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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0083200 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0083200.2 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Nck-associated protein 1; TAIR: AT2G35110.2 transcription activator; Swiss-Prot: sp|Q5S2C4|NCKP1_ARATH Protein NAP1; TrEMBL-Plants: tr|B7ZGK2|B7ZGK2_LOTJA Nck-associated protein 1; Found in the gene: LotjaGi4g1v0083200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:10884663..10899837) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGCCGAGAAAGATGTTGCTACAGACATATAACCTTCTACATGTAATGTCAAGAAATGAGCGGGACTGTGATTTTTATCA TCGGTAGGATATTCTGATAAGTTTAAGTCTTTGTTTGTTTCTGGTAATAATTGAGAGGTGTACATGTGTTCATACACTTA CAGGCATAACATGTTGTATAATCTAGTTTCTTTGTAAAAAGACTTTCTATATCCAGAAAATATATTAAGATATTTGCATA AAACATATCTCAAACAAATTCTGAGGAGACATTTTGCTTGTCCATTTATGCATACATGGCTTATGAGTAATGTTACTGAA GCCCAGCCCAAAATAAATAATTAATGGATGGGATTGTTGAGGAGTTGAGTTTCGAAAGATTAAATTGGCATAATAAATCC CTAAGGGATGAAAATTGATACAGTTTGGTGAAAAATGAATTTTATGCCTATTTTAATGCTAAAGTCTTTTTCTGATATAT GATTTTTACCTTACGATTATCAGTTAATTTTTTTATTTACTTTTTAGAAAACAAATATTCATTATTTCAATCCTTACATG TTTCTTTCTCTGCTTTACAGCTTGGTTCAGTTCATTGATTCTTATGATCCACCTCTAAAAGGCCTACAGGAAGACCTAAA TTTTGTGAGCCCTCGTATTGGAGAGGTTAATATTATCCTTTTAAGTATAACTTTGATACAAATAATAGTTAAATACATAT TTAAAGATAATGAGGACGTTTTCTAGTTGTCTAACTAATTCTTTTTCTTCAGGATTCTGTCTTTTCATGAGTTGGTATAG CCTTCATATTTGTAGCTTTTCAAAAGTTAAAACCTAGACCTAGAGTGTTCAGTTGTTAATTAAAAACTGACATTAGAATA ACTTCTTCTTCCAGGTGCATTATGATTTTTGTCCAAGATAAACTGACAAAACCAGTTAATAATGTTTTCAATGAATAAAA 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CCTGAATTAGCAAGTCATACGTCAGCTGAAGCAAGTATCAAGTCCACGCTGCAGTTATTCGTGAAATTCTCTGCAGAGAT CATACTGGATTCTTGGAGTGAAACACAAAGGTAAAATACATATGATTTTTGCTTAAATCACAAATGGTTGTTTACTATAT ACACTCATATTAATTAGGTAGGATAATGCTGCCATATATTATGGCAGAATTTCATCTGTGGCTCCACATAAACTTTTTTT CCCTTTCACTTTGTTGATTCCTCTAAGATGCGTTATGTTTGGATTTATGTGCAGAGCTCATCTTGTTGCCCAGCTCATCT TCCTAGACCAGCTTTGTGAGATTTCACCATACCTTCCACGAAGCTCACTGGAAACCCATGTTCCCTACGCCATTCTCCGT TCAATATACAGCCAATACTATGCAGACACTCCATCCACTCCATTGGCAATGCTGAATGCATCACCGCGTCATTCACCAGC TATACTGCTAGCGCATGCTTCTCCTGGGCTGAGGCATCCTCGTGGAGACTCCACACCACCGTATTATGGCAATGATTCCG GATACTTCAAAGGCGGCTCATCATCACATAGTCAGGAGCACCTCTATGATGCTGATATTGGCAGCATAAGAAACACTCGT CGTTCCGGGCCATTGGATTATAGTGCAAGCCGTAACAGGGTCAAATCTGTTGAAGGCTCAACTTCTGGGAGTACTGGGCC TAGTCCACTTCCTAGATTTGCAGTATCTAGATCTGGTCCATTAGCATATAAGTAG
CDS sequence (LotjaGi4g1v0083200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCCGAGAAAGATGTTGCTACAGACATATAACCTTCTACATGTAATGTCAAGAAATGAGCGGGACTGTGATTTTTATCA TCGCTTGGTTCAGTTCATTGATTCTTATGATCCACCTCTAAAAGGCCTACAGGAAGACCTAAATTTTGTGAGCCCTCGTA TTGGAGAGGTACTAGAAGCTGTAGGCCCTATAATATTTCTATCAACAGACACTAGGAAACTTAGAAATGAGGGGTTTTTA AGTCCATATCACCCTCGGTATCCAGATATACTCACTAATTCTGCTCATCCGCTGAGAGCACAAGATCTAGCAAATGTAAC TGCATATCGAGAATGGGTGTTATTTGGGTATCTTGTCTGCCCTGATGAGCTGCGTCGTGTCACTAGCATTGATATTGCTT TGGTTGTATTGAAGGAGAATCTAGTCCTCACATTATTCAGAGATGAGTACATACTTTTGCATGAGGATTACCAGTTGTAC GTTCTGCCTCGGATATTAGAATCCAAGAAGATGGCAAAATCTGGGCGTACTAAGCAAAAAGAAGCGGATTTGGAATATAA TGTTGCGAAGCAGGTTGAGAAAATGATAAGTGAAGTGCATGAGCAAGCAATATTATCTTGTGATGCCATACATCGTGAAA GGAGAATTTTACTGAAACAAGAGATTGGGAGAATGGTGCTGTTTTTTACTGATCAGCCCAGTCTACTGGCCCCTAACATC CAGATGGTGTTTTCTGCCTTGGCTTTAGCGCAATGTGAAGTGATCTGGTTTTTCCAACATGTAGGAGTTGCATCGTCAAA GTCTAAAACTACTCGTGTGGTACCAGTGGACATAGATCCAAATGATCCAACCATTGGATTTCTGTTAGATGGAATGGACC ATTTATGTTGCTTGGTGCGCAAATACATTGCAGCAATCCGAGGTTACTCATTGTCGTATCTTTCATCCTGTGCTGGAAGA ATTCGGTTTTTACTGGGTACCCCTGGAATGGTGGCTCTTGATATAGATGCTTTTTTGAAAGGACTTCTTCAGCAAATCGT CCACCACCTTGAAAACCTTCCAAAACCACAGGGTGAAAATGTATCTGCTATCACTTGCGATCTTTCGGATTTTCGCAAGG ATTGGCTTTCAATTTTATTGATAGTCACATCTTCCCGTTCATCTATAAACATTAGGCACTTGGAGAAAGCTACAGTTTCC ACTGGCAAAGAAGGCTTGTTATCAGAGGGGAATTCTGCGTACAATTGGTCCAGATGTGTTGATGAATTGGAATCCGTACT TTCAAAGCATGGCAGTCTTAGGAAGCTCTACTTTTACCACCAGCATCTCACGGTTTTTAGAAACACAATGTTTGGTCCAG AAGGACGTCCTCAACATTGCTGTGCTTGGCTTGGGATTGCTAGTAGTTTTCCGGAGTGTTCATCTCCCATTGTTCCAGAA GAGGTTACAAAAATTGGCAGGGATGCTGTTCTCTACGTTGAATCTCTGATTGAGTCCATCATGGGAGGATTGGAAGGATT AATAAATATTCTTGACTCTGAAGGAGGATTTGGCGCCCTAGAGAATCAGCTTTTTCCAGAGCAAGCGGCTTCACATCTGA ATTATGCATCAAGAGTTGCCATTCCATCATATAAATCTCCAAAAGGGACTGCTGGTGTTCCCTTACCTGGCCATGAAAGT TATCCTGAAAATAATAATTCTATCAAAATGTTAGAAGCTGCAATGCAGAGGTTGACCAATTTGTGCTCAGTTTTAAATGA TATGGAGCCTATTTGTGTTTTAAATCATGTCTTCGTTCTGAGAGAGTACATGAGAGAATGCATTCTTGGCAATTTCAGAA GAAGATTGCTTGGTGTTCTGAAAACTGATAATGATCTTCAGCGGCCCTCTGTTCTGGAATCACTGATTCAGAGGCATGTT AGCATTATGCATCTTGCTGAGCAGCACATCAGCATGGACATCACTCAGGGTATTCGTGAAGTACTGCTTTCAGAAGCCTT TTCAGGGCCAGTTTCTTCTCTACACTTGTTTGAGAAGCCAACAGACCAGCATACAGGATCGGCCACTGAATCTGTATGCA ATTGGTATATTGAAAACATAATCAAGGATGTATCAGGTGCTGGAATATTGTTTGTTCCAATTCATAAATGCTTCAGGAGT ACAAGGCCTGTTGGTGGATATTTTGCAGAATCAGTCACTGATCTCAGAGAACTGCAGGCCTTTGTACGTATTTTTGGTGG CTATGGAGTAGACCGGCTAGACAGAATGCTAAAAGAACATACAGCTGCTCTTTTAAATTGCATTGACACCACATTGCGAT CAAATCGTGATGTGCTAGAAGCAGTTGTTACCAGTTTGCATGCTGGTGATAGAATTGAAAGAGAAGCGTCTATGAGGCAA ATAGTTGATCTGGAAACTGTGATTGGCTTTTGTGTTCAAGCTGGCCTAGCCCTGGCTTTTGATAGGCTACTAGCTGAGGC TTCTGGTGCCATACTTGAAGAAGGCGCTCCCTTGATACATTCACTGCTAGCTGGGATGGTTAAGCATCTACCTGATGGAG TACCAGAAAAGGAAGAGATCAGGAGAATGAGATCAGTAGCAAATACTGCAGGTGTTGTAAGTGATCATGATTCAATTTGG GTAAGATCAATTTTAGAGGAAGTTGGTGGTGCAAGTGATGGGTCATGGAGCTTGTTACCTTACTTATTTGCCACGTTCAT GACATCTAATATTTGGTCCACAACAGCATTTAATGTTGACACAGAGGGTTTTAGTAACAATATCCATTGCTTGGCAAGGT GCATTTCTGCAGTAATTGCCGGAAGTGAGTTTGTCAGATTGGAACGTGAATATCAGCATCGACAATCTTTAACAAATGGG CATGCCGAGGGAATGGATCCTGAATTAGCAAGTCATACGTCAGCTGAAGCAAGTATCAAGTCCACGCTGCAGTTATTCGT GAAATTCTCTGCAGAGATCATACTGGATTCTTGGAGTGAAACACAAAGAGCTCATCTTGTTGCCCAGCTCATCTTCCTAG ACCAGCTTTGTGAGATTTCACCATACCTTCCACGAAGCTCACTGGAAACCCATGTTCCCTACGCCATTCTCCGTTCAATA TACAGCCAATACTATGCAGACACTCCATCCACTCCATTGGCAATGCTGAATGCATCACCGCGTCATTCACCAGCTATACT GCTAGCGCATGCTTCTCCTGGGCTGAGGCATCCTCGTGGAGACTCCACACCACCGTATTATGGCAATGATTCCGGATACT TCAAAGGCGGCTCATCATCACATAGTCAGGAGCACCTCTATGATGCTGATATTGGCAGCATAAGAAACACTCGTCGTTCC GGGCCATTGGATTATAGTGCAAGCCGTAACAGGGTCAAATCTGTTGAAGGCTCAACTTCTGGGAGTACTGGGCCTAGTCC ACTTCCTAGATTTGCAGTATCTAGATCTGGTCCATTAGCATATAAGTAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0083200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MPRKMLLQTYNLLHVMSRNERDCDFYHRLVQFIDSYDPPLKGLQEDLNFVSPRIGEVLEAVGPIIFLSTDTRKLRNEGFL SPYHPRYPDILTNSAHPLRAQDLANVTAYREWVLFGYLVCPDELRRVTSIDIALVVLKENLVLTLFRDEYILLHEDYQLY VLPRILESKKMAKSGRTKQKEADLEYNVAKQVEKMISEVHEQAILSCDAIHRERRILLKQEIGRMVLFFTDQPSLLAPNI QMVFSALALAQCEVIWFFQHVGVASSKSKTTRVVPVDIDPNDPTIGFLLDGMDHLCCLVRKYIAAIRGYSLSYLSSCAGR IRFLLGTPGMVALDIDAFLKGLLQQIVHHLENLPKPQGENVSAITCDLSDFRKDWLSILLIVTSSRSSINIRHLEKATVS TGKEGLLSEGNSAYNWSRCVDELESVLSKHGSLRKLYFYHQHLTVFRNTMFGPEGRPQHCCAWLGIASSFPECSSPIVPE EVTKIGRDAVLYVESLIESIMGGLEGLINILDSEGGFGALENQLFPEQAASHLNYASRVAIPSYKSPKGTAGVPLPGHES YPENNNSIKMLEAAMQRLTNLCSVLNDMEPICVLNHVFVLREYMRECILGNFRRRLLGVLKTDNDLQRPSVLESLIQRHV SIMHLAEQHISMDITQGIREVLLSEAFSGPVSSLHLFEKPTDQHTGSATESVCNWYIENIIKDVSGAGILFVPIHKCFRS TRPVGGYFAESVTDLRELQAFVRIFGGYGVDRLDRMLKEHTAALLNCIDTTLRSNRDVLEAVVTSLHAGDRIEREASMRQ IVDLETVIGFCVQAGLALAFDRLLAEASGAILEEGAPLIHSLLAGMVKHLPDGVPEKEEIRRMRSVANTAGVVSDHDSIW VRSILEEVGGASDGSWSLLPYLFATFMTSNIWSTTAFNVDTEGFSNNIHCLARCISAVIAGSEFVRLEREYQHRQSLTNG HAEGMDPELASHTSAEASIKSTLQLFVKFSAEIILDSWSETQRAHLVAQLIFLDQLCEISPYLPRSSLETHVPYAILRSI YSQYYADTPSTPLAMLNASPRHSPAILLAHASPGLRHPRGDSTPPYYGNDSGYFKGGSSSHSQEHLYDADIGSIRNTRRS GPLDYSASRNRVKSVEGSTSGSTGPSPLPRFAVSRSGPLAYK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1050 | 1050 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1050 | 1050 | 0.0 | ||
| Pfam | 2 | 1046 | 1045 | 0.0 | ||
| Coils | 568 | 588 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 1071 | 1162 | 92 | - | – | |
| MobiDBLite | 1131 | 1149 | 19 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0083200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…