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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0306000 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0306000.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transposable element protein, putative, Retrotrans_gag; TAIR: AT1G52730.1 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|A3DBQ1|TPIS_CLOTH Triosephosphate isomerase; TrEMBL-Plants: tr|A0A151R0D0|A0A151R0D0_CAJCA Copia protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0306000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:64532629..64557442) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAATCTTTTCCTTCACACCTTTTTTTTCCTTCTTCTGCAGCAGAGTCACCACTCACGCTCACTCTTTCATTCTCTATATT TTGTTTTTTTTCGTTTCTTTCTCTCATACATCAGCATCTTCTTCTTTTCATTTCCTGTTCTTTCCCGTTGCTTTCCTTTC TTCTTCAGCACAGTACCTCACCAACATCACCTATGTTTCCTCCTTGTGCAGCACCCACGCACACCACTCTTCTCCCATCA TCACCAATATCTTCTTCTTCTTTTCTCCTCCTCCTTATTTCTCCCAAGTTGCAGTACCCACACCAACACCTACACCATGT TCATGCTTCTTCTTCCCTATGAACCATGAAACCACCACCTTCACTTCCTTCTCCCATGAGCAAGCCGTCACCACTCTTCT CTCCATGGACCTGAATCACGAGCTCCTCTCCTTGGCTGCGGCACCATCATGTCTTCTTCTTTCTTCCTCACGAAGCCACC ACCGATGGCCACCCACAACACCATCATGGACGCACGACATGAACCACCACCATGGATCATTTTCTCCACCTAAAACAGAG CAGCAGCCATCACCACAAGCTTCTTTCTCCATGGCCACAAACGAGAACGTCGCGACCACCACCTCACCATCACGCAAGCC ACACCGCCACGTACCTCCTGATCAGTGCATTTTGGCACATACTTTCTTGCTTTGTAAGATAACATGTTGAAAGCTTTTCT CACCTAAGATTAACTTTTTATCATGTTTCTTAACATTGGTTCATAGTTGAACTTTAAAGTAATTCTTTGCCTACACTACT TGTTCTTGCAGAATAAATTAAGAAGCCAATGGTCTCCATGAATTTTCTGTCTGGAACCAGCCCATAAACCAAGACAAGCC AAACAAGTCCTTCATCAACTAATAGCAAAAACACTTGAAGGGAGTTTGGACAATAAAGAAGGACAAGATGATCATTCAAG 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CTCGTGACGATGTTTTTAGTTGCAGCGAGGGCTGTGCTTATATTGTATATTAATCGCTGTTAATCACGATTGGGTTGAGT CTTTATTTCGACAAGTCTTTTATTTAAACAAAATGAAAAAAAATACCTACTTTTCCGCTTTACTTGAATTTGGTTACTAA AGTGACGCCACCGAAATCGGGGTGTTACATCTTTTATCTGGAAAGAAAAACGAAAAAAAAATATACATGATTTTCCGCTT TATTTTGATTTTGGTCTACTAAAGTGACCCCCAGAAATCGGGTGTTACACATAGTAATGTTGGTCTTGGTTGACCTTCTC TCTCCTAGTTTTCACGCTTCAACAGTCGGCTTTCTCCCTTCATGGTCAGTCTTCTCTCTCTCTCCTGGTTTGTGTACTTC ACCGATCGACCTCCTCCTTCCACACCGGTCGACCTCCTCCTCTACCGCACCGGTCGACCTCCTCCTATACCACACCAGTC AACCTCCTTCTTCCCTGGTCGGCGTTCTCTCTCTTGGTTCGTGCGCTTCACCGGTCGAACTCCTCCTCTACTGCACCGGT CGACCTCCTCCTCTACCGCACCAGTTGACCTCCTTCTTCCCTGGTCGGCGTTCTCTCTCCTGGTTCGTGCGCTTCACCGG TCGACATCCTCCTCTTCCACACCGGTCGACCTCCACTTTCTACAACCAGCCTTCTCTCTCCTTACTCATGTGCTTCATCC CTTCTTTCCTTACTTGGTCTTCTCTCTCCTCTTTCATGTGCTTCGCCGGTCGACTTCCTCCTTCTACGGTCGGCACCAGT CCACTTCATCTCTCCTTTTTTCATCCTTTTTTCCTTCTTCTTTTTTATGCTTATCAGTTGTCTTCATTTATTTATTTGAA GTTTTCCCTTAAGCAAGTGTTGAAATCTCCGCTTGCGCATTTGGCAACGGCGTGGCAGGCTTGGTTACTCGACCCAGCAT GCGTGACATGCTTATTTGAGTAAAAAGGTGATGTAATTTCGGCGGATAAGTGATGCACTTGGTAAAGTAACCAAGTGGTG TGACCTCGATGCCAAACATGGAGTTGGCGGAGAAGCGACGTACTTGGTCGAGAAATCAAGTGGTGGGACCTCGTCGCCGA ACATGAAGTTAGCGGAGAAGCGACCGCTTGGTTGAGGGAAACCTGAATAAAATGGACAAGACCCAAGTTTTTAGTTTACA CCAAAGTGAATAAAATTCTTATTCGCGATTAGGTTTGATGTATCGTGAAGGGAAACCTGAACAAGAGTTTATCGAATGGA ATATATTTATGAAGGAGAAACTTCAGGAAAAGTATAAGGATTGCATCAAAATCGATAAAAGGTATAGCACGATCGATATA CGCTTAAATCTAGGGCAAAAACACTAGTGAATAGCTAGTTTTCACTAAAAGGCACGATGGAAACTAATTCCAAAAATCTT CAGAGAAATGTTAAAACTTCTCTTGATCGTCTATAAACAACCGTTTCGTTACGAAACCTTTGAATGTACGAACGTCCGAT TCCAATCCTCGGAAGTTTGCCGAAACGAAAACCCTGATAGTTCAAGAAACCTAGAATCAACCGACGATGAAGACTTTTTC TATTCGGAGCTTCAAATGAAGATTCCACACGCGTACACCCATTTCTCTTGATGATCTCAATCTTTCTTCAGAAGGAAGTT TTCTCTTCCGACAATCACTGCAAAAAGTAACTTATCGGGTAAAATAGATTTACACCGACTTTGCATTATTCACTTTAATT CCAAGAAAACCTCTGTTGAGTTTTGGAATTCTGTAGCCAAAACCTATCTTAGAATTCACGGAGAATGAAGCCGGAAAAAT CGGAATCGCGAAACTTTCATTTTCCCGCGTTTTGCCAACCTCTATATATAGCAAGAAAATGAGAAAAAATGGCAAAACTT CACCATTTTCTCTCCCAAAACCCGCGAGCTTCACCAAGAGGAGGAGGAGAAGACATTTTCGCCATTTCTTGCTTGATCGT TGATTCAACAGTTGCTACTTGAAGGTATCGAGGTATAGTCGCTAATCCTTACCTCTGATCGTCGTTTCCGTAGTTTTTCA CTATGTCTTTCTGTGCTCTTAGTTTTGAGGTTTTTGCAAAACTATCCAGATAACTTCATCTTTCTATGTAAACATCTTCC CTACGTTCCCAAGAGCATGTTTAGCGAATAATATTGCGCCGATTCTCGAAAAACTACCGTCGAGTTTCAATTCTGCTTCA AATACCCATTTTGGGACAAAGTTTCGTCCTGTGGGCTGAAAACTATCACCTTAGCTTAGTGCTAGTAGGATTAGTTGTCA TAAACGTCGTTGGTGACGTCCCCATCCAATTTGCTTTTCGAAATTCCAATTTTGAAATTTTGAGCTAAAAATATTGACCA AAATACCCCTGCGACAGTTTTCGATCCGATAATTTTTCTGAGCTTAGATTCGTCTTAGTTACGACTAATAATAACCTAGG AACCAAGTTTGATCGAAGAAAAATCGACCCACCTAATTGTGCATAGTGGCCATGAGCTACCCTAGGGGAGGGGGAAAATT CCTTTTTCGAAAACTTGTCCTTTCGCGCTAGATTATCGTACTTCAGAGTATATGCTACTTCGAGTAACCCTAGTATCTAT TGTTTGCTGAGTTTCTGACTCATTGTGATTGATTTCTGTGGTTTTGCTCTAAAGGTTCTTTTGAGGAATTTTCCGAAGAT CAAGGAGCTGAGTG
CDS sequence (LotjaGi3g1v0306000.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGAGCAAACTTTAAGGCAACTTGCATCCCCTGATGTGGACTATAATGGCTTATGCATTGAATATCCTGGTACTGA GGCACCTTTTGAACTAAAATCTGGGTTGATACACTTGTTGCCAAAGTTTAATGGTCTTGCAGGAGAGGATCCTCATAAGC ATCTGAAGGAATTCCAGGTCGTGTGCTCTACACCATCAAGGCCTGAAGGAATCACTGAAGACCACATCAAGCTCAGAGCC TTTCCATTCTCATTACAAGGTGCAGCAAAAGACTGGATATATTACCTTGAGCCAAACTCCATCACAAGCTGGAATGCCCT CAAAAAAGTGTTCCTTGAAAGATATTTCCCTGCCTCCAGAGTATCCTCAATCAGAAAAGATATATGTGGTATTAGGCAGG AAAATGAGTCATTAGCTGAATACTGGGAGAGATTTAAGAGGCTAGTTACAAGCTGCCCTCAACACCAGATCAGTGAACAA TTACTCATCCAGTACTTTTATGAGGGATTGTTACCAATGGATAGAAACATTCTTGATGCTTCTAGTGGTGGAGCACTTGT TGATAAAACCCCAGCTGCTGCCAGGGCCTTGATTGAAACACTGTCTCTAAACTCCCAGCAGTTCACCACTCGACGCACTC CTGTCCAAACCAAGGGTGTGAATGAAATTCAGGTTTCTTCCAACAAAGCTGTAGAAACCAGAATTGATGAGCTTACCTCT CTGGTGAAAAAACTGATAGCAGGCACATCTCAGCCAGCTAGAACAGCTCAGACAAAACAGGTGTGTGGTATTTGTACTTC TCACGAGCATCCAACTGACATTTGTCCTGTCCTGCAAGATGAATCAGGTGCTGAGGTGCCCCAGGCCTATGCAGCAAACC TTTACAACAATCCTGACCTCTCATAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0306000.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAEQTLRQLASPDVDYNGLCIEYPGTEAPFELKSGLIHLLPKFNGLAGEDPHKHLKEFQVVCSTPSRPEGITEDHIKLRA FPFSLQGAAKDWIYYLEPNSITSWNALKKVFLERYFPASRVSSIRKDICGIRQENESLAEYWERFKRLVTSCPQHQISEQ LLIQYFYEGLLPMDRNILDASSGGALVDKTPAAARALIETLSLNSQQFTTRRTPVQTKGVNEIQVSSNKAVETRIDELTS LVKKLIAGTSQPARTAQTKQVCGICTSHEHPTDICPVLQDESGAEVPQAYAANLYNNPDLS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 284 | 283 | 6.1E-49 | – | |
| PANTHER | 2 | 284 | 283 | 6.1E-49 | – | |
| Pfam | 80 | 170 | 91 | 2.3E-22 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0306000.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…