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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0403000 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0403000.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Shikimate kinase; TAIR: AT2G21940.4 shikimate kinase 1; Swiss-Prot: sp|Q9SJ05|SK1_ARATH Shikimate kinase 1, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|I3SSP1|I3SSP1_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0403000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:77997539..78005467) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTAATTTGGAGGTGTTTTCTTTGCATCTATCCATTTTTATTTTTTAAAAATATACGTCTTTGAATAAAAGAAGGAAAAAA TTGCACTTCCCTGACAAGTGCGTACGTATTTGTGAAAAGTTGGATCTTCTGTGTACCGAGAGAGAGGAAATTCTGCAGAA CGTGAATGCAACAAACAATTCCCCTCCAAAATTCTCCTCCTTCAACTTCAATTCCACTCTCACTCGCTGATCCATTCCAA TCAGATTCCATTTCCAATTCTCTCTCTCTGCAATCCTCAGTGGTCAGTTTCAATTCTGATGATTCGTAATGGATTCAGTT TCTGTCGTTTTGTTTGTTCAAATGAAATCTATGTCGTTTCAGGTAGTCATTACTGTGTGAGGTGAAGCAATGGATGCTGC TAAAGCTGCTTTGCAACTTCCGGGTTTGGTTCAACCCGAGAAGATTGGGAGAATACCCACTTGCAGTTTCAATCTATCTC GTGACCAACCACTGAAACTTCGGGGTTCAATCTATTCGGCCAAGTTGCATTCATCAAAGATTCACCGCCGCAGGATAGCA TCTATGGAGGTTGCTTGTTCTTATGATAATCTTCCAGGTTGCTTCAAAATTGAAAAATCAATTGCATTTTCACACTACCC ATTTTCTCATTTTTCATTGTTGGTTTCAAAATTCTAGCTTTGGATTTGCTGTTATTGTTGTTAGAATGTCAATTTTATTG AAAATGAAGAATTTGTAATTATGGTAAGAACTAAGAAGGGCCAATGAACTTGACTTGTAAATTGTTCAATTAATTGGGAT CAAAATCTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTGGAAAATTGCAAATCTGTACCTAAAGGTAACTCCTTTTGGTAGTTATTTTGCC CAATTGTTATTTTCCCAACTGAATTTTGTACATAAACATGGGTTTTCCCAACTTTTTTCTTTTCTTTCCAGCAATGGACA GGTGTCAAGCTGCTCCATGAAACCAACCTTAGCCAAATAAGGTTTTGCTTGCTTGTCATAAGAACTTTAAGAGTTCCAAA TTCTGTGGAATCTTCTTCGAATATCTGTGTTGAAAAACATGATGTAATTGGTATGGAAGGATAATACTAATAGTCTCACC AGCTAGACCCTTGAGAGTAGTTTCTGTCAAGGTGAACCGGATAAAATAAGGCTGCCCAATTTTTAGCTAGCTTTTGTAAT TGGCTCCTTGAATTATATTTACTTTTATTCATCAGTGAAAAAATTAACATACCGCGTCTTTTAAAGGAAAACACGGTTTT TTAGCAGATGCACTGTGTAGTATGCTGCATTAGATTTAGTTTGCTACTGAACAAAATAAGTGTTACCCTTTTTTAATGCT TACATCTAATTTCTGATGTTACTCTTGTAGCTTCGACATTGGAATCTGGAAGCCGCCGTGCTCCTCTCGATGATGAGTTG ATTCTGAAGGTTGAAGCATGTGCCTTTTGTCACTTTTTATTAATTTAAGTCAATTAAGTCTAGTGGATGTAATATCCTTC TGCTCTAGTAAGCAAAAGCATCAAGAGATAGTAATCTCAGCTCTGTTTGTTGCGTGTTTAAGCATCTATATGCCATTCTC TTACTTGAATCAATGAACTTGCAGAATAGGTCACAAGAGATCCAGCCATATTTAAATGGACGCTGCATATACCTTGTTGG TGAGTTTCTTGGTTTGATGCTAGTATATGTTACAAGTATGATTACTTTGGCATTCAAAATACTTTCAATTTGACATACAG GAATGATGGGCTCCGGGAAGACAACTGTGGGGAAGATCATGTCAAAAGTGCTAGGTTATGAATTTTGTGATAGGTTAGTA GGTTAATTGCCCATCTTTGGCTATAAAAGAACTATGCCATTTTTTGTGTACTTATATTTAGCATTTGATATGAGCTTCAA CTGGTGTTCATATCAAATTAATATTAAGGGATCTAAATCTAAGGACATGCAACAGATGTATATTTGTGTGATTGTATGCA GCTGATGAAAATAGGTTGGGTCTTAGTTATCCCGTGGAATAGGTTCTAATCTGGTATCTTAGAATTTGGTTTGAAATTTG TGCATAACAGTGTTCATGTTCGTCTATCACAATACAATTACTGTATCCATGACCACATCCTTGTTGAATATTTTCTGTAA ACTTTTGCACTTATGGGTGTTTAGTGATGCATTGGTGGAGGAAGAGGTTGGTGGGAACTCTGTGGCTGATATATTCAACC TCTATGGTGAATCTTTCTTTCGTGATAAAGAGGTCAGTTGGAACGCACTATTTTCCAGTTTTCATATTATTCGGTGTTTT AATTTTTTAAAATTGTTTTGAACTTTTATATTTTCCTGTTTCTTTAATCATATTCATCTATGGTTAAATTATAAGCTGCT CCAAAAAGATGGGAGATCAAGTGTTTGAAATACCAATAATGATTGTATTTTAGGATGTCTGGTAGTAAATTAACGCAGCC CAGTTTGTAGAGGAAGCAAATTAGTACATATTTTAATCTTAAAGTCCTACAGTTATTTGGTCTCAAGCAACATGTTGAAT CATTCGACGTAACACTTTCATATTAGCTTAAGCCAAAGCTTTGTTTCTCAATGAAATAACTTTGTACAAGGTTTTTGAAT TATATTAATAAAATTTGGTAGCTTATTGTACTACTATATCTCTGAACTTCTATTTTTCTGTTTGGTGATAAAGATACATA TTGTGAATTGTTGTAGATTTCCTCTGTGGTTCTGTTATCAAATTCATCGTTTATTTTCCTTGCTTATTCACCATTTCAGA CAGAGGCATTGCATAAGTTGTCCATGATGCATAGACATATTGTTTCTACTGGTGGAGGTGCTGTTATGAGGCCCATCAAT TGGTATAAGAGTTAAACTACTAACGAAAAATGTTTAGGCCTCACTTTTTATGATGAAATCTTTCCTCATCTTTACATGCA CTTGTATATGGATGGAATCCCAGGAAATATATGCACAAGGGGATTAGTGTTTGGTTGGATGTACCAGTGGAAGCGTTGGC ACAAAGAATTGCAGCAGTAGGAACTAATTCTCGCCCCCTTCTACATTATGAGGCAGGGGATGCATACACAAGGGTAAGTT ATATCTCTTCCAGTAAGAGTATTTTTCTCTTGAGAACACAATATGTCAATTATTTAGGTTTTAGGTCACCGAATGCGAGC AACTAATCATAATAGGAACTTACCTCAATAAATTATTTCGCCAATAATTTGACCCTTTGGAATTCATATGCAGGCTTTGA TGCGTTTGTCTGCTCTCTTTGAAGAGAGAGGTGAAGCCTATGCCAACGCCAGTGCCAGGGTCTCATTAGAAAGTATGTAT ATGAACCTTTCTTTTTTGTTTTGAAATTAAAATTATGGTATTGTCCAGGATCTGTGGGAAAGAAAAAGTAAAGGCTTTGT ATGCATGATCTGTGGAGCTTTTAATTTTTTTGCCATATTGCTTTGAATCAATTAGTATTTCAAGATTGCCCAAATATAAG CATTTACAGGTCATATTACAATCTTAATTTGTGAAGCTCAACACATTATTCATTCACTTTGTATGCTTCCTTGAGATGAC AATAATAGCCTCATCTTGGAACCCTAGCAGCAGAGCGAGAAACGGCGCTGCTCAACCGTCCCCTCCCCCAATGGGGGGCT TCTCCCTCCATGAACCCATTCATGGGAGGTCTTTTATCCATGTAACGTGTGGTTTTCCCCCTCTTTAATGATGGTTTTTT CTTTGTCTGGTTATGATATTTTTTTCATCTTCCCTGCCTTCCTCCTCATTCCTCTAGCCACTGTTGAATACCTATTAAGA 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TGTGTATTGGTGGTTTTCTTTCACTTCTTTTTGCGGGTTCTATTCTTGCTTTTCTGGTATGGTTTCTGTTTTAGCGACTG CACAAGGGACTCCTTAATTTGGGAACATAGAACCTGGTTTATCCTTTGTCAACGAAATCAACTTGGCTAAAGCAATTAGC TTCCATCTGGGCACGTTCTTTCCTAATGCTGCTTCTTTGTTGCTATTTTTTGTTCATGTCCCTTTAGCCAACAAAAATAA GGGGTTATATATATATATATGTATATTGAAATTGGAAATTGATGCTAGTTGTCATGCAGTCAATACATAGCCTGGTCTAG AGACCACAGTCAACCACCTCTGACAATCGTTACCCTTTGTTGCTGGTTTGGTGGAGGTTGTCCCCAAGAAGTGTTTGGTT GGATCTAATTGTATTGTGCTGCTACACTATTCATAGTCTTTGAATGTTCCATGTGATTGCAAGAATTGAAATTCTTCTCC TTGGCAATTGGCAATGGTAATTCGTTTGTTTGGTGAAGGATTGCATTGTTTAGATCCCGGTGTGAAAGATTTTATTGTTT GGCTTTGTTTTGAGGTGTTGTGCTGCCACCGTGGTGATCGTACAATCTTCCTCTTCCAGTTTGGTTCATGGGTCTGTTGT GTTTTTCTCATCTGCGAGCGATGTTTCTTGCTGTTTGAGATCTTAGTTTGCGTCTCATGGTTCGAGATGCTCTTATTATA TTGATCTTGGCTGACTTTATGCAATTTGGTTTTGAAGGTGACTCGCCTTCGTTTGTTTTGTCTCGATTGTTTGGTTTTCT GGTTTTAGGGCTTCAGCTGCGAGTTGCGCTGGCCCACTCTCTAATGTTTGAGAGTTGTCTGTGTCAAAGTTGACACCATT GTTTGTCTTAGAAGACATCAATCGGTCGACCTCAAGTATGTTTTATTTCTGTGTGGTTGTTGTTGGTGAGTTGTTGCTTC AGCCTTGTTTTGTTTTCGGGCGTATTGTTGCTGGTTTTTCGCCCTTTTTTGCTGGCTCAGCTACCCTACGACACTCCAGA AGAATTGGTTTTTGTCTTGCATCAATTTCAGCCAGATCAAGTATGAGAAGTTGTCTTTTGCCTGCCCATGGATTTAGCAG AAGTTTGAAAGATTATTCAATTTGAAGTATGAGAAGTTGTCTTTTGCCGCCATGAATTTACTAGAAGTTTGAAAGGTTAT TCAATTCGAGATTCGCCAAGACAGTCATTATTAAGGGATATCTATTAAAATAATTTTCTTCTTGGGTTCGAGTTGTTACA AGCTTAAAGCTAAGTAAGCTTTAGCTTGAGGGGGAGTGTTGAATACCTATTAAGATATAGTTTATTATTAGTGTTATCTC ATAGAGATATAGTTAAGATTTGTTTATCTATTTTAGATTAGTATCTATTTAAATAGAGATGATATCTATTTAATTAGAGA TAGGTTTAGATAGATTTAGTTTGTTTTAATCTCTTTAATAATCTATATATATTGTAGTCTAGTCAAGTATTATCAATGAA ATATACAAGTAATATTTTCTCCCCCTCTCCACCATCTCCTTTGAACTTTTCATGCGGCAGGCAACCACCTTTTGCCTCAC CATCTCCTTCTGATTGACTTTGGATTACCTCTCTAAAGCTTGGTTTAGGGCAGCTTAGCCGCTTGCTCTTGATTGGCATC CATCGCAGCAGCTACACAGAGTCGGCAAGGCCCCAGAAATAAGGGAAGTGAAAAAATGCGAAGGATTTGATACAAGAAAA TTGGCTAGAGGAATGTTTTGATGTCAAATCAGATTAAGGAGATCTTTTGATTCTATTTCTATTATGATGGTTAGTGACTT TGTGAGCAAGCATGCTATGTATTGTAGTGTTATATGCTTAAGCATTGTAGTATTGCTCTTTTGTGCTTATCTAGAAGTTT GTGTTCTCTGTTTGCTTGTTGATGTAAGTGCCATTTTGGATGCCTTGAAGGCTTTAATCTAAATGACTCTTGACAAGGAA AAATGAATAAATAACAACAATAAAAGTGCAATTTCTGATACTTCTATGTTGTTTTATGCAGAGATAGCTACAAAACGGGG CCAAAGAGATGTGTTAGATTTGTCTCCAACTGCAATTGCAATTGAGGTCTTCAGCAATTTCTGTCTCATGCCCTTGCAGT TGTAACTCCATTTTAGTTTGTTTACTTAGTATATGTTTGGTATAGCATAGATGCAAACACAAATGTGATTTCACGTATCT CAATTTTACATTCAACACGATTGAGTTCAACGGAAATCCAAACATACACTTATGGGCAAACTGAAATATTCGTTGACGCT TAAGTTGAATAGAAATTTTGTATATTTGATGCATATCTAATGAATCCCTTTGTATCTTGCAGGCACTAGAGCAAATTGAC GCTTTTTTGAAGGGTGAAGATGGACGTTATGCAGGATGCTAGTACAATATTTGGACGCAAGCATGTTTTGATTGTTTATA TTTTTCTCTTCATTTTGTAATTTGCTCATGCTGTTGTGCAGTGTCTTTTGTGTGGATAAATAAAAATAAGAATAAAGCAA CATGGCACATGTTGTTTATGTATAATTTGTGTTGGCAAATTAAGCATAATTTGATAGCCAATAGCAACCGTATTTGAGCT ATACATTTCTGTTTCATTGTTGATGTATATACTTTGCTATACAAGGTGTTTGTTGTAAATCAAGTTCGTTGATCAATTTG TGTGCTTTCATTTTAGAGATTGAATGTTCTAAAATGTAAAGTGATATTATTATATTTTTAAATTTACTATGCGCATGTTT AGAAATCCTTCTACCATTCATTTTAAAATCCAAATTATCATGTAAATAGCTTCTGGTAAAGTTAAAAACATACTAGAAAA CTTACATTCGTCTCATGGTAAAATGTATATTTCCCATCTCGTATGATACCAACAATGCTTACAGTAGAATCTATTTTAAT TTGTGCACACTATTTGATGTGTATGAAGTTGAACAAATAGTTGTTTTTTAAGGTTGATTCAATTCGTCTGACCACATGCT ATTTTAATTTGTGCACACTATTTGATGTGTATGAAGTTGAACAAATAGTTGTTTTTTAAGGTTGATTCAATTCGTCTGAC CACATGCTA
CDS sequence (LotjaGi4g1v0403000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATGCTGCTAAAGCTGCTTTGCAACTTCCGGGTTTGGTTCAACCCGAGAAGATTGGGAGAATACCCACTTGCAGTTT CAATCTATCTCGTGACCAACCACTGAAACTTCGGGGTTCAATCTATTCGGCCAAGTTGCATTCATCAAAGATTCACCGCC GCAGGATAGCATCTATGGAGGTTGCTTGTTCTTATGATAATCTTCCAGCTTCGACATTGGAATCTGGAAGCCGCCGTGCT CCTCTCGATGATGAGTTGATTCTGAAGAATAGGTCACAAGAGATCCAGCCATATTTAAATGGACGCTGCATATACCTTGT TGGAATGATGGGCTCCGGGAAGACAACTGTGGGGAAGATCATGTCAAAAGTGCTAGGTTATGAATTTTGTGATAGTGATG CATTGGTGGAGGAAGAGGTTGGTGGGAACTCTGTGGCTGATATATTCAACCTCTATGGTGAATCTTTCTTTCGTGATAAA GAGACAGAGGCATTGCATAAGTTGTCCATGATGCATAGACATATTGTTTCTACTGGTGGAGGTGCTGTTATGAGGCCCAT CAATTGGAAATATATGCACAAGGGGATTAGTGTTTGGTTGGATGTACCAGTGGAAGCGTTGGCACAAAGAATTGCAGCAG TAGGAACTAATTCTCGCCCCCTTCTACATTATGAGGCAGGGGATGCATACACAAGGGCTTTGATGCGTTTGTCTGCTCTC TTTGAAGAGAGAGGTGAAGCCTATGCCAACGCCAGTGCCAGGGTCTCATTAGAAAAGATAGCTACAAAACGGGGCCAAAG AGATGTGTTAGATTTGTCTCCAACTGCAATTGCAATTGAGGCACTAGAGCAAATTGACGCTTTTTTGAAGGGTGAAGATG GACGTTATGCAGGATGCTAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0403000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDAAKAALQLPGLVQPEKIGRIPTCSFNLSRDQPLKLRGSIYSAKLHSSKIHRRRIASMEVACSYDNLPASTLESGSRRA PLDDELILKNRSQEIQPYLNGRCIYLVGMMGSGKTTVGKIMSKVLGYEFCDSDALVEEEVGGNSVADIFNLYGESFFRDK ETEALHKLSMMHRHIVSTGGGAVMRPINWKYMHKGISVWLDVPVEALAQRIAAVGTNSRPLLHYEAGDAYTRALMRLSAL FEERGEAYANASARVSLEKIATKRGQRDVLDLSPTAIAIEALEQIDAFLKGEDGRYAGC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 35 | 291 | 257 | 6.7E-107 | – | |
| PANTHER | 35 | 291 | 257 | 6.7E-107 | – | |
| Gene3D | 85 | 297 | 213 | 1.2E-70 | – | |
| Hamap | 101 | 286 | 186 | 24.213 | ||
| SUPERFAMILY | 102 | 244 | 143 | 1.46E-21 | ||
| PRINTS | 104 | 119 | 16 | 8.5E-26 | – | |
| CDD | 104 | 260 | 157 | 1.02191E-53 | ||
| Pfam | 110 | 263 | 154 | 7.8E-45 | ||
| PRINTS | 128 | 141 | 14 | 8.5E-26 | – | |
| PRINTS | 157 | 165 | 9 | 8.5E-26 | – | |
| ProSitePatterns | 158 | 183 | 26 | - | ||
| PRINTS | 175 | 184 | 10 | 8.5E-26 | – | |
| PRINTS | 195 | 212 | 18 | 8.5E-26 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0403000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…