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LotjaGi5g1v0320000.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0320000
Transcript ID LotjaGi5g1v0320000.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Pre-mRNA-processing 40A-like protein; TAIR: AT1G44910.1 pre-mRNA-processing protein 40A; Swiss-Prot: sp|B6EUA9|PR40A_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40A; TrEMBL-Plants: tr|A0A151U7I4|A0A151U7I4_CAJCA Pre-mRNA-processing factor 40 isogeny A; Found in the gene: LotjaGi5g1v0320000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:63721627..63738920) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

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GGAATTTATGTAAGATATGCGACCCTATAACTAATTTATAATTACTTATATACTAATGAGAATCCAAAAGAGTTAATAAA GTTCCATACCCACCCCTTGTACTTATTCCAACACTATATATCTAATTATCTATCTATATAAAGTGATCCTAGAGTTATAT TCTCTTTTTGAGGGTAGAGTTCTATTCATTCTCATAGTAATTGAAAGTTCTCAAAAGCAGAGAATGAAAATGTGGTCTAA GGTTAGTGCCATCCTGTGCCTGGCACTGTTCTTCTTTCTCTTCTTAACCCTCACATATGCAGCAAGACATGACCCTTCAT CTTCCCCTATCATTTCAAGCAGTACTCAACATGGGGTGAGTTGTTAATTTTATTCAGAAAATTCTCTGCAATTTCATCAT GTATGTTTCTCTTTTGTGTTGTTCAATTAAGAATCTTCTTCTTTTAAACATACTTGAATTAAGGTTTTGGAAGATGACAA GGTTGAAATGGAGGAGGAAAATTGTGAGGGCATTAAAGAAGAAGAATGCTTGATGAGAAGAACACTTGTAGCTCACACGG ACTATATCTACACACAGAAGCAAAAACCATGAGCTTCATATATAGCTGGTTTTTCACACCTTGTTGTAGTTTTATGTATT AGAGATAGCTTTCAATTTCATATGCCATTTTTGACATTTGAAGAGCTTGTCTAGTTATCTTGTTTTTCAGTTCATTCAGA CAGGGGTTTTATGAATGTTTATTAACTATTAACAGATGTTTTGCTTTTAATTATTTCATATTGTAAAGCTAGCCAATGTA TAAACTGATTTTGCTAGATAAATATTTTGAAATATTTTTATTTCTGGATCCTTTTGAGACTGAATTAGACATTGTGCCCA ATTTGATTGGTCATAAAAAAATAATGGAACATTGCATGATGAAGCTAGCTATAGGCATCAGCTGTAAAGTTTCCACCTTT CTTTAGCACTAAAC 

CDS sequence (LotjaGi5g1v0320000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTCGAATAATCCGCATTTCCCGGGTTTACAGCCTCTTCGGCCTCCTACTGGTCCAGTGGATTCCCAGCGCAATTTTGG TCCACCGATGCCTGTTCAATTCCGCACTGTTGTTCCTGCTCAACAGCCGCCGCAATTCGTTCCCATGCCTTCTCAACATT ATCAACCTCTTGGTCCCGGTGTTCCCATGATGAATGTTGGAATGCATCCTCAGAATCCACAACCCCAATTTTCTCAACCA ATTCAACCGTTACCCCCAAGACCTAGTCAGCAGCTACCACTCCCGTCACAGCCAATTCCATTGCCAGTTGCTCGGCCAAA CATGCAAATGTCATCTGAATCAATGATACCTCTGCCTGATTCTCAAGCCCCAAATGGCTACGCACCAGGTTTAGGTGGCC CCGGAATGCCACTCTCCTCATCTTATACGTTTGCGCCATCTTCTTATGGTCAAGTGCAAACTAATTTTAGTTCTGCCAGC CAATACCAAACAATTCCTCAAATCCAAGCTCATACTGGCACTTCATCCCAGAGCATTACCTCTGGCACAATCCTCCAGAG CAGTGGCGAACAACCTTCAGCTACCATTAACCAGCCAAAACTTGCAAAAGTTGGCTCTTCAGATTGGATTGAGCATACTT CTGCCACTGGAAGAAAATTTTACTATAATAAAAGGACTAAGTCATCCAGCTGGGAGAAGCCTTTTGAATTAATGACACCT ATTGAGAGGGTAGATGCATCAACAAACTGGAAGGAGTTTACTAGTCCTGATGGAAGAAAGTATTACTACAACAAGGTCAC TAAAGAATCAAAGTGGTTGATTCCTGAGGAACTGAAGTTGGCCCGTGAGCAAGGTGAAAAGGCAATTGTCAATGGAACAC GCCCTGAAGCTTTACTGAATTCTCATACTCAACCCTCTGCAACTCCTTCTGTGACTGAAGCTACACCAATTGCAGAGAAT TCATCTCTAACTGGTCAAGGCGAACCATCTAGTCCTGTCTCAGTTGCTCCGGTTGTTACTACACCTGCAAGTAATCTGCA ATCTGAGTTGACTTCTGGATCATCTGCCTCTCCTTCTGCAATCACTGTATCTGGAACAAAAGTTGATGAACTTGATGCAC CTGTAAATACTGTCACTCCATCAGATGCTAGTGCTGGAAGTGATAGAGCTTTTGATACTGAAATTAATACTGCTATGCCT ACAACAGCAATGAATGATGCCAACAATATTTCAGCTCAAGATACTGTGGGTGGAGTTTCAGCAGAAGACAAAGAAGATGG AAAAAATGATTCAATTGGAGAGAAAGCTAATGGTACGACCTCAGAAGCAAAGGCAGCTGAGCCAGAACCCTTAGTCTATG CGAATAAGATGGAAGCTAAAGATGCATTCAAAGCGCTCTTGGAGTCTGTTAATGTTGGATCTGACTGGACTTGGGATCGG GCTATGCGATTGATAATTAATGACAAAAGGTATGGTGCGTTAAAAACCCTTGGAGACAGGAAGCAAGCTTTCAATGAGTA CTTAAATCAGAGAAAAAAACAGGAAGCGGAAGAAAAGCGTATGAAACAGAAAAAAGCGCGGGAGGATTTTAAAATAATGT TAGAAGAATCCACAGAATTGACTTCATCCACCAGATGGAGCAAAGCAATTGCTATATTTGAAAATGATGAACGTTTCAAG GCTGTTGAACGTGACAGAGATCGCAAGGATATGTTTGATAGCTTCCTGGAAGAACTTATAATCAAGGATCGAACAAGGGT ACAGGAGGAACGAAAACGGAGTATAACGGAATACAGGAAGTTTTTAGAATCTTGTGACTTTATTAAGGCTAGTACACAGT GGCGTAAAGTTCAAGACCGCTTAGAGGCTGATGAAAGATGTTCTCGTCTCGAGAAAATTGATCGTTTGGAAATATTCCAA GATTATTTGCGTGATCTAGAGAAGGAAGAGGAAGAGCAGAAGAAGATACAGAAAGAGGAACTGAGAAAGGCAGAACGTAA AAACCGGGAGGATTTCCGCAAATCGATGGAAGAGCATATTGCTTCAGGCATTCTTACAGCAAAAACTCAATGGCGTGATT ATTATTTAAAGGTGAAAGATCTACATGCTTATCAAGCTGTGGCATCAAACACTTCAGGGTCAACTCCAAAAGACTTATTT GAAGATGTTGCTGAAGAACTAGAGAAACAATATCATGAGGAAAAGAGTCGAGTAAAAGATGCATTGAAGTTGGCAAAGAT CACTTTGTTGTCAACTTGGACTTTTGAAGACTTCCAATCAGCTTTATCAAAAGACATTAGTTCTCCGCCTAAATCTGAGT TCAACTTAAAGCTAGTGTTTGATGAGCTACAAGAACGGGCTAGGGAGAAGGAGGAGAAGGAAGCTAAGAAGCGTAAACGT CTTGCAGATGATTTTTTTCACATACTATATTCTACCAAGGACATTACTGCGTCTTCAAAGTGGGAGGACTCTAGACCACT TGTTGAAGATAGCCAAGAGTTCAGATCTATTGGAGATGAGAGCCTTTGCAAGGACATATTTGAGGAGTACATTACGAAAC TGAAAGAAGAGGCAAAAGAGATTGACCGGAAACGGAAAGAGGAAAGGGCAAAGAAGGATAAAGATAGGGAGGAAAGAGAA AGGAAAAAATCGAAGCACAGAAAAGAAAAAGAGGGAGGACGTGAACGTGGGAAAGAGGAGACACATAGGAAGGATAAAAC TGACAGCGACAGTTTGGATGCAACTGAAACCCAACCCTCCAATGAAAACAAAAGGTCCGGAGGTGATAATAGAAAACAAC GGAAGCAGCATCAAAGTCCTGAGGATACTTCTCACGAAGTGGATAAAGAGAGGACTAAAAAATCTCATGGTCATAGTAGC GACCGCAAGAAATCAAGACGTCATGCATCTGGTCATGAATCAGATGAAGGCCGGCACAAAAGGCGCAGGAGAGACCACCG CAGCGATTCTCATAGAGAGGGTGATTATGGAGATCTCGAAGATGGGGAATTTGGCGATGTCGCAGATAGATGGTAA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0320000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSNNPHFPGLQPLRPPTGPVDSQRNFGPPMPVQFRTVVPAQQPPQFVPMPSQHYQPLGPGVPMMNVGMHPQNPQPQFSQP IQPLPPRPSQQLPLPSQPIPLPVARPNMQMSSESMIPLPDSQAPNGYAPGLGGPGMPLSSSYTFAPSSYGQVQTNFSSAS QYQTIPQIQAHTGTSSQSITSGTILQSSGEQPSATINQPKLAKVGSSDWIEHTSATGRKFYYNKRTKSSSWEKPFELMTP IERVDASTNWKEFTSPDGRKYYYNKVTKESKWLIPEELKLAREQGEKAIVNGTRPEALLNSHTQPSATPSVTEATPIAEN SSLTGQGEPSSPVSVAPVVTTPASNLQSELTSGSSASPSAITVSGTKVDELDAPVNTVTPSDASAGSDRAFDTEINTAMP TTAMNDANNISAQDTVGGVSAEDKEDGKNDSIGEKANGTTSEAKAAEPEPLVYANKMEAKDAFKALLESVNVGSDWTWDR AMRLIINDKRYGALKTLGDRKQAFNEYLNQRKKQEAEEKRMKQKKAREDFKIMLEESTELTSSTRWSKAIAIFENDERFK AVERDRDRKDMFDSFLEELIIKDRTRVQEERKRSITEYRKFLESCDFIKASTQWRKVQDRLEADERCSRLEKIDRLEIFQ DYLRDLEKEEEEQKKIQKEELRKAERKNREDFRKSMEEHIASGILTAKTQWRDYYLKVKDLHAYQAVASNTSGSTPKDLF EDVAEELEKQYHEEKSRVKDALKLAKITLLSTWTFEDFQSALSKDISSPPKSEFNLKLVFDELQERAREKEEKEAKKRKR LADDFFHILYSTKDITASSKWEDSRPLVEDSQEFRSIGDESLCKDIFEEYITKLKEEAKEIDRKRKEERAKKDKDREERE RKKSKHRKEKEGGRERGKEETHRKDKTDSDSLDATETQPSNENKRSGGDNRKQRKQHQSPEDTSHEVDKERTKKSHGHSS DRKKSRRHASGHESDEGRHKRRRRDHRSDSHREGDYGDLEDGEFGDVADRW 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 1006 1006 0.0
PANTHER 1 1006 1006 0.0
MobiDBLite 1 32 32 -
MobiDBLite 66 132 67 -
MobiDBLite 76 102 27 -
MobiDBLite 171 202 32 -
Gene3D 186 243 58 1.6E-13
SMART 204 236 33 4.8E-7
CDD 207 234 28 3.60853E-8
Pfam 207 234 28 1.4E-9
ProSiteProfiles 207 236 30 12.373
SUPERFAMILY 208 242 35 3.12E-9
ProSitePatterns 209 234 26 -
SUPERFAMILY 237 278 42 1.78E-10
ProSiteProfiles 244 277 34 12.964
Gene3D 244 294 51 7.0E-13
SMART 245 277 33 2.6E-8
CDD 248 277 30 8.81455E-9
Pfam 249 275 27 2.3E-8
MobiDBLite 291 390 100 -
MobiDBLite 296 364 69 -
MobiDBLite 418 447 30 -
Gene3D 444 512 69 6.1E-25
SUPERFAMILY 450 511 62 5.49E-17
ProSiteProfiles 456 510 55 11.389
SMART 456 510 55 4.0E-12
Pfam 458 507 50 1.5E-14
Coils 504 529 26 -
Gene3D 513 584 72 2.2E-17
SUPERFAMILY 514 579 66 3.53E-14
SMART 523 578 56 5.1E-11
ProSiteProfiles 523 578 56 13.499
Pfam 525 573 49 4.0E-14
Gene3D 585 654 70 1.3E-11
SUPERFAMILY 587 652 66 4.45E-10
ProSiteProfiles 591 645 55 11.903
SMART 591 645 55 0.0057
Pfam 596 642 47 4.3E-6
Coils 639 674 36 -
Gene3D 655 739 85 2.2E-12
SUPERFAMILY 658 733 76 2.16E-8
ProSiteProfiles 663 726 64 9.1
SMART 665 726 62 15.0
Pfam 667 722 56 9.9E-5
Coils 717 744 28 -
ProSiteProfiles 731 786 56 7.595
Coils 780 800 21 -
SUPERFAMILY 791 860 70 2.62E-11
Gene3D 791 863 73 4.6E-15
ProSiteProfiles 798 853 56 8.721
SMART 798 853 56 3.1E-4
Pfam 803 850 48 4.9E-5
Coils 844 887 44 -
MobiDBLite 858 912 55 -
MobiDBLite 858 1011 154 -
MobiDBLite 925 955 31 -
MobiDBLite 966 1011 46 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Biological process MRNA cis splicing, via spliceosome The joining together, after removal of an intervening sequence composed of one or more introns, of two segments of the same RNA molecule via spliceosomal catalysis to produce an mRNA composed only of exon sequences that all came from the same primary transcript.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0320000.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…