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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0349000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0349000.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | WD and tetratricopeptide repeat protein, putative; TAIR: AT5G10940.2 transducin family protein / WD-40 repeat family protein; Swiss-Prot: sp|Q8N5D0|WDTC1_HUMAN WD and tetratricopeptide repeats protein 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2PL15|A0A0B2PL15_GLYSO WD and tetratricopeptide repeats protein 1; Found in the gene: LotjaGi1g1v0349000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:81822635..81835926) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATAGTGATGAAAAAAATTCCTTTTACATGACTCGTGAGTAAAGAAAGAAAAGTGTGCGCAGCAGCGAATTCCAAGTACAA CCGACCCAGCTGCTTGGAATTCATGAAAACCACGCTGATCGTCTTGCTTCTATCAGCGATTTCTTACTTCTGAGTTCAGA CCTTGCTTTCTTCTTCAATGGACTCTGTTCCCTTTCGCGATGGCAACATACACAAACTGCTCCAGACACGTTACCTCAAC ACTCGTCTAGTATATTCTTCTCCCCTTTACTTCTTCTTTTCAATGTCTTCTTGAAACCCTCAATAGTTCACGATTACCTT ACGAATCCCTATTTTCATTTCCGTGGTTCAATTTTCATTTTCATTTTCAATTTTTTTGGTGTGTTTTGTGATTTTGACTG AGGAAATGTTCTTCTTGTTTTGTTTAGGATGTTAATCATACTTTGCAGACACACTCTTCGTTGATTCGGAGGCTTTCTCA AGACAGAGAGTTAGAGGTTTGGTAACATGCCTAAAATTACTGTGAAATTAAGCTAATCCTGTTATGCCTATTGCATGTCT CAAACATTTGATTGTTTATATTCTACATTCGTTGATTAGACTGATCATTTTCAAAGAAGCATGTGTATTTGCTGACATTA CCCACACATCTATTACACACTATACTTTCAATTTTAATGTTATTCGTGTCTACTTCACATTTTACCCCTGTTAAGGTTCC ATGTCTGTACCCTCATTCCATTTGTTGCCTTTTGCTCATGATTTGGACAGGGCCACCTTGGCTGTGTTAATGCGGTGGCT TGGAATTCCACAGGTTCAATGCTGATATCTGGATCAGATGATACAAGGGTATGACAGTTTTTTTGTCTTTTGTCAAGTGG ACTATAATCTCATGTACTAGATGGTAGCTAAGATGTAAACAAAGAAAAAGTGTTGAAACTAGCTGCGTAATGCATGGGGT GTTCTTTTATATCTTATTGAAATGTTTGCATGGAATTTCGCAGATCAATATTTGGAGCTACTCTAGTAAAAAACTTTTGC ATTCAATTGATACTGGACATTCTGCAAATATATTCTGTACCAAGTTTGTACCAGAAACTTCTGATGAGCTTGTAGTCTCT GGAGCTGGAGATGCTGAAGTAATGCTCTGATCCATTTGAATTTTTTAGTGGCTGATGCGATTTTAATTCTCTAATTTCAT ATTTTTTTTTTCTCTTGGGCAGGTTCGGTTATTTAACCTGTCTCGCTTAAGTGGGAGAGGGTTCAGTGATGAGGCCATTG CTCCATTCGCACTTTATCAATGTCACAGTCGAAGAGTCAAGAAATTGGCTGTAAGTTATGTGGTCTAGGAAAATCCCTAA ATTAGCATAGTTTCAATCACGTTATATCAGGGGGTAAAAGATCATCAACAAAATCCAGACTTTTCTTACTAGGGTGGGCA AAAATTAATGGATTTGAGATGTGGGAATATCTCATTTGATTTGCATCCTGTAGGTTTTCGTGTCTCATGTGTTCCTTTCT GCAGGTTGAAAATGGAAATCCCAATGTGGTGTGGAGTGCTAGTGAAGATGGGACCTTAAGACAGCATGATTTTCGGGAAG GTACCACTTGTCCTCCAGCAGGATCTTCACATCAAGAGTGTCGAAATGTTCTAGTAAGTGGTTTGATCCATTTGTATTTG CTCCTACTTATCCATTTTAAATGCAAATGAACCTCATGTAGCATATTAATGTTTGGATTTAGGTTGGATATTTAACATTC CCTACAAGTGCATATGTTTAATTCATCTTAAAAAACTATTTTCCCCATGATCTGTTATATTTGAACTTATAATCGAAAGA CCATCTGGTTTGCTGAAGATTAGTTTATCTGCTACATTAGGGAATCTACAATAACATCAAGCATATATGAGGCACGTTGA TCTCATTAATAAGCTGTTTCTATTCTATTAAAATAGAAACTAGCCTTTGTTGGGGGTTACTTGTCATATATATCGATTGT AATCCTTTCTTCATAGTTTTTTATGGAAGGTTGGATGAAAATACTGAAATCTGCTTTAGAATATTATAGGATGCATCAAA TATTTTATGTTATTTATTTTTATTTTGAGTAAAAAAAGGTTTTTTCCTTTTTACCAATTGCGCATTTGGTAGTCCTTTTA CACTAACTGGGAAGTTGCTCTTCGATGGAGGGGGGGGGGCACCTCTTTTTGGTTCTTCATGTAACATTGATGACAGCTCT ATGCTTCATCATGATTGTATCTTCAATTTCATGATGTTCTCATTATTTCCTTTTCTTAGTCCCTGGGAAATTTAAATGGC TTTTGTACTGATGGTAGTTAGGACGTCAACAGTCATTCTATGTAGTTCTAAAGCTGGAATACTTGGTGTTTTTCATTTAT TGATTTCCATATTAAATATTTAATGCCAGCTTGACTTACGGAGTGGAGCTAAAAGGTCACTTGCTGATCCTCCTAAACAA GTCCTTGCTCTAAAATCTTGTGATATTAGCTCAACTAGGCCGCATTTGCTCCTTGTTGGTGGGAGGTAAATCTTTCCGCT GATGTTAAATGTTCTTGACTTCATTTTTTTTTACTTTGAACTGAGTTAAAATTATTTATTCATTGCAGTGATGCCTTTGC ACGTTTATATGATAGAAGGATGCTACCACCCCTGAGTTCCTGTCGGCAAAGAATGTCTCCACCTCCTTGTGTTAATTACT TCTGTCCAATGCATCTTTCTGACCGTGTTAGTCCTTTGCTTTACTGATCTACTATTATCCGCTATCAAAGTGTTTATATT CAGTCAAAATCTGTTGAGTATTGGGAATATTACAAGCCCATTTTTTAGGGTGAGAAGAATTCTTCGGGAAAGGAATATAA TGCAGTAGGATGACGGGGCTGGCATTGCTTATTTATGCACTTTTCTAATTTCTTCTTACCTCTGCACTGTTTTTGTGTGT GTGTGTGGGGGGGGGGGTGGGGGTATAATTTCATTTTCTTTTGCATTTCTCCTCTCTGAGATGGAAACTTCTCATTGTTA TGGATCAAAAACCCTCATCTTTGTTTCTCTGAATTTTTTTTTTGGAGTTAGACTTGTAATGGGTAATGGGCTCCTCACAT AAGCTGAAGAAGGAAAACACACGGAGAATCTCTGTCCCTTTCCATCTATGAATTTTACCACACTTTATAGTTTATAGTTT ATAGTATGATTGTAATATGATACTTGTAAAAAATATTGGGGTATCCGTGCATGTTATCATTGGTATAAATAAGGGGTGGG GGTGGGGGTATAATTTCATTTTCTTTTGCATTTCTCCTCTCTGAGATGGAAACTTCTCATTGTTATGGATCAAAAACCCT CATCTTTGTTTCTCTGAATTTTTTTTTTGGAGTTAGACTTGTAATGGGTAATGGGCTCCTCACATAAGCTGAAGAAGGAA AACACACGGAGAATCTCTGTCCCTTTCCATCTATGAATTTTACCACACTTTATAGTTTATAGTTTATAGTATGATTGTAA TATGATACTTGTAAAAAATATTGGGGTATCCGTGCATGTTATCATTGGTATAAATAATCATGTGGAGAAACTTGTGGATA TTGTTGATATGGCTTACTTAAGATTGTACCATGAAAATAGAAATCTAATTCTGTTTTTAGTTATAGGAGATAGATATATC AATCCCTAAATTTTAGGGATTTTAGTATTTGAATTGTGGCTTGTTTATCATGTGTTGAGAGGGTTTCTCTCGAGCAATCT AAAAATATTCAAGTTGGTATATAAGCCTTAGAGTCATAGCATTCACTTGTGAAATCTCCAACAACCATGCTTCATGAAAT TTCGTGTGAAGCTCAATCACCATTGCTCAGTCTGGCAAACCTCATCCAACAGCCTCTAAAATGTCCATCTCCCATGAATC AAGAAGGTGATGAATGATGATAGCTATGCCATGTCCTGTGATGGTGGCCATGTAGGTGATGGCAAGGTGGCTGTGGTAGT GGCAGCCATGGCTGGGGTAGAGAGAGTCGTATTGTTAATTTTATACTAGTGGTTTTGGGAAATGAACTCAAGATTCACAG GAGACTCCATATTAAACAATGCTGCAGTCGGAAATGTCTTAAGTAGTTTCTATCTCCAGAATGCCTAAACCAAATCCAAG TGGCTTGTAATGCATGTCATTCATTCTATATAACCTAACTCTAGGGTCTTCTATAAGAACTTATTCCCTCACCCTTTTGC CTCCTTTGGTATGTTATGCAGGTCTAGGTCTTTCCTGCTAAATTAAGGAAATATTTTTGCACTCAAATTGTTTTTTTGTT TCTTCCAGGGACATCCAAGCTTGCACTTAACTCATGTTACATTTAGTCCTGATGGACATGAGGTTCTTCTCAGCTATAGT GGAGAGCATGTTTACTTGATGAATGTAAATAACGGTAAAACGTTTTATATTGAATCTCATTTACTTATATGTCTCTAATA GTGTGAATCAATGTGATGTTTCTACATTCAAATTGTATGGGTATTGGGTAAATTTTAAAATTACTTTTATTATCCAATTG TTTGATTTACAAACGTCAGGAAGGGGAGTGAATTTTTCATGCATAGTGTCATCTTATTTAGTTATGCTATGCTTGTTATC ATAGTAATTGTGATGTCACATAGTCAGAGATGTACAAAGAAGTGAGTGCTGGTAGTGTTTCTGAAGTTGGTTGGATGTAG GAAATCTAAATAAAGCTTGAGCAATTAAATTTTATTTCCTTTTTATAATTTTTTCTTGTGTTTTGAGTTGACTTTTGAAG 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CTTAAAGTAGGTGAAATTTTATCCTGTTGAGTTTTTTTTTTACTCAGAATTTTTTTATTTAGAAATGGAAAGCATGCGAC TATTTTTTATTTATCTTGTTTTCCTTGAGCATGTGACTGTTTTTTATACTTCCTTAATGGTTGTCCATATTTTTATTATT CGTTTCAAGAAAGAAAGTAGTAGGCTTGACTGGACAGTTGGTCTGTAGTTGCATTTTTTATTTTTGTCTTCTCACTTGTT TATTTGTAGGTGAGTATGTTGCCAGTGGAAGTGATGATGGCAGATGGTTTATCTGGGAAAAGCGAACTGGTAGACTCATA AAAATGCTGAATGGCGATGAATCCGGTAACATTGTTTTCCCTAAGGTCGGTATTTAGTAGTCTCCTTGTATGGGTGTCTG AAGCTATTTCTTCCTCCTACAGTTGTAAATTGTGTACAATGCCATCCATTTGATTTTGTTGTGGCAACTAGTGGAATCGA CAGCACAATAAAGGTGAGAATGACGTTTCTATAATGCATTTTGTGTTGAGTAGATAAATAAAAAAATAATCTCTGAAGCT TTCTGGTGGTGAATTATTCTAGATATGGACTCCAAGTGCTCCAGTTCCATCATCGGTGGCTGGTGGTTCATCAGGACCAG AAAGTGGTGATGTGTTGGCTGCTATGGAGAGCAATCAACAAAAATTATCCCGTAACCGCAACTCTATCCTGTAAGGATCA TGAAACCTTCTGTTTGATATTTGCATCTAGGTTAGGTAGTTTAAAAGCATCATACGTTCCAAGCCTGTCTGGAAATAAAT TTGATGATGGCAGTGCTTGGCAATAAGCATGACTTACATTTAAGTTTATCACTCTGGTAATATGAGGAGTCATAATCAAC GTGTCCAACTTCACTCCTACATTAATTGAACTAATTTGTTACTAGAAATTGGACATGATAAATTGTTTAATTCTTCTCTC 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0349000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGACTCTGTTCCCTTTCGCGATGGCAACATACACAAACTGCTCCAGACACGTTACCTCAACACTCGTCTAGATGTTAA TCATACTTTGCAGACACACTCTTCGTTGATTCGGAGGCTTTCTCAAGACAGAGAGTTAGAGGGCCACCTTGGCTGTGTTA ATGCGGTGGCTTGGAATTCCACAGGTTCAATGCTGATATCTGGATCAGATGATACAAGGATCAATATTTGGAGCTACTCT AGTAAAAAACTTTTGCATTCAATTGATACTGGACATTCTGCAAATATATTCTGTACCAAGTTTGTACCAGAAACTTCTGA TGAGCTTGTAGTCTCTGGAGCTGGAGATGCTGAAGTTCGGTTATTTAACCTGTCTCGCTTAAGTGGGAGAGGGTTCAGTG ATGAGGCCATTGCTCCATTCGCACTTTATCAATGTCACAGTCGAAGAGTCAAGAAATTGGCTGTTGAAAATGGAAATCCC AATGTGGTGTGGAGTGCTAGTGAAGATGGGACCTTAAGACAGCATGATTTTCGGGAAGGTACCACTTGTCCTCCAGCAGG ATCTTCACATCAAGAGTGTCGAAATGTTCTACTTGACTTACGGAGTGGAGCTAAAAGGTCACTTGCTGATCCTCCTAAAC AAGTCCTTGCTCTAAAATCTTGTGATATTAGCTCAACTAGGCCGCATTTGCTCCTTGTTGGTGGGAGTGATGCCTTTGCA CGTTTATATGATAGAAGGATGCTACCACCCCTGAGTTCCTGTCGGCAAAGAATGTCTCCACCTCCTTGTGTTAATTACTT CTGTCCAATGCATCTTTCTGACCGTGGACATCCAAGCTTGCACTTAACTCATGTTACATTTAGTCCTGATGGACATGAGG TTCTTCTCAGCTATAGTGGAGAGCATGTTTACTTGATGAATGTAAATAACGCTGGAGTGAATGAGTTGCAGTATACTCCA GAAGACGTTTCAAAGCTGATGACATACTCTCCAACAATTAATGGGGTAGAATTGCAACCGTTTGTCTCCAATGTCTTCCC AAATGGATTTTCTGTTAAAAATAACATTGCTGCAAAGCTTGAAAAGTGCAGGAAACTATTAAAGTTCGCTAAGAGGTCAT TGGACGACGGGATGCCCTATCATGGAATTGAGGCATGCAATGAAGTTATGAATGGCTACAGTCATATTATTGTGCCTGCA CTAAAACATGAATGCTTGTGTATGCGTGCTGCACTATTGCTTAAGAGGAAGTGGAAAAATGATGCTCATATGGCTATAAG AGACTGCTATGCTGCCAGGAAAATTGATACTTCCTCCTATAAAGCACTTTATTATATGTCAGAAGCATTGTCACAGTTGG GTAGACACAAAGAAGCTTTAGATTTTGCTGTTGCTTCCCACTCTTTGGCCCCATCCAAATCTGAAGTTGCAGAAAGAGTT GAGAATGTGAAGAAGGATATTGCTTTAGCTGAAGCTGAGAAAAATCGTAAGACGGATGATGGAGCATCAAGGTCTGACCG TCGAGGTGGAAGGATATTATCATTAAGTGACATACTCTATCGTTCAGAGGCTAATAGTGATGGTTCTCAAGACGATCAAA GATCAGAGAGGGATGACTCTGATTATGATGATAATGATGATGATGATGATGATGATGAGGAATTGGAGTTGGACTTTGAA ACATCAATATCTGGTGATGAGGGGCATGATCCTGAATCAAATATTCTTCATGGGAGTTTAAATCTTAGAATTCACCGAAG AGATGACTCCAGAGAACCTGCTGGTGCAGAAGACTCATGTGAATCACCCTCATCATCATCGCAGAATGGTAGAGCGGCTT ACCAGCCTGAAGCAGCTGTTGATATGAAGCAGAGATTTATTGGCCACTGCAATGTTGGGACAGATATAAAACAAGCCAGT TTTCTTGGTCAAAAAGGTGAGTATGTTGCCAGTGGAAGTGATGATGGCAGATGGTTTATCTGGGAAAAGCGAACTGGTAG ACTCATAAAAATGCTGAATGGCGATGAATCCGTTGTAAATTGTGTACAATGCCATCCATTTGATTTTGTTGTGGCAACTA GTGGAATCGACAGCACAATAAAGATATGGACTCCAAGTGCTCCAGTTCCATCATCGGTGGCTGGTGGTTCATCAGGACCA GAAAGTGGTGATGTGTTGGCTGCTATGGAGAGCAATCAACAAAAATTATCCCGTAACCGCAACTCTATCCTGCCCTTTGA GCTTTTGGAGCCTTTCAGAATGCATGAGTTTCCTGAAGGGTCATTACGCCTGCGCCCTTTTGAATGCGCCCAAAGCTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0349000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDSVPFRDGNIHKLLQTRYLNTRLDVNHTLQTHSSLIRRLSQDRELEGHLGCVNAVAWNSTGSMLISGSDDTRINIWSYS SKKLLHSIDTGHSANIFCTKFVPETSDELVVSGAGDAEVRLFNLSRLSGRGFSDEAIAPFALYQCHSRRVKKLAVENGNP NVVWSASEDGTLRQHDFREGTTCPPAGSSHQECRNVLLDLRSGAKRSLADPPKQVLALKSCDISSTRPHLLLVGGSDAFA RLYDRRMLPPLSSCRQRMSPPPCVNYFCPMHLSDRGHPSLHLTHVTFSPDGHEVLLSYSGEHVYLMNVNNAGVNELQYTP EDVSKLMTYSPTINGVELQPFVSNVFPNGFSVKNNIAAKLEKCRKLLKFAKRSLDDGMPYHGIEACNEVMNGYSHIIVPA LKHECLCMRAALLLKRKWKNDAHMAIRDCYAARKIDTSSYKALYYMSEALSQLGRHKEALDFAVASHSLAPSKSEVAERV ENVKKDIALAEAEKNRKTDDGASRSDRRGGRILSLSDILYRSEANSDGSQDDQRSERDDSDYDDNDDDDDDDEELELDFE TSISGDEGHDPESNILHGSLNLRIHRRDDSREPAGAEDSCESPSSSSQNGRAAYQPEAAVDMKQRFIGHCNVGTDIKQAS FLGQKGEYVASGSDDGRWFIWEKRTGRLIKMLNGDESVVNCVQCHPFDFVVATSGIDSTIKIWTPSAPVPSSVAGGSSGP ESGDVLAAMESNQQKLSRNRNSILPFELLEPFRMHEFPEGSLRLRPFECAQS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 21 | 759 | 739 | 2.1E-236 | – | |
| PANTHER | 21 | 759 | 739 | 2.1E-236 | – | |
| Gene3D | 34 | 336 | 303 | 4.0E-34 | ||
| SMART | 39 | 78 | 40 | 1.3E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 40 | 703 | 664 | 4.3E-49 | ||
| Pfam | 44 | 78 | 35 | 2.5E-6 | ||
| ProSiteProfiles | 46 | 87 | 42 | 15.421 | ||
| ProSiteProfiles | 46 | 132 | 87 | 18.273 | ||
| SMART | 81 | 123 | 43 | 0.0046 | ||
| SMART | 136 | 176 | 41 | 0.65 | ||
| SMART | 211 | 244 | 34 | 18.0 | ||
| SMART | 265 | 307 | 43 | 280.0 | ||
| Gene3D | 380 | 488 | 109 | 6.9E-10 | ||
| SUPERFAMILY | 400 | 476 | 77 | 3.32E-8 | ||
| Coils | 473 | 500 | 28 | - | – | |
| MobiDBLite | 519 | 615 | 97 | - | – | |
| MobiDBLite | 537 | 561 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 581 | 596 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 599 | 613 | 15 | - | – | |
| SMART | 619 | 662 | 44 | 0.81 | ||
| Gene3D | 619 | 756 | 138 | 1.8E-14 | ||
| Pfam | 626 | 661 | 36 | 0.28 | ||
| ProSiteProfiles | 646 | 713 | 68 | 12.763 | ||
| SMART | 665 | 704 | 40 | 2.6E-6 | ||
| Pfam | 668 | 703 | 36 | 0.15 | ||
| ProSiteProfiles | 672 | 703 | 32 | 9.773 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0349000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…