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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0340200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0340200.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB; TAIR: AT4G09020.1 isoamylase 3; Swiss-Prot: sp|Q9M0S5|ISOA3_ARATH Isoamylase 3, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|K7KJ81|K7KJ81_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0340200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:80196310..80212053) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAAGATAGAGCATTGATGGGTCAAATATAGTCTATCCAGTGTTGTAATGTCTTGTTTTTTGCAATTCCAGGAAGATGTCT CCAAAGTGATAGAGAACAGACCAACATGGGAAATTTCCCCAGGACAGGCAGTTCCATTGGGTGTATCACAAGTTGACAAT GGAATCAATTTTGCTATTTTTTCACAGCATGCAACTACAGTCACACTTTGTTTAGTCCTTCCTGAGAAGTAAATCTCGAT ATTCTTTATGTATGATTGGTTCCAACTTTTAAAAGATTCCGTCAAATATAAAATACACATATTTGAAATATGTGCTTTGC AAAATTTGATTTGAGCCACATGTAGTCATTCTTGTCATGATTCTTTAGTTTCTATCACCAGTTCACCTCTCAAATGTTCA TAAATGTCTATTTGTTTTGGAGAAATAATCGTTTTCTTTTCTTTCAAAAGCTTTCTTTGCCAAAGATAAGTTATTATTTT TGCAAAATAAACTGAACCAAACATGGAGCTTACCTTGTGTTTTTTCAATGATCTGTCACTTACTATGTATTTGCTCAAAT TTATAATATGTGAAATGTGAAGAGATAACTTTATTAGTGAGGATTCAATATTTGCACTGATTTTGATATCAATTTAGAAA GCTTCAATCATTTGGGCTCAGGAGTTAATATGGCCTTTTAGCACAGGAGCAACTCAAAAATACTATAAATACCTAGGATA TTCACACTATGGAAGTGTAATGTAATGTAAATACCATATAAGTTTTTGTTGTAGCTTTGGTTTATGGACCCTAAGGCTAT ATTTATAGTAATAATAAGAATAATTATTTTTGTACTTTCTTATTTACTTAGGCTTGTGCATTTCTGATGGACAAAATTGT CTAGAACTCAATCTTTCTCGCTCTCAGGAAAATTAAAGCTTATTTCATATGTATTACAAATTACTGTTTGAGAATTTTCT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0340200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCTTGTTTTTTGCAATTCCAGGAAGATGTCTCCAAAGTGATAGAGAACAGACCAACATGGGAAATTTCCCCAGGACA GGCAGTTCCATTGGGTGTATCACAAGTTGACAATGGAATCAATTTTGCTATTTTTTCACAGCATGCAACTACAGTCACAC TTTGTTTAGTCCTTCCTGAGAATGGAAGCATTGGTACTCTAGACGGTGGCATGATAGAACTGCCTTTGGATCCTTCCTTG AACAAAACAGGGGACGTTTGGCACATTTGTATTGAGGATCTTCCATGTAGCAAGGTTCTATATGGATATCGTATCGATGG AGCTCACGACTGGAGTAAAGGGCATCGGTTTGACAGCAGCATTGTGCTTGTTGATCCTTATGCAAAATTAATCGAAGGTC GAAGGAATTTTGGGGATATTAGCATGAGGTTGTCCAAGTTTCTCGGCACATATGATTTTGACAGTTTACCTTTTGAATGG GGGGAGAATTACAAGGTTCCAAATATTCCGGAGAAAGATCTTGTTATATATGAGATGAATGTCCGCGCATTTACAAGTGG TGAATCTAGTGGGTTGGATAACAGCATTCGTGGCAGCTATCTTGGTGTGATTGAGAAGATCCCACACTTGCTAGAGCTTG GTATCAATGCAGTGGAGTTGCTGCCTGTCTTTGAGTTTGATGAGTTTGAATTCCAGAGGCGTCCAAACCCCAGAGACCAC ATGATTAATACATGGGGTTATTCAACAATAAATTTCTTTGCTCCAATGAGTCGCTATGCTAGTGCTGGTGGAGGATCAGT TAATGCTTCCAAAGAGTTCAAGCAAATGGTTAAAGCCTTACATTCTGCTGGCATAGAGGTTATTTTGGATGTTGTCTACA ATCATACTAATGAGGCTGATGATGCCAACCCTTACACTACTTCGTTCCGTGGCATAGATAATAAGGTTTATTACATGGTA GACGATAACGGGCAGTTGATGAACTTCTCTGGCTGTGGAAATACATTGAATTGTAACCATCCTGTGGTCATGGAGCTAAT TCTCGACAGCCTAAGACACTGGGTCATTGAATATCATGTGGATGGATTTCGATTTGATCTTGCAAGTGTCCTATGTCGAG GAGTAGATGGCTCCCCCCTTAATGCTCCCCCACTTATTAGGGCAATTGCTAAAGATGCAGTTTTGTCAAGGTGTAAAATT ATTGCAGAGCCTTGGGACTGTGGAGGTCTCTATCTTGTTGGAAGTTTTCCCAATTGGGATCGGTGGGCTGAATGGAATGG GAAATATCGCGATGATGTGCGGAAATTTATCAAGGGCGATTCTGGTATGAAGGGGGGCTTTGCGACTCGTGTTTCTGGGT CTTCTGATCTTTACAGAGTGAACAAGCGTAGACCATATCATGGTATTAACTTTGTTATTGCACATGATGGGTTCAGCTTG CGTGATCTTGTTTCATACAATTTCAAGCACAATGAGGCCAATGGGGAAGGTGGACAAGATGGAAGCAATGATAATTTTAG CTGGAATTGTGGTTTTGAAGGAGAAACTGATGATGCTAGTATAAGAGCTTTGCGGTCAAGACAAATGAAAAACTTCCATT TGGCATTAATGATATCTCAGGGCACACCGATGATGTTAATGGGGGATGAATACGGCCATACTCGCTATGGAAATAACAAT AGTTACGGGCATGATACTTCCCTTAATAATTTCCTGTGGGATCAGTTGGATACACGTAGGAGTGATCACTTCAGGTTTTT CTCTAAGGTGATAAAGTACCGGCTTGCACATCAAATATTGAAGCATGAAAATTTTCTCAGCAAGAATGACATAACATGGC ATGAAGATAACTGGGACAATCCTGACAGCAAGTTTCTAGCATTTACGCTTCATGACAGAAGTGGAGGAGATATCTATTTG GCATTTAACGCTCATGACTACTTTGTGAAAGCTCCGCTGCCCACACCTCCAACAAAAAGGTGGCATCGTGTGGTGGACAC TAATCTCAAATCTCCAGATGACTTTGTCCTTGATGGTGTCCCTATCGAAGGAAACATGTATAGTATAGCTCCATACTCCT CCATTCTTCTTGAGGCGAAGTTTTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0340200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSCFLQFQEDVSKVIENRPTWEISPGQAVPLGVSQVDNGINFAIFSQHATTVTLCLVLPENGSIGTLDGGMIELPLDPSL NKTGDVWHICIEDLPCSKVLYGYRIDGAHDWSKGHRFDSSIVLVDPYAKLIEGRRNFGDISMRLSKFLGTYDFDSLPFEW GENYKVPNIPEKDLVIYEMNVRAFTSGESSGLDNSIRGSYLGVIEKIPHLLELGINAVELLPVFEFDEFEFQRRPNPRDH MINTWGYSTINFFAPMSRYASAGGGSVNASKEFKQMVKALHSAGIEVILDVVYNHTNEADDANPYTTSFRGIDNKVYYMV DDNGQLMNFSGCGNTLNCNHPVVMELILDSLRHWVIEYHVDGFRFDLASVLCRGVDGSPLNAPPLIRAIAKDAVLSRCKI IAEPWDCGGLYLVGSFPNWDRWAEWNGKYRDDVRKFIKGDSGMKGGFATRVSGSSDLYRVNKRRPYHGINFVIAHDGFSL RDLVSYNFKHNEANGEGGQDGSNDNFSWNCGFEGETDDASIRALRSRQMKNFHLALMISQGTPMMLMGDEYGHTRYGNNN SYGHDTSLNNFLWDQLDTRRSDHFRFFSKVIKYRLAHQILKHENFLSKNDITWHEDNWDNPDSKFLAFTLHDRSGGDIYL AFNAHDYFVKAPLPTPPTKRWHRVVDTNLKSPDDFVLDGVPIEGNMYSIAPYSSILLEAKF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 11 | 150 | 140 | 1.3E-40 | ||
| PANTHER | 12 | 700 | 689 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 12 | 700 | 689 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 25 | 142 | 118 | 1.92E-28 | ||
| CDD | 30 | 178 | 149 | 1.65657E-36 | – | |
| Pfam | 30 | 128 | 99 | 7.5E-13 | ||
| Gene3D | 154 | 608 | 455 | 3.2E-181 | – | |
| SUPERFAMILY | 157 | 600 | 444 | 7.37E-118 | ||
| CDD | 158 | 597 | 440 | 0.0 | – | |
| SMART | 178 | 580 | 403 | 4.7E-8 | ||
| Pfam | 199 | 317 | 119 | 8.0E-11 | ||
| SUPERFAMILY | 608 | 700 | 93 | 3.45E-21 | – | |
| Gene3D | 609 | 701 | 93 | 1.6E-25 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Catalytic activity | Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic. | ||
| Molecular function | Hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds | Catalysis of the hydrolysis of any O-glycosyl bond. | ||
| Biological process | Carbohydrate metabolic process | The chemical reactions and pathways involving carbohydrates, any of a group of organic compounds based of the general formula Cx(H2O)y. Includes the formation of carbohydrate derivatives by the addition of a carbohydrate residue to another molecule. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0340200.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…