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LotjaGi5g1v0185000.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0185000
Transcript ID LotjaGi5g1v0185000.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Ankyrin repeat-containing protein; TAIR: AT5G04730.1 Ankyrin-repeat containing protein; Swiss-Prot: sp|A2CIR5|NPR4_ORYSJ Ankyrin repeat-containing protein NPR4; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2R153|A0A0B2R153_GLYSO Ankyrin repeat-containing protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0185000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:47116415..47139957) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TAGAGTCGTCGAAAGACCATTAGAAGAATATAAGAGTGTACGAACTTGCAGAGTTTGAGCATTGCACTGGAAGGACCATA TCATATTCACCATGGGAGTTTGGGGTTGGAGTTCAGTTTCCGAGTCTCATACAACTTCCACAGATAGAGGAGATACCCCC ATCACCATTGATGTAAGAAGTGACACCAACGGTAATGCAAGAATGTCATCACATCGTGAAATATCCAGGGGTGGATCGGA AGCTATTTTCATCACAGGGGTGGATAGTAAGTTACACTTGAAACTATATATTATTAATTGCATGCATTAACAAGCATCAT CCCAAAAACATGTCTAATGGTGGTTGCTTAAGCAAATTGTCAAGCAACATCCCAAAAACTTAAGTTATGGGTAACGACCA TGGTTCTATATTATATTCTAACACGCCCCCTCACGCAAGAGCCTTTTGAGCTTGAAGCGTAGATGCACAGGCTCACCTAC CGTGTGCTTAAATTCTACTTTTTATCTAGAAAGTTAAGAGAGCAAGGAGCCAAGGATCGAACTCTAAACCGCTAAAAGCC ATTTTAATAGTTTTATATTATACTCTAACAGCAGCGTTGCTTATTTTGGAGCATCAATAGAGCAACATGACATGACAGCT CTTGTTGCTTAAATTTTAACAACGTTGCTTATTTAAGCAACGATTGCTTATTCTCTTTCTACTTGCTTTTTGAAAAAAAG TTATATTTTTAATTTCATTAATCACTTTGAATAGTGTCATGATCTTGAAATAATATAAATATATGAGATATAGTAGGATC CAACTAAAAGTAAAATAAGCAACTGTGGTTGGAGCGAATTTTGCATGGGTTGCTTAAATCTTATGTGGCAGTTAGGCCCC ACCAAAATAGTGTTTAAGCAACCCAACTAGCAACTTCGCATTAGAGATGCTCTAATGTAGTTTACTTTTCATTCAATGTA 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GGGTTTGTTCCCAACCCACACCTTTGGTCACAACACAGTTTTGACAGGGGAAATTTCAGCATAGTGGTGGTTTTTTTGCT GTTTGGCCTATTGATAGTTTTGTCCCTCGAAGACTGGTTGGAATCTTGTTATTCTTTCTAGCAGAGTAGCAGTAGATTTT CTTTACCTTTATTTTGGGACCGCACTCTGGTTATACTCCAGTTAGCTTTGTGCCCCCTTCTCTTCACACTGTAAAGTATC AAATTTGCAAGCAGTATTATAAAATTGGGAGATTGGGAGATTGCAACCATTTGCTTTGTCTTCACACTGTAAAGGATCAA ATTTGATGCACTATTATAAAGATTTGAGTTTTATTTTCTGAGGATTAGAGTTTATTTTCTAGGTTTTGTTGAAGATCATG AAGAATGATTAGAGTTAAAAAAAATTAGGACTAAAATTAAAGATTTGATTAGGGATTAAAGTTTTTTTTAATTCAAAAGT AAAAAAATTTCTTTTTTTAATTCAAAAGAAAAATAATTTCCACATCAGCTCATTAAACTGACGTGGCAATGCCACATAGG CCATCGGAGCTATGACGTTGACCTTGAGCTCCGGATGGATGAAAATCAAACCTTTTGACAAAGGTTAGGGACTAAAACTC ACATTTGCTCCGGTGAGGAACAAAAACCAAGCATTTAGTAAAGGTTAGGGACCAAAAACTTATTTAAGCCTTTTAAAATT GACAAATGGGCTCTTATAATTTTGAAGTCGTTTAATAATATGGCCCTAAAGTGTAAGTCTATATATAGGAATGAAGTAGC GAAAAGAAGTGAGTATTTCTTAATCTATTTTTTATAAGCCACAATTAAATTCATAACGAACACACTCTAACTCCTGACAC ACACAGATAGGCTACACAAATCCATGATATATGATTAGACGAATCTAACCAAATCACCTAGAAGGATGTTCATTGAGGAG GAACGGTGAAACTCCAATGAGGGGGGAGACGGTGGCGAGATAATGATCTTCACCGTGCTCCATTGTCTGTTGTGCTCTGG AGGGGTCCCTGCGATGATAGTCTAATGCTCAAGTTAGAACATGGATTTAAGGGACTGAGAAATGAGATAGCTAGATTATT TGTACCTTATGTTCTCCAAGCCGTGTCTGTGATGTGCGTTGAAGCTCTGATCATTCTTCTTCTTCTGGTCAGACTATTCA GTAGATATGACATTCCTTTGCTTGTATAGTCTATCTTGATGTTTTGACTATTCCAGTGTAGACGATAAGGCATGTTTGAT TTCTTTAGCTTTTCTTGTCTTCCTTTGATGCTTTGCTTGAGCGTCTCTTTGTGTAGTTTTATCCTTTAAATAAGAGACAA CAGGGAAAGAGGCATAAGTGTGACTTCCTGAAATACAATTCACATATTATAATTAATCACAAGACTTATACTCTTGAAAA TTGTTAATTCAAAACATGATAGACGATATGGTTAGCGTTATAACTTAACAGTGGTGTGCAACTCACTTGTGGTTTTCGAC TCACTTGTGGTTTTCTCTTTAATGTCCAATGTGATGATCCACATAGTTGTTTGACCATGGTGATCGACTCCATGTGTCGC AATTCTGCATGACAATGTTGTGACCAGGTGGCGAGTCTAGTTAATCAACCAAACAACGATGCAACTATTTGGAGGCTTCA ACTTTCGTTTGAGATGGACTTTTCCTGAGGAGAAGATTGTTGTGATATCAAGTGTGAATAAGTCTCACATTGGAAGATAA GGATAATTTTGAGAGGTTTATAAGTGAGATGAACCAAACATCTAATGTCTTAAGATTTTGGGTGAAAAATATGGGGTCCA ACTCACTTGTGGTTTGCTATTTAATGATCAATGTGATAATCCTTATAGTTTAAATCATCTCTTTTAATTTGGCCCAACAC AGGTTTGTAAATCATGTCCCATTTTACCCAAGCAATTTTACTTCCTCCTTTCGTCCCCCCCCCCCAAACTACTCGTAGTC CTCTTTCTGACTTTATCAACCCTAGAGGGAACCTTAAAAAGTGATAAGGAGAATAGTGGAAGAGCCGATAATACACTCTG TATGAGACATAGCCTCCAACTAGGGGTGGGAATAGGCCAGGTCGTTCGTATGGGCCTGTGACCTAGCCTACCACAGGCCC AAGCCAAGCCAGGCCAAATTGGTAAATAGGCAAGGCTTAGGCTTTTTGAAAAGTCTATTTAGTTAAAAAGGCTAGGCTCA GGCCATTTAAAAAGCCTTTTCCGCCTTATGGGCTAGCCTATTTAAGTAAAAATAATTAGTATTTTTCTGGTACATTGTAA ATATGATTAATATAAATATATTTTACCATTGATGATGTCTATATATTAGAAAATTATCATAATATCTTAATATTATATAC TTATTGATATTTTTATATATTTAAGCAAATTGACTTATATAATGACTCAAAGTTATAAGTTTATTTAGAAATAGATATAT AACGTATTTAAATACCTTAATATAAAGTTTGATTTTATACTGACTCTCCGACTCTAAGAAACCAACATAATCTCTCGTTT AGTTTCATTTCTACCTAATAACTTATAATATTATGAGTATGATTGTTGAAAAAACTATTTTAGTATAATTTAACCCGTTA GTTTATAAGTTTAATAGCTTCTTTACAAATAATTTTGTTAGCAAACGTAAAACTCTTATTGTGAAATAGGCCTTTAAATA TGCTACCAGGCCAGACCAGGCTTTCGAGAAGGCCAGGCCAGGCTCAAGGCCTTAAGATTTTTAAACAGGCTAGGCCTATT TACGTAAAGTCTACCTAGGCCCAGCCTATTCCCACCCCAACCTCCAACTGTAGAAGAAATGCAAGAATGAATAACGTAGA GTGATGAGAGCAAAACATGGAGGAGTAAAAATATAAATACATGGGTATGTGGTATTTAAAAGTTTTGTAAAGGTTTAAGG ATTCGCAGCATTTGTCTCGTACTAATTAATTAGTATTATCAGTAGTATTTTTCTTGTACATTTGACGAACCAATTAAGTT AGAATTCCTCCTTGATTCTTAGCATTTGTTTTGAATTTTATGTAATTTTGCATTTTACAATTGTTTTTCATATGACTTAT ATATTCAACTATACTGGTTGCAAGAAATGCAAGAGATCAACCATGAAAAAGGTTCATCGTCAAGACAAAGTCTTATGAGA TTGCTTGACAGCTTATGGGCTCAAGTTAGACAATTGGAGTACGAGCATAGATTGAGCTTGATAACTGAGCCTTCGGTAGT ACTATTTGATGCAATAAAATCAGGAAACATTGACGTTGCAAAATGGCTGCTTTACATGAATCGTGAACTACTGACGATAA AGAACCCTAAAACCGGACAAAACCTATTGCACTTTGTTGTTTTATATCGACAGCGTAGCATATTTTACTTTATCCTTAAG ATGGACGCTGCAAAGTTTGTGGTCCGAGCAGTGGACAAAGATTACAGTAATGTTCTACACCTGGCTGCAAGTGCAACTCA ACAAAAAGTAGCAGCATCAAGTTTGAGACCATACATACAAATGAGTAGAGAACTACAGTGGTTTAAGGTATATTTGCTTA TTTTACGAAATTACTATTATTTGCTTTACAAGGGATCCATGTATGGGAAGAGATTTTTTTAGTATATCATAACGGTAAAT TATACATACAGGGATTAATCCCTAGATCTTTCCCTCCCCAACCGATATGTTTATCAGCTTTTACCACTTGAGCTATTATT CAGGAACTAAGATGAGAACTAATGTATGTGAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTAATAATAGAATTTAATGGAT ATGCATCTGACATCCAATTGAACTCCGCCAAATAAGTAAATATATTTTTATTTTAATTAAAATTAAAAATGGATGTAACT CTCTCTCCTACGTGATAAACATTGATTTGATGTCCGTGTAAAACTATTTTACACTAACGGTGCATATCCATTAAACTCAT AATAATAATTATAATTGTTACATTAGAAAATCTCATGACCTTAAAACAATTAAAAAACTAAGTAAGTTTTGAATATTTAC TTTAATTAGTTGATACTAACTCATATATGCGCATGTTTATGTATAAACAGGAAGTGGAGAAGGTAGTTCCTCCTGAGTTA AGGACAATGAGAAACAAAGATGGCAAGACACCACATGATATGTTTCATACTAATCATAAAAATTTATCTATGGAAGTTAA AGATTCAGCCAAAGGAGTAGCCAACTCTGGTATGGTTGTGGCAACACTTATTGTTGCGGTTGCTTTCTCTGCAGCTCTCA CTAATCCTGGTGATGATAAGAGCAATGCTTGGTTTATTGTATTCAACATCACAAATGCAGCTGCATTATTCACCTCTGCT TCATCTATCATCTCTTTCTTGTCATTTTTCACTTCACCAAGATTCAAAGAAAGCGACTTTATCATCTCACTACATCCAAG CTTGATTATTGGGAAAATTTTACTGTTTATCTCCGTTGCCACTATGGTCATGGCATTTATCGCAGCTTCCTTCTTGATAT TTGATCAGGTACATAAGTGGGTTGCTTACATAGTGGCTTCGTTTGGACTTCTCCCAGTAACTATGTTTCTTGTGCTTCAC TTTAGCATTTTCGATGGTTTACTTGGTTGCTGCTTTTCGTCAAGATATTATCATGATGCATCTTAAGTCCCATAAGTCAC TGATAATCATGTTTTATTATATTTTCTTAATTGCCAAATAATCAAGGTTGTCCCTCCTTGAATTTGTGACTATTATACTA TGTAATAATAATGTTTCTATCTTTTCGATTAATTTTTTTGAAATTTGAGATTTCTATAACACTCTCAAGTTCTCACAAGT TTACAACCCATAACTCATAAGTCATCCCCTCTATTTAAACAAGAAAATCAGCAACGTAATTTCTTTCCCTAATCACATGA AGTAAATCAATGCAATTGGTTTCCTCCCTAATAATGTCTATCAAATTTAGAGTATATATCCAACTATTTCGAATGGCAGC ACTTATTTCCATTATTTACCTGATACAGTGCACTGCGATACCAGTGACATTCAATTATAACATTTTTAATATGAAAAGGA CATTAATTACAACAAGTTAGGCTACAAACAGGTTATGAAAAAGAAGAAAGGAAAAGTATATATTGATAAAATTGTTTAAC CAGGTACTTTTTAATTCCCGGATAAGTACGTTTGGTTAACTTTCGAGATGGGGAATAACCTTTGTTTCTTACTCACAAGA TTAATGAAAGCATGCAAATATGC 

CDS sequence (LotjaGi5g1v0185000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCAAGAGATCAACCATGAAAAAGGTTCATCGTCAAGACAAAGTCTTATGAGATTGCTTGACAGCTTATGGGCTCAAGT TAGACAATTGGAGTACGAGCATAGATTGAGCTTGATAACTGAGCCTTCGGTAGTACTATTTGATGCAATAAAATCAGGAA ACATTGACGTTGCAAAATGGCTGCTTTACATGAATCGTGAACTACTGACGATAAAGAACCCTAAAACCGGACAAAACCTA TTGCACTTTGTTGTTTTATATCGACAGCGTAGCATATTTTACTTTATCCTTAAGATGGACGCTGCAAAGTTTGTGGTCCG AGCAGTGGACAAAGATTACAGTAATGTTCTACACCTGGCTGCAAGTGCAACTCAACAAAAAGTAGCAGCATCAAGTTTGA GACCATACATACAAATGAGTAGAGAACTACAGTGGTTTAAGGAAGTGGAGAAGGTAGTTCCTCCTGAGTTAAGGACAATG AGAAACAAAGATGGCAAGACACCACATGATATGTTTCATACTAATCATAAAAATTTATCTATGGAAGTTAAAGATTCAGC CAAAGGAGTAGCCAACTCTGGTATGGTTGTGGCAACACTTATTGTTGCGGTTGCTTTCTCTGCAGCTCTCACTAATCCTG GTGATGATAAGAGCAATGCTTGGTTTATTGTATTCAACATCACAAATGCAGCTGCATTATTCACCTCTGCTTCATCTATC ATCTCTTTCTTGTCATTTTTCACTTCACCAAGATTCAAAGAAAGCGACTTTATCATCTCACTACATCCAAGCTTGATTAT TGGGAAAATTTTACTGTTTATCTCCGTTGCCACTATGGTCATGGCATTTATCGCAGCTTCCTTCTTGATATTTGATCAGG TACATAAGTGGGTTGCTTACATAGTGGCTTCGTTTGGACTTCTCCCAGTAACTATGTTTCTTGTGCTTCACTTTAGCATT TTCGATGGTTTACTTGGTTGCTGCTTTTCGTCAAGATATTATCATGATGCATCTTAA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0185000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MQEINHEKGSSSRQSLMRLLDSLWAQVRQLEYEHRLSLITEPSVVLFDAIKSGNIDVAKWLLYMNRELLTIKNPKTGQNL LHFVVLYRQRSIFYFILKMDAAKFVVRAVDKDYSNVLHLAASATQQKVAASSLRPYIQMSRELQWFKEVEKVVPPELRTM RNKDGKTPHDMFHTNHKNLSMEVKDSAKGVANSGMVVATLIVAVAFSAALTNPGDDKSNAWFIVFNITNAAALFTSASSI ISFLSFFTSPRFKESDFIISLHPSLIIGKILLFISVATMVMAFIAASFLIFDQVHKWVAYIVASFGLLPVTMFLVLHFSI FDGLLGCCFSSRYYHDAS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 189 189 -
PANTHER 15 331 317 1.1E-62
PANTHER 15 331 317 1.1E-62
Gene3D 33 185 153 3.5E-8
SUPERFAMILY 46 123 78 1.85E-6
Pfam 190 289 100 1.3E-11
Phobius 190 210 21 -
TMHMM 190 212 23 -
Phobius 211 221 11 -
TMHMM 222 244 23 -
Phobius 222 249 28 -
Phobius 250 269 20 -
TMHMM 265 287 23 -
Phobius 270 291 22 -
Phobius 292 296 5 -
Phobius 297 316 20 -
TMHMM 297 319 23 -
Phobius 317 338 22 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0185000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…