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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0237900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0237900.5 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH 1; TAIR: AT4G02480.1 AAA-type ATPase family protein; Swiss-Prot: sp|Q5ZK92|SPAST_CHICK Spastin; TrEMBL-Plants: tr|K7KL59|K7KL59_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0237900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:56662985..56681815) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGATTACTGTTGTTTCTCGAAATGATCAGCGTGAGGGAAGTGCTGTGGCTGTGTTAGAAAGTACGGGTAGCAAAGGATC TGTGCTTGTGAATGGGACACTTGTCAAGAAAAACACCAGCTGCATGCTTAACTCGGGTGATGAAGTGGTGTTTGGTTCGA TGGGAAATCATTCTTACGTATCCTTTTTGTCTTTTCATTTGAATGCCGTTCTCCCCTCCCTTCTTGCCCCCATTTTTTAA AGGGGAGTTAGCATAAATTCTTACTTCCCTGTTCTGAAGTTGTCAAGTCTATTTTTCTCTTTATGCATGGGTTTCCTTGA TTTATTTTGATCTAGATTTTTCAGCAAGTAAACTCTGAGGTTGCAGTCAAAGGTGCAGACGTTCAGAGTGGTGTTGGTAA ATTTCTGCAGCTTGAAAGGAGAGCCGGAGACCCTTCTGCTGTGGCTGGTGCTTCTATTTTGGCTTCTCTATCTAGCCTCA AACAGGATCTTACAAGATGGAAGTCTCCATCTCAGACCTCCAGTAAACCTCATCAGGGTACTGATGTTTCTAGTCCTTCT GTTCTCCATGATTATACAGAAACTGAGCTTGATGGTCTGGAAGGCAACTCAGCTCCAAATGTAGGGACTGATAAAGCTGC TGATGTTGGAGCAAGCGACAAGAACTCTCCTATGGATTGCGATCCCGATGATGCGGGCACAGAGGCTGGCAATGTAAACC TCTCTGGGGTGAATGATTTCCTAAGGCCTTTCTTCAGGATTCTAGGTGGATCTACTTGTAAACTGAAATTGAGCAAAAGT ATATTTAAACAGGTATTGGAAGAAAGAAATGGGACGAGGGATGCGCAAGCTGCATCAACTTCCGGGACATCTGTACGCTG TGCAGTTTTTAAGGAAGATGTTCATGCTGCAATACTGGATGGAAGAGAGTTAGACGTGTCCTTTGACAACTTCCCGTACT 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ACATGATTTTTCAGACCTTTGCTTTCCTAACATAGAATTATATTGTTTTTTCCAGTAAAAATCGCGATTACTAAAATTAT GCTATAATGTGGTTCACCCGTTGTGAAAATAGTACTCATTTTGATTTGTGTGGTTGTGAATTACCTTTTGCTACAGCCAT GCAAGGGTATCCTATTATTTGGTCCACCTGGAACAGGTAAAACAATGCTTGCAAAGGCAATTGCTACTGAGGCCAGTGCA AATTTCATTAACATTTCCATGTCAAGCATCACATCTAAGGTTAGATTTGCTTCGCTGGGTGTTTTTTAATCCCTCTTCTA CCATTTTGTTTCTCATTTTAACTCTTTTTCTTTTCCTCATTTTGACTTAGTGGTTTGGTGAGGGCGAAAAATATGTGAAA GCTGTTTTCTCACTAGCAAGTAAAATTGCTCCTAGCGTGATATTTGTTGATGAAGTAAGCCTTTTCCCAAGAATGATGTT AGTCTATTAATTCATCAGCTGTAAAATAAATCAGTATAAACTAAAATGGCTTCTTTTATAGGTTGATAGCATGCTTGGCC GAAGGGAAAATCCAGGGGAGCATGAGGCCATGCGAAAGATGAAAAACGAATTCATGGTGAACTGGGATGGATTACGTACG AAAGATACTGAGCGTGTTCTTGTTCTTGCAGCCACTAATAGGCCTTTTGACCTTGATGAGGCTGTCATTAGGAGGCTTCC TCGGAGGTGAATATTAGGAGGCGTTTTGACTTTTGTTTCTTCTTTTGGCTGGTCTCTTTTTTTGAGTGTGTATGTTCGGG GGAGGGGGTTAACGGCACTAGGATATGTTGAAGCTTTAATCTTTGGTCTTCTGCAGATTAATGGTAAATTTGCCGGATGC TCCCAACAGAGAGAAAATATTGAAAGTTATACTGGCAAAAGAGGATTTGTCTTCTGATATTGATATGGGTGCAATAGCAA ATATGACTGATGGATATTCTGGAAGTGATCTTAAGGTTATGGTTGCTCTTTATCCTCTTCCCTATATTTTTTAAAATTAA AGGTTTTGGGTGCCTTCATGCTTGCTCTTCTATTGCAGAATTTGTGTGTAACTGCTGCACACCGTCCAATTAAACAGATA TTGGAAAAGGAAAAAAAGGTATGAGGAATTTGTGTGTAACTCTGCAAAATGATGTTTTATAAGCTTCACGAGGTCATTGT TCCTCACTATAACCATATACTTGGGTATAACATGTTTGATACATGACAGGAACAAGCTGCTGCACTCGCAGAAGGAAGGC CTGCTCCAGCATTAAGTGGGAGTGAAGATATCCGACCTTTAAACATGGAAGACTTTAAACAAGCTCATCAACAGGTATGT GAAACATATATCTCTTACCTCTTCAGCTCTTCAGACCTCCAAAATGAAATTAACTTTATGTCGCCGTATGGGAGCAGGTA TGTGCAAGTGTTTCCTCTGAATCCGTTAATATGACCGAGCTCTTGCAATGGAATGAACTATACGGTGAAGGCGGTTCAAG AGTAAAGAAAGCACTCAGCTATTTCATGTGA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0237900.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAAGATGCAGAGAAGTCTATAGTAGGAAATGGAGATCCCTATTCATTTAAAAGTAAGCTTGAAAAGCTTCCAGACAA TGTCGTGGTAATAGGTTCACACACTCAAAGTGACAGTCGAAAGGAAAAGTCACATCCTGGGGGTTTGCTTTTTACGAAGT TTGGTAGCAATCAGACTGCCCTTCTTGACTTGGCTTTCCCCGATAGTTTCGGCAGATTGCATGATAGGGGGAAGGATGTC CCAAAGCCAAACAAGACTTTGACTAAGCTTTTCCCAAATAAAGTAACAATTCACATGCCTCAGGATGAGACGCTTTTAGC ATCTTGGAAGGATCAACTCGACCGTGATGTCGAGACTCTAAAGATCAAAGGAAATTTGCACCATTTGCGCACGGTTTTGA GCCGTTGTGGGATGGAGTGTGAAGGACTTGATACATTGTGTATTAAGGATCAGACAGTTACAAATGAAAATGCAGAGAAG ATAGTTGGTTGGGCTTTAAGCCACCATCTCATGCATAATTCTGAAGTTGATCCTGATGCGAAGCTAATGTTGTCATGTGA GAGTATCGAGTATGGACTTGGGATCTTACAATCTATCCAGAATGAGTCAAAGAGCCTGAAGAAGTCTCTTAAGGATGTTG TAACAGAGAATGAGTTTGAAAAGAGGCTTTTGGCTGATGTAATTCCACCTAGCGATATTGGTGTTACTTTTGATGATATT GGAGCTCTTGAAAATGTCAAGAACACATTGAAGGAGTTGGTGATGCTTCCTTTGCAGAGACCTGAGCTTTTTTGCAAAGG GCAATTAACAAAGCCATGCAAGGGTATCCTATTATTTGGTCCACCTGGAACAGGTAAAACAATGCTTGCAAAGGCAATTG CTACTGAGGCCAGTGCAAATTTCATTAACATTTCCATGTCAAGCATCACATCTAAGTGGTTTGGTGAGGGCGAAAAATAT GTGAAAGCTGTTTTCTCACTAGCAAGTAAAATTGCTCCTAGCGTGATATTTGTTGATGAAGTTGATAGCATGCTTGGCCG AAGGGAAAATCCAGGGGAGCATGAGGCCATGCGAAAGATGAAAAACGAATTCATGGTGAACTGGGATGGATTACGTACGA AAGATACTGAGCGTGTTCTTGTTCTTGCAGCCACTAATAGGCCTTTTGACCTTGATGAGGCTGTCATTAGGAGGCTTCCT CGGAGATTAATGGTAAATTTGCCGGATGCTCCCAACAGAGAGAAAATATTGAAAGTTATACTGGCAAAAGAGGATTTGTC TTCTGATATTGATATGGGTGCAATAGCAAATATGACTGATGGATATTCTGGAAGTGATCTTAAGAATTTGTGTGTAACTG CTGCACACCGTCCAATTAAACAGATATTGGAAAAGGAAAAAAAGGAACAAGCTGCTGCACTCGCAGAAGGAAGGCCTGCT CCAGCATTAAGTGGGAGTGAAGATATCCGACCTTTAAACATGGAAGACTTTAAACAAGCTCATCAACAGGTATGTGCAAG TGTTTCCTCTGAATCCGTTAATATGACCGAGCTCTTGCAATGGAATGAACTATACGGTGAAGGCGGTTCAAGAGTAAAGA AAGCACTCAGCTATTTCATGTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0237900.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKDAEKSIVGNGDPYSFKSKLEKLPDNVVVIGSHTQSDSRKEKSHPGGLLFTKFGSNQTALLDLAFPDSFGRLHDRGKDV PKPNKTLTKLFPNKVTIHMPQDETLLASWKDQLDRDVETLKIKGNLHHLRTVLSRCGMECEGLDTLCIKDQTVTNENAEK IVGWALSHHLMHNSEVDPDAKLMLSCESIEYGLGILQSIQNESKSLKKSLKDVVTENEFEKRLLADVIPPSDIGVTFDDI GALENVKNTLKELVMLPLQRPELFCKGQLTKPCKGILLFGPPGTGKTMLAKAIATEASANFINISMSSITSKWFGEGEKY VKAVFSLASKIAPSVIFVDEVDSMLGRRENPGEHEAMRKMKNEFMVNWDGLRTKDTERVLVLAATNRPFDLDEAVIRRLP RRLMVNLPDAPNREKILKVILAKEDLSSDIDMGAIANMTDGYSGSDLKNLCVTAAHRPIKQILEKEKKEQAAALAEGRPA PALSGSEDIRPLNMEDFKQAHQQVCASVSSESVNMTELLQWNELYGEGGSRVKKALSYFM
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 540 | 540 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 540 | 540 | 0.0 | – | |
| Coils | 196 | 216 | 21 | - | – | |
| Gene3D | 234 | 517 | 284 | 1.3E-98 | – | |
| SUPERFAMILY | 235 | 517 | 283 | 4.04E-60 | ||
| SMART | 272 | 409 | 138 | 4.6E-19 | ||
| CDD | 274 | 407 | 134 | 3.21196E-24 | – | |
| Pfam | 276 | 405 | 130 | 1.3E-36 | ||
| ProSitePatterns | 379 | 398 | 20 | - | ||
| Gene3D | 408 | 504 | 97 | 1.3E-98 | – | |
| Pfam | 429 | 465 | 37 | 2.5E-9 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0237900.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…