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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0287000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0287000.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Starch synthase, chloroplastic/amyloplastic; TAIR: AT5G24300.1 Glycogen/starch synthases, ADP-glucose type; Swiss-Prot: sp|P93568|SSY1_SOLTU Soluble starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic; TrEMBL-Plants: tr|X5CTV8|X5CTV8_LENCU Starch synthase, chloroplastic/amyloplastic; Found in the gene: LotjaGi1g1v0287000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:69728848..69743544) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTACACATGTCGACACTCAATTATCTAAGTATATATATCTCTGTCTGTGTGTGTGGTACTGGTGGAGTGGTAACAAGAGA AAAATCTAGACATCATTCGAATGTGGATGGAACAAAAATCTCGTATTGCTTTAGGATTTGGCGTTTTTCATGGATCTGAT GCAACCCCTTCTTTTCTCTTACCAAATCTAACTCACTCATCATGTGACTCTGTTCGGTTTCACTTCTTCTTCTTCTTCTT CTTCTTCACTTTTCCTTCTTCTCTGTTCACGATCCCTTTCCTCACACATTGGGTTTCTCTTCTTTTCACTCTTTCAACAA CAACGGCATGGAGTCTCTGCAACTTGGTTCTCCTCTTCTTCTTCGGCATCCTCGTACACCAGCTCAAGCTTATGCCAATT CACGGTTGATGAAAATTGCGCAACTGGGGTTCCCTTCTTTTCTTAAAAGGGCTGCTAAAAATGCCAACCTGCGTGCGTTT CCGGTGGATAATGAAGGTGGGGTTGCTGCTTCACAAGATGACCCTTTTGCTTTTGAAGATGAACAAGTGAAGGCTCTCCC TTTATCTACAGAGATGGATGATTTTGGCTCTATTGTTGGCTTTCACTTGGGCTCTGAGAATGGTGCCTTTCTTTTTCAAT TCTTTTTTGGTTGATTTTTCTCTTTTGGCATCACACTCACACACATCAAGTTATAATAAACATTTCACCTTTGAAGCCTA GCCAATAATAGAAATTTATCCACAAATGTATTGGCATCTATTTGAAAGGGTAGTGATTGGAGGAAAAAACCCAAATGAGA GAATTGAAATAGGAAGAGAGGAGAGGAGAGGGAAATTGAAGATGTCATAGGTGATTTGATGTGATAAGAAGATAGAGTTA GAGAGACTAATGAGGAGGATCAAAAGTAGAGTGCTTGTTTGGAAATTCTTTTACAATACAGTCAAAATCAATTTAGGGGT 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ATCTTTTTTCATGACCGTGCCTTATGCTTTAACTTGTACAAGTTGTTGTGTGAATATGTTAGAACTTTGAAAGCGAAACA AGAAACTAGATTGTGAATTCTTTACTGAACGAGTGGCTTGTGCCCCAATGCTCAATCTCGTAACAGTTTTATTATTGTCT AGGGATCACAAATGGAATTGATATTACTGAATGGGACCCATCATCTGACGAACATATTGCATGCAGCTATTCTGCCGATG ACCTTTCTGGGAAGGTTGCTTTAGTCTTTCCCTATATCATCTATCCTTTATCTCTTTAGCTCAACTTTCTTACCTCAATT ACCTGAAATGAACAGGTCAAATGCAAGATTGCATTACAGAAGGAGTTGGGTCTCCCAGTGAGGCCTGATATTCCGTTGGT AAGTTTGTGCTATCTTCTATGTTAAAATCTTCCTCACTTTTTCTGCTTCTGGTATCAACCGTAGCTGAAACTCGTAGATT GGATTCATCGGAAGACTTGACTACCAAAAAGGCATTGACTTGATTCGTGAGGCAATTCCAGAGCTTATGGAGTATGATGT TCAGTTCGTAAGTGATTTTGTAAATTAGTTATATAAACAATCTACTGTGCCAAATAATTAAATCCATGATGTAGTGGTAC CTATATGTAACTATGGCCTTCTTAAATGGTGGACTGAGACTAGTTATTTTTTTTCATTTTTTCAGGTAATGCTTGGTTCT GGTAGCTCTATTTATGAAGACTGGATGAGAGCAGCAGAGTCCTCTTATAGAGATAAATTCAGGGGTTGGGTTGGATTTAA TGTTCCAGTATCTCATAGAATAACTGCAGGGTAATCCAAAATTTGTGAATGTTTTATAGAAATTGCAGGGTCATTTAAAA CATTTATCTATTTCAATGTTTCTGCATTTCTTACTATATTCCTTTTACGGTCAGCTGTGATATACTGTTAATGCCATCCA TATTCGAGCCCTGCGGACTAAATCAGTTGTATGCAATGCGATATGGAACAATACCAGTGGTTCATGAAACTGGCGGGCTA AGGGTAAGTCAAGAAAATGCAGCAATTGACTAGTTAAATATGATTTCTTTCCCTTGATGCGTTTCTCTTTATTGTTTTAC AGGATACTGTTCAAAGTTTTAATCCATTTGCTGAAGGAGGCAATGCTGAAGGCACAGGGTTTGTTGTTCATGAGCTTGGA TTTTCTTTTTCCTTCAACTATTAAGATCCCTGTTTTTCATAATAAAGCTAAAATTCTATGGTCCGAGTGAAACTAACGGA TTTGGCTCCTCTAAAGTGAGAGTGATAGAACCCAGAAATTGTAGATGTATTATTGAAGAACCCTAATCCCAGAGGAAAGA TACATGAGAAAGATGCCAAACACCCTCTCTAACCTTGGAAAGAGAACCACTTCTCTCTCTAAACCCAATTCCTAACTGAA TACCAAGATACCCCTAACTCTCTAATTTCTGTTATTTATAGGCTACATGCCTCAATAACATTCTAACTAACTCACTAAGT ATAACTAACTAACCCCTAACCTTGAGTTCCTATCAGAGAGAGGGTAAAGGAAGTTACCACAACCATTAATTAAGTTGCTT TAATTAATGATTGTGATGACTTACTTTACACTCTAAAGGGAGTGCGCCGGACCTGAAACTAATGTAGTTATGGGATAATG AGAAGATGAAACCTGTATGATGATCATGGCTCTTGTATTGAGAAGAAATGGATATTGAATCGAAACTAACAAAATAAATG CAAACTTCGTTTTATGCAAATATAAAGCATGAAACTAACAAGAAATCAAATTTCGGTTTATGCAAATAAAAACCATGACT TCAACAATTAATTAAACTTTAATGGTTACATTTCAAAAAATATTAAAATTTTATGGTTATCTTTCTCAATATGTTGAATC 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TGCCTCATTTCTGTTGGGTCTGAAAGTAGATAACCAGTTCAGTTGGGATATAATATTTGTGATATTTGCATACTTTATCA ATTATATCAACCGCCTTTGATTGTTGATATTATTTATCTATCACTGGTGTCTTCATAGATGGAGGGCATTGGTGCCCCCA AAACTTATGTTGATAAATACTTTCCTTGAGAAAGGATGACAAGTCTGGGTCAAGTTGTTGGTGGCCACGATGATCGGTCA GGGGGTAACCTGTGATAATGAATTTCTTCCCGGCGGCAAAGAGGCGGTGACACAGATGAACACCTTCATCTGGGTGTTTT CCAAAATCAAAAACATTTCCCTCTTACTCATGTTTTCCTCCAACCATCTTGACCTTAAAGTTCCCCATGATCTGTAGCTA ACCCTTCCTCCAACTTTAGTTGAAATCTTCAAATCAGGTGACAAAAGAGGTTACCAAGAATGAGGTTTTTACAAGTTGGC TGAATTAACTTTCTATTCCATCACTGAAAATTTCGCTACTACTTCCAATTTTGCAATGTTTATGTCACTCCACCGGGGAA GACCTTCCAAGACTTTAGCTTATTGAGATTGTTGTTGAGCATACTTAGTGTTGACTCGATCTGGTACAATTTCTTTGATG GGTTCCCATGATTTGTGTGCTACTGTGTTAGCTTGCCTTTTACTGTGCACAAAATCTAGTGCGCTGAAGTTCATAGCCAA CAACCTACAGGCATGTATGATGACATCAATCTTCGTTATGCAATTAACACTCTTCATAACTCTAATCACAATGGAGGAAT ACAATTTATTGATCACCCTATCCATCTCCAACTCGTCGGCCACCGCCATACTCACCTCAAGGCCAACACCTTTGTCCTGC CTGAGATTGTGAAGCAGAGACGTTGCGATCAACAGCTCAGAACGGTGGGAGCGTGCAACCAACCCAAAGTCAGTCGAGCA CGACCCGGTTCATCCTGCACCTAAGTTAATCTTTATCGCATCCTGGGGAGGAGCAGCCCACTGGATATTTCTTTCAGATT TGTTCAAAGCTTGCTGATGGAATTCCTGAGCCTGCACCACTCACGCAGTGAGGATTGGGCCATAGCCATAGCACCTCCGG TTGGGCGCTCTTCTTATTGAAAGCTCCATCATTTCTTGCCTTTGAAATCACCCACAAAGTTTATTATTAAGTGAGAAGGA AAAGTAATAGTAAAAAATACTAATACTATAATAAATGTCCAAATAGATAAAATAAAC
CDS sequence (LotjaGi1g1v0287000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGTCTCTGCAACTTGGTTCTCCTCTTCTTCTTCGGCATCCTCGTACACCAGCTCAAGCTTATGCCAATTCACGGTT GATGAAAATTGCGCAACTGGGGTTCCCTTCTTTTCTTAAAAGGGCTGCTAAAAATGCCAACCTGCGTGCGTTTCCGGTGG ATAATGAAGGTGGGGTTGCTGCTTCACAAGATGACCCTTTTGCTTTTGAAGATGAACAAGTGAAGGCTCTCCCTTTATCT ACAGAGATGGATGATTTTGGCTCTATTGTTGGCTTTCACTTGGGCTCTGAGAATGGGAAGATCACGGAAGAAGATTCAAC TAGTGATGGAGTTGAAGAGAAAGCTAAGGCTAGAGTTTGCTACAATATTGTTTTTGTTACTTCAGAAGCGGCGCCGTATT CAAAGACCGGTGGCCTTGGAGATGTTTGTGGTTCTTTGCCAATAGCACTGGCAGCTCGGGGTCACCGTGTTATGGTTGTC TCTCCCAGGTACATCCATGGTACTCCTGGGGATAGTAAGTTTTCTGGGGCAATCGATCTTGAACGCCGCATCAATGTACC TTGTTTTGGAGGTGCTCAGGAAGTAGGCTTTTTCCATGAGTGCAGGGAGGGTGTTGATTGGGTATTTGTAGATCACCCCT CATTCCATAGACCAGGGAATCCATATGGGGACAAGAATGGGCCATTTGGGGATAATCAGTTTCGGTTCACTTTACTTTGC TATGCAGCATGTGAAGCCCCATTGGTGCTTCACTTGGGAGGGCTTACTTATGGAGAAAAGTGTTTATTCATTGTTAATGA TTGGCATGCCAGCCTAGTACCAGTACTTCTAGCAGCAAAGTATCGTCCACATGGGGTATATAAGGATGCACGTAGTGTAT TAGTGATTCATAACATTGCACATCAGGGAGTGGAACCTGCAATTACATATGGTAATTTGGGGCTGCCTCCAGAATGGTAT GGAGCACTGGAATGGGTGTTCCCTAATTGGGCAAGGGTGCATGCTCTTGACACGGGTGAAGCTGTCAACTTTTTGAAAGG TGCCGTTGTTACAGCTGACCGGATTGTAACAGTAAGCAAGGGTTATTCGTGGGAGATAACAACTAGTGAAGGTGGATATG GTCTGCATGAACTATTAAGCAGCCGAAAAAGTATTCTCAGTGGGATCACAAATGGAATTGATATTACTGAATGGGACCCA TCATCTGACGAACATATTGCATGCAGCTATTCTGCCGATGACCTTTCTGGGAAGGTCAAATGCAAGATTGCATTACAGAA GGAGTTGGGTCTCCCAGTGAGGCCTGATATTCCGTTGATTGGATTCATCGGAAGACTTGACTACCAAAAAGGCATTGACT TGATTCGTGAGGCAATTCCAGAGCTTATGGAGTATGATGTTCAGTTCGTAATGCTTGGTTCTGGTAGCTCTATTTATGAA GACTGGATGAGAGCAGCAGAGTCCTCTTATAGAGATAAATTCAGGGGTTGGGTTGGATTTAATGTTCCAGTATCTCATAG AATAACTGCAGGCTGTGATATACTGTTAATGCCATCCATATTCGAGCCCTGCGGACTAAATCAGTTGTATGCAATGCGAT ATGGAACAATACCAGTGGTTCATGAAACTGGCGGGCTAAGGGATACTGTTCAAAGTTTTAATCCATTTGCTGAAGGAGGC AATGCTGAAGGCACAGGGTGGACGTTTTCTCCACTATCAAAGGAGAGCATGTTAGTGGGTCTAAGACATGCCATTAAAAC ATATACTGAATACAAGTCTTGTTGGGAGGGACTGATGAAAAGAGGCATGAACAGAGATTACACATGGGTAAAGGCAGCCA CTCAGTACGAGCAAATCATCGAATGGGCGTTCATGGATCCACCCTATTGCTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0287000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MESLQLGSPLLLRHPRTPAQAYANSRLMKIAQLGFPSFLKRAAKNANLRAFPVDNEGGVAASQDDPFAFEDEQVKALPLS TEMDDFGSIVGFHLGSENGKITEEDSTSDGVEEKAKARVCYNIVFVTSEAAPYSKTGGLGDVCGSLPIALAARGHRVMVV SPRYIHGTPGDSKFSGAIDLERRINVPCFGGAQEVGFFHECREGVDWVFVDHPSFHRPGNPYGDKNGPFGDNQFRFTLLC YAACEAPLVLHLGGLTYGEKCLFIVNDWHASLVPVLLAAKYRPHGVYKDARSVLVIHNIAHQGVEPAITYGNLGLPPEWY GALEWVFPNWARVHALDTGEAVNFLKGAVVTADRIVTVSKGYSWEITTSEGGYGLHELLSSRKSILSGITNGIDITEWDP SSDEHIACSYSADDLSGKVKCKIALQKELGLPVRPDIPLIGFIGRLDYQKGIDLIREAIPELMEYDVQFVMLGSGSSIYE DWMRAAESSYRDKFRGWVGFNVPVSHRITAGCDILLMPSIFEPCGLNQLYAMRYGTIPVVHETGGLRDTVQSFNPFAEGG NAEGTGWTFSPLSKESMLVGLRHAIKTYTEYKSCWEGLMKRGMNRDYTWVKAATQYEQIIEWAFMDPPYC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 21 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1 | 3 | 3 | - | – | |
| Phobius | 4 | 12 | 9 | - | – | |
| Phobius | 13 | 21 | 9 | - | – | |
| Phobius | 22 | 630 | 609 | - | – | |
| PANTHER | 102 | 629 | 528 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 102 | 629 | 528 | 0.0 | – | |
| Hamap | 121 | 623 | 503 | 37.298 | ||
| SUPERFAMILY | 121 | 624 | 504 | 5.71E-117 | – | |
| TIGRFAM | 122 | 620 | 499 | 1.3E-154 | ||
| CDD | 122 | 622 | 501 | 0.0 | – | |
| Pfam | 122 | 380 | 259 | 2.1E-67 | ||
| Gene3D | 141 | 619 | 479 | 3.2E-189 | – | |
| Gene3D | 395 | 606 | 212 | 3.2E-189 | – | |
| Pfam | 437 | 586 | 150 | 2.7E-15 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Glycogen (starch) synthase activity | Catalysis of the reaction: UDP-glucose + (1,4)-alpha-D-glucosyl(n) = UDP + (1,4)-alpha-D-glucosyl(n+1). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0287000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…