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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0278800 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0278800.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | F-box protein interaction domain protein; TAIR: AT3G23880.1 F-box and associated interaction domains-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9LIR8|FBK67_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g23880; TrEMBL-Plants: tr|I1KWU5|I1KWU5_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0278800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:59536205..59554288) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTCAAGTCAAACAATTAATTTAGTTTTATCTTACTTCTTTAATTATCAAATACACATTAATAAATAAAATCAATATTAAA TGGACCAATTTAACACACTCCAATTTTTTTTCAACAGAGAAGATCATACCAAAAAAAAAAAGGAGACAGCGTGATCTATA AAATCGTGAATCCAAAGGGGAACGTGAATCCAAATTAGGGTTTCTCTAACCATGAAACCTGGTGAGTTTGATCCCATTCT CCCATGGGAAATTCAGGTAGAAATCTTATCATGGCTTCCGGTGAAAACCCTGATGCAATTCAAGTGCGTTTGCAAATCAT GGAAATCACTCATCTCTGATGACAAATCGTTCGAAAAATTGCACCTGCACAGATCGGCCAGAAACAAGCACGTACTCCTC ACCCTACGGGACACTAGCGGTCCTCCCGTCCACTATGAGGAAGAACAGGACCACTGCCACATTCCGTGCCCCTTGCGTCG TTTGGTCGAGGATCCATCGTCCATTATCGACGAAGAAGACGGGTGGTGCAGTTTGAAGGGTAAATACTTCGTAGCTGGCT CATGTAATGGCTTGGTCTGTTTTCACAACATTCCGTGTTATATTGCTTGTCTCAGTGACACGTTCTGGGTCCGGCTTTGG AACCCGGCCACGCACTTGTGGTCCAACAAGTCACCAACCATTACCATCTACAATTTCAGAACCGTGAGTTTTGGATTTGG CTATGATCATTCACGTGACACTTACAAGGTGAGTTCAAAATTATTTTATTTTAATCTGTTATATGAAATATTCATTTTAA TCCTATAATAACATGATTTTATGATTTTTATCCTTTTGATTAGTTTTATTATTTATTTCCTCTTTGTAAGGTGGTGGGGA TTGCAGAGTCTTCCGGAGAGCATCAATGGGGGGAGACAATGGTTTATTGTATGGGTGATAGCGGTTGGAGAACGATATCG 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AAGCAGAAAATAAGTAAACTTTAGTCTAGAGGATTAATTGTAAATTTTTACCTGTAGTTGGAGAATGGTGACCAGTCTTT AAGTCCACTCCTGCAAAAGATACAGAACTGGGGTCAGAGAGTGGTTTTACTCTAAAGCAGAATACTTAAAGGCTTTTGAC CTTTGGCTATGAACCTGAACAAGAAACTTTTGAATTGAAAGCAGAATCCAGCATGAGTTTTCACTTTTCAGCTATACTTT AGAAGCAAAATCCAGCCTTACACCATACCCATCTTTGTTACTTGATAGCTTACTACCTCAAGTGGAGCCAGATCTCAAAT TGATAGTAATTTGAAATCTTGGAGTGGTTTGTGAATTTGGAATCACATACACAAAGAAAGAGAATCAGTTATGATTATTC TTTAGTTAAGGTCTAGAAAGTGCTCTGATGCTACTTACTTTCTACCTTTTCCATGTATAAATTTATGTTAGCTGCACGGT GCTCAATGTTTAAACAATCTCATTTTCTATGCAGATTTTGCTCAAAATGTTCAATCCGTGCAATAAGGCTAAGAATAAAT TAATCATATGCACCAAAAAATTAAGTGGTATGAAAAAAAGATGCAAGAATGTGCTTATTATATGTTATATATCTCAACTT ACTTGGCTTACCTGGAATTAGATGTACAACTTGCTGATTTTCAGTTCTAGTTCGGATTGTGTCTTGTCTTGGCCATTTTT TTTTGAATATGTAGGTTTAGACTTTTGGAGATGGTTTAGACTTTTATCAAACATGGGAAGGTCCCACTATTGATTAAATA TTCC
CDS sequence (LotjaGi6g1v0278800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAACCTGGTGAGTTTGATCCCATTCTCCCATGGGAAATTCAGGTAGAAATCTTATCGTGGCTTCCAGTGAAAACCCT GATGCAATTCAAGTGCGTTTGCAAATCATGGAAATCACTCATCTCTGATGACAAATCGTTCGAAAAATTGCACCTGCACA GATTGACCAGAAACAAGCACGTACTCGTCTCCCTGATCGAAACTGGCGGCCCTCCCGTCCACTATGAGGAAGAACAGGAC CACTGCCACATTCCGTGCCCCTTGCGTCGTTTGGTCGAGAATCCATCGTCCATGATCGACGAAGAAGACGAGTGGTGCAG TTTGAAGGGTACATACCGCGTAATTGGCTCATGTAATGGCTTGGTCTGTTTTCACAACATTTGGGATTCATATTGTGGTG TCAGCGACACATTCTGGGTCCGGCTTTGGAACCCGGCCACGCGCTTGTGGTCCAACAAGTCACCATCCATAATTACCATC TACCATTCCGATTTCGCGAGTTTTGGATTTGGCTATGATCATTCACGTGACACTTATAAGGTGGTGGGGATTGCAGATTA TTTGTCTTCCTTGGAGACAGTGGTTTATTGCAAGGGTGATAGTGGTTGGAGAACGATTTCGAGCAAACCTGGTATTGGAA TTTCGCTAAACGGACACTATGGACACTTTGCGAGTGGCTGTCTCAATTGGTTAGCATATGACGAGTTGAATCAGCCTGAT CAAAACCTTCTGGATATCGGGAGGAGGGCGTTGGTGATTCTTTCATTTGACATGTGTAAAGAGACGTATAGAGCTTTGTC ATTGCCTGAGGATATTAGTGATGTTAAGACAAGTCTTAGTGTTTTGGGAAATTGTCTGTGCCTTTTTCAAGACCGTAAAG GAACCCATTTTGATGTGTGGCAAATGAGAGAGTACGGAGTTCGTGAGTCTTGGACTCGGTTGGTCTCTGTCAGTTATGAA CATCTTCAATGTGATGGCTATATGTCTTATCCGCGGCCGCTGATGTGCTTGTCTGAAGATGGTGACATCTTAATGCTCTT CGAAAATCAAAATCGGAATGTTATTTTATATAATCTAAGAGATAATAGTGTGAAACATATTCAACTTCCCGACAACAAAC GTTGGTTGAATGGCTATAGTTATGTACAAAGTCTAGTTTCGCCATATTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0278800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKPGEFDPILPWEIQVEILSWLPVKTLMQFKCVCKSWKSLISDDKSFEKLHLHRLTRNKHVLVSLIETGGPPVHYEEEQD HCHIPCPLRRLVENPSSMIDEEDEWCSLKGTYRVIGSCNGLVCFHNIWDSYCGVSDTFWVRLWNPATRLWSNKSPSIITI YHSDFASFGFGYDHSRDTYKVVGIADYLSSLETVVYCKGDSGWRTISSKPGIGISLNGHYGHFASGCLNWLAYDELNQPD QNLLDIGRRALVILSFDMCKETYRALSLPEDISDVKTSLSVLGNCLCLFQDRKGTHFDVWQMREYGVRESWTRLVSVSYE HLQCDGYMSYPRPLMCLSEDGDILMLFENQNRNVILYNLRDNSVKHIQLPDNKRWLNGYSYVQSLVSPY
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 6 | 75 | 70 | 1.01E-14 | ||
| Gene3D | 8 | 46 | 39 | 4.3E-10 | – | |
| ProSiteProfiles | 10 | 50 | 41 | 11.193 | ||
| SMART | 10 | 50 | 41 | 1.0E-9 | ||
| Pfam | 10 | 49 | 40 | 3.4E-9 | ||
| PANTHER | 16 | 359 | 344 | 1.6E-43 | – | |
| PANTHER | 16 | 359 | 344 | 1.6E-43 | – | |
| TIGRFAM | 116 | 362 | 247 | 7.4E-24 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0278800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…