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LotjaGi1g1v0340200.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0340200
Transcript ID LotjaGi1g1v0340200.1
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB; TAIR: AT4G09020.1 isoamylase 3; Swiss-Prot: sp|Q9M0S5|ISOA3_ARATH Isoamylase 3, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|K7KJ81|K7KJ81_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0340200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:80194788..80213665) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CCCGTCCCCACGGCACAATATTGTTTTTTTTTTTGATAAGCCCCCACAGCACAATTGATTGAGCGCGAGCGAGTGAGAGA TATTTTAACTTTTAAGGAAAAGGATTCAAACACGTGTAGAGTCCGATATTTGTGCACTCAACTCCTTTGTCACGTTCTCT TCTCTCTTCCCAAACCAAGCTTCACGTGCCATCCATCCATGAAAATCCCAATGCTTGCTTCCATTCATCTCCAGAAAACA ATTCCAAGTAACCACCTCAATTCAACACTCCATTTCCAACTTCCAACAATCACAATCCTCCATTGAGATGCTTCACCACC CATTACTCTGCGGTTCCAGACCCGCCACTCACTCCACACTCTTCGCTTCGCTTTTCTCCGACGGCAACAACGCCGGTCGC AGTTCACTTGCCGGAAACTCGTTTTGCCGTGAAATCAGGTACTTGATACTTCACTCTCAATTTTGCATCAATTTGTAGGA CCAATTTAGTAACCATAAGTGGTTTCACTTTCACATTTGATCTTGTTATCATTAGGTTGAAGTTCATGAAGCAAGCTTCG GGAAGCAAATCGAATCATAATGGTCGCGGAGTTTATAGTGAGGTATGTTGTAACTTGTAACATAGTATGCACTCAAGTAC TCTGAGTGACTTGTCATGGTTGTTGTTAATTTTGATTGAAATTTTGGCATAGGTTAGACAACGGACCGCGCCAAGCTTAG GACAACTAATGTTTATAGTGGTCGTGCTCAGGAAGGGGTGCTTGAGGTTTGTATGTTATTTATTCGTGTCTGTGTGCTTG GTTCTTATAATGACTGAGAGCATGGTTGTTGAACTGGTTATGCAAACTCAATATTGAAAGCAAAAAGAATAGGTTGGTGG GCAGGAAGGCCTTTTTCAATATTGATGTTAGTCTGGTTGTTTCTGAGCAAATGAAGAGGGATTGAAAATGTCAATATATT 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GTATACATACCATTAAAAAAAAAAAGGAAAAGCTGCCTGTAATCCAAGTATCTCAGATGTAATGTGATACCTTACTTGAT TATCTATAGTTCACTTTAGAAGAGCCAAATCCGGCTTGCAGTTATAGCTTAGTATTAGATAACAGATATCATCATACACA TATCTATAAAACTGTAGAGAACTTCGTCTCCACGGAATTGTATACAGTTCAGCTATGGATGAGGGGGAAATGAGAGAGTG AGAGAGTAAAATTAGAAAACATATAATTTCCCGAATAGAGCAGGGCATAGAGTCGCATTACAAGCTACTCGGGGCTGGTA AGGTTTGGAAAATCGATAGCTACTTTGTTTATAAGTATGATTGTTTTTTGGTTTAAGGCATGTTACTGTTTACCTATTAT ATTATTATCATCGTAAATTTGTTTTGAATGGAATAAATGCCATTGATGACTTGTATTTTAAGTAGCCTGGATTGTGGATT CCGTGTCAAACTGTCAATAGTCTCTATTTCTGCTTCTTTTATGAATGAAACCTAATTCATTTTGATACAAGAGCTTGTTA AAACTTGTGAATATATGATGGATCATTACCTCTCAACGAAAGGTCATCTAGTACTAGCTATCTTCTTCCATGTTTGGATT AACTTTGTATCAGTCAAAATAATTCTAGCTCAATGTGAAAACAAGATGAGCATCCAAAAATGCACTACATGGACAAGAAA ACAAAGGAGCATTGCTGAAATTTGAATAAACTAGGTACAGTTTATTGTGCCTGATATCAAGCTTGAGGGGCTTGTTTGAA GTCATATAACATAATGCTTTGTTCAACTTGTAGACATGATTGAGAAAATTCGGGTGTGCTTAGACATGTCATATGTGGCT TATGCATGTAAAATATCTTTTTAAATTGTGTATTTTTTAACATCCATGCGATTGAGTAGGCATGGTATTCAAACAGCTTT GTACGTACCCACCCAGGCCACCCTGCGCTCTCCTGTATGTAAAAATATATGATATAGTATTTACTTTTTTATTTTAGATT TAATGTCTAATTTTATAAATGATTTGAATTAAGAACATATGAAGATGACTGAGGGTTAATGAGAAAGGAGAGTTTGCATT GACTTCAAGAGGTCTAAGAATGAAAATTTTAACTTAATGTACATAGGTGAATAAATGTTTAATAATCTTGACAAAAATAG GTTTACAAACTGTGGACAAGCCAAATAAAATTTGTTAAGCTTTTTCTAATAAAGTTGCATCAATTATCTAAAAGCTTGAA GAATGGTAATATATTCGGAAAAATTCTACGACGTGGTATACATAAATATGTTCATGTAAATAATATAACTAAATATTTAT AAACTAAGTAAAAAAAATTATTTTAAATTCGTTTATAAGGGGCTAATTCTCCCAACGAGATTTTTCCCATAAATAAGACT TGTTTAAGGGAAATCAAGCATGTACCACTTGACTCAACCACTCGTTAATCACAAACACGTACATTATTTTTTTTGGTACA TCGAAAAGATAAATTACATCCACGAGGAATCGATCCCTGAACCTCCTCCTCATATGTCCCCAGCTCCTACCACTTGAG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0340200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCTTCACCACCCATTACTCTGCGGTTCCAGACCCGCCACTCACTCCACACTCTTCGCTTCGCTTTTCTCCGACGGCAA CAACGCCGGTCGCAGTTCACTTGCCGGAAACTCGTTTTGCCGTGAAATCAGGTTGAAGTTCATGAAGCAAGCTTCGGGAA GCAAATCGAATCATAATGGTCGCGGAGTTTATAGTGAGACAACGGACCGCGCCAAGCTTAGGACAACTAATGTTTATAGT GGTCGTGCTCAGGAAGGGGTGCTTGAGGAAGATGTCTCCAAAGTGATAGAGAACAGACCAACATGGGAAATTTCCCCAGG ACAGGCAGTTCCATTGGGTGTATCACAAGTTGACAATGGAATCAATTTTGCTATTTTTTCACAGCATGCAACTACAGTCA CACTTTGTTTAGTCCTTCCTGAGAATGGAAGCATTGGTACTCTAGACGGTGGCATGATAGAACTGCCTTTGGATCCTTCC TTGAACAAAACAGGGGACGTTTGGCACATTTGTATTGAGGATCTTCCATGTAGCAAGGTTCTATATGGATATCGTATCGA TGGAGCTCACGACTGGAGTAAAGGGCATCGGTTTGACAGCAGCATTGTGCTTGTTGATCCTTATGCAAAATTAATCGAAG GTCGAAGGAATTTTGGGGATATTAGCATGAGGTTGTCCAAGTTTCTCGGCACATATGATTTTGACAGTTTACCTTTTGAA TGGGGGGAGAATTACAAGGTTCCAAATATTCCGGAGAAAGATCTTGTTATATATGAGATGAATGTCCGCGCATTTACAAG TGGTGAATCTAGTGGGTTGGATAACAGCATTCGTGGCAGCTATCTTGGTGTGATTGAGAAGATCCCACACTTGCTAGAGC TTGGTATCAATGCAGTGGAGTTGCTGCCTGTCTTTGAGTTTGATGAGTTTGAATTCCAGAGGCGTCCAAACCCCAGAGAC CACATGATTAATACATGGGGTTATTCAACAATAAATTTCTTTGCTCCAATGAGTCGCTATGCTAGTGCTGGTGGAGGATC AGTTAATGCTTCCAAAGAGTTCAAGCAAATGGTTAAAGCCTTACATTCTGCTGGCATAGAGGTTATTTTGGATGTTGTCT ACAATCATACTAATGAGGCTGATGATGCCAACCCTTACACTACTTCGTTCCGTGGCATAGATAATAAGGTTTATTACATG GTAGACGATAACGGGCAGTTGATGAACTTCTCTGGCTGTGGAAATACATTGAATTGTAACCATCCTGTGGTCATGGAGCT AATTCTCGACAGCCTAAGACACTGGGTCATTGAATATCATGTGGATGGATTTCGATTTGATCTTGCAAGTGTCCTATGTC GAGGAGTAGATGGCTCCCCCCTTAATGCTCCCCCACTTATTAGGGCAATTGCTAAAGATGCAGTTTTGTCAAGGTGTAAA ATTATTGCAGAGCCTTGGGACTGTGGAGGTCTCTATCTTGTTGGAAGTTTTCCCAATTGGGATCGGTGGGCTGAATGGAA TGGGAAATATCGCGATGATGTGCGGAAATTTATCAAGGGCGATTCTGGTATGAAGGGGGGCTTTGCGACTCGTGTTTCTG GGTCTTCTGATCTTTACAGAGTGAACAAGCGTAGACCATATCATGGTATTAACTTTGTTATTGCACATGATGGGTTCAGC TTGCGTGATCTTGTTTCATACAATTTCAAGCACAATGAGGCCAATGGGGAAGGTGGACAAGATGGAAGCAATGATAATTT TAGCTGGAATTGTGGTTTTGAAGGAGAAACTGATGATGCTAGTATAAGAGCTTTGCGGTCAAGACAAATGAAAAACTTCC ATTTGGCATTAATGATATCTCAGGGCACACCGATGATGTTAATGGGGGATGAATACGGCCATACTCGCTATGGAAATAAC AATAGTTACGGGCATGATACTTCCCTTAATAATTTCCTGTGGGATCAGTTGGATACACGTAGGAGTGATCACTTCAGGTT TTTCTCTAAGGTGATAAAGTACCGGCTTGCACATCAAATATTGAAGCATGAAAATTTTCTCAGCAAGAATGACATAACAT GGCATGAAGATAACTGGGACAATCCTGACAGCAAGTTTCTAGCATTTACGCTTCATGACAGAAGTGGAGGAGATATCTAT TTGGCATTTAACGCTCATGACTACTTTGTGAAAGCTCCGCTGCCCACACCTCCAACAAAAAGGTGGCATCGTGTGGTGGA CACTAATCTCAAATCTCCAGATGACTTTGTCCTTGATGGTGTCCCTATCGAAGGAAACATGTATAGTATAGCTCCATACT CCTCCATTCTTCTTGAGGCGAAGTTTTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0340200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLHHPLLCGSRPATHSTLFASLFSDGNNAGRSSLAGNSFCREIRLKFMKQASGSKSNHNGRGVYSETTDRAKLRTTNVYS GRAQEGVLEEDVSKVIENRPTWEISPGQAVPLGVSQVDNGINFAIFSQHATTVTLCLVLPENGSIGTLDGGMIELPLDPS LNKTGDVWHICIEDLPCSKVLYGYRIDGAHDWSKGHRFDSSIVLVDPYAKLIEGRRNFGDISMRLSKFLGTYDFDSLPFE WGENYKVPNIPEKDLVIYEMNVRAFTSGESSGLDNSIRGSYLGVIEKIPHLLELGINAVELLPVFEFDEFEFQRRPNPRD HMINTWGYSTINFFAPMSRYASAGGGSVNASKEFKQMVKALHSAGIEVILDVVYNHTNEADDANPYTTSFRGIDNKVYYM VDDNGQLMNFSGCGNTLNCNHPVVMELILDSLRHWVIEYHVDGFRFDLASVLCRGVDGSPLNAPPLIRAIAKDAVLSRCK IIAEPWDCGGLYLVGSFPNWDRWAEWNGKYRDDVRKFIKGDSGMKGGFATRVSGSSDLYRVNKRRPYHGINFVIAHDGFS LRDLVSYNFKHNEANGEGGQDGSNDNFSWNCGFEGETDDASIRALRSRQMKNFHLALMISQGTPMMLMGDEYGHTRYGNN NSYGHDTSLNNFLWDQLDTRRSDHFRFFSKVIKYRLAHQILKHENFLSKNDITWHEDNWDNPDSKFLAFTLHDRSGGDIY LAFNAHDYFVKAPLPTPPTKRWHRVVDTNLKSPDDFVLDGVPIEGNMYSIAPYSSILLEAKF 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D 92 231 140 1.5E-40
PANTHER 93 781 689 0.0
PANTHER 93 781 689 0.0
SUPERFAMILY 106 223 118 2.27E-28
Pfam 111 209 99 8.8E-13
CDD 111 259 149 1.35454E-36
Gene3D 235 689 455 4.4E-181
SUPERFAMILY 238 681 444 1.01E-117
CDD 239 678 440 0.0
SMART 259 661 403 4.7E-8
Pfam 280 397 118 9.7E-11
SUPERFAMILY 689 781 93 4.03E-21
Gene3D 690 782 93 1.9E-25

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Catalytic activity Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic.
Molecular function Hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds Catalysis of the hydrolysis of any O-glycosyl bond.
Biological process Carbohydrate metabolic process The chemical reactions and pathways involving carbohydrates, any of a group of organic compounds based of the general formula Cx(H2O)y. Includes the formation of carbohydrate derivatives by the addition of a carbohydrate residue to another molecule.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0340200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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