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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0187900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0187900.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-like protein; TAIR: AT3G47890.1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-related protein; Swiss-Prot: sp|Q8BL06|UBP54_MOUSE Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7HY86|A0A1J7HY86_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0187900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:36783019..36799823) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GAAAAAATCTCTCTTTTCATTCAATTTCTTTAATTGACATGTCACATCCTTGAAATCTGATTGGTTGACGGTGTAAAAAA ACTTTACACCGTCCGTGCATCAAAATTAAACTCTTGTTGTTTGTGTGTTTGATTATTTGGAGGTGGTTAATAATAGTCCT ATCCGCTATGGTTCTAAGAACCTCCACTCATGTGTTGCTTAAAGCTAGGCGAGAGTTCTGGTTGAGCAAGATTGGTAGGT GTGGTTTCAACATGTCCCCAGGAACTCGAATAGCGTATGCTCTTGCTCTCATGGGTCTTTAAGAGAAGGTTGATTTGAGG GTATGGAGTTCCCCTCCCATTGAGCCGGTTGTGTTTTTGGATTCTGGTCAGTTGTGCTGCTGCTGTTTGTTTTTCCTCTG CTGCTTTGTTGTTTCAGTTTCTCAATTAAAAAAAAAATTGCAATTTTCATCCTTGCAATCATCGTGGCAAAGAAGCACCA ACTCACGATCATTGTTGCAACAATAATCAAAACTAGTATATTCTACTTTTTTTGTAGGCATCTTATGTTTTTCCATCTTT AGAACTTATGTAAGGATTTCATCTTTTTTTTTTGAAATTGGGATTTCCAAATTTACTTGTACTCTTTATTGTGTTTGTTA GATTAGCACGTGTTGTTCACTTGTAGGCACTATACTAGAAGTGAAGTTCGATAATATGATTGATATTTTGTGAGTCATAA AATTTGTAGTACAAATTTCAAAAGGATTTTTATTTTAGAGTTGAGAGAACCATATAGTTGTGAACATATTTGTAGCTTTG ATACTCCACAAGCACGCAAAGGGGGAAATTTTAGTGTGACTCCAAACAATTTTAGTGGTGCGTTGGTTCCCTCTTAAGAA GTGTTGGGTTAAACTCAATTCTGGGGGTTCCTTTTCTTCATCCTCTAATAAGGTTGAGTGTTGGTTGTGGTTTTGAAGAT 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AATTCCTCTCCATCACTAACCGCCTCCAATTCTCCCTCGCCATCCACGACCACCCACTCCCCTTACTTCCCCACCTCTTC CACCGGTTCCCCAATCTCACCTCCCTCGACCTCACGCGCTTCCACGGTGAGCTCGACGCGCTTCTCCTCCAAATCTCCCG CCACCCCTTGCGCCTCCTCACATCGCTCAAACTCTCCCACAATCAAACCACGTTCCCAGCACACGTCGTTAGAGCCGAAA GTAGCAACCTCCGCCAGTTCCTCTGCATAGTTGTTGCTGCTGAGGCGGCTGAGGAGGAAGGTTTTTTGAGATTGAATGTT GTTCTTGGTGATGGAGGAGGAAGGAGAGCTTGGTTTCTTGTCTGGGTTCAATTTGGGGATGGGGAAGATTTGTAATTGGG TTCAATTTGGGGATGAAAGGGTTTAATTAGATTATTAGGTTAGTTTATTATTTAGATTATTAGATTGTTTAGTTAAAGGA TTATT
CDS sequence (LotjaGi1g1v0187900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGTGAACAAAAAGCGAAATCCTCGCTCCAAACAGCCGCCGCCGGCCACCACAACCGACCCGAACGCGGTTTCCGATGA AGCTATCAGAATCGTTACTTCTCAATCCGCCGCTGTGCCGCGCTCCGCGATCAAAGCGGAGTGCGAGCGAGCCCTAACTG CTCTCCGGCGCGGCAACAACGCTCGTGCTCTGAAGCTGATGAAGGATTGCTGCTCCCGCCACGAGAATTCGCCTCACTCG GCGTTCCTCCACCGCGTCCACGGCACGGTGTGTGTCAAAGTCGCGGAGGTTATGGACGACCCGAACGCGAAGCAGAGGTA CCTGAAGAACGCCGTCGACTGCGGGAAGAAAGCGGTTGAGCTCTCGCCGAATTCGATCGAGTTCGCGCATTTCTACGCGA GCTCGCTCTATGATACCGCGAGCGATGGCGGCGAGTATGAGGAGGTGGCGCATGTGTGTGAGAGGGCATTGGCGGTGGAA ACCCCTAACGACCCGGCGAAGGAGAGTTTGCAGGAGGAGAGCCAGCAGAAGATACAGACGGCGGAGGCGCGTGTGGCTCA CGTGCAGAGTGAGCTTCGGCAGCTGATTCAGAAGGCCAACATTGCTTCATTTTCGTGCTGGATGAAGACATTGGGCAATG GGGAGGACAGGTTTCGGTTGATTCCGATTGGTAGGACCAGTGAGGAACCAGTGGATGAGAGGCAGGTTCAGGCTAGAAGG GGGAATGAGATCAAGAAGGTGATCAAGTCCCCTGAAGAGAGGAGGAAAGAAATCGAAGTTCGAGTTGCGGCTGCGAGGTT GTTGCAGCACAACAAGTCTGAGCCGCCGCCGCCGCAATCTCAGGATGATAGGGATGGAACTCATGAAAGGGCAGTGGATA CATACTCTTCTGGTAATAGAAGAAAGTATGGACATGCTAGAAACAATGGGTCTTCGGCTGAGAGGGAGGGTTTGGTGCGC TCCTATTGGAATGGGATGAGTTTGGATATGAAGATGGGGTTGCTTAGGGTTAAAGTTTGTGATCTCAAGTCACACTTTGG GTCTTTGAAGGATCCTTTGCCAAAGGAGGTTTTGTCCGAGGCTTTGTCCTATGCTGAGGTTAATAGAACTTGGAAGTTCT GGCTTTGCTACTGTTGTGGGGAGAAGTTGCCGAGTGCAGAAGCTCATGGGCGGCACGTTGTGCAGGAACATATGGGGAAT CTCGCCCCCAAAATGCAGAGGCTTTTGCCCCAAAATGTTGGTAGTGAATGGATTGAGATGATTCTTAATTGTTCTTGGAA GCCTGTGGATGTGGCTGCAGCTATAGAAATGATTGTAAATAGAGAAAAATTCAGAGATTCTTCATCACATTATGATTCTT ACTTGGGTCGTCCTAGAGACGGGTACATTGATTGTTTTGAAGACGCAAGTGACATTTACGATGATGAAGGAAGTACAAAT TATAGTGTTCACAACTGTACAACAGAAAATACTGACTATTGTAAAAGTGAGGAAAATGATATTAGAGGTGGTGTTGAAGC CGAAGGGTCTATAACATGTAACTTCGCTGATAGTTGGCCTATATCCAATGACTCTGAACGTGCAAAACTGCTAGGGAAAA TTCGTGCAGTATTTGAGGTGCTTATTAGGCACAAATGTCTTGCTGCTAATCATCTTAGCAAGGTCATACAATTTACGGTG GATGAGATACAGGGTCTTATTGGCGGTTCTCAACTCCTAAACTATGGTGTGGACCAAACACCTATGTGCATTTGTTTTCT GAGAGCGGCCCAGCTCAAGAAGATGCTCCAATTTTTACAGGAAGTATCTTATGCTTGTGGTTTGGGTATCTACACTGACA AAAGTAATAGTCCCATGGATGATTTGCACAATGCCAGTGAAGTTCCTGAGATCAAAGAGAAGATTGTTCTCAATGGAGAT GCATCATGCCTCCTACTTGATGAGTGTTCACTACCAACACAAGTCACTCTTGGTAGAGCTCAGGGGATTGTATTGGATGA CGCATCTGCCCCGACTTCTACTAATGGGGTTTCACACAATACCGATGCTTTGCTATCATGGATATTTTCAGGTTCACCTA GTGGGGATCAATTGATATCATGGATGCGCACAAGAGAAGATAGAAGCCATCACGGAATAGACATTGTCCAGATGCTCGAC AAGGAGTTTTATCACCTACAGAGCCTCTGTGAGAAGAAGTATGATCGTTTAAGTTATAAGGAAGCTTTGCAAGAAGTAGA GGATCTTTGTCTTGAAGAAGGTAATAGGAGGGAGAATGTTGGTGGATTCGTCCAGCAAAGCTATGAGTCTGTCCTAAAAA AGAGGAGAGATGAGCTCATTGAGAGTGAGAATGAGGCGATGTATGTTAGCAATAGGTTTGAAGCAGATGCTATTGCAAGT GTTCTGCAAGAAGCAGAAGCAATTAAAGTTAATCGATTTGGGTATGAGGAAGCTTATGCTAATGTAACTTCTAATTTACG TGATTTGGAATCTGGTGAAGAAGATGAGTGGAGAACGAAAGAGTATTTGCATCGAATGGATAGCTGTGTAGAAATTGCTG TTCAGAAACTGAAGGAGCACTTATCTATAGAGCTTAGCAAAATTGATGCACGAATAATGAAAAAAGTTACAGAGATGCAG AAATTGGAACTCAAACTTGGGCCTATTTCTGCTTATGATTATCGAGTGATATTATTGCCTCTAGTGAAGTCATACCTAAG GGCTCTTTTGGAAGATTTGGCAGAGAAAGATGCGACAGAGAAATCTGATGCTGCAAGAGAAGCTTTTTTGGCTGAACTTG CTCTTGATTCTAAGAAGATTGTTAAAGGGGGAAGTGAGAACACAAGACATTTGGAGAAGACAAAAGACAGGAAGAAGAAT AAAGATCATAGAAAAGCAAGAGATTTAAATGCTTCACGTGGTCATGAGCAGCTCTTGCTTCAAACTGCAATTCCTGATTC CTATCCAGTTTCATCTGATAGCAACTATCTAGACTCTGAGATGGTTGTTTCAATGAAAGGTGATGACTTGGATCCACAAG AAGAGGAATTTAGACGTAAAATTGAGCTCGAAAAGGAGGAAAAAAAACTTGAAGAAACTTTGGAATTTCAGCGGAGGATA GAAAATGAAGCTAAACAGAGGCACCTTGCTGGGCAACAAAAGAAATCATCTGGGACATATTTAGAGAAACTGGCAGACAG AACTCAAGATTATGAATTGAGGGCGGATGTTGATGTCCGAGGTGTAAATGAACACATAAGACCACCTATGCTGGTACAGT GCCCTAGCAATACGGATGGCGTGCTTATTACCAAAACAAATGGATCCATGGTACCAATTAAATCTTCACCTGATTTAGCT GCCCAAAAGAATCTTTGTATGCATCATTCAAAAGATAGGCAAGATTTGGCTAATGGAATAGTTACGGAGAATGGTCTTCG CTTTCCTGATCGTCCTGTAGGAAAAAATCATAGGCGACATAAGAATTCTTCTAGATTAGTAAATGGAAATTTGGAATCTA TTGGAATGGAAAAAGAGAATGAGGTTACACATACTGACAATCACTTCAGAGAGAAGGCTAAAGTCCACAACAACCAAGAC GCTAATAATGTTTCGGGAGACTATGGATCAAAGATGGTGAAAGTGGTGGAACTTAAAGATGATGAGGAGGAAAGATTCCA AGCTGATCTTAAATTAGCAGTACGCCAAAGTCTAGACACACATCAAGCACATAGGAAAGTGCCTTCAGTTTCCAGTTTGA ACAAGCCTCAGAGTGCTTTAGAAGTGGATAGTGTGGGTTTTCCATTGGTGGAAGAAACAGCTGAGAATGTGAATGGAATT ATTGGTACTGGGCTGAAGAATGAAGTAGGTGAATATAATTGTTTTCTCAATGTTATTATACAGTCATTGTGGCATTTAAG CCGCTTTAGGAAGGAATTTCTTGGAAGATCAAGATCAGAGCATGATCATGTGGGCAATCCTTGTGTTATCTGTGCACTGT ATGACATCTTTACTGCCATGGATGTTGCATCAAAGGATTCCAAGAGAGAAGCAGTAGCACCTACTTCCCTGAGGATAGCT CTAAACAATCTATATCCAGATAGTAACTTTTTCCAGGAGTCTCAGATGAATGATGCTTCTGAAGTACTGGCAGTGTTATT TGACTGCCTCCACCTAGCATTTACTTGTAGTTCAAGTGTTTCTGATATCGAATCAGTGGAAAGCAGCTGCATGGGATCTT GGGATTGTACAAACCGTAATTGTATAGTACATTCACTATTTGGAATGGATATTTTTGAACGAATGAATTGCTATCACTGT GGTCTTGAGTCCAGGCACTTGAAGTATACTTCCTTCTTTCACAATATAAATACCAATGCCCTTCGGACAATGAAGGTTAT GTGTGCTGAAAGCTCCTTTGATGAGCTTTTGAATTTAGTGGAGATGAACGATCAGCTGGCTTGTGATCCAGAAGTTGGTG GTTGTGGCAAGCTCAACTACATTCATCACTTTCTTTCAACTCCACCACATGTTTTTATGACAGTTCTAGGTTGGCAAAAT TCATGTGAGAGTGCTGATGATATAACAGCAACTGTTGAAGCCCTGAGCACTGAGATGGATATTAGTGTCCTTTATCGGGG TTTAGATCCTAAAAGCACCCATAGCTTGGTTTCCGTGGTTTGCTACTATGGGCAGCATTATCATTGCTTTGCATATAGCC ATGACCATGAACAATGGATTATGTATGATGATAAGACTGTCAAGATAATTGGTGGATGGACTGATGTTCTTCAAATGTGT AAACGAGGGCATTTACAACCCCAGGTTCTGTTTTTTGAAGCTGTAAATTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0187900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MVNKKRNPRSKQPPPATTTDPNAVSDEAIRIVTSQSAAVPRSAIKAECERALTALRRGNNARALKLMKDCCSRHENSPHS AFLHRVHGTVCVKVAEVMDDPNAKQRYLKNAVDCGKKAVELSPNSIEFAHFYASSLYDTASDGGEYEEVAHVCERALAVE TPNDPAKESLQEESQQKIQTAEARVAHVQSELRQLIQKANIASFSCWMKTLGNGEDRFRLIPIGRTSEEPVDERQVQARR GNEIKKVIKSPEERRKEIEVRVAAARLLQHNKSEPPPPQSQDDRDGTHERAVDTYSSGNRRKYGHARNNGSSAEREGLVR SYWNGMSLDMKMGLLRVKVCDLKSHFGSLKDPLPKEVLSEALSYAEVNRTWKFWLCYCCGEKLPSAEAHGRHVVQEHMGN LAPKMQRLLPQNVGSEWIEMILNCSWKPVDVAAAIEMIVNREKFRDSSSHYDSYLGRPRDGYIDCFEDASDIYDDEGSTN YSVHNCTTENTDYCKSEENDIRGGVEAEGSITCNFADSWPISNDSERAKLLGKIRAVFEVLIRHKCLAANHLSKVIQFTV DEIQGLIGGSQLLNYGVDQTPMCICFLRAAQLKKMLQFLQEVSYACGLGIYTDKSNSPMDDLHNASEVPEIKEKIVLNGD ASCLLLDECSLPTQVTLGRAQGIVLDDASAPTSTNGVSHNTDALLSWIFSGSPSGDQLISWMRTREDRSHHGIDIVQMLD KEFYHLQSLCEKKYDRLSYKEALQEVEDLCLEEGNRRENVGGFVQQSYESVLKKRRDELIESENEAMYVSNRFEADAIAS VLQEAEAIKVNRFGYEEAYANVTSNLRDLESGEEDEWRTKEYLHRMDSCVEIAVQKLKEHLSIELSKIDARIMKKVTEMQ KLELKLGPISAYDYRVILLPLVKSYLRALLEDLAEKDATEKSDAAREAFLAELALDSKKIVKGGSENTRHLEKTKDRKKN KDHRKARDLNASRGHEQLLLQTAIPDSYPVSSDSNYLDSEMVVSMKGDDLDPQEEEFRRKIELEKEEKKLEETLEFQRRI ENEAKQRHLAGQQKKSSGTYLEKLADRTQDYELRADVDVRGVNEHIRPPMLVQCPSNTDGVLITKTNGSMVPIKSSPDLA AQKNLCMHHSKDRQDLANGIVTENGLRFPDRPVGKNHRRHKNSSRLVNGNLESIGMEKENEVTHTDNHFREKAKVHNNQD ANNVSGDYGSKMVKVVELKDDEEERFQADLKLAVRQSLDTHQAHRKVPSVSSLNKPQSALEVDSVGFPLVEETAENVNGI IGTGLKNEVGEYNCFLNVIIQSLWHLSRFRKEFLGRSRSEHDHVGNPCVICALYDIFTAMDVASKDSKREAVAPTSLRIA LNNLYPDSNFFQESQMNDASEVLAVLFDCLHLAFTCSSSVSDIESVESSCMGSWDCTNRNCIVHSLFGMDIFERMNCYHC GLESRHLKYTSFFHNINTNALRTMKVMCAESSFDELLNLVEMNDQLACDPEVGGCGKLNYIHHFLSTPPHVFMTVLGWQN SCESADDITATVEALSTEMDISVLYRGLDPKSTHSLVSVVCYYGQHYHCFAYSHDHEQWIMYDDKTVKIIGGWTDVLQMC KRGHLQPQVLFFEAVN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 10 | 24 | 15 | - | – | |
| Gene3D | 25 | 197 | 173 | 5.0E-8 | ||
| PANTHER | 40 | 1615 | 1576 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 40 | 1615 | 1576 | 0.0 | – | |
| Pfam | 50 | 160 | 111 | 2.0E-31 | ||
| Coils | 171 | 198 | 28 | - | – | |
| MobiDBLite | 267 | 314 | 48 | - | – | |
| MobiDBLite | 277 | 296 | 20 | - | – | |
| Pfam | 319 | 852 | 534 | 3.7E-171 | ||
| MobiDBLite | 944 | 974 | 31 | - | – | |
| Coils | 1013 | 1047 | 35 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 1283 | 1615 | 333 | 22.007 | ||
| Pfam | 1283 | 1612 | 330 | 6.3E-24 | ||
| SUPERFAMILY | 1283 | 1613 | 331 | 3.34E-32 | ||
| Gene3D | 1283 | 1615 | 333 | 3.8E-28 | – | |
| CDD | 1374 | 1613 | 240 | 6.01596E-17 | – | |
| Coils | 1615 | 1616 | 2 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Biological process | Protein deubiquitination | The removal of one or more ubiquitin groups from a protein. | ||
| Molecular function | Thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity | Catalysis of the thiol-dependent hydrolysis of an ester, thioester, amide, peptide or isopeptide bond formed by the C-terminal glycine of ubiquitin. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0187900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…