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LotjaGi5g1v0035800.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0035800
Transcript ID LotjaGi5g1v0035800.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Pre-mRNA-processing 40A-like protein; TAIR: AT1G44910.1 pre-mRNA-processing protein 40A; Swiss-Prot: sp|B6EUA9|PR40A_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40A; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2Q6I5|A0A0B2Q6I5_GLYSO Pre-mRNA-processing factor 40 like A; Found in the gene: LotjaGi5g1v0035800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:5926197..5953319) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AATCGCGTTTCAGTACAATAACCTGTCTTCCCCAAATTGCTTGTTCTTTCTCCCCGTTCAGTGTGAAGTGCTGCTGCAAA CCCTCTTAAACCCTAGCACGCACATTTCATCCATGTGACTTCCGATTCGAAGCAATTGTATTTCTGTGTCTCGGCGAAAA GCTTTCACCTTTGCTGAGTTCTTCTCCCTCATCTGCTCACAGCTGTAAGTTCTTCATCCCCAATCCTTCGCCAATTTCTT CGTTGTTTCGTGAATTGTTGATACACACTGAATCTTGATCAATTTCTATGCTTTCTTTTACATTTGCCACGATTTAGATT CAGGTTAGGGTTATGGTATTTTGCTGGATAGAGTTAGCTAGCTATTCAGTTTTCTCTGATGATTTAGAACTCTCGCTTAA AAGCATTGCATCCGGGCATCGATGCAACAGCTCTAGCTCATTGAACACTGTACTCGAGCCATACAGCGTGTTGCTTCAGG GCAACGACCTAGCATTAGCGCAAATCTGTAGTGTTTGCAGTGTTGTCAAATCGCGATCGCGGTGAGCCAAAAATCCTCTA TTTAGCAGCGAATAGCGGGAATAGTGCGCTATAGTGGGCAATAGTGGCGTCGCGATTAGTCAAAAATCCGCTAAGCTATA GCGGCGTAGTTCCGCTATAGCCGCTATTTGATAACACTGAGTGTTTGATCCATATTGAAGATGCGATGGGTTTTACGTTG GTTGCCGAGACCTAACACAACCCTCCTCCTTTGTCCGGGCTAGGGACTGGCTACGCAAGCATAGGTTGAGTTAAAAATTA CAATGGAAGAATATTGAAAATAAAAATTCCAACATGTGCAACATATATTTCTGACATCAAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGT GGTTTACAATAACATTAGTGTGTAAAGTTGTAGTGCCTGTTTGTTTATCCATTCTCAGCTCTTCAAAAAGTCAGCCACAA 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CTGTTAGTTTTGCAATAATAATAATTAAACTATTCAAGGTATTGTTATCTTTTCTGTATCTGTTTAATGCATACCTATTT CTTGTAGCAGCCTGTGGTTAATTAATATTACCTTGGCATGATAATCTTTCTTGGGTGGTTTTACTTTTAGCACTTTCAAA TTGCACTAATTCTGCTGAATGTGACAGAGGGCTGATGCATCAACTGTCTGGAAAGAATTTACTTCTTCAGACGGAAGAAA GTGCGTTTTGTCTTATTATTGTACAAATTTATTTACGACATCTATATACTGCAACTTTGTGCTGTTCCCTTCAGGTGTCA ATAATTTGTAATAAATAACCTCTGTTTTGGTTGTGACTTCTTGCAGGTATTATTACAACAAGGTTACTCAGCAATCAACG TGGTCAATACCAGAGGAACTCAAGGTTTGTAGTTAAGGATTATGTTCGTGATTGTTTTCCATTTTTCGCTTCATGGCATT TCAGTTACTTACCCAAATTGCAAAATTTCCATTAGTTGGCTCGCGAGCAGGCACATAGAGAAATGAACCAGGGAATGCAG TCAGAAACAAGTGATACATCCAATACTGTTGTTTCCACTGCTGCAACATCAGCAGCCACAAATGCAGCTAGCTCCAACAC TTCTCTGACATCTAGTGGGCTTGCTTTAAGCCCATCTCCAGTCACACCAATTGCAGCCACTGATCAGCAGCTGTTGGTTT CTGGATCCATAGTTACTTCAAACCCAACAGGAGTTGAACCAAGCAATGTGGCAACTATGAGCACTGTGCCTACAACAGTT GCAGGAAGCTCAGAAGTAGCTGCAAAGTTGCTTGATTCTAAAATGCCATCCATGTAAAAACAATGTCTTCTCCATATTCA TTTTTTTCTTTTGATTTTTCCCTCTCTTGTATTTGTAGCTTTCAATGTTGACTTATGTATTTAAAATTTCAATGTGCAGT 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TTTTAACTACTGCTGAGGAGTCTGTTATAGTTATAGATGTTTATTTCTGTTGGAAACTAAACTGATATTATTGTGGTCTA TACCGGTATGCTGGTGATTTTCTGTTATCCGACGGAACCTTTCATCAACCAAATTTTCCTCTTTAGAGTGAATCCTGTTT TGATGGCGTCCTACATGTTTAGTTGTTTACCACTGAGGATTTGTATAAGACGAGAAATAATGTAAATTCTGTCCATTTGT ATTTGAAGTCTGTTGTTATTTGAATTGAGTTCATGGAAATAAGATTGCTCTTATATTTTAATTTCTTATAGGTGATCTGA TCCTTTTCCTTATGAGTGATGTGGAGATAAAGTATTATAAACTAAAACATTGCTGATTTCTATTCTTAACATGATTTTTG TTGTTCACAGTATCATGAAGACAAGATACTCATAAAAGATATCATTAAGTCGGGCAAGGTGGGCTTAAAAAAGTTCTTCC CTGTATTTTGTATGTAGCTTATGGTTGATGATAAACTCTGCTTACTCTAGCCTCCTGTCCCATTCAAATAGGTCACTGTG GTAACTACATCAGTATTTGAGGACTTTAAGCTTGCTGTATTAGAAGAAGCTGCTTGCCAAAGAATATCTGAGATCAATTT GAAGGTAGTCTATTTTGGTTGTAACATGTAACCTGCCATTTTGATTTCATTTCTTGCTCATAGAGTATAAACCTATATAA TTTTAGAGTAGTTATTGAAATTACTGATGTGAGAGCTCAATGTCAGTAACTCTCATTTTCTTGACAGTTATTTCATTACA AGGAAAGACAACAAATTATTACTATTTGTTTTCACACCACTAATTTAATTTCACAGCCACAAAAAAATTGAAAGCTGTCC TTTCTTAATCACACACACACACACACACACACACACACTCTGTATATAAATAGCTAAAAAAAAGAATAATTGCATTAGCT GCAACTCATCTTCCGTCTTTTTGGATATTATTCTATTCAGTTTTTTTTTACTATGTTACCTATATAAAGTTAAATCTATT ATGAAATAGATATCAATAGTTATGGTGAGTTTTTAGTTTCAACTCATTACATCAATTGTTGTATGTGTCTTCTTATGATG TCATTGATTAACTTCAATAACATGAAATTGCATGGGCAAGAAAAAAACTCTATTCATAGGTTTTTAGCCAGTCGACCAAT TTAACATTTTATTTTATCCTTTGCAACATGGATTATCAGAATTTGATAATTTGTTTTTCTTTTGAAGCTTTTATTTGAAG AGTTGTTGGAGAGAGCTAAGGAGAAAGAGGAGAAAGAAGCCAAGAAGCGCCAACGCCTTGCTGATGACTTCACTAACCTG CTATATACATTCAAGGTAAACTGAGACGCTACACATGTTAACATTAGTTTGGCTAAATAAGTTGCTATTAAGAATCATAT TTTCTTTTTGTAGGAGATTACAATTACTTCAAAATGGGAGGATTGCAAACCACTTTTTGAGGAAACACAAGAGTACAGGT ATATTCGTTATTTTATCTTTTGTTCCTAGAGAAGTTGTACCATGTAAGGTGTGTCCATGATGGAAGGAATTTTTATCCTT TGATTTGTACTTCCTTACAGATCAATTGGTGATGAGAGCTATAGTAGAGAAATTTTTGAGGAATACATTACATACTTAAA GGAGAAAGCTAAAGAGAAGGAACGGAAGCGTGAAGAGGAAAAGGTGCATAATTTTATTTGTCTAAGCTTTTGGTTTCATA ACAGCTATACATGTTTGATATGGTCAATGTTAGAACTATAAATATAATATAGACCCATTTATTAGTCTTAACCCAACAAC GTAAGCTTTTAGGATAGTTAGTTGATGATATGGTATTAGAACCTCTATGACGAAGTGTTTTGGAGTTCGATCTTTGTTCC 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AAAATTGCATCAATGATGTCAACAAACTAATGTCCGTGACGTGCGTTTTGAACTTACTCCATTTGAATATCGAATTCAAG TGATCCACAGTCAATAAGTACATTACATTAAAGTGATAATATAATGCTATTTATTCATTTAAAAAGTTTGAGTGGTTAAA TTTTGTATGCTCATGTTTTTTTCTGGTCTTGATTGCATGTTAATATGTTTTTATTGTCATTATTTTGTATGTTCATGTTA TAT 

CDS sequence (LotjaGi5g1v0035800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGACAATAATTCTCAACCCCCCAGTATGCAGTTTCGGCAAGTCATTCAAGGTCAGCAAGGCCAACAATTTGTTCAAAT GACTTCACAACAATTTGGACATGCAGGACATGCCATTGCTTCTTCAAATGTTGGGATGCCCGTCGTACAGGGTCAGCAAT TGCAATATTCTCAACCAATGCAACAGTTGGCTCCAAGACCAATTCAGCCTGGTCATCCTGCTTCTTCATCACAGTCTATG CCCATGCCATATATCCAGAACAGGCCGCTTACATCTTTTCCACCACATTCACAGCAAACTGTTCCTCACCCAAGCAATCA TATGCCTGGCTTGCCTGTTTCAGGAGCACCTACTCATTCTTCATACACTTTCACACCATCTTATGGTCAGCAGCAAAATA ATGCTAATGCATTGGTCCAATACCAGCATCCGCCTCATACGCATGCACCTCCTGCAGGACAACCTTGGCTGCCTTCAGTG TCTCAGAGTGCTGCTGCTGTTACGTCAGTGCAGCCTGCTGGAGTGCAACCATCTGGTACTACATCAACTGATGCAGCAAC TCCTGCTACGAACCAGTCGTCCGCTTCTGATTGGCAAGAACATACTTCTGCTGATGGAAGAAGATATTATTACAACAAGA GGACAAGACAGTCTAGTTGGGAGAAACCTTTGGAATTGATGTCACCTATTGAGAGGGCTGATGCATCAACTGTCTGGAAA GAATTTACTTCTTCAGACGGAAGAAAGTATTATTACAACAAGGTTACTCAGCAATCAACGTGGTCAATACCAGAGGAACT CAAGTTGGCTCGCGAGCAGGCACATAGAGAAATGAACCAGGGAATGCAGTCAGAAACAAGTGATACATCCAATACTGTTG TTTCCACTGCTGCAACATCAGCAGCCACAAATGCAGCTAGCTCCAACACTTCTCTGACATCTAGTGGGCTTGCTTTAAGC CCATCTCCAGTCACACCAATTGCAGCCACTGATCAGCAGCTGTTGGTTTCTGGATCCATAGTTACTTCAAACCCAACAGG AGTTGAACCAAGCAATGTGGCAACTATGAGCACTGTGCCTACAACAGTTGCAGGAAGCTCAGAAGTAGCTGCAAAGTTGC TTGATTCTAAAATGCCATCCATTATTGAAAATCAAGCATCTCAAGATCTTGGTTCTGTTAATGGAGCTTCTCTTCAAGAT GTTGAGGAAGCCAAAAGAGGATTACCTGTTGTTGGAAAAGTTAATATAACTCCACCTGAGGAGAAAACTAATGATGATGA AACCTTGGTATATGCAAATAAGCAGGAAGCAAAAAATGCATTTAAAGCGTTTCTGGAATCTGTGAATGTTCAGTCAGATT GGACATGGGAACAGGCAATGAGAGAAATTATCAATGACAAAAGATATAATGCTCTAAAAACACTTGGTGAGCGAAAGCAA GCTTTTAATGAGTATTTGGGCCAAAGGAAGAAGCTAGAGGCTGAAGAGAGGCGCATGAAGCAGAAAAGAGCCCGCGAAGA ATTCACAAAGATGTTGGAAGATTGCAAGGAACTTACATCATCTACAAGATGGAGCAAAGCTATAATTATGTTTGAAAATG ATGAACGATTCAATGCTGTTGAAAGACCAAGAGATCGTGAAGATTTATTTGAAAGCTACTTGGTGGAACTAGAGAGAAAG GAAAAGGAAAAGGCCGCAGAGGAACAACGGCGGAATATAGCTGAATATAGGAAATTTCTGGAGTCCTGTGATTATGTGAA GGTGAACAGTCAATGGCGAAAAATCCAAGATCGGTTAGAGGATGATGATAGATACCTGCGACTTGAAAAACTTGACCGCT TGCTTGTTTACCAGGACTATATTCGTGACTTGGAGAAAGAAGAAGAGGAACAAAAAAGAATACATAAGGATCGAGTCCGT CGAGGTGAAAGGAAAAATCGTGATGCCTTTCGCAAGTTGCTGGAAGAACATGTTGCTGCTGGAGTCCTTACTGGTAGAAC TCAATGGCGAGAATATTGCTTGAAGGTAAGGGATTTACCTCAATATCAAGCTGTTGCATCAAATACGTCTGGTTCTACTC CAAAAGATTTATTTGAGGATGTTGCTGAAGATCTTGAAAAACAGTATCATGAAGACAAGATACTCATAAAAGATATCATT AAGTCGGGCAAGGTCACTGTGGTAACTACATCAGTATTTGAGGACTTTAAGCTTGCTGTATTAGAAGAAGCTGCTTGCCA AAGAATATCTGAGATCAATTTGAAGCTTTTATTTGAAGAGTTGTTGGAGAGAGCTAAGGAGAAAGAGGAGAAAGAAGCCA AGAAGCGCCAACGCCTTGCTGATGACTTCACTAACCTGCTATATACATTCAAGGAGATTACAATTACTTCAAAATGGGAG GATTGCAAACCACTTTTTGAGGAAACACAAGAGTACAGATCAATTGGTGATGAGAGCTATAGTAGAGAAATTTTTGAGGA ATACATTACATACTTAAAGGAGAAAGCTAAAGAGAAGGAACGGAAGCGTGAAGAGGAAAAGGTCAAAAAGGAAAAAGAAA GGGAAGAGAAAGAGAAACGGAAGGAGAAGGAAAAAAAAGAGAAGGATAGAGAACGTGAGAAAGAAAAGTCTAAGGAACCA ATCAGGAAGGATGAAACAGATAGTGATAATGAAGACATAACAGACAGCCATGGTTACAAAGAGAAGAAAAAAGAAAAGGA TAAGGAAAGGAAACATCGGAGAAGGCGTCAAAGCAGTATAGAGGATGTCGATTCTGAGAAGGACGAGAAAGAAGAGTCTA GAAAATCACGAAGGCATGGCAATGATCGCAAAAAGTCGAGGAAGCATGCGAACTCTCCTGAATCAGACAATGAAAGCCGA CATAAAAGACACAAGAGGGAGCATTGGGATGGTTCCAGGAGAACTGGAGGACTTGAGGAGCTTGAAGATGGGGAGCTCGG CGATGATGCAGAGGAGAAGAGTGCTTTGAAAGAATAG 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0035800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDNNSQPPSMQFRQVIQGQQGQQFVQMTSQQFGHAGHAIASSNVGMPVVQGQQLQYSQPMQQLAPRPIQPGHPASSSQSM PMPYIQNRPLTSFPPHSQQTVPHPSNHMPGLPVSGAPTHSSYTFTPSYGQQQNNANALVQYQHPPHTHAPPAGQPWLPSV SQSAAAVTSVQPAGVQPSGTTSTDAATPATNQSSASDWQEHTSADGRRYYYNKRTRQSSWEKPLELMSPIERADASTVWK EFTSSDGRKYYYNKVTQQSTWSIPEELKLAREQAHREMNQGMQSETSDTSNTVVSTAATSAATNAASSNTSLTSSGLALS PSPVTPIAATDQQLLVSGSIVTSNPTGVEPSNVATMSTVPTTVAGSSEVAAKLLDSKMPSIIENQASQDLGSVNGASLQD VEEAKRGLPVVGKVNITPPEEKTNDDETLVYANKQEAKNAFKAFLESVNVQSDWTWEQAMREIINDKRYNALKTLGERKQ AFNEYLGQRKKLEAEERRMKQKRAREEFTKMLEDCKELTSSTRWSKAIIMFENDERFNAVERPRDREDLFESYLVELERK EKEKAAEEQRRNIAEYRKFLESCDYVKVNSQWRKIQDRLEDDDRYLRLEKLDRLLVYQDYIRDLEKEEEEQKRIHKDRVR RGERKNRDAFRKLLEEHVAAGVLTGRTQWREYCLKVRDLPQYQAVASNTSGSTPKDLFEDVAEDLEKQYHEDKILIKDII KSGKVTVVTTSVFEDFKLAVLEEAACQRISEINLKLLFEELLERAKEKEEKEAKKRQRLADDFTNLLYTFKEITITSKWE DCKPLFEETQEYRSIGDESYSREIFEEYITYLKEKAKEKERKREEEKVKKEKEREEKEKRKEKEKKEKDREREKEKSKEP IRKDETDSDNEDITDSHGYKEKKKEKDKERKHRRRRQSSIEDVDSEKDEKEESRKSRRHGNDRKKSRKHANSPESDNESR HKRHKREHWDGSRRTGGLEELEDGELGDDAEEKSALKE 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 3 990 988 0.0
PANTHER 3 990 988 0.0
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MobiDBLite 156 200 45 -
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ProSiteProfiles 192 225 34 13.91
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SUPERFAMILY 226 267 42 3.12E-10
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MobiDBLite 947 981 35 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Biological process MRNA cis splicing, via spliceosome The joining together, after removal of an intervening sequence composed of one or more introns, of two segments of the same RNA molecule via spliceosomal catalysis to produce an mRNA composed only of exon sequences that all came from the same primary transcript.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0035800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…