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LotjaGi4g1v0264100.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0264100
Transcript ID LotjaGi4g1v0264100.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Histone deacetylase; TAIR: AT3G18520.1 histone deacetylase 15; Swiss-Prot: sp|Q8GXJ1|HDA15_ARATH Histone deacetylase 15; TrEMBL-Plants: tr|A0A072UQH9|A0A072UQH9_MEDTR Histone deacetylase superfamily protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0264100
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:62804756..62817095) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CGAGTGAGTACAGTGAAGTTTGCACAGTGATTCGCCGCTGGTTTGAACCGGTTTCTCGTAAGTAACCCTCACTCTCTCTC ACTCTGTCTCTGGTTCTGCTTCTGCTTCTGTGTGCGCTCTCGTTTCACCCTCTCTCTTTTCAACGCTTCGATTACGCACC CAGATCTCACTATCAACCCTTTTCCTTCTCGTTCTCACTTCGTTGCAACCGCTTCGCTACTTCATCTTCTCCGTCTTCCC TTTTTCCTGGTTCAATTTCTTTCCTCTATGCTGTAGCTTCAGCTGGGTAAGCAAAATGCCCCACATGGCAAAATGTTCCA CTTCTTTTCGGTTCTGCATGCCCCATTTTTGTGTGATTTTGGCTTACTTTGAGTGTTCGTAACTGCTAGGTTTTGTTGGG TACTGAAAGCCCTAGAAATGAGTCACACAACAAGCAGGAAACCTCAGAACGGTCATCACAAGCAAGACGATTCACCTTCT GCTGATGGGTCTGTTGGAAAAGGAGAGAACTCGCTCTCTGATGCAGCTGCAGCAGTAGCAGACTCTGACACCCTTCAACC TGAAGCCAAGGTACTACTTGATGCTGTTTGTTTTTGCTGTATTGGAGCACCATTGTTTTATTTTGCCAGTTTCTGGGTTC TGTTCAATGTGTAACTGTGTGCAGCTTCTAAAGTATGCTACTGGTTGTGTTTTTTTGCAGCAGAAAAGGGCCAGGGTGCA GAAGGAGTTGACTTTTCAGGACATTTGTCAGAATCAAGACATATTTGACGATGACGATGAGGATGACATTGATTGGGAGC CGGTTCCGGTTCCACTGGAGGAGGTTGTGGAAGTCACAAAGTGGGTCTGCAAAAATTGTACCGGGATTAGCCTCAGTCAT TATGACTGTTGTATGGTATGTTTGTAATTTACCTTTCCATTGTTTGCCATTTTTGTAGGAAGTCTTAGTGCATGTTTGGT 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GGATGGAGTAAATATTGCTTTGATGAATCAAACTCGGATAATGTTGTTGGCAAGTGGAGTTGGGGCTTTGTGAGTGGTAA TTTTGCCTGTAGATATGATTATTGGTTTTATAGGTTTTGTGGATGGGAACTGGTGATTTAGATTTCAACATAATGTTCCC CTGTAAACTTTTTGGAAGGTGATCTGCTGATGAGGATATACCCTATGCTTGGTATGGAACTTATGACCTGATAATGGTAT GGCTGTTATTGCCATGTGCTTTTGGTCTAGGGGCTTTTTAGTTTGCCTTACTATCTGCTTTTCTGCGCTCTTGTTGAAGC ACTCTTGGGTATATCCTTACATCCGTAATGTCCTTACCTGTTTGGAAGAAATGTCCTTACATTACATCCGTAAATAGGCA TGACAATTAAACCGAACTCGTGGGTATCCAGAACCCGACCCCGATTTTGACTGGGTTTTTCTTCTTTCTGGAAAAACTGA ACCCGAACTTGGGGAAGCGGGGAGGGGTTTGGGGTTGCTAATACCCACCCTGTTCCCGAACCCACTCTGACATACTAATT ACATATTTTGAATTATAATAATTGTCAAATAATAATATTTAACTCATATTTTGCTAAAACTATAATTTAATTCTAAACTT ATATTTTTAAGATTCTTGACAACTATTTTAATAAATTATTTTAATTAAAATGTCTTTGCTTTATGAATTCTTTGAATTTA TGTAAGTTAATAAGATTAAATTAAATTATTTAATATTAAGGAGGACACGGGTTCCCCGACCCGCCCCGTTCTTTACGGGG TCGGGGATGGGGAGAGCTAAACCCGACCCCGGGCCTTGTTGCCATGCACATCCGTAAAAGTCTCATCTATTATGCCCCTA ACATCTTTTTTTCATGCTCAACCTTTACAATCTTTTGACTATTGTGTTTCATGAATTATAGGAGGAATGCTGGCTAAAGT GTTTGAATTTTGAGAAAGTGGTCTAAGTTCATCTTCCATCTTTTCAGGTTGGTAGTATGGGGGCAGAAGGGTACTGTGTG AATATTCCGTGGAGTCGAGGAGGAGTGGGTGATAATGATTACAGTTTTGCATTTCAGCATGTTGTCCTTCCTATAGGTTA GTTATATTGTGGTCTATTGAAATTTAATAAATTTAATTTCTCGAAGTTTATTGGTTGATGAGAAATGCTACCAACACTCA CTTTTACACTCTCTTCTTACACTCTCTCCTTTTAGTGGTTGAAATTCATGTGGTATTAACTTAATTATATGGGCCTCACT CCCCATTTAGTGGGATCTCCTTGGATTTCACCAATAAAAGATTTGTAGTGAGTGTTATTACCATTCCTCTTGTTAATAAT CTCTTAATCATAGCTTGTATTAAGAAAATAAACAACTGATGAATAAAACGAGCTTTAAGGTCAGGCATTTGTTTTGTTTT CTATTTCGTGCCCCCCCAACCACCACCACAAACAACATGCACATACACGTAGAAAAAATCTTAAGGATTTTTGCATGAGC GAAGATTCAGTTAAGACTTGTACTGTTGTAGGTCTCAGCTCAGGACCTCTGCTAGTTCCCGACCCCCAATTAGTTAGTCT GTCCTCAGTTAGTTACTCTGCTCATTATTCAGTTACTTAGAATTAGACTAAGTAGAAGAGTTAGTACTTAGTACATGATG TATATGATCCGGACCCAAGGCCCAATATCACTGAACTGAAGTATATGTAGCAGAGTTTAGAGGGTCCGATACACCTGATC AGGTCTAGGAGAGAGAATACATAACTAACTCCCTAGTTTGCAGTAGTGGGTGCGGAATGCTTGAGGTTTCTGTAGTGATG AGAGTGTATAAGCTTGGGAAGGCTTTGTGATGAGGTAGGCTGATGTTAGGACCCCATTGCAAGGTATGGGACTTGAGTCC CACATTGGAAGTATGGGATTCTAATGTGGGGTTTATAAGGCCTTGGGCTCTCCAACTACAACAGCTAGCTTTTGTGGTGT GGTTATCCCAAGGTTCTTATCAATGGTATCAGAGCCTTCCACCATGTCTCTGAGCTGCAAACGAGCGGCGCGGGTGGTGA CGCCGGCATTGCAGTGTTCGCCCGGGACTAGTCGTGGGGCTAGTGCACAGCCAGCCCGCGTGGGCGCCGGGGCTGCGGAG CGTGGTGGGATGTTAGGACCCCATTGCAAGGTATGGGACTTGAGTCTGATGAGTACTTGGAGTTAGTTAGTTAGTTAAGG GTTAGCATTTAGAGTTGGTTAGTTAGTTATGGCTTAGCCTATAAATAAGGGAGTGTGAAGAGGGTTTAGGTATCTTTGAG ATCATTTGGGAATTGGGAATTAGGAGAGTGATGAGTCTCTCGAATACTCATCTGTTTCTTGTACATTTTTCTGTTGAATA ATATCAGGGTTTCATCAATTGGTATCAGAGCACCGATCTAGGTGCTGTGATTGCCATCAATTCGTGAAGATGTTTCCAGA ATTTGATGGAAGAGAGGCCTACGGATGGCTCATTATGGTGGAGCAACACTGTGAGGCCAAGGGAGTATCCGAAGAGGAGA AATTCTCAGGGGCAGAGAAGGCTTTGACTGGTGAAGCTTTCATGTGGTGGTTTTGCTGGAGAAGACGCAATCAGAAGGCA ACATGGTGGGAATTTGTGGAGGCTCTGTTGAGGAAATTCGAACCAGAATTGGAACCGTACATGCCAGAACCAGTCCAAGA TTCAGAGGAGGAAGAAATCCCTGGGAAGCAAGAAGTCTTGGAGGCAGAACGAAGAACTGTTGTGGTGGAAGCCAAACCTG AGGCCAATTCAGTGCTGTTGGCGAAATCAGAGATCAAGCCATATTCGCCGGAGAATTCTGAGATGGAAGCGTCGCGGAAA GACTCGGAGTTTGCAATGGCGGCGGAGCAAACAGCGGAGGTGTCACGGTGTCAACCGGTCACCGTGGTTGATTACATCGA TTGCACGTTGACGGCGAAAGGAGAGAAGATCGACGCCGAAGGGGAAATCAAAATCAAGCGGTTACAGGAAGGTTCTTCAA TGGAGAAATGGCAGATTTGCAGCATTCATGGGAGGAAGAAGGTGCAACCAATCGTTTTGCCCCAAATCAGTGATTTAGGG TTCGATTGGGAGAGACGGCCGCCGCGGAAACCGCCGGATTCATGTCTCTGCACGGCGGTAACCGCCAATCGACTGCCGGA CACGTTCTTTTGCTGGACGGAGGTCTTCATTCAGACCTCTGTTCTTTGCTCTTCGATGGTTGCCATTCAACTGGAGACTA AGCCACCAGACCGCAGTGGTGGCAGCTCACACTTCATCCTTGGCGATTCTTGCAGATCGGACTTGGTGGCCAACCGTCCT CCAGCTAAGCCACCGGATTTGGCTGAGACAGCGGTGGTGGGATACTGTGGCCTCGAGTTAGTTCGCGCGGAGGAGAGTAA AGGGCGCTCGCTCATTCGCAAGTCAGTAACCGTTTCACGGCCGCCGGCGAAGCCACCGGACTTTGCAGTTATGGCGGGGG ACGCTCGTTTCCGTCGTCGCTGGTTGGGTGTGGTCTTTCCGTTGTCTTCACACACACACGCGTTCACACGAAGCAGAGCA AGGCTGGCTCAGCTAGATTTTTCAGAATTGGGTCAAAGTTTGACCACAAGGCCAAAGCCCATAATGCTAAACAGAAGGAA CGGGCCCAAGAGGAACTTTTCTTTCTCAATCATCTACAGACCAGTTCATTCCCTTACTCTAATGGGCCAGGCCCAACTGT TGGAGTATTTGTTTTTTGTTTGTTTAAAGAAGCTTGTGTTTTACCCCACCTTGAGGACAAGGTGGATGTTTAGGGGGGAG TATTGATGAGTACTTGGACTTAGTTAGTTAGTTAAGGGTTAGCATTTAGAGTTAGTTAGTTAGTTATGGCTTAGCCTATA AATAAGGGAGTGTGAAGAGGGTTTAGGTATCTTTGAGATCATTTGGGAATTGGGAATTAGGAGAGTGATGAGTCTCTCGA ATACTCATCTGTTTCTTGTACATTTTTCTGTTGAATAATATCAGGGTTTCATCAGAGTCCCACATTGGAAGTATGGGATT CTAATGTGGGGTTTATAAGGCCTTGGGCTCTCCAACTACAACAGCTAGCTTTTGTGGTGTGGTTCTCCCAAGGCTCTTAT CAGCTAGGTTTGGGATTGGGACTATGGTCAAGGACATTTTCATTTGCTTCTCTACACTTGTACGCAGATTGCTATACCCA GGACCTGTGATCACTTGATTCAGGTTTGTTCAATACAGTTTTCTTCTTCATCTCATCTATTTCTTTCTGGTTCCTATCAG TATATCAATATATTGGAGAGAGGGATAAAAGGGTCTAGTTAGGAATTTGAGTGAAGGATTGGATCCTTTGGAAAAGGGCG GTGCAGGCCCCTCGAAGTTCTGCTACACCCTTTTGTAATTTTGGGAGATTTCCCCTATTTCTTTGGTACACAATTTTATT AACATCCTTAACTATTTGTCAAGAAGGTGATTATAAATGATCAATTATGCTTGGTGATGGATCCAATTTGCTGGATGGGT TGCCCTTGCAGATTGATCTGTTGTAAACTGGCAACAATTTCAAAACTGCCAATCAATGAGCATAAATTTAGTATATGGTC CCTCAGAATAATGGATATAGCATGTTTGTATCTCATCACTAGATGAATGTCTATTTTCTCCACCCTTGAGTTGTATCGTT TAAAAATACCACGCTCTTTGTTTAAGACAGTAATATTGATTGTCATGCTTTTCCAGCTTCTGAGTTTGCTCCAGATTTTA CCATAATATCAGCTGGATTTGATGCTGCAAGAGGAGATCCCCTAGGATGTTGTGATGTAAGCAATTCATTAACTCAATCT TGATCTTTTGTTAGCTTTTTTCAATTTTGTGAGTCACTTAACTGGGTTAAAATCACTGGCAGGTTACACCCACCGGCTAT GCACATATGACGCACATGTTAAAGGGCATTTCTGGTGGAAAATTGCTTGTTATTCTTGAGGGGGGGTTTGTAGCTCATGC CTTTAGCCCTTGTGTATTCTACTAGGCTTTGTATTACACTTGAAATTGATTTATATACATTTTATTTGCAGCTATAATCT TCGTTCTATATCATCGTCTGCAACTGCAGTAATCAAGGTGAATACGCTGTGCATTCTCTGTGGTGACAACACTCCGTTTC TTTAGTTTCCCCTCTTCAGGATTAAGTGTGTTTGACTGGTCATTTTGATGTAATCTATTGCATGATCGTGCCCATGTGAG AATGATATAGTGGAGTTTATTTCTCGTTGATATTTTTTGGTTTCTTACTTGGGTTATTGGATCAGGTACTGCTGGGTGAG GATCCAGGACGTGAACTGGAAAATAGTTTCCCTTCCAAAGCTGGCATACAAACTGTACTGGAAGTCCTCAAAATTCAGTT GAATTATTGGCCTTCCTTGGGACCTATATTTTCAAATTTGCAGTCACAGTGGAGAATGTACTGTCTTGGGAAAAAAAGTG AGGAACTGTCTTTGATTTGTATTAAATGTCGTAGCCTTATTTCTTTTAGAAACTGTTATATTTTGAAGGATTTTGTCTAG ACCCTGCATTACTGAAGAACCGTGTACTTCTTGAAAGAGATTAGAATCTAGTCTTTCTGAGGAAGCTTATTTGCTATCAT TTTCATCATTTTTGTAGGAAAACAGATCAAGAAGAGACGCCGAATTCTGGCCCCAAAGTGGTGGAGGCTGGGGCGAAAAA GTTTCTTATTCCATTACCTGAACGGCCATTATCTTGGTGGAAAGTCAAATTGATTTCTGTTAATTGGTGAATTTTGAAGA ACATGAATACCAAGAAATTGTCTGCATGTTGTATATTCCATCTTGATTCTGGACAATGTGATTTTTTGTATGACCTTGGA AACCTGATAGATTTTGCAGGAGTTTGAGACCAATTGGGAAAAGGTAGGAAGTGATGTAAATTACTGCCCTGTTTGAATAT TTTAGAAGTTTTGGTAGCTTTTTTGGACGAGATGTTATGAGTGAGAAGATGAAGATGGAAACTGAGACCAAAGAATCAAT TCTTCCCTCCTTGACATGTGTAGAAATTTTGCATGTCTTACACTTGATCTAACATGAATTTGAATGAAGATCACGTTACT TATTTTAAGTGAATTTTTTTATGCTTATTGAATTACATGAGTTTTTATTATATCATGTACGAATTCATAAATTTTGAAAA TTTGAGCCAAGTATAGAGGAGCTTTGATTGAGTTTAATTTGGTACCTATCCAAAATGAAGAATATTTTCTACAACTTTCA TTCAGGTATAGATAAAATTAACTCAGTTCTAGTCCAGGTCTGTTATATTTCTTTCAAGAACTGTTAATTTTTTTTAAGAA CTGTTAAATTATTACCAGTGCAGTGCTGTGCAGGAGGTTTTGGGTCCTCTAAACTTTAATAACTCGTCTAATATTTTTTC TAACAAAAGCACAATTTTTTTTCTATCTAAAACCCAATGAGAATATATTAAATTAGTTGGCATAAGGTGTTCACTTATTG ACCAAAAAAAAAAACTAAGT 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0264100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAGTCACACAACAAGCAGGAAACCTCAGAACGGTCATCACAAGCAAGACGATTCACCTTCTGCTGATGGGTCTGTTGG AAAAGGAGAGAACTCGCTCTCTGATGCAGCTGCAGCAGTAGCAGACTCTGACACCCTTCAACCTGAAGCCAAGAAAAGGG CCAGGGTGCAGAAGGAGTTGACTTTTCAGGACATTTGTCAGAATCAAGACATATTTGACGATGACGATGAGGATGACATT GATTGGGAGCCGGTTCCGGTTCCACTGGAGGAGGTTGTGGAAGTCACAAAGTGGGTCTGCAAAAATTGTACCGGGATTAG CCTCAGTCATTATGACTGTTGTATGATATGTGGGGAACATAAGGATTCGAAAATCGTGAGCCGTGGTTTTTTCGCATCTC CGTTTGCGCAAGATGATGATTCGGCAGTGGTCCAGTCAAATGCAAAAGATGTTAGTTCGCAAGAATCAGCGGCAAATAGT TCTACGGCTATCGGCTTTGATGAGAGAATGTTGTTACATGAAGAAGCTGACAAGAAATCACATCCACATCCAGAAAGGCC AGATCGTCTTCGAGCCATTGCTGCTAGTCTTGCTAGAGCTGGTATTTTTCCTGGGAGATGCTATCCAATTCCTGCTCGAG AAATCACTCGAAAAGAACTTACAACGGTTCATTCGTTGGAGCATATTGATTCCGTTGAAGTTACAAGCAGTTTATTATCT AGTTATTTCACTGCTGACACATATGCCAATGAGCACTCCGCATGTGCTGCTAGGTTAGCAGCTGGATTATGTGCTGATCT GGCATCAGAAATTGTTTCTGGACGTGTCAAAAATGGATTTGCTTTGGTTAGGCCTCCTGGTCATCATGCTGGTGTAAGAA ATGCGATGGGGTTCTGCCTTCACAATAATGCTGCAGTGGCAGCAATGACAGCTCAGATTTCAGGAGCTAGGAAGGTGCTA ATTTTAGATTGGGATGTCCATCATGGAAATGGGACACAGGAAATATTTGAGAATAACCCAAGCGTCTTGTATATATCATT GCATAGACATGAGGGAGGAGCATTCTATCCTGGTACTGGAGCTGCCGTTGAGGTTGGTAGTATGGGGGCAGAAGGGTACT GTGTGAATATTCCGTGGAGTCGAGGAGGAGTGGGTGATAATGATTACAGTTTTGCATTTCAGCATGTTGTCCTTCCTATA GCTTCTGAGTTTGCTCCAGATTTTACCATAATATCAGCTGGATTTGATGCTGCAAGAGGAGATCCCCTAGGATGTTGTGA TGTTACACCCACCGGCTATGCACATATGACGCACATGTTAAAGGGCATTTCTGGTGGAAAATTGCTTGTTATTCTTGAGG GGGGCTATAATCTTCGTTCTATATCATCGTCTGCAACTGCAGTAATCAAGGTACTGCTGGGTGAGGATCCAGGACGTGAA CTGGAAAATAGTTTCCCTTCCAAAGCTGGCATACAAACTGTACTGGAAGTCCTCAAAATTCAGTTGAATTATTGGCCTTC CTTGGGACCTATATTTTCAAATTTGCAGTCACAGTGGAGAATGTACTGTCTTGGGAAAAAAAGAAAACAGATCAAGAAGA GACGCCGAATTCTGGCCCCAAAGTGGTGGAGGCTGGGGCGAAAAAGTTTCTTATTCCATTACCTGAACGGCCATTATCTT GGTGGAAAGTCAAATTGA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0264100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSHTTSRKPQNGHHKQDDSPSADGSVGKGENSLSDAAAAVADSDTLQPEAKKRARVQKELTFQDICQNQDIFDDDDEDDI DWEPVPVPLEEVVEVTKWVCKNCTGISLSHYDCCMICGEHKDSKIVSRGFFASPFAQDDDSAVVQSNAKDVSSQESAANS STAIGFDERMLLHEEADKKSHPHPERPDRLRAIAASLARAGIFPGRCYPIPAREITRKELTTVHSLEHIDSVEVTSSLLS SYFTADTYANEHSACAARLAAGLCADLASEIVSGRVKNGFALVRPPGHHAGVRNAMGFCLHNNAAVAAMTAQISGARKVL ILDWDVHHGNGTQEIFENNPSVLYISLHRHEGGAFYPGTGAAVEVGSMGAEGYCVNIPWSRGGVGDNDYSFAFQHVVLPI ASEFAPDFTIISAGFDAARGDPLGCCDVTPTGYAHMTHMLKGISGGKLLVILEGGYNLRSISSSATAVIKVLLGEDPGRE LENSFPSKAGIQTVLEVLKIQLNYWPSLGPIFSNLQSQWRMYCLGKKRKQIKKRRRILAPKWWRLGRKSFLFHYLNGHYL GGKSN 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 54 54 -
PANTHER 91 510 420 8.5E-186
PANTHER 91 510 420 8.5E-186
Gene3D 154 530 377 3.1E-135
SUPERFAMILY 159 507 349 3.07E-106
Pfam 183 472 290 6.6E-85
CDD 183 473 291 9.17435E-149
PRINTS 285 308 24 7.6E-14
PRINTS 318 333 16 7.6E-14
PRINTS 406 416 11 7.6E-14

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0264100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…