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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0292600 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0292600.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Pectin lyase-like superfamily protein; TAIR: AT4G35670.1 Pectin lyase-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9LW07|PGLR3_ARATH Probable polygalacturonase At3g15720; TrEMBL-Plants: tr|A0A072U7D4|A0A072U7D4_MEDTR Polygalacturonase; Found in the gene: LotjaGi3g1v0292600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:59645139..59659645) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTCACAAAAGGTGCCTCATAGGGAACGCCGCATATCAACGCCCTTATTTTTATTTACAACAATTCCTCCATTGGTGGCAT TTTTAATAATTTTTTACCATTCCCACTCCACATATACTTACAATGACTCTTCAGAGTTTCTTGTTTTTAGTTTTCTATCT TAATTTTGGTTTATCGAAGATGGAAAGCCTATTTGTTGTGCTTGTAATGTTTGTTGTTGCTGCATCAGTACCATACTTGT GTGCTACAATCACACCTGATACAGCTCCTTGCTTCAATGTTCTTCACTTTGGTGCCACCGGGAATGGCCAAACTGATGAT TCGCAAGTATGTTTTCCACTTCTCTCCCTTCTTCTCCCATTCATTTATTTCAGTTTCTCTATGATGAATGTTGCCAAATT CCACATTAAGCAAAAATACTCTCAAATAACTTATGTTTAACATCATTTAAAAAAAAAACTTATGTTTAACATGTTATTTC AGCTATCTTATAGCTTATTTAACTAATTTTTTTTTATTTCTGTTATTTAACTAACTTAAAGCTTATTAGACTAGCTTAAA AGTTTTAATTTCTAAAAATGTTTGATAAATGAGTTTATTTCAGTAGCTTAAAGCTTTTTTTAATAAGTTACCTAAGATAG CTTGTAACATAAAACTTATTGAATTTATTCTTTTTTTTTTATCTTATCATTTTAATAAAATTCTTTTTTTTTTACAGCAA AAGAACAATTTATTGAATTAGAGAATTAACATGAGAACATCTCTCTTGTGATGAAAAGAACATAAAATACATTCCACCTA AAAAGTTCATATTTTAGAGAGAGAGAGTCTCATTAAAACTTTAAAATCCTTTTGAAATAAAAATCAAGTGAAGAAAAAAG AGTATCTCATTTCCTAAGAGCATCTCGAATGCAATGTTCTTAGTTCTTATTTCTGAGCTAAGAATTAAGAACTGAGTTTT TAATCATTGGAGGGACTGACATGAAGTTCTTAGTTCTTAAAAATAAGAACTAGTTCCTATATAAAGAGTTTTACTTTTTG AGTTTTTAGCTTAAAAAATTAATTTTTTTCTCTCACTCATCAACTAATAATTAATTTCAGTATTGAATTAGCATTCAAAT TTAAATCAAAATTATATGAAAATAAAAAATATTAATATAATAGTATTGTGAGATTAGATGAATAGTGCTAAGAACTAAGA ACTAAGAACTCATGTGGCAGTACGAGTCCACATGAATAGTGCTAAGAACTAAGAACCTAGCATTGGAGAGCATCTCCAAT TCTTAGTTCTTATTTCTGAGCTAAGAACTGAGTTCTTAACCATTGGAGGAGGTTGACATAGACTTTTTAGTTCTTAAAAA TAAGAACTAGTTCTTATATAAGGAGTTTTACTTTTTGAGTTCTTAACATAAAAAATTAATTTTTTTCTCTCATTTATTAA CTAATTTAATTGAAGTATTGAATTAACATTTAAATTTAAATCAAAAATATTAATATAATGGTATTGTGGGACCATATGAA TAATGTTAAGAATTGGGTAAATAGCCAAGTTGGTCCCTGAATGTGTCAGCCGCCTTCAAGTTCGTCCCTAAACTTCTAAA ATACCTCCTACGGTCCCTGAATGTGGCAAAAGTCATTCAAGTTAGTCCCTGGGGTTAAAATCGTTGACGGACGTTAACGG AAGACTGATGTGGATTTTTTTTTTATAAAGGCTGAAGCTTACGTGGCATTTGAAATTTGGGAATGTTTAAAAAGACTTCA ATTTAGTCCCTGATCTCGTTTATATGAAGATGAACCCTAAAATTTGGGGGAAAATCTCAAATTTTCAAGGCATGACTTGT GTGGCTTCGGTGAATCAATGGGTTGGGTCTCAAGTATTCTGAAATTGATTTCAAACCTGGTTTCAATTCTCAAGTCTCCT 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TGCTTAAGCATATGTGGCAGTACAGACCCACATGAATAATACTAAGAACTAAAAACTAAGGGCATGTTTGACTGCAGTTC TAGTTTTCAGTTTTTAAAACAGTTTTCAGAAATAATTCTTAAAAACAGTTTTCAGAAGAAGAAAACAGTTTGAATGACAT GTTTTCAAATATTTAGAAAACTGATATCTGAAAAATAAAAACTGAAACTGAAAACATCTTTTAGCTGTTTTAGTTTTTTA GTTTTAAAAAACTGAAAATGAGAACTGTTTTCAAAAACTGTTTTTGAAAACAGGTCTTACCAAACAAGTTTTCAGTTTTT AAAAACTGAAAATTGTTTTGGAAACAGTTAACAAACAGACCCTAAAAACCTAGGATTGGAGACGTAGGGCCTGTTTGATA GCAGTTTTAGTTTTCAGTTTTTAAAACAGTTTTCAGAAACAATTCTTAAAAACAGTTTTCAGAAGAAGAAAACAGTTTGA ATGACATGTTTTCGAATATTTAGAAAACTGATATCTGAAAACATCTTTTATCTATTTTGGTTTTTTAGTTTTAAAAACTG AAAATGAGAACTGTTTTCAAAAACTATTTTTGAAAACAGATCTTACCAAACAAGTTGTCAGTTTTTAAAAACTAAAAACT GTTTTGGAAACAGTTATCAAACATGCCCGTAGTTTTCACTTTTCATGAAATAAACCCACGAAAGACACTAAAACTGATAT GCCAACTCACGACTTTACCACCATAAAGCGATTTGGACCTCCAAAGTACCTTCCTTAGTAAAAATATAACTCCCAAATAC ACCATCCCTTTGATCCTCCATATGCCATCCAAAGTAAAACACCAGCACGAACAAAACATGAAACCAGTGGCTTTGCAAAT ATCATCAATTTATCCTCCAAAGACACCACACCCTCCAATCACATATATATAAGCCAAAAAAATTGTTTAGGTTCATTCAT 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GAGTTTCCAAGGTCCTTGCAAGTCTGCTAGTGTTATCATCAAGGTAAATTAATTAATTACTTATTGCATATGGCATGAAT AGGGTATTAATATGTATTATCTGATCATATCATGCTTTAGGATATAAAAATCATGACAATAATTTAATTTATATGGAAAA AAAGAATTTTACACTAAGAACAAATCATATTTTAAATATATATGAAATACAATCAGTTCAATTTGTTTATTGAAGTTAAT TAGTTGATATGACATATTTTTTATTTTTTATTTTTAATTTAGATGATAGTGAAGACATAGATTATTCTCTAAAACCAGCA TTCCCTCTTTGTTTTCAGTACTAATGTACATATTTTCTTTCATATAATTGTTCCATATATATCTTGTTCAATTATTGATA TTACAACCGTGGCTAAAATATTTTTATTCTTAAACTCAGTGGTAATTATGTGCAGCCATTAAATCTGATACCTAGTAGCA AGAAATAACAAATACTATGTTATATAAAGGATAATGTAGTGGATAAAGAAGAGTTGTGATTTATAACTTTCTTTTTTACA ACAATAGGAAATTTATTAGGAAAAATGAAAAAGCACAATCTACAAAATCAAGTAGTCCAACCTGAAAAAGAAGAAACCCA AAATATGAGCCAACAAAGAGATGCCATACAAAACAAATACCCAAGAACCAAACCCTAGAAATTAAAACCATAGGAAACCA AACAGCCAACACCAGACCAATCTTCTAACAGTTGTCTCGTCACTTCTGCGATCATTGATGCATGAAACTTCTTTATTCTT TTCTCATATAATAGCTGATATGTGAGGCGAAATTCATTTAATAAATATATGGCTTAATTCCAGTTTGGGTCCCTGATGTT TCACAAATGTGCGATCTGCATCCCTTGTGTTTAAAATGTGCGGTCAAACTCCTTCATGTTTCTAAAATGGTCGATTGAAG CCCTTCCGTCTATCTCTGTCAGTTGACCAAACGGAAATGCTGATGTGTCACTTATTTAATTCATAAAATATAAGCTAATA TAAGCTACTAATTGGTGAGGGAAATAATTCATCACAAAACCCTTCAACGAATACGTTTTTCTTCTTCCTCACACATTTCA GAATCAACATATAGGAGAAAAAGAAACAACTCCATCATCAAGCTATGCCAAATTTAGTTCTTTTTTCTCCTCTTCTTCCT TTCAGGCAGGTACTGGTAATGCAGAACAATTAGAAAAGGTTGATTGTGCTTGGAGATACCAAAAAGATCATGGGGCAATG GAGAAGGAAGGAGGTCCTCCAAATCAGTTCATACCGCTGTTTTCATTCCTTATCCCTATGGTTCACACTCTTCTCTCTTC AAAACCCCACTCGTCATAGCTATCTCACCGCTGATCTCGAACCAACCCAGAATTGCCAGAGCTCCAAATTTGGGTTTTCA GATCGAGTGTATAGTTCTCCTCCTCTGGTTCAGAGTGGGCCTAGATCTAACTTGAAGCTTGGGTGCTCTGTCACTGGTTC TTCCTCTTCTTCTAAAAGGGTATCCTCAGAGCTCTAAAATTCCCCCCTTTTTCTATAATCTTTGTCTTGATTTTGGTTTG GTTCAGAGTGGGTTTAAAGTGAGAATACATTATGATGGTACTGTCTGGTGGTGCCCTCAAAGATCGAAAGAAAGAATTTG GCATTTTTTTTTCAATCAAGGTTGTGATTGATTATCAAGGTTTCTGTTACGTTGCGTTGCTTTTCTAATGCAAAGATTAT TGGGTCTGAGTTTTTTTATTTTCTAAACTAAACCTAACTACAAATTCCACCTTCTTCCTATTTTAGAAATGTTCGTTCTT ACCCCTTTTATGGAAACATGGGTGACATTTTTTTCTCTTCCCCTCTTACGGAAACATGGATGCTTTTTCATGGTGGTGGT 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TAGAAAAGTAATGCCAAAGTGTCACTAGCAAGCAATTGTCTATTACCTGTGTCGCTTGACTACATTATTTGATATATGGC AGCTGAAGGGCACCATCACTGCGCCGAAGAGTGTTGAGTCTTGGATCTGGCCCAATCATGATTGGGGTGCATGGGTCAGG TTCTCTAAAATAAGTGGGCTAGTTATTTATGGGGGTGGACAAATTGATGGTCAAGGTGCTCCATGGTGGGATTGCTTTTC CAATAACAAGTGTCACAGGCCAACTGTAAGTTGAAAACCAAGATAAATTAATTTTAGATTGATAGCTTATGCAAAGTGTA AAATTTTTTAAAATATTTAATTTTATAATTTTTTTTGAATTCGATTAGTTGAAGTATAAAATCTTTACACGGTCAGTTGT TACTTGTTAGTGTATCTATTTTTCTCTTAAATATTCATGGTTGTTTTTTATTTCCGTTGAAAGATGACATTAATATTTAT TAAAATAAGAGAAAAAAAATTTTTAGAGCAAAAAAAAGTTAGGGTGGTTCTTTCTTCTATTTGTGAATTTTTTTTTAATA CACTCTTAATGTAAAACAATTTTCTTTTCAAAAAAATGTAATTTTTTTTAATATAAAACAATTTTATATTTTTCCTACTT TAACCAAAAAAACTGCAAAACAATTTTATACAGATGTTTAATTAATTTTTACTAGATTAGAAATCCACTTTTATGTCAAT TAAAATTAAAAAGGGTTGTAACCATTTAGTCCTATTTGACACAATTTGATTAATTGTGTAAAATTATTTTAGAAAATAAC TGGGAGTGCGGATTGTAATTGTAGGCATACGAAAGTATGATTTCCACCGGTAACCAATTTTAATTGGTGCAATTGTGTGT TTCTTGCTTGATTTTTCTTATAACAACTAGCACTGCCTCAATTATTTTACCCGGTGATTGTTCAAAAAAATACAGAGCAT AAAAATGCTTTGAAAAAAACTTAATCTCTTAAAATGTTTGTTTGCCACTAATTCATGTTATAATATGATCATGTAGGATC TTCAAAGTCACCTAATGATATTTGTTTGCTAACATGTCCAGGCTCTGCATTTTCATGATTGTGAAAATCTAATTCTTAGG CGATTGACTCATATCAACAGCCCGAGAAATCATATAAGCTTAAATGCATGCAGTGGCGCATACATCTCCAAACTTCACTT TATTGCACCCGAGGAAAGCCCTAACACGGATGCAATAGATATATCTGAATCATCCAATATCAAGATTAAGGATTCTATCA TGGAAACTGGTAAATAGAATTTATAATAATTTGTTCCTGTCTTATTTTTCCTTATTTAATTATATTAACAAATAAACTTT TGTCCTCCTAAAAAAGATGCAACCATAATTGTGCTTTTGGTCCTTCTAATATGGACTAAGTGTAATGAAACCTTGACCCT TCGCCCTACAAACCTAATATGGACTAAAGAAAAAAATGAAACCTTGAGTCCTTGACCCTTCGCCCTACAAATCTCTTCAT TTCCCTTAGCTCATCACACTTTTAGGTTAATAATTTTTTTCTTTTGTGTTATTTTTAATTGGAAGAAAAGAGAAAATGAG GCAATAGAAATATTTCTCACTTTTTATCATTTAAAATTGTTTTAATTTTTACGGTTTCTCTTCTATTCTCATTTTTTATG AAATAATTTAGAAAACTCTTTCTCTTCGCCTGCTTTGTTTTTTTAGGAAAAAATGTATGGAATAAAATCTAACGGGTCCC CGAATAATAGCTTAAGTGATAAAAGTTTGGGGAACATGTGGATTAGGGAGGGGAGGTCCAGGGATCAATCCCTTGTAGGT GCAATATATTTTTCCGATGTATAAAGAAAAAATGGTAACCAAATGATACATAAAACATGTGAGAATAAATTTCTATCAGT GCTACCACAATGCACATACACATGAGAAAATGATAGAACAAACATGCACAGTTGTAGACTCAAGCTAGAAAAAACAACTT TCTGATACACCCTTTGTAGGCTTTGCCCAGAGCCCAACTAGGAATGGGTCATTGTTTGTCAGCAAATATTGCCCATTGTG ACAAAGACAAAATTGCAATGTTGATTAACAAGGATTCATGGAATAAATATATGAGATTTAGACCTTTTTTCTAATGGTTA TTTATTAAAGGTGATGACTGCATTGCAATTAATCACGGTTGCAAATCCATCAGCATCACTCGCGTTTTTTGTGGACCTGG CCACGGCATCAGGTAAGCTCCAGTACAATTTTCTACTTCAAACGTTAATAAGATATTGAGTTGTTTGTTCAAATATTGAA CTTTTTGGCATTTGTCTGTGAATCTAGTGTTGGGAGCCTAGGAAGAAATGGAGCTCATGAAACAGTGGAAGATATATATG TGCGCAATTGCACCTTCTTTCGAACAACAAATGGAGCAAGAATTAAGACATGGATGGTAAGCAACGACTTTCATTTTAAG TTTGGTCATCTTTGTTTACATTTCCAAATCCCCAAATAAACATTTAGTTGCAATGTTAGTCCTTGAATTGAATAACTATT TTTTCCCCAATCTAGGCTTGTCCTCAATTGGATAAACCACTCATATGAATTTATGGTGTACTTTAAAATAAATTCAGGTA AAAGAAGGGTTGTCTAACATGACCCATGAGAGTTACTTTAAATAATTTTGCTGGTTGTTTGTTTGTTATGGGATTGAGGT ACCCCTTTTACCTCCATCAATATATCTTTGCTTATAAAAAAAACTAAAACACAACTCAATGGATCAATAAGATTTTTTTA TAAATACATTAATAAATAAAATAAAGAAAATTCAACCCACATATCTTCAATATGATTGGAGGATGTATTATTTAACCCAA 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TATATATACACACACGCACTAGTGTGTTTACCCGTGTGTTGTACGACGAGTTTTTGTTTTCGGATTTTGACCCATGATGA TCGATATTGAAGAGGAAATGGTTGCACAACAATGAAGATTATACTTTTGTGATTAAACTTTTGAAATTGAAGATTTCTAA CACAAAACAAACAACAACAATTAAAAAATTGTGTAGTATTAAAATCAGCTACCCTATATCATATATATATATATATATAT ATATATGATTAGTCTTATGAGTAGATGGATTTCTTGATAGATTTCAATGTTGGCCATTTAGAAAATTCAAGTTTTGTGCT AAAAAAGCAGGTAATACATCGATTTGTATAGATTAAATTTGTTTTATATGATAATAAATAAAATTGTTCATTAAAATAGC ATAACTTCTATATCTACAACATTTGTTTACTTTGAATTAAAATCTTGTAGTTCACCAGCATTGAATTTTGGTTCCAATAT AATTCTTTGTCTATCAAAAAAAAAATGCAACCATGTTGTTACAAAATAATAACTAATGAGATTAAATTCATGATATTATT AAAAAAAAACTTAGATCATTAAAAAATGAACTTTTTCAGTGTTGTCAAAGACTTCTTGGTATTCACATTCTTTGTTGAGT TTGAGAGGTTTCCTTCATTGTCTAAAATCAATATTTTCAACCCTTTTTCTTGATTTCACTTTTGAAATAGTAACATAGAA CGGGTTATGGGTGAAACTGATCTAGGTAGATAGACGTAAACATGAGATAAGGATTGAGTCAAATCTTTTCAAATACTTTG TAGTTCCTGTGCTTAGCATTTTCTACTATCTCTCTTGTGATAATAGAACCTTATAGAGCCAAACTATCTTGAAAAAGATA TTAGTAGAAGTCCTGAACAATACTTTGTAAAGGAGGAGTCCTTCAGAATACTTGATTTGGAGAAGTCCTGTCTAATACTT GGTTAGGAGAAGTCCTGCAGAATACTTGGTTGTGAGGAGTCCTATCTAATACTTGGTGTAGGAAAAGTCCTTGATACTTG TTTAGTGAAATCTTGGCTAAGCCAAGGACTGACCGTAACCCTATCGTTTGTGGGTGAACCAGGATATATTGCTTGTGTTT TAATCGTTTACTATCTCACTCATTATCAGTTGCAAAAACGTTTTGAAAACTCATGTTTTACAAGAACACAATTCAAACCC CCCTTTCTTGTGTTATATTATTGCATTTCAATTGGCATCAGAGCTTAGTCTCTAGATTCTAACATCTTAACAGGTGAAGT GAAAATATCCATGGTGGTCGAAGATCTTTGTGTTCCTACAGGCGTAGACACGACCAAATCTCCTTACTTCAATGGCACAA ACTATCCGTAGTGGAAAAATCACATGGAGCTATTCATCAGGTCTAACAACTACAAAATGTGGGAAATCATCAACAAAGGA AATATCGTTCCCCAAAATGCTGTGAACGAACCAATCAAAGAAGAAGATGGTACAGACGCTTAGAAGAAGGAAGAACAACT CAACTTTAGTACAAAATTATTTCTTCAATGTGCTTTAAGTAAAACTCAACTCGACAAAGTTGATGGTTTGGCAACTGCTA AAGAAATATGGGATGCCTTGGGTGTCGCATTTGAAGGAACATCAAATGTAAGACAAGCCAAGATCAGCATACTGGTTGAA GATTATGAGAGCTTCAAGATGAAGGAAAATGAAAGCATAGACGATACGTTTGGAAGGTTTCAAACTATTGTAAGAAGTCT TAAAATTCTGGATCGCAAATATGACAATATCGATCAAATAACGAAGATTCTGAGAATACTCTCCAAAAGATGGAGACCCA AGGTCACTGCGATTCAAGAAGCAAAAGATCTAAGAACCCTAAAGATAAAAGATCTGTTGGATCCTTAAAGGTGCATGGAA TAGAGCTTAAAAAGAACAATAAAGGAGCCAAGAAGTGTAACACTCCGACATTCAGGGGTCACAATTAACAACCTGTTAAA GTAAATATGAAATGATTTCCAAAAATG
CDS sequence (LotjaGi3g1v0292600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGACTCTTCAGAGTTTCTTGTTTTTAGTTTTCTATCTTAATTTTGGTTTATCGAAGATGGAAAGCCTATTTGTTGTGCT TGTAATGTTTGTTGTTGCTGCATCAGTACCATACTTGTGTGCTACAATCACACCTGATACAGCTCCTTGCTTCAATGTTC TTCACTTTGGTGCCACCGGGAATGGCCAAACTGATGATTCGCAAGCTTTTGCTAATGCATGGCAAGAAGCTTGCAATGCA ACTCATGATACCTCAACACTGATCATACCTAAAGGAAAAACATTCATGTTGCAACCTGTGAGTTTCCAAGGTCCTTGCAA GTCTGCTAGTGTTATCATCAAGCTGAAGGGCACCATCACTGCGCCGAAGAGTGTTGAGTCTTGGATCTGGCCCAATCATG ATTGGGGTGCATGGGTCAGGTTCTCTAAAATAAGTGGGCTAGTTATTTATGGGGGTGGACAAATTGATGGTCAAGGTGCT CCATGGTGGGATTGCTTTTCCAATAACAAGTGTCACAGGCCAACTGCTCTGCATTTTCATGATTGTGAAAATCTAATTCT TAGGCGATTGACTCATATCAACAGCCCGAGAAATCATATAAGCTTAAATGCATGCAGTGGCGCATACATCTCCAAACTTC ACTTTATTGCACCCGAGGAAAGCCCTAACACGGATGCAATAGATATATCTGAATCATCCAATATCAAGATTAAGGATTCT ATCATGGAAACTGGTGATGACTGCATTGCAATTAATCACGGTTGCAAATCCATCAGCATCACTCGCGTTTTTTGTGGACC TGGCCACGGCATCAGTGTTGGGAGCCTAGGAAGAAATGGAGCTCATGAAACAGTGGAAGATATATATGTGCGCAATTGCA CCTTCTTTCGAACAACAAATGGAGCAAGAATTAAGACATGGATGGGAGGACGTGGGTATGCTAGGAAGATCACTTTTCAA GATATAATAGTTGTGGAAGCTAAAAATCCTGTGATCATTGATCAGGAGTACAACCCTCAAGATAGTACAAATGCAGTCAA AGTGAGTGATGTTACTTTCCGCAATGTGAGGGGAACATCAATGTCAAAACATGCAGTCCAACTACATTGTGACAATAACA TAGGTTGCACCAACATTATACTAGAGGGTATTAACATAACATCGGCTGCTGGAGAGGAAATCTATGCATCATGCAAAAAT GTAGATGGGGTATGCACTTCATGTTTTCCACATGTCCCATGCCTTTCTGAAGAAGAGTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0292600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTLQSFLFLVFYLNFGLSKMESLFVVLVMFVVAASVPYLCATITPDTAPCFNVLHFGATGNGQTDDSQAFANAWQEACNA THDTSTLIIPKGKTFMLQPVSFQGPCKSASVIIKLKGTITAPKSVESWIWPNHDWGAWVRFSKISGLVIYGGGQIDGQGA PWWDCFSNNKCHRPTALHFHDCENLILRRLTHINSPRNHISLNACSGAYISKLHFIAPEESPNTDAIDISESSNIKIKDS IMETGDDCIAINHGCKSISITRVFCGPGHGISVGSLGRNGAHETVEDIYVRNCTFFRTTNGARIKTWMGGRGYARKITFQ DIIVVEAKNPVIIDQEYNPQDSTNAVKVSDVTFRNVRGTSMSKHAVQLHCDNNIGCTNIILEGINITSAAGEEIYASCKN VDGVCTSCFPHVPCLSEEE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 20 | 20 | - | – | |
| Phobius | 21 | 39 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 23 | 45 | 23 | - | – | |
| Gene3D | 33 | 413 | 381 | 2.6E-118 | ||
| PANTHER | 33 | 417 | 385 | 7.2E-161 | – | |
| PANTHER | 33 | 417 | 385 | 7.2E-161 | – | |
| SUPERFAMILY | 39 | 415 | 377 | 8.01E-119 | ||
| Phobius | 40 | 419 | 380 | - | – | |
| Pfam | 83 | 404 | 322 | 5.9E-89 | ||
| SMART | 205 | 231 | 27 | 7400.0 | ||
| SMART | 232 | 253 | 22 | 470.0 | ||
| SMART | 255 | 275 | 21 | 6200.0 | ||
| ProSitePatterns | 262 | 275 | 14 | - | ||
| SMART | 285 | 306 | 22 | 47.0 | ||
| SMART | 343 | 370 | 28 | 1600.0 | ||
| SMART | 376 | 408 | 33 | 4100.0 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Polygalacturonase activity | Catalysis of the random hydrolysis of (1->4)-alpha-D-galactosiduronic linkages in pectate and other galacturonans. | ||
| Biological process | Carbohydrate metabolic process | The chemical reactions and pathways involving carbohydrates, any of a group of organic compounds based of the general formula Cx(H2O)y. Includes the formation of carbohydrate derivatives by the addition of a carbohydrate residue to another molecule. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0292600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…