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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0083200 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0083200.4 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | NAP1; TAIR: AT2G35110.1 transcription activator; Swiss-Prot: sp|Q5S2C4|NCKP1_ARATH Protein NAP1; TrEMBL-Plants: tr|B7ZGK5|B7ZGK5_LOTJA Nck-associated protein 1; Found in the gene: LotjaGi4g1v0083200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:10884663..10903510) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GGATATGAAATGTGATATATAATGGCATTGTGAAGTGAGACAAGTTAATTGGTGTTGGTCATGAGTTTGATTTCTGGAAA ATTTATTTGATGTGTAGAGGCTTATTATAAGTTCATGGCAAGGTCAAGGCAAAAGTTAATAAACCAGGATTCGTCGCTGT CACCTACCGCGGCGAGATCGAGGGAGTTGGATGGTCCGTCGCGATGGGCGGACTACCTTGGACCTGATGTGTCCTCTCCA GTGTCGTCTACCAGCTCCAGGAATTTGTTTCATGATGGACAGTCTCAGGGAAACACACCGTCGTCGCAGTCCGGCAAGGG TCTTAACATGCAGTGGGTTGTCCAGCTCACTGAAGTTGCTGAGGGTCTTATGGCTAAGATGTATAGGTTAAATCAGCTTT TGGATTATCCGGATCCTGTTAATCATGTGTTTTCGGACGGGTTTTGGAAAGCCGGTGTGTTCCCTAACCATCCTAGAGTC TGCGTGTTGCTGTCGAAGAAATTTCCAGAACACTCCAGCAAGTTGCAGATTGAACGCGTAAGAAGTGATGTCTGATATGC TTTACATTTTCAATGTTAATTAAGGTCTCTGTGGTTTTTAATATTTTGGAAGAAAACGAATGCAGATAGATAAGATTGCT TGGGACTCGATGCAAGATCATGCAGAACTTCATTTACAGAGCTTGGAACCATGGGTGCAGGTGCTACTTCTATACTGGTT CTTCCATTTATTCCCCATTCATAAACTGCAAGCAGTTAATTGAAGGTTTTTCAGTTTTCAATTCCAACTGCATGCCCTCA TGTTAGATATAGAAGAACCATTCATGTGACTTCATCCTACGACTTAAAACTTTTATGTTAGTTTGATCATGATATAGTGT CAAATTCTCTATGATCACACGCTCTAGATTTTTATTCTTATTGCAACATTTCTTCTCAGTAGAAATAAAATTTCATTGTA 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TATTAATTAGGTAGGATAATGCTGCCATATATTATGGCAGAATTTCATCTGTGGCTCCACATAAACTTTTTTTCCCTTTC ACTTTGTTGATTCCTCTAAGATGCGTTATGTTTGGATTTATGTGCAGAGCTCATCTTGTTGCCCAGCTCATCTTCCTAGA CCAGCTTTGTGAGATTTCACCATACCTTCCACGAAGCTCACTGGAAACCCATGTTCCCTACGCCATTCTCCGTTCAATAT ACAGCCAATACTATGCAGACACTCCATCCACTCCATTGGCAATGCTGAATGCATCACCGCGTCATTCACCAGCTATACTG CTAGCGCATGCTTCTCCTGGGCTGAGGCATCCTCGTGGAGACTCCACACCACCGTATTATGGCAATGATTCCGGATACTT CAAAGGCGGCTCATCATCACATAGTCAGGAGCACCTCTATGATGCTGATATTGGCAGCATAAGAAACACTCGTCGTTCCG GGCCATTGGATTATAGTGCAAGCCGTAACAGGGTCAAATCTGTTGAAGGCTCAACTTCTGGGAGTACTGGGCCTAGTCCA CTTCCTAGATTTGCAGTATCTAGATCTGGTCCATTAGCATATAAGTAG
CDS sequence (LotjaGi4g1v0083200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCAAGGTCAAGGCAAAAGTTAATAAACCAGGATTCGTCGCTGTCACCTACCGCGGCGAGATCGAGGGAGTTGGATGG TCCGTCGCGATGGGCGGACTACCTTGGACCTGATGTGTCCTCTCCAGTGTCGTCTACCAGCTCCAGGAATTTGTTTCATG ATGGACAGTCTCAGGGAAACACACCGTCGTCGCAGTCCGGCAAGGGTCTTAACATGCAGTGGGTTGTCCAGCTCACTGAA GTTGCTGAGGGTCTTATGGCTAAGATGTATAGGTTAAATCAGCTTTTGGATTATCCGGATCCTGTTAATCATGTGTTTTC GGACGGGTTTTGGAAAGCCGGTGTGTTCCCTAACCATCCTAGAGTCTGCGTGTTGCTGTCGAAGAAATTTCCAGAACACT CCAGCAAGTTGCAGATTGAACGCATAGATAAGATTGCTTGGGACTCGATGCAAGATCATGCAGAACTTCATTTACAGAGC TTGGAACCATGGGTGCAGCTGCTTCTTGACTTGATGGTATTCCGTGAACAAGCCCTGCGACTTATATTGGATCTTAGTAG TACAGTAATTACGTTGTTGCCCCATCAGAATTCTCTCATACTACATGCATTTATGGATCTCTTTTGCTCCTTTGTGCGGG TTAACCTGTTTTCCGAGAAGGCAAGTTAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0083200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MARSRQKLINQDSSLSPTAARSRELDGPSRWADYLGPDVSSPVSSTSSRNLFHDGQSQGNTPSSQSGKGLNMQWVVQLTE VAEGLMAKMYRLNQLLDYPDPVNHVFSDGFWKAGVFPNHPRVCVLLSKKFPEHSSKLQIERIDKIAWDSMQDHAELHLQS LEPWVQLLLDLMVFREQALRLILDLSSTVITLLPHQNSLILHAFMDLFCSFVRVNLFSEKAS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 68 | 68 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 20 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 39 | 68 | 30 | - | – | |
| PANTHER | 66 | 220 | 155 | 8.7E-58 | – | |
| PANTHER | 66 | 220 | 155 | 8.7E-58 | ||
| Pfam | 78 | 220 | 143 | 1.4E-25 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0083200.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…