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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0256800 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0256800.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3; TAIR: AT3G06670.1 binding protein; Swiss-Prot: sp|Q5SP90|PP4R3_DANRE Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3; TrEMBL-Plants: tr|G7IG10|G7IG10_MEDTR Component of IIS longevity pathway SMK-1 domain protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0256800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:56966258..56982722) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTTTCACTTTATTTCTTTCCATTCACACTCTTTTCTCCAATTTTCAATCATCCATCCAAACAAAGCATAAGCTGACACAG CCAGTGGCATTTCCGGTATTCTACACATGCGTGACTGTGTTTCTTCTCCTCATTTTGCTCAATCGAAGCTCGGGGACACT CTTTGCACGGAGAATATCAAACAGTAGAGAGAGAAAGAGAGTGCGAGGAGAGAGAAAGCCACATCAATGGCGGTTAGGGT TTACTGTTGATCCCCCAAACCTTCATTCCCTTACTGTACTTGTTTCACCTCTCTCGTTCTCGTTCTACTTGTCCTCAAAA CCCTAATTCGGCCCAAAATTCAGCATCGCTGCTTTGTTTTTGCTTCCAGACTTTGAGCTACTGAGATGGTTGGGCCGGAG AAATCTCAGGCAAGTATGCTTTACTTGTAATTGAAACTTATAGATTATAGTCAATGCAATTTTTTGTTTTCTATTTAGTG TTTTATGTGATTAGAGTTCGAGCTTCGATTTCTGTACTGGTGAATTGATGATGGAGCTTGAGCTTGAGGCATTTAGTGTT AATTAGTGTTACCACTTGTAAATTCAGTTGGACTGTGAAATGGAAGAAGGGTTTTTATGGAATGCAAAGTGAAAGGGTTG GGGGGAAGCTTTAGTTTTATGATTCTTATGCATCATAGTTGTCAATAGTGTGCTATAGCGGCGCGATTGTGGAGGGCTAT TCATCCTTCGTCATGGCGGAACTTGCGCGCTTCAAAGGCAGTAACTGAACCGAGAGAAAGCGATATTGAGCAATGAGATG CATTAGCTTTGTGAATTTAGAGATATAATGAATCTACAGAGCTCACTATAGAGCTTGTAACTGAACAAACAGAAAGTGAA AACTAACTAACTGACTAACAATCAGTTGTTACAAACTTACAATAAGATAACTAATTAACTAGCTGAACAATGGGTATAAT 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TTACCTGTTGTAAATCTGTATTGAAATGTTGATGTTTTGTCCTCGTAACTAAAATGAGTTAGTTTTTTTCACTTGACTAT AATATTATATTTTTGTTTTTCTGAGGATGAACTCTGTTGTGTCTGCCTGACCTCTAGCAGTATTT
CDS sequence (LotjaGi6g1v0256800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGTTGGGCCGGAGAAATCTCAGCGTGTCAAGGTCTACCGACTGAATGATGATGGGAAATGGGATGATCAGGGTACTGG GCTTGCCACTGTTGAATTTTTGGAGCGATCAGAAGAACTGGGTTTATATGTTTATGACGAAGATGACAATGATATCATAC TTTTAAATCGCATCAGTTCTGAAGATATTTACAGGAAACAAGAAGATACAATAATTTCATGGAGAGATCCAGAATTTGCC ACAGAATTGGCGCTTAGTTTTCAAGAACCCGATGGATGTGCTTACATATGGGATCAGATTTGCAATGTGCAAAGGAATAT GCAATTTAATACATTAAACAGCGATGCATTTCACAGTGTAAACAGTGAGTTGCGGGAGTTGCCGGCAGTTGTGTTGTCAA CCCTTCCTTTGATTCTTAAGATTGTGGTTGAAAATGGCATTGCTGAACAATTGCGGCTTACAGAATTAGTATTAAGTGAT CAAGATTTTTTCCGGAAGCTTATTGAAGTTTTCAGAGTTTGTGAAGACTTGGAAGATATGGATAGCCTTCACATGATTTT CAAAATAATCAAAGGAATCATTTTGCTTAATAGTACACAAATTTTTGAGCGAATATTCAGTGATGAATTTATAATGGACA TTATTGGCGCCTTGGAGTATGATCCAGAGGTGCCTCATGTTCAACATCATCGTAAATTCTTACAGGAGCATGCCATTTTT AAGGAGGCCATACCTATAAAAAATTCAGTTGTGCTATCGAAGATACATCAAACGTATAGAATTGGTTTTTTGAAGGATGT TGTTTTGGCTAGAGTATTGGATGAGGCAACTGCTGCAAATCTTAACTCTATAATACATGGAAATAATGCCACTGTTGTTT CTTTATTGAAGGATGACAATACATTTATCCAGGAGTTGTTTGCTAGGTTAAAATCGCCCACCACCTCTCCTGAATCAAAG AAAAACATGGTTCATTTCTTGTATGAGTTCTGTGGTTTAAGCAAAAGCTTACAGATGGTACAGCAGCATCGGCTTTTTAG GGATTTGATGAATGAGGGTATCTTTGACATTGTCACTGATGTCTTGCAAAGTCAAGACAAGAAGCTTGTGCTTACTGGAA CAGATATCCTCATTCTCTTCATGAATCAGGATCCTAATCTTCTGCGGTCCTATGTTGTTCGGCAGGAAGGAATTACACTT CTTGGACTGTTGGTTAGAGGAATGATAACGGATTTTGGAGATGACATGCACTGCCAGTTTCTTGAGATACTTCGCAGTCT ATTAGACTCATGTACATTGTCTGGAGCACAGAAAGACTCTATTATTGACATTTTCTATGACAAGCATTTGGGTCAACTGA TCGAAGTGGTAACAGCATCATGTCCTTCAGAAAATGTTGCTCATGTAAGCAGCAAAACCATAGATCATGATCAAGGAGTC CAAAATCGGAGTGGCACAAAGCCAGAGATTCTATCGAACATATGTGAATTACTATGCTTTTGTGTCCTCCACCACCCATA CCGGATAAAGTGCAACTTCCTTCTGAATAATGTGATTGAAAAGATTTTGTTACTGACACGGAGAAGGGAAAAATATCTCG TTGCTGGTGCTGTTCGGTTTGTTCGTATTATTCTTTCACGTCATGATGACCATCTGATAAATTATTTTGTTAGAAATGAT CTTCTCAAACCAGTTGTAGATGTTTTTGTGGCTAATGGCAATCGCTACAATCTGCTAAATTCGGCTGTTCTTGAACTTTT TGAGTATATTCGCAAGGAGAATATGAACCCATTGCTGAAATATATAGTTGATTCTTTTTGGGACAAGCTAGTGCAATTTG AGTATTTGGCTTCCATTCATTCCCTGAAAGTAAAATATGAGCAGTGTTTGGAAAATGATGGGACAAACGGTACTGCTATT ATGAATGACTTTCGAAGACGACTTGATGAGCGTGCCTTGGAGAAAGAGGAAGACTACTTTACTGAGGGCAGTGATGATGA GGACACGACCTCTGCATCCATTCCACATAATCAGAAAGGGCAGCAGAAAGAACCTGTATTAACCAATGGAGTTGCTGCAA GCCACACAGATTCAAGTCCAAGGTTTGGTGGACTGGTTGACTATGATGATGATGAGGATGATGAAGACTACAAGCCACCA CCACCAAGGAAGCAGCTAGAAGCTTCTGAAGAGGATGAAAGGACAATAGAGTCTCTCAGGCTGAAAAGGAAATCACCTTC AAAGGATAATGAACCTGAGCTTGTACAGAAGCAGAAGTTGTCTAAAAATTCAAAATCAAGTGTTTTTTCTGCCTTGTGTT CGACATTGGGCCAGGCTGTGCTACCAGATAAGGAAACTGCAACAAACATTCATACTGATGGGAGGATGAGCTCAAGTGAA GACAATCGAGAAAATGAGACAAATGTTTCTAGAAGCTGCTCTGAGAATAGCAGCACAACAGCTGACGAGAATCACTTAGA TAAAGAAACTGCTGCATATAGAAACTCTTCTGATGGGTTACAGGGCACTACAGATAATGGGCAGTTGGGTGGCGAGGAGC ATACATTGGTTTCACCAAAATCCTCACCTGAGATGGCCATAAATGGATCTTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0256800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MVGPEKSQRVKVYRLNDDGKWDDQGTGLATVEFLERSEELGLYVYDEDDNDIILLNRISSEDIYRKQEDTIISWRDPEFA TELALSFQEPDGCAYIWDQICNVQRNMQFNTLNSDAFHSVNSELRELPAVVLSTLPLILKIVVENGIAEQLRLTELVLSD QDFFRKLIEVFRVCEDLEDMDSLHMIFKIIKGIILLNSTQIFERIFSDEFIMDIIGALEYDPEVPHVQHHRKFLQEHAIF KEAIPIKNSVVLSKIHQTYRIGFLKDVVLARVLDEATAANLNSIIHGNNATVVSLLKDDNTFIQELFARLKSPTTSPESK KNMVHFLYEFCGLSKSLQMVQQHRLFRDLMNEGIFDIVTDVLQSQDKKLVLTGTDILILFMNQDPNLLRSYVVRQEGITL LGLLVRGMITDFGDDMHCQFLEILRSLLDSCTLSGAQKDSIIDIFYDKHLGQLIEVVTASCPSENVAHVSSKTIDHDQGV QNRSGTKPEILSNICELLCFCVLHHPYRIKCNFLLNNVIEKILLLTRRREKYLVAGAVRFVRIILSRHDDHLINYFVRND LLKPVVDVFVANGNRYNLLNSAVLELFEYIRKENMNPLLKYIVDSFWDKLVQFEYLASIHSLKVKYEQCLENDGTNGTAI MNDFRRRLDERALEKEEDYFTEGSDDEDTTSASIPHNQKGQQKEPVLTNGVAASHTDSSPRFGGLVDYDDDEDDEDYKPP PPRKQLEASEEDERTIESLRLKRKSPSKDNEPELVQKQKLSKNSKSSVFSALCSTLGQAVLPDKETATNIHTDGRMSSSE DNRENETNVSRSCSENSSTTADENHLDKETAAYRNSSDGLQGTTDNGQLGGEEHTLVSPKSSPEMAINGS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 826 | 826 | 1.4E-299 | – | |
| PANTHER | 1 | 826 | 826 | 1.4E-299 | – | |
| Gene3D | 4 | 123 | 120 | 1.8E-32 | ||
| SUPERFAMILY | 7 | 104 | 98 | 1.72E-12 | – | |
| Pfam | 161 | 349 | 189 | 3.8E-67 | ||
| SUPERFAMILY | 167 | 605 | 439 | 6.84E-13 | ||
| Gene3D | 268 | 592 | 325 | 1.9E-5 | ||
| MobiDBLite | 657 | 870 | 214 | - | – | |
| MobiDBLite | 666 | 696 | 31 | - | – | |
| MobiDBLite | 717 | 758 | 42 | - | – | |
| MobiDBLite | 759 | 774 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 834 | 851 | 18 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi6g1v0256800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…