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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi6g1v0196200 |
Transcript ID | LotjaGi6g1v0196200.3 |
Related isoforms 2 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | ATP-dependent RNA helicase, putative; TAIR: AT1G32490.1 RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|Q8VY00|ESP3_ARATH Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1; TrEMBL-Plants: tr|K7KW48|K7KW48_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0196200 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:49282988..49312940) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGGAAATGATGACAATCTAAAGACATGGGTATCAGATAAGTTGATGTCGCTACTGGGATATTCTCAGCCCACAGTTGT ACAGTACATGATTGGACTATGTAATTCATCTTGGACAATTTTCTTATCCTTAAAGTTCTTCTATGTAATCATTTTGGAAA TTGTATGTTGGTACTCGTGTGAAATATTATGGTAATGTTTTTTTGGTATTGTAGCCAAGCAAGCTACGTCACCATCTGAT TTGGTGGGCAAACTAGTGGACTTTGGCTTCTCATCAACGGACACCCGTGCATTTGCAGAAGAAATTTTCTCAAGAGTTCC TCGTAAATCATCTGGCTTAAATGTGAGTTTTTGATCTAAGGCACAATGTAAATATACTGCTATTTTCGTAGTGTTTATTT AGAAAATCCTTTTCTGTAGAAGAACTAAATATCTGCTGGCTATTGATTCTCTTTTATCCTAATACCAGCAATATCAGAAA CAAGAGCGAGAAGCTGCAATGTTAGCAAGGAGGCAGAAGACTTACACAATCTTGAAGGATGATGAAAATAGCGATGATGA CAATGTTGGTGGTGAAGATAAATCTTCAATAACTACTGCTTCTTCATCTAGAAAGCTAGATAAAAAACGCTTCAGGAAGA AAACTGAAGTTCAGGATGATCAAGATGATGAGGTAAAGTGCTCATTAACCTATTTGATTCACTTTCATATTTCTTGCTCA TGGTAAGCTGCTGATGAACAGTTATTCTAACAGTATGTGACTTGTTTTGACCAAATGCAATCCTGCAGGTAATTTCAAGA AAAGAAAGGGAGAGACAAGTTAAGAGAAGAATTTCCCCTGATGAAGATAATAGTTCAGAGGTGCCTTTTTTTAAAAAAAA AATGTCTAGATATACTTACATATAACATGGATCTGCAACTGATACTGGTCATGAAATTCTTGCTACTGCTTATTTGATTT 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0196200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi6g1v0196200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGNDDNLKTWVSDKLMSLLGYSQPTVVQYMIGLSKQATSPSDLVGKLVDFGFSSTDTRAFAEEIFSRVPRKSSGLNQYQK QEREAAMLARRQKTYTILKDDENSDDDNVGGEDKSSITTASSSRKLDKKRFRKKTEVQDDQDDEVISRKERERQVKRRIS PDEDNSSESEEERLKDQREKEELEQHLRERDAAGTRKLTESKLTRKEEEEATRRSQAAEQDGIQSLRKVSRQEYLKKREE KKLEELRDDIEDEQYLFEGVKLTEAEQSELRYKKEIYELVKKRYEEADNVNEYRMPEAYDQDGVIDQEKRFSVAMQRYRD PNAEDKMNPFAEQEAWEDHQIGKGTLKYGSKNKRQVSDDYQFVFEDQIDFIKESVMDGDKFDYEETEDSLEKSRAKSALE ALQEERKKLPMYPYRDELLQAVLVIVGETGSGKTTQIPQYLHEAGYTKRGMIACTQPRRVAAMSVAARVSQEMGVKLGHE VGYSIRFEDCTSEKTILKYMTDGMLLREFLGEPDLASYSVVMVDEAHERTLSTDILFGLVKDISRFRPDLKLLISSATLD AEKFSDYFDSAPIFKIPGRRYPVEINFTKAPEADYLDAAIVTSLQIHVTQPPGDILVFLTGQEEIETAEEILKHRTRGLG TKIAELIICPIYANLPTELQAKIFEPTPEGARKVVLATNIAETSLTIDGIKYVIDPGFCKMKTYNPRTGMESLLITPISK ASAMQRAGRSGRTGPGKCFRLYTAYNFHNDLDDNTVPEIQRTNLANVVLTLKSLGIHDLLHFDFMDPPPAEALLKALELL FALSALNKLGELTKVGRRMAEFPLDPMLSKMIVASEKYKCSDDIISVAAMLSVGNSIFYRPKDKQVHADNARMNFHTGNV GDHIALLKAQLLTSVPIEWN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
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---|---|---|---|---|---|---|
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PANTHER | 98 | 888 | 791 | 0.0 | – | |
MobiDBLite | 98 | 112 | 15 | - | – | |
MobiDBLite | 132 | 216 | 85 | - | – | |
Coils | 166 | 186 | 21 | - | – | |
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ProSiteProfiles | 414 | 577 | 164 | 18.375 | ||
SUPERFAMILY | 421 | 888 | 468 | 4.48E-121 | ||
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Gene3D | 580 | 755 | 176 | 5.1E-69 | – | |
CDD | 581 | 742 | 162 | 9.72391E-79 | – | |
ProSiteProfiles | 600 | 775 | 176 | 17.052 | ||
Pfam | 607 | 734 | 128 | 1.0E-13 | ||
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SMART | 795 | 887 | 93 | 1.2E-33 | ||
Pfam | 796 | 871 | 76 | 1.2E-20 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0196200.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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