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LotjaGi3g1v0319700.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0319700
Transcript ID LotjaGi3g1v0319700.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description WD40 repeat-like protein; TAIR: AT5G13480.3 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q6NLV4|FY_ARATH Flowering time control protein FY; TrEMBL-Plants: tr|A0A151R5M7|A0A151R5M7_CAJCA WD repeat-containing protein 33; Found in the gene: LotjaGi3g1v0319700
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:67861662..67879052) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CCCTTAATTTACCATAAGTTATTTTCTCATTTTAGTGGAGTGAAATCATATTTTTCAATCAACCCTTTAGTCCAACCAAA AACGTCACCGTTCTGCTTTTACTCCCCACTCTTTCTCTTTCCCGCTCCACTTCTCGTTGTGCTCTTTATCCCCACCAAAT TTTGGGGTTTAGGGTTTTCTCCTCTCCCCTGGAATTTCAAATCTAGACCAGTTCCTCCTCATTCCTCCACTTCACTCCAA TCGCAATGATGTACAATGACCCTCATAACCCCCAGCACCAGCAGCATCAGCATCAGCAGCACCAGCACCAGTTCCAGCAG CAACAACAACCGCAGCATTTTCACCATCAGCAGCCCGGTCCAGAATTTCACCGTGGACCGCCGCCTCCACCGCCGCAGCA ACCTCATCCGCCGCCAATGATGCGTCAGCCATCTGCATCCTCCACAAACCTCGCACCGGAGTTTCACCACCCCGGTCCCG GTGGCCCCCCTCCTCCCCATTACGATGGTTTGGGTTTTCTGCTTCGTGCAATTGCTGATTCTTATTGTTGTTGTTATTAG CGAGCGAATTGCATTTAATTTAGTTGAATGGGAATACTTGCTTGTTCTTGATTTTTCGTGGGTATCGTCGGTTGGTGTGA TTTCTTATATTGCTGGATAAACCCCAATAATGTGGTGCTAGTGTTGGTGTGCGTACGTTGTTTTGGACTAAATAATGCGT GCACTGGATAAATCCAAGAAAATTTGGGATCGAATGGTATTCAGTTAATTAGGAGGGAAATGGATTATATGGGATGTGAT TATTAAGATATGGTTAGCAATGTTTTAGACGTGAACTTTGGGCATCGATTTTTGTTACATTTTGGGAGTTTAATTGTATT AGATCTACCTTACAAAGTAATAAGATGGTTAAGGGTGAATTTAATGTTATGAATCAAACTGTGCGAATGAAATAGAGAAA 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TCCGTGTACGATAGCTCAAGTGGTAGGAGTTGGGGGACATATGAGTTGGGTAGGGGAGGTACAAGGATTAATTCCTGACG GGTGCAATTTATCTTTCTGATGTAAAAAAAA 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0319700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGATGTACAATGACCCTCATAACCCCCAGCACCAGCAGCATCAGCATCAGCAGCACCAGCACCAGTTCCAGCAGCAACA ACAACCGCAGCATTTTCACCATCAGCAGCCCGGTCCAGAATTTCACCGTGGACCGCCGCCTCCACCGCCGCAGCAACCTC ATCCGCCGCCAATGATGCGTCAGCCATCTGCATCCTCCACAAACCTCGCACCGGAGTTTCACCACCCCGGTCCCGGTGGC CCCCCTCCTCCCCATTACGATGTTCATAGTGATAGCCATGGTGCAAAAAGGATGAGAAAGCATACTCAAAGGAAGGCAGT TGATTATACGAGCACAGTTGTGCGTTACATGCAGATTCGTATGTGGCAGCATGATTCGAGTGATAGGACTGTACTGCAAC CTACGACGGCAGCCGCAATTGATATGTTGCCAGCAGCGGGCTATCCAGACAATCCATCCACTAGCTTTGCTGCTAAATTT GTTCATACATCTCTGAATAAAAATCGATGCCCTATTAATCGTGTTCTTTGGACTCCAACAGGCCGGCGTCTTATTACTGG CTCACAGACTGGTGAATTCACTCTTTGGAATGGACAGTCTTTTAATTTTGAAATGATCCTTCAGGCTCATGATCAAGCAA TCAGATCCATGGTCTGGAGTCACAATGACAACTGGATGGTCTCCGGTGATGATGGCGGTGCAATAAAGTATTGGCAGAAC AACATGAATAATGTCAAAGCTAACAAATCTGCTCATAAAGAATCTGTCCGTGACTTAAGTTTCTGTAGGACAGATTTGAA GTTCTGTTCGTGCTCTGATGATACCACTGTTAAAGTTTGGGACTTTGCACGCTGTCAAGAAGAGTCTTCATTAACTGGCC ATGGTTGGGATGTGAAGAGTGTTGACTGGCATCCTTCAAAATCTCTATTAGTATCAGGTGGGAAGGACAATCTTGTGAAA CTTTGGGATGCCAAATCAGGGAGGGAGCTTTGCTCATTTCATGGCCACAAAAATACTGTGCTTTGTGTTAAATGGAATCA AAACGGCAACTGGGTGTTAACAGCTTCAAAAGATCAAATAGTAAAGCTTTATGACATAAGAGCAATGAAGGAGCTTGAAT CATTTCGTGGACACCGGAAGGATGTTACTGCTTTGGCTTGGCATCCATTCCATGAAGAGTACTTTGTTAGTGGAAGCTAT GATGGTTCCATCTTCCATTGGCTTGTTGGGCATGAAACTCCACAAATTGAAATTTCCAATGCTCATGATAATAATGTGTG GGATCTTGCATGGCATCCGATTGGATACCTTTTGTGCAGTGGTAGCAGTGATCATACAACGAAGTTTTGGTGCAGAAATA GGCCGGGAGACACTGTGCGTGATAGATATAACAATGGCATGCAAGGATATCCTGAGCAAAATCCGGTTGCTGGTCGCATG GGTGGTAATTTTGCAATGCCTGAAGGCCCAACAACTCCTGGACCATTTGCCCCTGGGTTGACTCGAAATGACGGCACCAT TCCAGGTGTTGGAGTTGCCATGCCCTTATCTGTTCCTTCTCTTGATTTTTCTCAAGGGGAGCAGAAGCAGCCCCATCCTG CTTCAATGGGGGCTCCTCCTCTTCCCCCAGGTCCACATCCCTCTCTTCTTGCTTCTAATCAACAGCAACCATTCCAACAG AATCCACAGCAGATCCCACAACATCAACACCACCAGGCACTACCACAACAGTTGGGTCCTTTGCCTATGCCTCCAAATAT GCAACAGCTACAGCACCCTTCCCATTCTCCTTTGCTCCCTCACCAACATTTGCCCCGCCCTCCGCCCCAAATGCCACTTG GAATGCCAGGATCAATACCAGGAATTTCATCAGTGCCTACTTCACATCCAATGCCAATGCCAGGACCTATGGGGATGCAA CAAGGTGCAATGAATCAGATGGGCAATCCAATGCCGCAAGGTCCTTTTGTGGGCATGAATCAAATGCATTCAGGGCCTCC AAGTGGAGGGCCACCTCTTGGAGGTTTCCCAAACAACTTGCCTAATATGCAAGGGCCATCAAATACCAATTATCCTCAAG GTGCTTCCTTTAATAGACCTCAAGGTGGACAAATGCCCATGATGCAAGGCTATAATCCTTATCAGTCGGGAAATCAACCT GGTATGCCTCCGAACGCACAACCAGGAGGATCACACAATCAATGA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0319700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MMYNDPHNPQHQQHQHQQHQHQFQQQQQPQHFHHQQPGPEFHRGPPPPPPQQPHPPPMMRQPSASSTNLAPEFHHPGPGG PPPPHYDVHSDSHGAKRMRKHTQRKAVDYTSTVVRYMQIRMWQHDSSDRTVLQPTTAAAIDMLPAAGYPDNPSTSFAAKF VHTSLNKNRCPINRVLWTPTGRRLITGSQTGEFTLWNGQSFNFEMILQAHDQAIRSMVWSHNDNWMVSGDDGGAIKYWQN NMNNVKANKSAHKESVRDLSFCRTDLKFCSCSDDTTVKVWDFARCQEESSLTGHGWDVKSVDWHPSKSLLVSGGKDNLVK LWDAKSGRELCSFHGHKNTVLCVKWNQNGNWVLTASKDQIVKLYDIRAMKELESFRGHRKDVTALAWHPFHEEYFVSGSY DGSIFHWLVGHETPQIEISNAHDNNVWDLAWHPIGYLLCSGSSDHTTKFWCRNRPGDTVRDRYNNGMQGYPEQNPVAGRM GGNFAMPEGPTTPGPFAPGLTRNDGTIPGVGVAMPLSVPSLDFSQGEQKQPHPASMGAPPLPPGPHPSLLASNQQQPFQQ NPQQIPQHQHHQALPQQLGPLPMPPNMQQLQHPSHSPLLPHQHLPRPPPQMPLGMPGSIPGISSVPTSHPMPMPGPMGMQ QGAMNQMGNPMPQGPFVGMNQMHSGPPSGGPPLGGFPNNLPNMQGPSNTNYPQGASFNRPQGGQMPMMQGYNPYQSGNQP GMPPNAQPGGSHNQ 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 34 34 -
MobiDBLite 1 106 106 -
MobiDBLite 40 60 21 -
PANTHER 91 708 618 4.2E-235
SMART 153 197 45 0.12
Gene3D 160 320 161 1.9E-35
SUPERFAMILY 161 450 290 3.05E-75
ProSiteProfiles 165 460 296 59.453
ProSiteProfiles 165 197 33 8.804
CDD 169 450 282 4.57428E-67
SMART 200 239 40 3.5E-5
Pfam 205 238 34 0.0033
ProSiteProfiles 207 239 33 10.642
SMART 242 281 40 2.7E-5
ProSiteProfiles 249 290 42 10.876
Pfam 250 281 32 0.0014
PRINTS 268 282 15 7.1E-5
SMART 284 323 40 2.0E-8
Pfam 288 323 36 1.9E-7
ProSiteProfiles 291 332 42 16.423
PRINTS 310 324 15 7.1E-5
ProSitePatterns 310 324 15 -
Gene3D 321 459 139 3.0E-38
SMART 326 365 40 8.8E-10
Pfam 328 365 38 1.2E-7
ProSiteProfiles 333 374 42 13.85
SMART 368 408 41 5.0E-7
Pfam 371 407 37 2.5E-4
ProSiteProfiles 375 407 33 11.544
SMART 411 451 41 6.7E-6
ProSiteProfiles 419 450 32 11.411
Pfam 421 450 30 3.4E-4
PRINTS 438 452 15 7.1E-5
MobiDBLite 486 614 129 -
MobiDBLite 548 574 27 -
MobiDBLite 600 614 15 -
MobiDBLite 658 734 77 -
MobiDBLite 680 734 55 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0319700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…