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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0364800 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0364800.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA ligase isoform 1; TAIR: AT1G07910.2 RNAligase; Swiss-Prot: sp|Q9FR53|TOR_ARATH Serine/threonine-protein kinase TOR; TrEMBL-Plants: tr|A0A072UKW9|A0A072UKW9_MEDTR RNA ligase, putative; Found in the gene: LotjaGi3g1v0364800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:75049012..75067429) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCGAAACCAAACCCGGACGTGTTGCCACAGAAAAACCGGATTGAATAATGGTGGACAGGTCCGAACTTTGCAAGTGGAGA AAGTGAGAGATTGGTTTCTGGTTTCGGGCCTTTTCGGTCAAAACCAACACGCAACCATTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCC GCCCCCAATCGGCGGTGCGCCACCCTCCACCGCCCTCTAACCCTAATCACCACCACCTTCTCGATTCATTCCTGATTCCA GCTCAAATTCCCCTACATCAATTCATTACGGTTCTCCTCCTCACTCCCAATTCCGTAATTCGATTGATTTCTCTTCTTTT TCTGATCTGATCACGCTGATTATCATGTGCTAGCTAGCTTCTTCCCTCGTTGATTATCATTTATCATTATCCACCTGCTG CTTATTCTGTTTGTGCTGAATTGTTGGAGGACATGGATTCAGGACCGAGTATCAAGGTAAAGGGTTTATCATCATCATTC CTGCTCTAATTTCAAAGTTTGGTCAACACTTGTTCATCATCATTTCCGATGACTCGCTTTTCAGCTCGTTAGTTTTGCAT GCGTTGCACGTTTGAATTTTGCTTTGTACTTTTTGGTCAACATGTTTGTGCAGCGATAGCTTTTCATTTTCCTGCTGATG AGTGATATATATATATATGTGGTTTTTAAGATTAAGCACGCATGAAGAGCTAGGAATTTCGTGTTTTTTCTTTTGGGTTA GATGACATTTTACTTTTTTGTTGTTTTCCTTGTTGATTTTGTTACGGAAACATTGTTAACCACGGTGTTTAGAGAAGGTT TTATGTCCTTTTAACCACGGGCCAATTGCTATCCCTAATAATCACTTTACAGTCTCATAATAATCATGTACATCGCGCGT GCAGGGTAATTAATCTGCAAACACGTGTTCTGTGTTTGCCATCACCTCCAATAAACAGTTACTACCCTTTTGCCGGGTCT 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0364800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATTCAGGACCGAGTATCAAGCGAAGTGGTGGTCACGGTGGCCAGCAATGGACGGAGAAACCGAAGGATGAGGCGCC GTTATCATCGGCTATGGGAGATTCTGCAACTGCTGCTGAAACTGTTTCTAACAAGCTTGCTGGAATGCATATTGGTGAAA ACAGTGAGCAAACGGGGTTAGGGCATGCTAATAAGGGTGCAATTTGGAAACATAAATCATATGGAACTACTGCTGCACCT GAAGTCGACAACAAACCGGCGGGTAAAGTCGCGGTTGATGGTGCAAGGGTTGATGCTGGTGGTGTGGCTTCTACTCAGAA GAGTGGTATTAGTGGTGCTGGTTTGAGCAAGTTATTTCAAGGTAATCTGTTGGAAAAATTCGAAGTGGACAACTCTACCT ACTCACAAGCACATATCAGAGCAACTTTCTACCCCAAATTTGAGAATGAAAAGTCAGATCAAGAGACCAGGACAAGGATG ATTGAGATGGTATCAAAAGGTTTGGCTACCTTAGAGGTTTCACTTAAACATTCTGGTTCTCTTTTTATGTATGCGGGCCA TGAGGGTGGAGCTTATGCAAAAAACAGTTTTGGAAATATATATACTGCTGTTGGTGTATTTGTTCTTGGGCGGATGTTTC GTGAGGCTTGGGGAACTGAAGCTTCGAAAAAACAGGCTGAATTTAATAATTTTCTTGAGAGAAACCATATGTGCATATCA ATGGAACTAGTAACAGCTGTACTTGGAGACCATGGGCAGCGTCCGCAAGAAGATTTTGTGGTAGTTACAGCAGTCACTGA ACTGGGAAATGGAAAGCCAAAGTTCTATTCAACTCCTGAGATAATTGCTTTTTGCAGAAAATGGCGCCTACCGACAAATC ATGTGTGGTTGTTTTCAACAAGAAAATCAGCCTCTTCCTTCTTTGCTGCCTATGATGCCTTATGTGAGGAAGGTACTGCA ACGTCTGTATGCAAGGTTCTTGATGAAATTGCAGACGTATCTGTACCAGGTTCAAAAGACCATGTAAAAGCCCAAGGAGA AATTTTAGAGGGTCTTGTTGCTCGTCTTGTGAGTCATGAGAGTTCAAACCATATTGAAAAAGTTTTGAAAGAATTTCCTC CTCCACCTGCTGATGGAGTTGCCCTTGATTTCGGACCAAGCCTAAGGGAAATTTGTGCAGCAAATAGATCTGATGAAAAG CAGCAAATAAAAGCACTTCTCGAGAGTGTTGGCAGCTCTTTTTGTCCTGACTATTCAGATTGGTATGGGACTGATGGTGC TGATATTCATTCAAGAAATGTAGACAGATCCGTTGTTTCAAAATTTTTACAAGCCCATCCTGCAGACTATTCAACAAAAA AGTTGCAGGAAATTATTCGACTGATGAGGGAAAAACGCTTCCCTGCTGCATTCAAATGTTATCATAACTTCCACAAGGTT GATGCCATATCAAGCGACAACGTGTTTTACAAAATGGTCATTCATGTACACAGTGATTCTGCTTTTCGACGATACCAAAA AGAGATGAGGCATAGACCTGGATTGTGGCCGCTGTATCGAGGATTTTTTGTAGATATCAATTTATTTAAAGCAAACAAGG AGAAAGCAGCTGAAATTTCTATGAAAAGCAGTATAAATGAAAGTGATAGTACTAGCTCTGAGAAAGATGATTTTGCTGAT GAAGATGCAAATTTAATGGTCAAATTGAAATTTCTTACATATAAGTTGCGAACCTTTCTCATTCGAAATGGCTTACCAGT TCTGTTTAAAGAAGGTCAAAGTGCTTACAAGGCTTATTATCTGAGACAAATGAAAATATGGGGAACCTCTCCAGGAAAGC AGAAAGAACTTAGCATGATGCTTGATGAATGGGCTGTGCATATAAGAAGGAAGTGTGGAAATAAGCAATTGTCATCATCA ATATATCTTAGTGAAGCTGAACCTTTCCTTGAACAGTTTGCTAAACGTAGCCCACAGAACCAAGCCTTAATAGGTTCTGC CGGTAGTTTAGTTAGAACTGAAGATTTCTTGGCCATTGTTGAGGAAGGCCAGGATGAAGAAGGTGATCTTGTGGCAGAGC GAGATATGGCACCATCCGGGCCTAGTATCTCAGTCAAAGACACAGTTCCGAAGAACGAAGGGTTGATTGTATTCTTTCCC GGAATACCTGGTTGTGCCAAGTCTGCCCTTTGCAAAGAATTGCTAAATGCCCAAGGAGGACTAGGAGATGATCGTCCAGT TCATAGTCTCATGGGTGATCTGATCAAAGGAAAATATTGGCAGAAAGTGGCTGAAGAGCGTAGAAAGAAACCAAATTCTA TAATGCTTGCTGACAAGAATGCCCCAAATAAAGAAGTTTGGAGACAGATAGAAGACATGTGTCGCAAGACCAAGGCATCT GCTGTCCCAGTTGTGCCTGAATCTGAAGGAACTGATTCAAATCCATTTTCTCTTGATGCATTAGCTGTTTTTATGTTTCG TGTTCTTCAACGAGTCAATCACCCGGGAAATCTTGACAAGGCATCTCCAAATGCTGGCTATGTTCTGTTAATGTTTTATG ACCTTTATGATGGCGAGAGCCGTAAAGAGTTTGAGGGTGAATTAATTGAGCGTTTTGGGTCACTTGTGAAGATGCCATTA CTTAAATCCGATAGGAATCCTCTTCCTGAAGCAGTGCAGTGCATTTTGGTGGAAGGAATTAATTTATTTAAGCTTCACTC TAAAAGACATGGAAGATTAGAGTCTACCAAGGGATCGTACGCGAAGGAATGGATAAAATGGGAGAAACAATTACGGGATA TTCTAAATCAAACTGCTGAGTATTTTAATTCAATTCAGGTTCCATTTGATTTTGCTGTCAAGCAAGTCTCGGAACAATTG AGAAACATTGCTAAGGGAGAGTACACAGCACCAGATACCGAAACGAGGAAACTTGGTGCCATTGTTTTTGCTGCAATCAG TGTGCCAGTTGCAGAAATTCAAGGTGTCCTTAATAATTTGGCCGAGAAGAATCCCAAGATTGATGCATTCCTTAAAGGCA ACCATTTAGAGAATCTTAATCGAGCTCATTTGACTCTTGCCCACAAAAGAAGTCATGGCATCAAAGCTGTAGCTGATTAT GGTCTCTGGCTGCATATAAAGGTACCCGTGGAGTTGACGGCACTGCTCTTATCAGATAAAATGGCTGCACTTGAAGCTTG TCCTGGCTCAGTGGACGGTGATAAGATAGTTTCAAAAAATGCGTGGCCCCATATTACCTTATGGACTGGTGAAGGGGTTG CAGCCAAGGATGCCAACATGTTACCACAGTTGTTTGCAGAGGGGAAAGCAAATCGGATTGACTTCAACCCTCCCATCAGT ATATATGGCACAATGGAATTTTATTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0364800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDSGPSIKRSGGHGGQQWTEKPKDEAPLSSAMGDSATAAETVSNKLAGMHIGENSEQTGLGHANKGAIWKHKSYGTTAAP EVDNKPAGKVAVDGARVDAGGVASTQKSGISGAGLSKLFQGNLLEKFEVDNSTYSQAHIRATFYPKFENEKSDQETRTRM IEMVSKGLATLEVSLKHSGSLFMYAGHEGGAYAKNSFGNIYTAVGVFVLGRMFREAWGTEASKKQAEFNNFLERNHMCIS MELVTAVLGDHGQRPQEDFVVVTAVTELGNGKPKFYSTPEIIAFCRKWRLPTNHVWLFSTRKSASSFFAAYDALCEEGTA TSVCKVLDEIADVSVPGSKDHVKAQGEILEGLVARLVSHESSNHIEKVLKEFPPPPADGVALDFGPSLREICAANRSDEK QQIKALLESVGSSFCPDYSDWYGTDGADIHSRNVDRSVVSKFLQAHPADYSTKKLQEIIRLMREKRFPAAFKCYHNFHKV DAISSDNVFYKMVIHVHSDSAFRRYQKEMRHRPGLWPLYRGFFVDINLFKANKEKAAEISMKSSINESDSTSSEKDDFAD EDANLMVKLKFLTYKLRTFLIRNGLPVLFKEGQSAYKAYYLRQMKIWGTSPGKQKELSMMLDEWAVHIRRKCGNKQLSSS IYLSEAEPFLEQFAKRSPQNQALIGSAGSLVRTEDFLAIVEEGQDEEGDLVAERDMAPSGPSISVKDTVPKNEGLIVFFP GIPGCAKSALCKELLNAQGGLGDDRPVHSLMGDLIKGKYWQKVAEERRKKPNSIMLADKNAPNKEVWRQIEDMCRKTKAS AVPVVPESEGTDSNPFSLDALAVFMFRVLQRVNHPGNLDKASPNAGYVLLMFYDLYDGESRKEFEGELIERFGSLVKMPL LKSDRNPLPEAVQCILVEGINLFKLHSKRHGRLESTKGSYAKEWIKWEKQLRDILNQTAEYFNSIQVPFDFAVKQVSEQL RNIAKGEYTAPDTETRKLGAIVFAAISVPVAEIQGVLNNLAEKNPKIDAFLKGNHLENLNRAHLTLAHKRSHGIKAVADY GLWLHIKVPVELTALLLSDKMAALEACPGSVDGDKIVSKNAWPHITLWTGEGVAAKDANMLPQLFAEGKANRIDFNPPIS IYGTMEFY
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 42 | 42 | - | – | |
| PANTHER | 44 | 1128 | 1085 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 44 | 1128 | 1085 | 0.0 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | RNA ligase (ATP) activity | Catalysis of the reaction: ATP + ribonucleotide(n) + ribonucleotide(m) = AMP + diphosphate + ribonucleotide(n+m). | ||
| Biological process | TRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation | Splicing of tRNA substrates via recognition of the folded RNA structure that brings the 5' and 3' splice sites into proximity and cleavage of the RNA at both the 3' and 5' splice sites by an endonucleolytic mechanism, followed by ligation of the exons. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0364800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…