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LotjaGi6g1v0196200.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0196200
Transcript ID LotjaGi6g1v0196200.3
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description ATP-dependent RNA helicase, putative; TAIR: AT1G32490.1 RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|Q8VY00|ESP3_ARATH Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1; TrEMBL-Plants: tr|K7KW48|K7KW48_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0196200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:49282988..49312940) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGGGAAATGATGACAATCTAAAGACATGGGTATCAGATAAGTTGATGTCGCTACTGGGATATTCTCAGCCCACAGTTGT ACAGTACATGATTGGACTATGTAATTCATCTTGGACAATTTTCTTATCCTTAAAGTTCTTCTATGTAATCATTTTGGAAA TTGTATGTTGGTACTCGTGTGAAATATTATGGTAATGTTTTTTTGGTATTGTAGCCAAGCAAGCTACGTCACCATCTGAT TTGGTGGGCAAACTAGTGGACTTTGGCTTCTCATCAACGGACACCCGTGCATTTGCAGAAGAAATTTTCTCAAGAGTTCC TCGTAAATCATCTGGCTTAAATGTGAGTTTTTGATCTAAGGCACAATGTAAATATACTGCTATTTTCGTAGTGTTTATTT AGAAAATCCTTTTCTGTAGAAGAACTAAATATCTGCTGGCTATTGATTCTCTTTTATCCTAATACCAGCAATATCAGAAA CAAGAGCGAGAAGCTGCAATGTTAGCAAGGAGGCAGAAGACTTACACAATCTTGAAGGATGATGAAAATAGCGATGATGA CAATGTTGGTGGTGAAGATAAATCTTCAATAACTACTGCTTCTTCATCTAGAAAGCTAGATAAAAAACGCTTCAGGAAGA AAACTGAAGTTCAGGATGATCAAGATGATGAGGTAAAGTGCTCATTAACCTATTTGATTCACTTTCATATTTCTTGCTCA TGGTAAGCTGCTGATGAACAGTTATTCTAACAGTATGTGACTTGTTTTGACCAAATGCAATCCTGCAGGTAATTTCAAGA AAAGAAAGGGAGAGACAAGTTAAGAGAAGAATTTCCCCTGATGAAGATAATAGTTCAGAGGTGCCTTTTTTTAAAAAAAA AATGTCTAGATATACTTACATATAACATGGATCTGCAACTGATACTGGTCATGAAATTCTTGCTACTGCTTATTTGATTT 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TTTTGTTGTGTTTGAATCATACAATACATAAGACGATACGATTCACGAGTCAAAAAATAGGTCTTCCGATTCACGATACG ATTCACAATTCAAGTACCATGCTAGAAAGTAATACACAGTTAAATTTAGTGATGATAAACACAATTTATTTATAATAAAA CTGAACACTGGGAAGATTTATTTTTTTCCATAAAGAACTGCGTCTATGATATTCTTATTGATTGTTGAGATGTGTGGTGT TTTTCTTGTATTTTTTTTATGGTGCTAGGTTAATAGCTATTTTAGAGGGTTTCAAATAGATTTGTTTGCTATGCTAAGTT GTACTTAGCTTTTGCTTTTTGTTTGTTCTTTTGTTCTTTCTCAAGGCTACTTTAATAAGGATATGTTATCCTTTCTTTTA TGACTGATAATATTTCAACAACTACCAGTCTTTCTCCAATAGGTGGAATTAGCTACATAATTAAATGAGGCCATAATGTC TTTCCATGAATCATGTTTATTGAGAGGCCATTTAATTGCAAATTTTGGATTTTCAACTTTTCTTGGTATCCGTTCACCTC TTATTTATTTTATAAGAAAATATTTTAGAACTTTATGAGCTTGTTTCATTTTCCATGCGCACAAATTGATTTTTCTGATG ATCTCAGTTTTTATTCTGTAAGATGAGATGATAATGATACATGGTTGTGTCAAAATCTGGTACTGTAGTCTTGTTTCCAC TGTGAAATGGTTTTTCCTCCCAATTTATTCATTCTTTGGTACGACTGTGTTTTGATGGAATATAATTTTTTATGATTGTT ATAAAATGTCCAGGTAAGAAGTATGAAACAAGCTAGGGATATCCGTGATCAACTTGCAGGTCTATTAGAGAGGGTTGAGA TCGAACTCACTTCAAATCCTAATGATTTAGATGCCGTCAAGAAATCCATAACATCTGGTGACTTATAAAACTCGTAATTC CTTGCAGTAAGAATCCGTTTTTAGTGTGCTGAATCTAATTTTTAACTACTGCAGGATTTTTCCCACACTCTGCACGACTG CAAAAGAATGGATCATATCGAACTGTTAAACATCCACAGACTGTTCACATACATCCTAGTTCGGGGCTAGCACAGGTACT TGGTGTTGTATATTGTTGAGTTATTACTTGAAACTCACTAGACTGATCTGGGTTTTAGTGGACTCCACCTCTACTCCGTA AAAAAAATAATCATTAGATGATGTTGAAAATGTGGGAAACGAGAGACAGAATGAATCCGTGTGTTTAAAGAGGATAATAT ATAGTCTTATAGACATACTTAGTTACAACAGAAATTAGGATTACATAAGTGCTATTATTTTAATAACAGACAATACAATA GAATTAAATATAAAACCAAACGCCTATTCTTATACTCTAATAGAGGAGGTTAGGACAACGTCCCCAAAAAACCAATGTTG TTAAGATCGGGATCCTACTAAGCATGTGGAGGGGAGTGCAAGGTCGTAGGATCGTAGACCAGATTCTAAGATCTAAAATG CAAAATTATACATCATACATATACATAGAAAATCACATAGATAAGTAAAATAGCCTCTGATTTATATCATTAAAATAAAT TTAAATTGAAAATTCATTAGCACAAAATCACATTAAGTCATAATATAATGCATTAAAAGAAATATGAATTTTTTTTTACA GCCATAAGAAATCTAAATTAATATTTACAACTAATACTTATAAACCTAAAACAATGCAAGTCTAATATAACCAGCACACC AGCAAGACACATAGCTGAATGTGGTGTCAAATAAAATCGTGCTAATCCGGAGGGACGTGCGCTTAGGGAAGACACTTACG CGGATTTTATGACCCTTGTCGGGATTGCTTAGGCAGTATATGAAGACATAATTGCAATTCGCAGAGGAAGAACCAAAAAG GCAAAGACAGAAGACAGAATCCAGAGAATCAAAATCGCAGACCAAGAACTACAGAACAGAGTGGCGTGCAAACAGATAGG CACAGAGGACCTTCAACCTCGCACATACATGTCGTCATGTCGACCTTCAAACCTTTGAACGCAGAAAGAGGGACAGGGGA ATAGGGATGAGGCCGAGCAAGGTTAGACATTAAAATTTTGATTTAAGGTTTCATTACCAGTTGGAGGGACAATCTAAGCT CATAAGAGGGATTGAGGGTTGGCGTGTTGTAACTTGTAACCACCTCAAAGAATCAGTATAGAAGACCAGTGTGGCATCAG GACGATGGGTCTCGCGAGATTCTAGAGGCCATGTGTTGCAATGGGTGCTACTAGAGAACGGTGCTGGATTCTTAATCTGT TAAGCACCAGACCCAAAAGCAGATCTGGGACGTACGGCAAAGTAAACGGGGGCTGGAGAGAGAAACGTCCAGAAAGCAGA TTTAGAACACCATATCTAAAACTCACCAGACCCCTAAACTACAAAATAAGGCCATATCTGGGAGTTGAGGATGGCGATTC TAAAGATTCGACGGTGGCCAGAACAGAGGTTTCATGCGCCTCCACACCCGGAGGAGGCAAATGAGAGCTCATGAAGTGGT GTGTAATTGGAGAGCTGTGTGGGGTTTGTTGATCTTGGCGAGGCGATGTCAGCGGTGGGTTTGCCACCCAGAAATGACGG CAGCAGTGCACAGAATGTGGCGGTGGCAGTAGATAGTGACTGGAGTCTGCCAGAAATGTTACATGACGGTGACTCGGTGA GTATGGCTGCAAACCGGAAAGGGAACACAATTTCCAAAAAAAATTTACACTGGTCGGAAGTGGGTCTGCTGGGAATCACG GATTATGATTGCCTCTCATCCGTCTTAGTAACCATAAACTAGAGGCATAGAATAAATCTGTGTTTTTGAATTGAACAATG 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TTGTCTATCAGCACATTGCATATTAAACAGTTTGTAGTTTGTTGATTATTATGGCCAGAACATTTTGTGTATTCATGACA ATAACTTCTGAGATTAGAGTTAATCAGTTAAGCAAACTTATACTATTCTCTTTAGCTATTGAGCTGCTTAATCAAATTTC TTTGCAGCGACGTCCAAGAAAATGCCCCGTGGA 

CDS sequence (LotjaGi6g1v0196200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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Protein sequence (LotjaGi6g1v0196200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MGNDDNLKTWVSDKLMSLLGYSQPTVVQYMIGLSKQATSPSDLVGKLVDFGFSSTDTRAFAEEIFSRVPRKSSGLNQYQK QEREAAMLARRQKTYTILKDDENSDDDNVGGEDKSSITTASSSRKLDKKRFRKKTEVQDDQDDEVISRKERERQVKRRIS PDEDNSSESEEERLKDQREKEELEQHLRERDAAGTRKLTESKLTRKEEEEATRRSQAAEQDGIQSLRKVSRQEYLKKREE KKLEELRDDIEDEQYLFEGVKLTEAEQSELRYKKEIYELVKKRYEEADNVNEYRMPEAYDQDGVIDQEKRFSVAMQRYRD PNAEDKMNPFAEQEAWEDHQIGKGTLKYGSKNKRQVSDDYQFVFEDQIDFIKESVMDGDKFDYEETEDSLEKSRAKSALE ALQEERKKLPMYPYRDELLQAVLVIVGETGSGKTTQIPQYLHEAGYTKRGMIACTQPRRVAAMSVAARVSQEMGVKLGHE VGYSIRFEDCTSEKTILKYMTDGMLLREFLGEPDLASYSVVMVDEAHERTLSTDILFGLVKDISRFRPDLKLLISSATLD AEKFSDYFDSAPIFKIPGRRYPVEINFTKAPEADYLDAAIVTSLQIHVTQPPGDILVFLTGQEEIETAEEILKHRTRGLG TKIAELIICPIYANLPTELQAKIFEPTPEGARKVVLATNIAETSLTIDGIKYVIDPGFCKMKTYNPRTGMESLLITPISK ASAMQRAGRSGRTGPGKCFRLYTAYNFHNDLDDNTVPEIQRTNLANVVLTLKSLGIHDLLHFDFMDPPPAEALLKALELL FALSALNKLGELTKVGRRMAEFPLDPMLSKMIVASEKYKCSDDIISVAAMLSVGNSIFYRPKDKQVHADNARMNFHTGNV GDHIALLKAQLLTSVPIEWN 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 98 888 791 0.0
MobiDBLite 98 231 134 -
PANTHER 98 888 791 0.0
MobiDBLite 98 112 15 -
MobiDBLite 132 216 85 -
Coils 166 186 21 -
Coils 229 256 28 -
Gene3D 366 579 214 8.5E-86
SMART 407 586 180 5.1E-30
CDD 409 576 168 1.44077E-113
ProSiteProfiles 414 577 164 18.375
SUPERFAMILY 421 888 468 4.48E-121
ProSitePatterns 519 528 10 -
Gene3D 580 755 176 5.1E-69
CDD 581 742 162 9.72391E-79
ProSiteProfiles 600 775 176 17.052
Pfam 607 734 128 1.0E-13
SMART 626 734 109 3.8E-18
Gene3D 778 877 100 3.5E-29
SMART 795 887 93 1.2E-33
Pfam 796 871 76 1.2E-20

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Helicase activity Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0196200.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…