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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0270700 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0270700.4 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Exocyst complex component Sec8 family protein; TAIR: AT3G10380.1 subunit of exocyst complex 8; Swiss-Prot: sp|Q93YU5|SEC8_ARATH Exocyst complex component SEC8; TrEMBL-Plants: tr|I1LCX3|I1LCX3_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0270700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:58388405..58405187) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ACATTCATTCATGATAATTTGAGTCTCCATGTTCCATTTGAATACAGTATCTGAGAGAAGAGATCTCCAGAATAGATGAG AGTTGGGCTGCTGCTCGTTTTGATTCGTTACCTCATGTTGTTCACATTTTAACATCAAAAGATCGTGAAAGCGCTGCCCA AGTTTTGAAGGAGCAAAGTGATGTTATTGAGGACGTTGTTGATGAAGTAGTACATTCTTATCACAGTGGTTTCAACAGAG CTATCCAAAACTATTCCCAGGTTTCTTTAAATTCAGAATTCTATGACTATTTTAATGAATATACATTTGTGCAGTGATAA TTCAGTCATTTTCCATTGCAGGTTCTGTGTTTTTTATTATGTGTATTCTTGAAAAGATTACTATGGGATGATATTTTCCC CAAATTTTATGCTGTCAAGTTTAGATCACTGTCATAGCAGCTGCTGCTTTATATGTTTTTTTAAGAATTTGTTGACACCT CTTTATAAGTTTTATGGCTATAAGACAAGAAGAAAACCTTTTCCTTTATTAAAATAGTAACATCTTTTGAACTTAGCTTC ATTTCAAGCATTGTGTTTTTAAATCCACTGCTCATGTTTACTGTTGTTTTTAATGCAATACCAGTACATTTTCCTTTAAC TGCCTTGTTTTAACCATTTAATCTAATCGTTTCCATTGATTTATATAATCTTCATTACAATCTTTAGGTGCTTTCTGTTA TGTGATCTGGAATGCAAGGTTGACAAATGAAAAACAAAGAAACAATCTTAGCGCAAGTGTCTTGTATTAAATAAATTTAA AGTTCTGTAGGAATCATTAGCAATAGTGCTATAGTAAAATCTCCATGTGGTTTCTAAATTTCTGTTAAACTTGAAATTTT TTCAACAATAACTGGATTTCTTCAGCTTCTTCCCCCATCCATCTTGTTTCATAGAGTGTAGCTGAATTAGGACTGCGCCT 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0270700.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCTGTTCCTTGAGCGAGGTCTCCAAAATGTTGGGGCACTTCAAGATGTCCGTTCTGAGTTAACAAAATTACGTGGTGT CCTCTTTTATAAGATTTTGGAGGATTTGCATGCACATTTATACAACAAGGGTGAATACAGCGCTGCTGGCTCAACTATGC TAGAGAATGACGATGAAGTACCAACCACCACATCTGTTGCACTCGGTACACATAATTCGCAACCCCTGTCTCGAAGAACC AGGTCACTCAAAGGTGACAATCAGGCTACCCTCCAGATTGATGGGTCCTATAGGCCAAGATCTGCAGATGGAGGTTCTTT TGATGGCCATGACGATGAAGGCGCTTTGGATTTAAATGGGGAAGCTACGTTAGATGGGAATCTGGGAACCATGAGAATCA ATGGTAGTGATGTCCCGAAGGATGTCAACGCTGCTCTTCGTCAAATGCCGACATGGCTTTCAAATTCGACACCAGATGAA TTTCTTGAAACAATTAGAAAGAGTGATGCTCCGCTTCATGTGAAGTATCTTCAGACCATGGTTGAGTGCCTTTGCATGCT TGGCAAAGTTGCAGCTGCTGGGGCTATGATATGCCAAAGGTTGCGTCCAACAATTCATGAGATTATTACATCCAAGATTA AAGCTCATGCAGAGCTTTTGAGTTCGTCAAGGTCTAGAATTGTTCAGGGTTCCCGAGCTGGAACAGGTGATCTACACTTT ATAAAAGGTCAACTGGAAAGCTATCAGTTGCCAAAACAGAAACGTAAAAATGGAATATCTATTGCGGGAACATTGTTGGC TGTGAGCCCTGTATCACCTCTTATGGCCCCTGGCGGGAAAGCACAGGTTGCTGCTAAGGAGCTTCTTGATTCAATTTTGG ATGCTGTTGTTCGAATATTTGAGAACCATGTCGCTGTTGGGGAGCTTTTGGAAGCAAAAGCCTGTCAGCATGCTGACATG AACACACCAAAATCAATGCCAGTAGATGTGAATTGGAACCCTGATTCTGAAACCTCTCAAGCCACAGGGGGTTACAGCTT AGGTTTCTCCCTTACAGTGTTACAGAGTGAATGCCAACAACTTATATGTGAAATTCTGCGGGCTACTCCTGAAGCTGCAT CTGCAGATGCTGCGGTGCAAACGGCTAGGCTTGCAAGCAAAGTCCCTTCAAAAGATAAAAGGGATGGATCGGAGGATGGT CTTACTTTTGCATTCCGGTTTACAGATGCTATGATATCTATTCCTAACCAGGGTGCTGATCTTGTTCGCCAAGGATGGAG TAGGAAGGGTCCCAATGTGCTGCAAGAGGGTTATGGTTCTGCAGCAGTTTTGCCTGAGGAAGGCATATATTTAGCAGCAT CTGTATACCGACCTGTGCTTCAGTTCACAGATAAAATTGCTTCAATGCTGCCAACAAAGTATTCTCAACTTGGCAATGAT GGGTTGCTAGCTTTTGTGGAGAACTTCGTGAAGGACCATTTCTTACCAACTATGTTTGTGGACTACCGAAAAGGCGTACA ACAAGCTATATCAAGCCCTGCTGCATTTCGTCCAAGGGCACATGTGGTTACTGCTTACACTCCGTCAATTGAGAAGGGTC GACCTGTATTGCAAGGATTACTGGCTATAGATTACTTGACAAAGGAGGTACTTGGCTGGGCACAAGCAATGCCCAAATTT GCTAATGATCTTGTGAAGTATGTGCAAACTTTTCTGGAGAGGACTTACGAAAGATGCCGGACTTCATACATGGAGGCTGT TCTTGAAAAGCAGAGTTACATGCTTATTGGGAGGCATGATATTGAGAAATTGATGAGGATTGACCCCTCAAGTGCATATT TACCAAACCTGCTCGGTCATATTAACATGGAAAGTAATTCCTCTGATGCTGAAACAATTGAGGCTGAATCAGAGCTAAGT GAATTACTGCTAAGTTTGCGTCCTATTAAGCAGGAAAACCTAATCCATGATGACAATAAACTTATTTTGTTGGCGTCCCT TAGTGACTCATTGGAGTATGTTGCTGACTCTATTGAAAGGCTTGGACAAACAACTCAAAGAGCATCAAATCATGTGGAAG GAAAATACCATAGTCATTCAGACGGTGCGCCTGCAAGGAGTCTAGGATCTTTTGCTCAAGATTATAGGAAATTGGCAATC GATTGCCTCAAGGTTTTACGTGTAGAGATGCAGTTGGAGACAATATTTCATATGCAGGAAATGACAAATACAGAATACTT GGATGATCAAGATGCTGAAGAACCAGACGACTTCATCATTTCGCTCACTTCACAGATAACACGAAGAGATGAGGAAATGG CTCCTTTTATTTCAAATTCAAAGCGGAATTACATATATGGTGGAATTTGTGGGGTTGCAGCAAATGCATCAATTAAGGCT TTGGCAGATATGAAGTCTATTAATCTCTTTGGTGTTCAACAAATATGTCGAAACTCAATCGCATTGGAACAGGCACTTGC AGCGATTCCATCCATAGATAGCGAAGCAGTGCAACAAAGACTGGATCGAGTCCGCACCTACTATGAACTACTAAACATGC CATTTGAGGCCCTGGTCGCGTTCATTACAGAACATGTTCACTTGTTTACTGCTATAGAGTACGCCAACCTTCTTAATGTT CAGGTCCCTGGAAGGGAGATTCCTCCTGATGGACAGGATCGAGTATCTGAAATATTATCCTTGTAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0270700.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MLFLERGLQNVGALQDVRSELTKLRGVLFYKILEDLHAHLYNKGEYSAAGSTMLENDDEVPTTTSVALGTHNSQPLSRRT RSLKGDNQATLQIDGSYRPRSADGGSFDGHDDEGALDLNGEATLDGNLGTMRINGSDVPKDVNAALRQMPTWLSNSTPDE FLETIRKSDAPLHVKYLQTMVECLCMLGKVAAAGAMICQRLRPTIHEIITSKIKAHAELLSSSRSRIVQGSRAGTGDLHF IKGQLESYQLPKQKRKNGISIAGTLLAVSPVSPLMAPGGKAQVAAKELLDSILDAVVRIFENHVAVGELLEAKACQHADM NTPKSMPVDVNWNPDSETSQATGGYSLGFSLTVLQSECQQLICEILRATPEAASADAAVQTARLASKVPSKDKRDGSEDG LTFAFRFTDAMISIPNQGADLVRQGWSRKGPNVLQEGYGSAAVLPEEGIYLAASVYRPVLQFTDKIASMLPTKYSQLGND GLLAFVENFVKDHFLPTMFVDYRKGVQQAISSPAAFRPRAHVVTAYTPSIEKGRPVLQGLLAIDYLTKEVLGWAQAMPKF ANDLVKYVQTFLERTYERCRTSYMEAVLEKQSYMLIGRHDIEKLMRIDPSSAYLPNLLGHINMESNSSDAETIEAESELS ELLLSLRPIKQENLIHDDNKLILLASLSDSLEYVADSIERLGQTTQRASNHVEGKYHSHSDGAPARSLGSFAQDYRKLAI DCLKVLRVEMQLETIFHMQEMTNTEYLDDQDAEEPDDFIISLTSQITRRDEEMAPFISNSKRNYIYGGICGVAANASIKA LADMKSINLFGVQQICRNSIALEQALAAIPSIDSEAVQQRLDRVRTYYELLNMPFEALVAFITEHVHLFTAIEYANLLNV QVPGREIPPDGQDRVSEILSL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 4 | 900 | 897 | 0.0 | ||
| MobiDBLite | 55 | 121 | 67 | - | – | |
| MobiDBLite | 56 | 95 | 40 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Exocyst | A protein complex peripherally associated with the plasma membrane that determines where vesicles dock and fuse. At least eight complex components are conserved between yeast and mammals. | ||
| Biological process | Vesicle tethering involved in exocytosis | The initial, indirect interaction between a secretory vesicle membrane and a site of exocytosis in the plasma membrane. This interaction is mediated by tethering factors (or complexes), which interact with both membranes. Interaction can occur via direct binding to membrane phospholipids or membrane proteins, or via binding to vesicle coat proteins. This process is distinct from and prior to docking and fusion. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0270700.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…