCATAGACAA CAGTCTTCAACTTCCTTCAGTTTTAGCCTTCAATCCTCCATGCTTCTTCAACTTCCTTCAGCTCCTGAACTTAAGACTCA TTAAAACACACTTGAAAATATCAGAAGTTCAACCACAATATAAACAAATGGACCGAAAACTAATGACAATAACTACAAGA CCCAAAACTCTACTAAAATAGGAAAAAGGTCCCTAAGGAACCACCAAATTACCCAACCAATGCAAATGCACAAACAAAGG GAAAAATGCATGAGAAAATATGAAACACTACATAAGACAAGGAAAAATGCTAGAAAGAAGCAAAGAAAATACCCTAAAAA CTAGGACAAAACTCGGGTCATCAATTATCTTGAAGTTTATACGTTCTATGACTATCAAATTAAACATCAGGATTATTAGA TGACTAACTATATCTCTGACTCAAAAACATGTGAGTTCCCTACCCAAATTCGAATAGTTTTACAAACATGATAGTACCAT ACAATTAATTATGACACCAACAAAAGAGAGCTATCCATTTCCATAATAGTTTTACAAACATGAAGACGAAGAAAGAAGAA CCGAATCGGTCACAGTGTCTCGCTCTAGAACTAGACTTCAACCTTCCCTCCAAGTCTCCTAGAGTTCTCCCCTGTCTTAA GTGTCTAAGAATGTGAAAAATGGTAAAAGAGATATCATAAAATTTGAGCACGAACTATTCATAAGTGTTTTGGACCGCCT CAAATTTCTTCAAGCGAGATATATGTGCTATAGCTTCAAGCGAGCTTTACTTCACCTTGAAGGATTCTCAACCTCCTTAA CTTCGCTTGAAGCAAGGTTTGTTTGCTTCAAGCGAACTACCCTTCGCTTCTTGCTTGCTTCAAGCGAGAAACAATGGTAC ATAACACTTGTTCTTTTAATATGGTTTCTTCAAGCGAGCTTTAAGCCAAGGTAACCTTGCTTCTCTGTTTTTCACTTGAT TTCGAGCTAGCTTCAAGCCATCAAAACTTTAACTTTGATATCTTCAAGTAAATCTTCATACCAACTCATTCCTACATCAA AATTAGGGATTAGGACCATAATTGACATATAACCTAACCTAAACTTATATATTTATTAATCTGCTAAAATAAGGATTAAG TGATGATTAAATGAAGCACACAATTAGATAAGTGCGTAGAATGATAGATTGGTACGATCTTGTTTTCAATAAACAAGAGA TCACACTCCGTGGACTAAGTCATCAAGTGGGTTGACTAGGTTTGGGTTGTGTGACTTGTGAAGTTGAAAATGGAGGTGGT TTAGGAAAGTTTACTGGGACAATATTTTTCTGTTCCATCATCATTTACTTTTATGTATCAAAGTTCTATTTGTTGTTTTT ATAAAAAAAATGTTTTATTTGTTGTACTATTTAACTATGACATTTTGTAATGGGTTAGGGCATTATGTTTTCCATTAATT TTTCTTATAAAAAAAACAAGAGATCAATTAGGCGGATTGGGCTAGTACACGCTTAATATGATTGATATCAGGGTGTATCT AAGGAGTTGCAGCAGAGGCCATACCCCCCCCCCCCCAATTTTTTTTTTGCTGAATATTTTTTTTTAATAGAAGTTTTAAA ATTCTTTGTTCAATCCCCATTCATATTTAGATTTCCTAGAATGTATGTATACTTATTACATCAATTGTTTTTCCCATGGG CCTCAAAAATACTTATTGCAGCAGTTAGAAAAGTTGACGAAGTTCATGAGATTTTAAATTTTTTTGTTGATATAATCAAT GTGGTTTGTGTTTCACCAAAAAAGTCATGATGAGTGACAAGAACAACAAACAGTCAAGATAGTTGAATTGATCTCTTTGG ATGAGCTTGAGACTGGACTGGGCGGGACAAAAAGAATGCTCATGCCCGCCCAAATTAAGCAATCAGACGAATAAAACCAG CCTTGGCGGGATTCACAGAATAACATTGAATTCCGTCCGCCCCTTAGATAGGCCCACACGCCAGCTGGAAGATTTTTTTA GATTATGTATAAAGGCTTGGGCCCCGGTTGTCAGGCCCAAGTACAGCAAAAGTCCACATCATGATCATTCCCTCTATAAA AAGAGAGGTCAACACCTTGTAAAAAGTACCTTTTGAACATTTAATGAGAATATTCCTTTTATGATATTTCTAGTACTCTG CTAGGGTTTACTTTCTGTCAGTTTTCTACGTCAGATCTCCCTAGTACAGAACATTGGCGTCGTATGTGGGTCTTACCTCG ATCTACTACTTGACATAGGAGGAGAGATTTAAGATCCATGGAAACTCGTTCGTGTGGCGTGGGCCGCCGCGATCATCGCC GGCGAGGTGGTGGTCGTCACGGCGGCCGCGGCGGTGGACGATACAACAACCGTGAAGTACCTCAGGAGCCGGAGCAGGAG GCTTCTTCGGTGGGGGTTCACTCAGTGGCGCAGTCACCGGTGTCGTTGGCGAATGCGGCTCCGGGGAGACCTTCAGATCT GATAGCTAGATCAGATCCAGGAGTCAGGCGACGATCAGCGCCGCCTGAATACGTAAACCTGGATGACCTCAAAATCAGCG TTCCGAGAAAAGCACCAGAGGTAGTGACGGGAATCACTCCGGCGGCCCTGCAACAAATGTTGCACACTTTGCAAAAAGTA CAAAGTCAGAACGAGCAGTTGCAAGCCCAGGTGGAGTATTTAACCCAGCGACAAGACTATAAGCAAGAACAACGGCTCGA GGCCGAAGACGTTGTTGAGTTCCAGCCTTTTGTTCCCGCCATTACCAGGGTGGGAATACCAAAACATCTGCAAACGATGG CTTTGGACGCCTTTTCAGGCGACTCAGACCCCATGGAACACCTGCGTTACTTTAACACAAAAATGGTTATTGGATGAGCA ACTGATGAGGTGAAGTGTAGGTTGTTACCGTCAACGTTCAAGGGGATGGCGATGCAATGGTTCATCCGCCAACCGCCCTT CTCTATTGCCAATTTTACTGATTTGTCCACAAAGTTCTTAACTCAATTCTCCGCCAAT
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CDS sequence (LotjaGi3g1v0243000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTGAAATTCTGGTCCAGAGGGCAGGTTCTCCAGATGAATTTACGAGGTTAACAGCTATCACATGGATAAATGAGTT TGTCAAATTTGCAGGAGACCAGCTTGTTCCATATTATGCTGACATTCTTGGAGCCATTTGGCCTTGCATATCCAATAAAG AGGAGAAAATTAGAGTGGTTGCCCGGGAAACCAATGAAGAGTTACGAGCAATCAAGGCTGATCCAGTAGAAGTTTTTGAT GCAGGAGCAATCCTATCCATTACTAGGAGGCAACTGTCTAGTGAATGGAAAGCCACTCAAATTGAAGCATTGCATTGGAT ATCAACCCTTTTAAGCATACATTGTACTGAGGTTTTGACATACCTTGATGACATATTTGACACCCTACTCAAAGCACTTT CCGATCCATCTGATGAGGTTGTGCTTTGA
Download CDS Sequence

Protein sequence (LotjaGi3g1v0243000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAEILVQRAGSPDEFTRLTAITWINEFVKFAGDQLVPYYADILGAIWPCISNKEEKIRVVARETNEELRAIKADPVEVFD AGAILSITRRQLSSEWKATQIEALHWISTLLSIHCTEVLTYLDDIFDTLLKALSDPSDEVVL
Download Protein Sequence

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER
PTHR16023:SF2
1 142 142 8.3E-83 –
Gene3D
G3DSA:1.25.10.10
1 140 140 7.8E-8
IPR011989
PANTHER
PTHR16023
1 142 142 8.3E-83
IPR026825
SUPERFAMILY
SSF48371
3 141 139 1.19E-16
IPR016024

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
GO:0006661
Biological process Phosphatidylinositol biosynthetic process The chemical reactions and pathways resulting in the formation of phosphatidylinositol, any glycophospholipid in which the sn-glycerol 3-phosphate residue is esterified to the 1-hydroxyl group of 1D-myo-inositol.
Subterm of
GO:0070772
Cellular component PAS complex A class III phosphatidylinositol 3-kinase complex that contains a phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase subunit (Fab1p in yeast; PIKfyve in mammals), a kinase activator, and a phosphatase, and may also contain additional proteins; it is involved in regulating the synthesis and turnover of phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate. In mammals the complex is composed of PIKFYVE, FIG4 and VAC14. In yeast it is composed of Atg18p, Fig4p, Fab1p, Vac14p and Vac7p.
Subterm of
Part of

Genome browser

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0243000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…