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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0423000 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0423000.1 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class); TAIR: AT5G17680.1 disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class); Swiss-Prot: sp|Q40392|TMVRN_NICGU TMV resistance protein N; TrEMBL-Plants: tr|G7LHH8|G7LHH8_MEDTR Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class); Found in the gene: LotjaGi3g1v0423000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:83192226..83212757) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCCGTTAATTTTTTAGAATGCTCTAGAGGGTAGTTTTTTTTTGCTTTTCTGATATAAAAAGAAAACAAAATAACAATTTT TGCAAGCACTTTTATTATTTGAGCATTCCTTTTTCTAAAATCGAGTGAAACTAAATTAAAAGGAAGAAAAAATAAATTAG AAAAGAAACAGCCAAACAGGGGATAGTGTTTTTCATTATAACCTCAACTCAGGCGTTTCTTGATTTTCTTCAGTGGCAGA AATGGATTCCAAGCCAAAAGACTCGCCTTCAGGTATCATCTTTCAAAACCCTTTAATGTTCAATATTATTATTCGTTTAC AATGTTGTTATAGTTGATGATATCATAGATATTGAATCTTTCATCTGTTGCCATTTCTGATTTTGTGGCATTAATTAGTT TCAATTGATCTATCGAAAATTCATCCTCAAATTGAAATTTATGTCTATATACGATAATACCCATTGAGTTCTAGAGTTAG AAAGATTTATTTGTGGTGAGAGAATCTAAGGGAAGAAGGAACTGTGTGAAAACAGAGATTACCCTATCTTGTCTGTATCA TCTACCCTTTTTTATATCAATAACTGTGTAATAATAACTAATTACTAACTAATTTACTCACCCTTAACCGCCACAGAAAA CAAGAATCCATTCATGTCCTTTTGTTTTTGAATTCTTATGAGTTGTGTTCTTTTTTGTTGTGGTCATTGTGGGGGAATAT GAGTAGGTTATTTGATTTCTTATGTATCTTATCTTATTTGATTTCTTGGTATATATGGGGAATAACTTATGATATGATAT GGTCATATATTGCAATTGGATTTTTTTAATGATTTTGTTTAAACTCCATGTATTGTGCTTCTTGAAAGAAAACGAGGTCA AATCTCCAAACATTTTTGAGCGAGCTAAGGAGGAGATTGAGGCAGTTTTTCATCATGACAAGTCGCCTCACCATCAAAAA 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TTCAGGAGGTGGAAGTCATGAAACAAATCTTGTTAGAATACCAACAGACGTCAGGACAGCTTATTAACTTGGATAAATCA GAACTCTCTTTTAGCCGAAATGTTCCAGAAGATTGTAAACATGCCCTTCAGGGAAGATTGCAGATTAAGGCGGTTGAGAG TCACTCCAAGTATCTTGGTATGCCAACGTTTGTGGGTCGTTCGAAACAACAAGTTTTCAGTTTCATTCAGGAGCGGGTAT GGAAGAAGTTGAAAGGTTGGAAGGAGAAGTTCTTGTCAACAGCTGGGCGTGAAATTTTAATAAAGTCTGTGGCTCAAGCC ATCCCCACATACATCATGGGTTGTTTTTCCTTGCCGGTGGGTCTTTGTAACCATATTGAAAGTATGATTAGTAGGTTTTG GTGGGGGAGCAAACAAGGAGAACGGAAGATTCATTGGGTGAGTTGGGATAAATTGTGTGAACCTAAGAAGGAGGGTGGAA TGGGGTTCCTAAGTTGTAAAGCCTTTAATGATGCTCTCCTAGCCAAGCAGGGTTGGAGGCTTGCGAAATTCCCAAATTCT TTAGTAGCTCGCTGTTTGAAAGCTCGCTATTCTCCACGGTCTCACATTCTTAAGGCAAGCCAGGGAATTTGTCCAGCTTT ACGTGGAGGAGTATTCAGCAGGCTTGTTGGGTCATTCAGAGAGGGAGCTATTGGAAAGTGGGTGATGGTTATGCTATCAA TATTTGGGAAGATAAGTGGTTACCTACACAGGTTGGTCACAAGGTATGATCTCTAAAGCCAGTTTCTTGTGATATATCTC GAGCTTGTCAGCTAGTGGATAGAGATTCTGGTAAGTGGGATGATGCTGCTGTGCGGGCTCTATTTCTTCCGTTTGAAGCT GATCAGATTCTTCAAATCCCTTTGTTTAATCTTCACTGTGATGATGGCTTAGTTTGGGAGGCGACGGGGGATGGTTTTTT CACGGTTAAACCCGCTTATCACTGCATTCGCGAGTGGGATCGATTGGATGGTCCAGGCGTTTCTATGCCTCAATCTCCTG CAATCTGGTCCAAGCTTTGGAAGTTGCCAATCTTTCCTTGCCAAGCTCATTTCATCTGGCGTGTAATGCAGAATGCTATC CCAACTTGCTATCGGTTGTGGAATCGTGGTGTGGTGTGCCCCATCTGGTGCCTGAGGTGTGACGGTTGTGAGGAGAGTGT GGACCATGTTTTCAAGGATTGTTTCTGGAGCAAACGTTTTTGGTTTGGTTCAGCGTTGGGCCTGACCTGGAGCGATGATT CAGAGACTTCTTTTGTTGCTTGGCTTCAATCGATCATCCTCACTGCTCCCTCAGAGTTTGCAGCCATGGTATGTGCTCTT AGTTACTCTTTGTGGCGAGCTCTCAATCAAGCCCGTTTTGATGCCAAGATTGTGGATGAGAGGATTACGGCTGCTGCTGC TTTACAAGAACTAACAGATTTTCATATAGCTCGATCTTCCATTGATGCAACAGTCACAGCTCCTTGTGCGTCCTCTGATC GTCGATGGGTTCCCCCAAGTGAGGGTGTTTTGAAGATGAATTTCGATGCTGCACAGGTGGGTATGTGCTGGAGGACTGGT GTAATCTTTAGACGTCCGGATGGTGAGGCTTGTTTGTTGGCATCTTTGGTCTGTGATTTCAGTTTGGGTGTGGACTTTGC AGAAGCAATGGGAGTGTATCGTGGACTACAACTTGCGGCCTCCCATGGGTTCCCTTCCTTGGTTGTTGAGTCTGACTCTG ATCGTGCGATGCGTGCTGTGAATGGCTTGAGGGTGTATAACTCTTACTTGGCTGATCTGGTGGCCAAGATTAGGGGTCTA GTCTGTTCTTTTGTTTCATTGTCTTTTAAGCATGTTTTTAGGGAGGCAAATAGAGCAGCTCATTGCATTGCCAAGTACAG TCTAGTTCAAGGGGATAAGGTGTGGGTTGATAACTTTCCAATTTGTTTCATGTCTTGTATTCAGTAAGATATTTTGGCTT TCTTATTTCAATGAAATTTTATTTTCCGTAAAAAAAAAAAAAGACTTTAAGTCATATTGTAGCTAGTTGAATAATTAACT TGCGTTACTGTGAGATTATATTATTGTGGAATGTGAAGAGATTATTGATAGAGTTGATATTGATTGTAGAATGATTATGC TTAAGTTGTGAATGCTTCATATGGGTGCAAAAGTGATAGGGGAAGACTCCCAATTATTTTATGTATATCAGTGCAAGGGA AGTCATTTGAATCCAACTCAAGCAAGGAGCAGCGGCAGCCAACAAGTCGTGG
CDS sequence (LotjaGi3g1v0423000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAGTATGATCATGAAAAAGGCCTTGTTGGAATTGAGGAACATTGTGCAGCCATTGAAGGTTTTTCGCAAAAATTTGG AAGAATTGGAGTTTGGGGGATGGGGGGAACAGGTAAGACAACTATTGCTAGAGCTTTGTTTGACAAACACTCCTCCCATT ATGACAGCGTATGCTTCTTGAAAGACATAAGAGAAGAATCACAGAAGCACCGTGGGCTAGCATACCTCCATCATAAGCTT CTCTCTGAGCTACTAAAGGAACAAGTTACAACATCCAACATTTCTGAATCCTCACTCAGTAGTAGAAGAGTTCTGATTGT GCTTGATGATGTGGATAGTTCTGAGCAATTAGAGGCTTTGTTTGTTGGACTGGGAGAGCTGGGAGAAGGCAGCAGTCTGA TTGTAACAACAAGAGACAGACATTTGCTTCATGAAAAAATAGTTGATAAGATACATGAGGTCAAGCCTTTGGACTCTAAA AAGTCGCTTGTGCTCTTCAATTTGGGAGCTTTCAAGAAAAGGGAACCAGCTGATTCTTTTTATCAGGACTATTCGCAAAG GGTAGTTAAATATGCAGAAGGCCTTCCATTGGCTTTAAAAATTTTGGGTTCACACTTTTATGTCATCAATCAAAGAGAAT GGTTTTCTGAAGTGGGTTATTTGGAGAACAGGTCTAAATCCTACAAGGATATTCTAGACAAGTTAAAAGTGAGCTATAAT GGATTATCAAGGCAAGAGCAAGCAATATTTCTGGAAATTGCTTTCTTTTTCAAGGACAGAAAAGAAGATTTTGTCATAAA AATACTAGATGCCTGTGGTTTCAATGCTACATCTAGTGTAATGGAAGTCCTTAAAGACAAATCTCTTATAACTATATCAA AGAGCAATACTATACAAATGCTTGACTTTCTACAAGACATTGCTTTTGATATAGTTGAAAATGATGTAACAAACCCTAGA AGAGGCATCCTATTGAGAGATAAGGGAGTTAATAGTCTTGACTGCGGCCCTGATGGAACTTCAAAAGTTGTTGAAGGAGC ATTGTTAGATTTGTCTCGTTACGATAGGTTTAAACTCAATGCTGGCATTTTCAATTTGCCTAAATTAAAAATTCTTAGAT TTTATGTCCCTGGAGAAGCTATCAACCCGTATCTCTTTCAGACCCGATCTCCTCAGTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0423000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQYDHEKGLVGIEEHCAAIEGFSQKFGRIGVWGMGGTGKTTIARALFDKHSSHYDSVCFLKDIREESQKHRGLAYLHHKL LSELLKEQVTTSNISESSLSSRRVLIVLDDVDSSEQLEALFVGLGELGEGSSLIVTTRDRHLLHEKIVDKIHEVKPLDSK KSLVLFNLGAFKKREPADSFYQDYSQRVVKYAEGLPLALKILGSHFYVINQREWFSEVGYLENRSKSYKDILDKLKVSYN GLSRQEQAIFLEIAFFFKDRKEDFVIKILDACGFNATSSVMEVLKDKSLITISKSNTIQMLDFLQDIAFDIVENDVTNPR RGILLRDKGVNSLDCGPDGTSKVVEGALLDLSRYDRFKLNAGIFNLPKLKILRFYVPGEAINPYLFQTRSPQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 6 | 251 | 246 | 1.38E-48 | ||
| Gene3D | 9 | 150 | 142 | 2.1E-25 | – | |
| PANTHER | 9 | 372 | 364 | 2.3E-84 | – | |
| PANTHER | 9 | 372 | 364 | 2.3E-84 | – | |
| PRINTS | 28 | 43 | 16 | 8.0E-18 | – | |
| Pfam | 28 | 207 | 180 | 1.4E-25 | ||
| PRINTS | 98 | 112 | 15 | 8.0E-18 | – | |
| PRINTS | 192 | 206 | 15 | 8.0E-18 | – | |
| SUPERFAMILY | 230 | 314 | 85 | 5.17E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | ADP binding | Interacting selectively and non-covalently with ADP, adenosine 5'-diphosphate. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0423000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…