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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0007100 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0007100.1 |
| Related isoforms 11 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Topless-related protein 1; TAIR: AT1G15750.1 Transducin family protein / WD-40 repeat family protein; Swiss-Prot: sp|Q94AI7|TPL_ARATH Protein TOPLESS; TrEMBL-Plants: tr|A0A151SPV1|A0A151SPV1_CAJCA Vegetative incompatibility protein HET-E-1; Found in the gene: LotjaGi3g1v0007100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:838816..857385) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTTTAATTAAACAATGTATGGTGTATGTATGGTGCGTACCAAAATCAATATCCTCAAAATTGTTCAGTCTAGTCTAAATA TTAGCCACGCCACGTTCTTATCTAAAACTCTGACCCTCTCTCATAGGCTCATCATAGCTAGGCTCATAGGCTCTAAGACT GCTGCTGCTTTGCGCGTCTGCTATTATCTCTGACCATCGATCAGTCATCAGAGAAAGAGGGAGAGAGAGAGACGATCCAG AGAAAGAGGCTGCGATGACTGAGAGAGAGAAGATGTTTCAGCTCCGGCGACGAAAGTCACACATTCGGCACCGGTGAAAG GGCTCATGCTCATTGATGGTGGTCCGATTCGGTTCGAATGCTGCCACTCAACCGCGGTTGTTCCTGTTGAGGCAACAAGT GTTGAGTAGTATTTGCAGCAGGTTTTTTTCACTTTCACATTGCTTCTTATTCATCTTGGTTTAACTATCATATTTAATTA TCAATCATTATACATTAAATTGATTCAAAATGCATTAATTTTATTGGTGTTCTTACCACATACTGTTATTTTTTGTAATT TGCTTGCATTGATCAAAATAAATTGTTGGAATCATGCTCTTTGATTTTTTTTTTCATTACATTACATCACATCTTGATTG ATTCTTGTCAGAGTTAGAGAGCTATATTTTTATGACGGTTATTATTGGTTTTCGTTTTTATATAATTTTTACTTTTCACA TTTGATATATCATGGTATTGTAGCATGCGTGGTATAACTGATTTTTCTATCTACTGTCCCATTTTTCCATAAGCAAAGTA AAAGTAGTCAGTGTTTTTATGTGAAGTTTTAGTACCTTGTCAATAAAATCTTTATACTCTTTACACACAGTCGATTTGTG TAATTAATATGTGGTTTGGTTTCTTTATGTATTTAATTGTAGATCAGCTAAGATATATTCATAAAACTACATCGGTAAAA 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ATTGTGATTACTTACTTTACCTTATAAAGTAAGTGATTTTCTCATTTTAGAATAGTCAAATCCAGGTCGGTAAATGTTTG TATCCAAAGTATATGACTTCATAAATTTATTTGGCTGATGACATATTCCAGTGGCTCATGAAAATTATTTATGATATCTA TTATAAGCAGATGTGGACGAGAATGGTTTTCTTAAGTAAAGAAGAAATTAAGTGAGAATGGTTTTCTTAAGTAAAGAATA AAATCGTGATCGTTAGATTTAATTATGAATAATTAAGATTAAAATACTTAATTATGTGATTTTTTTTTAGAAGTCACATA ACATGGTCGC
CDS sequence (LotjaGi3g1v0007100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCGAATCCTAATCCTACCACGGCAGCACATGCCGCAGTTTCTGGAGGACCAGCTATCGGTCTTGGTGGACCATCAAT TCCTGCTGCTTTGAAGCACCCGAGGACACCTCCAACCAACCCTTCTGTTGACTACCCATCGGGAGATTCCGATCATGTTT CTAAGAGAACAAGATCAATAGGAATGTCAGACGAGGGAAATTTACCTGTGAATGTTTTGTCAGCAACATTCCCATCTCAT GGTCATGGTCAGGCTTTTAATGCACCTGATGACTTGCCAAAGACTGTCCTGCGAACTCTAAACCAAGGGTCGTCAACTAT GAGCATGGATTTTCATCCAGTTCGACAGACTTTACTTCTTGTTGGTACTAATGTGGGAGACATTGCTTTGTGGGAAGTGG GTTCTAGGGAGCGGCTGGTCTTAAGGAACTTCAAAGTTTGGGATCTAAGTGCTTGTTCAATGTCATTTCAGGCTGCTCTT GTCAAAGATCCAGGCGTCTCTGTCAATCGTGTGATTTGGAGTCCTGATGGGGCTTTATTTGGAGTTGCTTACTCAAGGCA CATTGTTCAGATATACTCTTACCATGGTGGGGATGAAGTACGACAGCAACTGGAGATTGATGCGCATGTTGGCGGAGTAA ATGATATAGCATTTTCTCACCCAATTAAGCAACTAAGTGTGATAACATGTGGTGATGATAAGACCATTAAGGTCTGGGAT GCTGTTTCGGGTACAAAGCAGTATACTTTTGAAGGTCATGAAGCTCCCGTTTATTCTGTCTGCCCGCATTATAAAGAAAA CATTCAGTTCATCTTTTCCACGGCATTGGATGGAAAGATAAAAGCATGGTTGTATGACAATATGGGATCTCGTGTTGATT ATGATGCACCCGGCCGTTGGTGTTCAACTATGGCCTATAGTGCTGATGGTTCAAGGCTCTTTTCATGTGGAACTAGCAAG GATGGGGAATCTGCTATTGTTGAATGGAATGAAAGCGAAGGAGCTTTTAAAAGGACTTATCAAGGTTTTCGAAAACGATC TTTGGGTGTTGTACAATTTGATACAACCAAAAACCGATTTTTGGCTGCCGGTGATGATTTCTCCATTAAATTTTGGGATA TGGACAATATTCAGCTTTTGACAACTATTGATGCTGATGGGGGTCTCCCTGCAAGTCCGCGTATCCGTTTCAACAAAGAT GGATCTCTTTTAGCCGTCTCTGCAAATGAGAATGGAATTAAAATCTTATCCAATGAAGATGGTATTCGTTTGTTGCGTTC ATTTGAGAATTCTATGTTTGATGCAACAAGAACGTCGGAAGCCATGACAAAGCCTACAATAAATCCAATTTCAGCTTCCG CCGTTGCTGCCTCTAGTGCTGCACATTCAGATAGGGCCTCATTTGCGGTAGCTATAACTGGAATGAATGGGGATGCCCGG AACCTGGGTGATGTTAAACCTAGAATAAGTGATGAATCAAATGACAAGTCAAAGATATGGAAGCTCACCGAAATCAATGA ACCTTCTCAATGTAGATCCTTGAAGCTACCTGAGAATCAAAGAGTAACCAAGATATCAAGGTTGATATACACTAACTCAG GTAATGCTATTCTGGCATTAGCTTCAAATGCCATTCATCTTCTCTGGAAATGGCAACGAAGTGACCGCAATTCACCTGCC AAGGCAAGTATCACTGTGCCACCTCAGTTGTGGCAACCTTCAAGTGGCATCTTGATGACTAATGACATTAACGATAACAA TCATCCTGAGGAAGCTGTTCCCTGCTTTGCTCTGTCCAAAAACGATTCTTATGTGATGTCAGCGTCGGGAGGGAAGATTT CTCTGTTCAATATGATGACATTTAAGACAATGGCAATGTTCAAGCCAGCACCACCTATGGCAACCTTTCTGGCTTTCCAC CCTCAGGATAACAATATAATTGCTATAGGCATGGATGATTCTTCGATTCAGATATATAATGTTCGTATGGATCAGTTTAA AAGTAAACTCAAAGGTCATTCTAAAAGAATAACTGGTCTCGCTTTTTCGCATATACTGAATGTACTAGTTTCTTCTGGGG CAGATGCTCAGCTTTGTGTGTGGAATACCGATGGATGGGAAAAGCAGAAAACTCGGCTCTTACAACTTCCTGCTGGGAGG ACTCCACCGTCGCAGGCAGATACCCGTGTACAATTTCATCAGGATCAGGTCCGCTTCTTGGTTGTACATGAAACTCAGCT TGCAATTCATGAAGCAACTAAACTAGACTGTTTACACCAGTGGTTCCCAAGAGATTCTGCCGCACCAATATTGCATGCGA CTTTCTCTTGTGATAGCCAGCTGATATTTGCCAGCTTTTTAGATGCAACAATCAGTGTATTCAGTGCTACAAACCTTAGA TTACAATGCCGGATCAATCCTTCTGCTTATCTTTCTGCAAGTGCCAGCAATGGTAATGTGCAACCCCTTGTAATTGCTGC ACATCCACAAGAACCAAATCAATTTGCTGTAGGACTGTCAGATGGTGTTGTTCATGTCGTTGAACCCCTTGAGTCTGAAG GCAAGTGGGGTGTGCCTCCACCTAGTGAGAATGGGTCAGCAAGCAATGTAGCAGGGGCAGCTTCTTCAGTTAGAGCTTCT TCAGATGAAGCTCAGAGATAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0007100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSNPNPTTAAHAAVSGGPAIGLGGPSIPAALKHPRTPPTNPSVDYPSGDSDHVSKRTRSIGMSDEGNLPVNVLSATFPSH GHGQAFNAPDDLPKTVLRTLNQGSSTMSMDFHPVRQTLLLVGTNVGDIALWEVGSRERLVLRNFKVWDLSACSMSFQAAL VKDPGVSVNRVIWSPDGALFGVAYSRHIVQIYSYHGGDEVRQQLEIDAHVGGVNDIAFSHPIKQLSVITCGDDKTIKVWD AVSGTKQYTFEGHEAPVYSVCPHYKENIQFIFSTALDGKIKAWLYDNMGSRVDYDAPGRWCSTMAYSADGSRLFSCGTSK DGESAIVEWNESEGAFKRTYQGFRKRSLGVVQFDTTKNRFLAAGDDFSIKFWDMDNIQLLTTIDADGGLPASPRIRFNKD GSLLAVSANENGIKILSNEDGIRLLRSFENSMFDATRTSEAMTKPTINPISASAVAASSAAHSDRASFAVAITGMNGDAR NLGDVKPRISDESNDKSKIWKLTEINEPSQCRSLKLPENQRVTKISRLIYTNSGNAILALASNAIHLLWKWQRSDRNSPA KASITVPPQLWQPSSGILMTNDINDNNHPEEAVPCFALSKNDSYVMSASGGKISLFNMMTFKTMAMFKPAPPMATFLAFH PQDNNIIAIGMDDSSIQIYNVRMDQFKSKLKGHSKRITGLAFSHILNVLVSSGADAQLCVWNTDGWEKQKTRLLQLPAGR TPPSQADTRVQFHQDQVRFLVVHETQLAIHEATKLDCLHQWFPRDSAAPILHATFSCDSQLIFASFLDATISVFSATNLR LQCRINPSAYLSASASNGNVQPLVIAAHPQEPNQFAVGLSDGVVHVVEPLESEGKWGVPPPSENGSASNVAGAASSVRAS SDEAQR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 65 | 65 | - | – | |
| PANTHER | 5 | 886 | 882 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 5 | 886 | 882 | 0.0 | ||
| Gene3D | 63 | 262 | 200 | 4.3E-26 | ||
| SMART | 93 | 132 | 40 | 13.0 | ||
| SUPERFAMILY | 95 | 194 | 100 | 9.55E-6 | – | |
| SMART | 153 | 193 | 41 | 59.0 | ||
| ProSiteProfiles | 161 | 426 | 266 | 18.563 | ||
| SUPERFAMILY | 167 | 430 | 264 | 3.85E-38 | ||
| SMART | 199 | 240 | 42 | 7.0E-4 | ||
| Pfam | 204 | 240 | 37 | 9.0E-4 | ||
| ProSiteProfiles | 206 | 249 | 44 | 11.01 | ||
| ProSitePatterns | 227 | 241 | 15 | - | ||
| SMART | 243 | 284 | 42 | 0.051 | ||
| Gene3D | 263 | 444 | 182 | 2.1E-14 | ||
| SMART | 287 | 330 | 44 | 36.0 | ||
| SMART | 333 | 373 | 41 | 0.76 | ||
| ProSiteProfiles | 351 | 382 | 32 | 8.971 | ||
| SMART | 376 | 417 | 42 | 220.0 | ||
| Gene3D | 569 | 858 | 290 | 9.7E-27 | ||
| SMART | 579 | 617 | 39 | 75.0 | ||
| SUPERFAMILY | 588 | 849 | 262 | 3.33E-33 | ||
| SMART | 620 | 660 | 41 | 15.0 | ||
| ProSiteProfiles | 627 | 711 | 85 | 14.002 | ||
| SMART | 663 | 702 | 40 | 1.5E-5 | ||
| Pfam | 668 | 702 | 35 | 0.005 | ||
| ProSiteProfiles | 670 | 711 | 42 | 11.879 | ||
| ProSitePatterns | 689 | 703 | 15 | - | ||
| SMART | 754 | 795 | 42 | 6.2 | ||
| SMART | 804 | 848 | 45 | 240.0 | ||
| MobiDBLite | 852 | 886 | 35 | - | – | |
| MobiDBLite | 862 | 886 | 25 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Biological process | Regulation of transcription, DNA-templated | Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular DNA-templated transcription. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0007100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…