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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0216400 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0216400.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | WD repeat-containing protein-like protein; TAIR: AT3G05090.1 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5F3K4|WDR48_CHICK WD repeat-containing protein 48; TrEMBL-Plants: tr|A0A151U599|A0A151U599_CAJCA WD repeat-containing protein 48; Found in the gene: LotjaGi5g1v0216400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:52237225..52261607) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTTTAGGGTTGATAGTTCAGGTATACAAGGTGTTAGAAACTTAGAATAGTTTTCTCTTTTGTAACACCTTTGAACTGCA GTAAATATTCCACTGAAAGTACCGCCTCTCTGCATCTTGCTAACCTTTTTGAATATTAATTATATATTTTTTATGTCTGA GGACTTGTGTTTGTTTGGAGCTAATAATTTAATTTAGTATAGCACCTTTTCATCATTTTTAATTTACTCCTGGATATGCT ATTCATGCTATGTGATTTATCTTTTATGAACTGTCGCAGTTTTGGCAATGCACCGCGTGGGTAGTGCAGGGAACACAAAC AGTTCAACTCACCCGCGTAAGGAGAAGAGATTAACATATGTGTTGAATGATTCTGATGACACAAAGGTGAACTTATTATT GCTTTATTCTATCTGTTTCATGAAAGAGGCCAAGTTTCGTGTTTTTGGTGACTGACATCTTTATCCCCTTAGATATTTTC TTTGGGCTTTTGTCTGCTAGATGAGATTGATAGTGTTGTTATTTATGTTAACTACATGATATTCATATTGTTCTATATCT TTCAATATTAGATCCTTTGGTGGAATACATACTTTCCTCCTTCCTGTCAATAGTTATCATCATTTTACCTCATCATCAGT GATAGCTTTATCAATAGTTTGATGTATACAATGGTGCCAGTTACATTTTGACTAGGTATTTACATGTAGACATGTAGTAG ATGCTACTTCTGCATCCATCTTGCAGCTTTTAGCTGGACGTGGAACTCTTTAAAGTTTGACAATTTTCTTTGTTGGTTTA TCTATATTCACTTGAAAGTTGGTTCTTTTCCACAGCATTGCGCAGGCATAAATTGTTTGGCCGTACTTAAGTCTGCAGTA TCTGATGGGTCTGATTATCTCTTCACTGGGAGCCGTGATGGCAGGCTAAAACGGTGGGCACTAGGTGAGGATGCAGCAAC ATGCTCTGCTACCTTTGAAGCTCATGTGGACTGGGTAATACTTCTCTCTATCTCTGTGCGCACACACACACACACACGCA AACGTTTGTTTGTACATCCTCCATTTGTCTGGTGACACATGGTTTACTAGGAATAACCTCATGAATGCTACAATTTTATT TTCTACGGTTACATTATGATGCTTCAGCTTCTATGTTTACTGTTCTCCAATTTTTTCATAAGATGGATGTCTAAGTGAAG TTCAACTTAAACCCCAAACTTTGTGGTCGGTTTTAAAGCTGTAGCAGTGGGAAACTATTCACTAGGCTAGGTGCAAAATA TGTATCATTGAGATGAATATAGTTTTCTTAATTTCTTGCCTTAAAGGTGGTCTGGTCTGCAATTGTTGAAACTTGAAAGT AAAATTTATTTTACTTATTTTGTAGTGCATATACTGTTACTTTTCTTTTGTGTTTAAGAGGTCAGTAGCCTTAAGTCCTT TGGTTTTGCTTGTGCCCAAAATTTAATCCCACAATTGAGATTTGTTTTAATATTGAAAGAGACAACAACGGTCACTGAAT TCGTGAACCTCTTTGACTGTGGTTTCATCATGTTTCCTTTTATTGCCATGTAATAGAGTATATTGATAGTATATACATAC ACTTGTTAAATATATAGATGTTACTTTTTCATGTTTACAGGTTAATGATGCAGTTCTTGTGGGTGATAGTACCCTTGTTT CTTGTTCGTCAGATACAACCCTTAAGGTTTGTTGCCTGTTAGTTATTTATTGTAATCAATCATTGCCCTTTTGCTGTGCT AGCAGCACTGATATAATTTTACTCCTTTCCGGCTGTTGTATGTTTCTGCCAGACATGGGATGCTTTTTCCACTGGAACAT GTACTAGGACGCTCCGCCAACACTCAGATTATGTTACTTGCCTTGCAGCATCTGAAAAAAATGTAATGTACTTTGAACTT 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AGGACATTATGCAAACAAATGCAAAACTCAACAAAAAATTAATGAATTAGATTTAGACCAAAAACTCAAAGATAGTCTAA TCAGGTGAAAAAGTTTTAATATAACTTTTTTTCTATTAGCGTTTTTAAGATGGTACTAAAGATCATTAGTAAAAAAAATA CATAAATATATGCAATGGGCCGGGGTCAAATGATTTATTTAAAATATCCAATACCCAATTTTCACACCAACTTAATATTT TTTATTGATACAATTAAAAGATTGGTACGCGTACGACTCTTTGTTTCCTGCATGGGACAAGTTCCTTATCATTTTTGAAT AATCCCAACTCAAATTTGACTTTTCAAATAATAGAAAATCGATGATACGTACCATTACCATGCATGTTGTAGTATCCCAC ACACTAAAATAGCTAAATTATATGGACACGGTTCTTACAAGCCACCAAAAATTAATAAACCAAATTTCAAGCCAGCAATA CTAGTTAACAAACCACCGGTTTACAAGCCAACTCTTGGATTAAGACCTTACACTCCAACTAGTATAAAAATCGATGATAC CATGCATTTAGTAGTATCACTCACCTTCACTAAAGGCATGACTTCTTATAATTTCTTATTCTTTCTAGTTGTGTTCCTTG CATCTCTGATGCTTGTCCCCCAAGCGCTTCTTGTTGAAGCGGTTAACAAGCCATTGCCAGTCACCACGCCACATCGGATT TACTGGCCACCACCACCAGAATATCAAGGGTACTCTCCTTCAGTAAAAGAGGTTAACGAGCCATTGTCGGTAACAACGCC ACATCATGATTATTGGCCATCACCACCATTGCTGCCACCAATAGATTATCGAAAGTACCATCCTTCAATAGAAGATGTTA ACAAGCCATTGCCCGTCGCCATGCCACATCGGAGAATTTGGTCACCACCACCAATACATGAAGATGCAACGAGCTTGAAT TGACATGCTATTTATGTATAATTACTAAATAAGATCAGCTAGGTTTCGTATGTTGTGACACAACTAGAAATGTGTTTATT TTCTGCGCATTTTTTCTGAATTTTATTTCGCAGAAATTTCCTGCGAAATGTTTTGCGATTTAGCTGTTGTTTCCTGCGAA TATATTTCTAAAGAAATATTTGCAAATAATATAAAATTTTCTTGCAAAATTACATGCACATTTTAGTCGCAAAAATATTC GCAGCCAGATCATGAGTTTTTACTTGTTTAATGTTAATCGGTGGTGTAACCATGCAATTTAGATCATGGCTTTGGTTAAA AGCAAAAGCAAGGGGGTTTTCTGTGTCGCACTATGAGTGGATTTCAAATCCCAATATCTACATTAATCTGTTGGGTGAAT GAAAGTAAATATTGATTCTGGAAGTCTGGCTAGTGTGTTGTCCCCGTGAAGCTTTTTGCTGAGATTAATACGTTGGATGG AGCTCCCTTTTCATGTGTTAGTATCATGGTTTATTGGGTTATTAACAGGTCTTTGTTGGTGTAGCAGGTTATTTTTGTGC ATATGGCAGGTGGTGGGGCTATCCTCCATGATGGTGGTGTGACATTCTTATGTTACCATACGGTTTGCATGCATCAGGTG GAGTAATTTTTGGATGTTGAGTTGACTTCTAGAGAGGATTTGTTTGGAATCCAAGTTGGGAACTTTGCATCCACGATGAG AGGGCTTTTTGAAGATTTCAAGTGATGAATAATATCAAGCAGATCTGGATTGGCAGCACTTTGGCTAGCTTATTGTGCTA TGTTTTCTTTTAGACCTCCTTGGAAGTTCCGCTTTGATCCTAGCGAGGGGTACTCTTTTTCCTTACTAGGTTTTCCCATT GGGGTTTTTCCTAGTAAGATTTTAATGAGACTTCTCTCCTTGATCTTGCTTCCAAGGTGGGGGTGTGGGTGGGTTCTTTT TGAGCATTAGTTTGGCTCCTTTGATACTACTATTTTTTTTTTCTTTACCTGTATTTTCTTGTATTGGGTTGAAGTACCCC TTGTACTTCTCTTCAATATATATAGTCCATTGCTTATAAAAAAAAATATATACATTATACATGACAAAACAGCTCCAAAA AATAAAATAAGACTACTTTAATAAGGGATGCCCACTTTCCCCTCCCATATTCCCATTGAATCATTTGCAGTTAGGAAATG TAAAATCAGATAGGAGATCAAGATGTTGTCAATGGATACTATAGTAATTTTTTTACAGGTGACTTTTACTTGGTTATTCC AGTGCCCACCTTTCAAAGGAAACACAAAAAGCAATAATGTTAAAGGAAACCCTAACCTTCACCATGAACCTCGATCACAG TCACCCACCTACGATCTAGAGTCACACGGGGAATACCTTCAAGTCGGGCGAACCATATTACCCTAGGAGTTTGATGGAGG TTTCGCTCATTTGCTTCAAATCGGGCAGATCCGGTTCGATCTTCCAGGTCACGACCCAATGAAAAACCGCCACTAATTAC ATAACCGCCAGAGAATAAATTTTACATAACGTTGTCGATATAAACCTTACAGTATCATCCTTTTAAGTGGCGGTCAAAAT CAACCGTCGCTAGACTACCGTCGCACTAAATCCAAATTCTCGAATTTTACATTACTTTTATTTTTATCGGCAAATGTTAA TGGTTAGTAAATTAGTCCTCCACAGGGTTCGAATATTACATTACTTTATTATTCAATAGGTTACAGGTGAAAAAGTTTTA ATATAACTTTTTTTCTATTAGCATTTTTAAGATGGTACTAAAGATCATTAGTAAAAAAAATACATAAATATATGGAATGG GCCGGGGTCAAATGATTTATTTAAAATATCCAATACCCAATTTTCACACCAACTTAATATTTTTTATTGATACAATTAAA ATATTGGTACGCGTACGACTCTTTGTTTCCTGCATGGGACAAGTTCCTTATCATTTTTGAATAATCCAAACTCAAATTTG ACTTTTCAAATAATAGAAAATCGATGATACGTACCATTACCATGCATGTTGTAGTATCACACACACTAAAATAGCCAAAT TATATGGACACGGTTCTTACAAGCCACCAAAAATTAATAAACCAAATTTCAAGCCAGCAATACTAGTTAACAAACCACCG GTTTACAAGCCAACTCTTGGATTAAGACCTTACACTCCAACTAGTATAAAAATCGATGATACCATGTATTTAGTAGTATC ACTCACCTTCACTAAAGGCATGACTTCTTATAATTTCTTATTCTTTCTAGTTGTGTTCTTTGCAGCTTTGATGCTTGTCC CTCAAGCGCTTCTTGTTGAAGCGGTTAACAAGCCATTGCCGGTCACCACGCCACATCGGGTTTACTGGCCACCACCATTG CCGGTCACCACGCCACATGGAGTTTACTGGCCACCACCATTGCCACCACCAACAGAATATCAAAGATACTCTCCTTCAGT AAAAGAGGTTAACAAGCCATTGTCGGTTGCCACGCAACTTCGGAGACAAAGGCCACCGCCAGTGTCATGGCTGCCACTAC AAAATTATCGAAAGTACCATCCTTCAATAGAAGAGGTTAACGAGCCATTGTCGGTAACAACGCCACATCATGTTTATTGG CCACCATCACCATTGCTGCCACCAATACATTCTCGAAGGTACCATCCTTCAATAGAAGATGTTAACAAGCCATTGCCAGT CGCCATGCCACATCGGAGAATTTGGTCACCACCACCAATACATGAAGATGCAACGAGCTTGAATTGACATGCTATTTATG TATAATTACTAAATAAGATCAGCTAGGTTTCGTATGCTGTGACACAACTAAAAATGTGTTTATTTTCCGCGCATTTTTTC TGAATTTTATTTCGCAGAAATTTCCTGCGAAATGTTTTGCGATTTAGTTGTTGTTTCATGCGAATATATTTCTAAAGAAA TATTTGCAAATAATATAAAATTTTCTTGCAAAATTACATGCACATTTTATTTGCAAAAATATTCGCAGCCAGATCCTGAG GTTTTACTTGTTTAATGTTAATCGGTGGTGTAACCATGTACTTAGGGATGACAATGGGTAGGGGCTGGGTAGGGTACTAT AGTCTCCATCTCCATACCCGTGTTTTCAAAAATTACCCGTACCCGTCCCCATACCCGCATGGGTAGAAACTTGAATGCTC GTCCCCGTACCCTCTGGGTACCTATATGCCCGTACCCGTGCCCATTACCCGCAATTTAGCTAAACAAAATATAGTTTTCA CTATTTTTGTTAATAGAAAACAAAAATACAACTAATTTTTTAAATAAAAAACACTAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN TCGGGCAGATCCGGTTCGATCTTCCAGGTCACGACCCAATGAAAAACCGCCACTAATTACATAACCGCCAGAGAATAAAT TTTACATAACGTTGTCGATATAAACCTTACAGTATCATCCTTTTAAGTGGCGGTCAAAATCAACCGTCGCTAGACTACCG CCGCACTAAATCCAAATTCTCGAATTTTACATTACTTTTATTTTTATCGGCAAATGTTAATGGTTAGTAAATTAGTCCTC CACAGGGTTCGAATATTACATTACTTTATTATTCAATAGGTTACAGGTGAAAAAGTTTTAATATAACTTTTTTTCTATTA GCATTTTTAAGATGGTACTAAAGATCATTAGTAAAAAAAATACATAAATATATGGAATGGGCCGGGGTCAAATGATTTAT TTAAAATATCCAATACCCAATTTTCACACCAACTTAATATTTTTTATTGATACAATTAAAAGATTGGTACGCGTACGACT CTTTGTTTCCTGCATGGGACAAGTTCCTTATCATTTTTGAATAATCCAAACTCAAATTTGACTTTTCAAATAATAGAAAA TCGATGATACGTACCATTACCATGCATGTTGTAGTATCACACACACTAAAATAGCCAAATTATATGGACACGGTTCTTAC AAGCCACCAAAAATTAATAAACCAAATTTCAAGCCAGCAATACTAGTTAACAAACCACCGGTTTACAAGCCAACTCTTGG ATTAAGACCTCACACTCCAACTAGTATAAAAATCGATGATACCATGTATTTAGTAGTATCACTCACCTTCACTAAAGGCA TGACTTCTTATAATTTCTTATTCTTTCTAGTTGTGTTCTTTGCAGCTTTGATGCTTGTCCCTCAAGCGCTTCTTGTTGAA GCGGTTAACAAGCCATTGCCGGTCACCACGCCACATCGGGTTTACTGGCCACCACCATTGCCGGTCACCACGCCACATGG AGTTTACTGGCCACCACCATTGCCACCACCAACAGAATATCAAAGATACTCTCCTTCAGTAAAAGAGGTTAACAAGCCAT TGTCTGTTGCCACGCAACTTCGGAGACAAAGGCCACCGCCAGTGTCATGGCTGCCACTACAAAATTATCGAAAGTACCAT CCTTCAATAGAAGAGGTTAACGAGCCATTGTCGGTAACAACGCCACATCATGTTTATTGGCCACCATCACCATTGCTGCC ACCAATACATTCTCGAAGGTACCATCCTTCAATAGAAGATGTTAACAAGCCATTGCCAGTCGCCATGCCACATCGGAGAA TTTGGTCACCACCACCAATACATGAAGATGCAACGAGCTTGAATTGACATGCTATTTATGTATAATTACTAAATAAGATC AGCTAGGTTTCGTATGCTAAGACACAACTAAAAATGTGTTTATTTTCCGCGCATTTTTTCTGAATTTTATTTCGCAGAAA TTTCCTGCGAAATGTTTTGCGATTTAGTTGTTGTTTCATGCGAATATATTTCTAAAGAAATATTTGCAAATAATATAAAA TTTTCTTGCAAAATTACATGCACATTTTATTTGCAAAAATATTCGCAGCCAGATCCTGAGGTTTTACTTGTTTAATGTTA ATCGGTGGTGTAACCATGTACTTAGGGATGACAATGGGTAGGGGCTGGGTAGGGTACTATAGTCTCCATCCCCATACCCG TGTTTTCAAAAATTACCCGTACCCGTCCCCATACCCGCATGGGTAGAAACTTGAATGCTCGTC
CDS sequence (LotjaGi5g1v0216400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCACCGCGTGGGTAGTGCAGGGAACACAAACAGTTCAACTCACCCGCGTAAGGAGAAGAGATTAACATATGTGTTGAA TGATTCTGATGACACAAAGCATTGCGCAGGCATAAATTGTTTGGCCGTACTTAAGTCTGCAGTATCTGATGGGTCTGATT ATCTCTTCACTGGGAGCCGTGATGGCAGGCTAAAACGGTGGGCACTAGGTGAGGATGCAGCAACATGCTCTGCTACCTTT GAAGCTCATGTGGACTGGGTTAATGATGCAGTTCTTGTGGGTGATAGTACCCTTGTTTCTTGTTCGTCAGATACAACCCT TAAGACATGGGATGCTTTTTCCACTGGAACATGTACTAGGACGCTCCGCCAACACTCAGATTATGTTACTTGCCTTGCAG CATCTGAAAAAAATAGCAATATTGTTGCCTCTGGTGGCCTCGGTGGAGAGGTTTTCGTATGGGATCTTGAAGCTGCACAT GCTTCAGCTGCAAAGTGCATTGATGCTACGGATGATGATACTTCAAATGGTATCAATGGTTCTGGGAACTCATTACCATT GACTAGCTTGCGTAGCATCAGCTCAAGTAACAGTATATCTGTGCACACTACTCAAAATCAAGGATACATTCCAATTGCTG CTAAAGGCCATAAGGAATCTGTTTATGCATTGGCAATGAATGAAGGTGGAACACTTCTTGTCTCTGGTGGTACAGAAAAG GTTGTGCGTGTTTGGGATCCAAGATCTGGATCAAAGACTATGAAACTAAAAGGGCATACGGATAACATCAGGGCTTTGCT TCTGGATTCTACTGGCAGGTTTTGTTTATCAGGATCTTCAGACTCCATGATAAGGCTTTGGGATCTTGGTCAGCAACGTT GCTTGCATTCTTATGCAGTTCACACAGATTCTGTGTGGGCTCTTGCTAGCACTTCAACATTTAGTCATGTTTATAGTGGT GGTAGAGACTTCTCATTGTGTTCCTTGCATCTCTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0216400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MHRVGSAGNTNSSTHPRKEKRLTYVLNDSDDTKHCAGINCLAVLKSAVSDGSDYLFTGSRDGRLKRWALGEDAATCSATF EAHVDWVNDAVLVGDSTLVSCSSDTTLKTWDAFSTGTCTRTLRQHSDYVTCLAASEKNSNIVASGGLGGEVFVWDLEAAH ASAAKCIDATDDDTSNGINGSGNSLPLTSLRSISSSNSISVHTTQNQGYIPIAAKGHKESVYALAMNEGGTLLVSGGTEK VVRVWDPRSGSKTMKLKGHTDNIRALLLDSTGRFCLSGSSDSMIRLWDLGQQRCLHSYAVHTDSVWALASTSTFSHVYSG GRDFSLCSLHL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 327 | 327 | 2.4E-210 | – | |
| MobiDBLite | 1 | 20 | 20 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 327 | 327 | 2.4E-210 | – | |
| Gene3D | 7 | 178 | 172 | 8.6E-25 | ||
| SMART | 19 | 68 | 50 | 2.0 | ||
| ProSiteProfiles | 31 | 331 | 301 | 35.646 | ||
| Pfam | 34 | 67 | 34 | 0.038 | ||
| SUPERFAMILY | 34 | 327 | 294 | 1.6E-52 | ||
| CDD | 34 | 327 | 294 | 6.64583E-44 | – | |
| SMART | 73 | 111 | 39 | 1.8E-4 | ||
| Pfam | 75 | 111 | 37 | 0.043 | ||
| PRINTS | 98 | 112 | 15 | 6.9E-7 | ||
| ProSitePatterns | 98 | 112 | 15 | - | ||
| SMART | 115 | 155 | 41 | 1.2E-7 | ||
| Pfam | 116 | 155 | 40 | 1.7E-4 | ||
| ProSiteProfiles | 122 | 164 | 43 | 10.475 | ||
| Gene3D | 184 | 329 | 146 | 2.0E-32 | ||
| SMART | 207 | 246 | 40 | 5.8E-4 | ||
| ProSiteProfiles | 214 | 255 | 42 | 14.719 | ||
| Pfam | 215 | 246 | 32 | 0.0015 | ||
| PRINTS | 233 | 247 | 15 | 6.9E-7 | ||
| SMART | 249 | 288 | 40 | 2.5E-7 | ||
| Pfam | 252 | 288 | 37 | 5.7E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 256 | 297 | 42 | 14.585 | ||
| ProSitePatterns | 275 | 289 | 15 | - | ||
| PRINTS | 275 | 289 | 15 | 6.9E-7 | ||
| SMART | 291 | 330 | 40 | 0.84 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0216400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…