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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0410100 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0410100.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Glycine-rich protein; TAIR: AT5G11700.2 ephrin type-B receptor; Swiss-Prot: sp|P06882|THYG_RAT Thyroglobulin; TrEMBL-Plants: tr|K7KU15|K7KU15_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0410100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:90050002..90067328) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCGGAGTGTGTCCGTGACGCTCCATTAAAACCCGCGTGAGGTTCGGTAATAAGAAGAAAAAAATCCCCAACGCTGAAGTC CACAATAGCTCTCAACTTCCACCCAATCTCTGCACATCAAAATTCAGATCGCTAGAAAGATCAGTGAAAAAGATCAAAGC TCACGTGAACCTCACCGTAGAGAAACCCTCCTCTTTCCATTTTTATTTTCCAGAATTAAATAAAGCTCGCTCTTCAACGT TTCGCTTCTTCTCTCCCTAATTTCCATTTCGATCTTTTCTTTCTTTCTCTCTCGCTCGCGCGTCTCTGAGATTTCTAGGG TTTTCAATTTTCACAGTTTTCAGTTTCCACTCAGATTGATTCAGATTCCACACGCACTTCAATGGTGACCGACACGGTCA TTGCATTGGTTTCTGAATCAAATTCCACTGCTGCAATCCGAATCTCACCTCCTCCTTCATTGTCATGACTGCTCTCGCCG CCGGCGAATGGCTCGATATCGTTTCCGGCGCCTCCGTTTCCTCGTCGTCGCCTTCGCCGTCGTTGTATTCTCTCGGCAGT GTGCGTGTGACGATGAATTTTCTGTAACTGATTTGGATTGGAGCGTTTTTCATCAGGATTACTCGCCGCCTGCTCCGCCG CCACCGCCGCCTCATCCGCCGTCGGTGTCATGCGTGGACGATCTCGGCGGGGTAGGGACTCTGGACACGACGTGTAAGAT AACGGAGGATGCGAACCTCACCCGCGGCGTGTATATAGCAGGGGAGGGTAATTTTAACATCCTACCTGGGGTGAGGTTTC ATTGTGAGATTCCTGGGTGCTGGATAACCGTTAATGTCACTGGTAATTTTAGTTTAGGTAGCAACGCGTCGATCGTCACC GGAGCTTTTGAGTTGGAGTCAGAGTATGCTGTTTTTGAGAATGGTTCGGTGGTGAACACGACGTGTATGGCGGGGGATCC 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ATGATCAGGGAAACATGATTAAGAAAGAAACATCATTAATCCTTAAT
CDS sequence (LotjaGi1g1v0410100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTCGATATCGTTTCCGGCGCCTCCGTTTCCTCGTCGTCGCCTTCGCCGTCGTTGTATTCTCTCGGCAGTGTGCGTG TGACGATGAATTTTCTGTAACTGATTTGGATTGGAGCGTTTTTCATCAGGATTACTCGCCGCCTGCTCCGCCGCCACCGC CGCCTCATCCGCCGTCGGTGTCATGCGTGGACGATCTCGGCGGGGTAGGGACTCTGGACACGACGTGTAAGATAACGGAG GATGCGAACCTCACCCGCGGCGTGTATATAGCAGGGGAGGGTAATTTTAACATCCTACCTGGGGTGAGGTTTCATTGTGA GATTCCTGGGTGCTGGATAACCGTTAATGTCACTGGTAATTTTAGTTTAGGTAGCAACGCGTCGATCGTCACCGGAGCTT TTGAGTTGGAGTCAGAGTATGCTGTTTTTGAGAATGGTTCGGTGGTGAACACGACGTGTATGGCGGGGGATCCTCCTCCT CAGACGAGTGGTACTCCTCAAGGGGTTGATGGGGGTGGCGGTGGCTACGGTGGTAGGGGTGCTGGATGTCTGGTGGATAC GAAGAAGCTACCGGAGGATGTTTGGGGAGGGGATGCCTATTCCTGGTCTTCACTGCAGAACCCATCTAGTTTCGGCAGCC GTGGTGCATCCACTAGCAAGGAGAGTGAGTATGGTGGGTTGGGGGGAGGGGTTGTGAGGTTGACGATACATAAGATTGTG GAGATGAATGCAAGTCTTCTGGCTGAAGGGGGCGATGGTGGGAACAAGGGTGGAGGTGGCTCCGGAGGCAGCATCTACAT CAAGGCTTACAGAATGACTGGTAATGGGATAATAAGTGCTTGTGGAGGTAATGGTTTTGCTGGTGGTGGCGGTGGCAGAG TTTCAGTTGATGTTTTCAGTAGGCATGATGAGCCCAAAATTTCTGTGCATGGTGGTAGTAGCTATGCTTGTCCTGAAAAT GCAGGTGCTGCTGGGACTCTCTATGATGCAGTTCCTCGAAGCCTTATTGTTGACAACCATAACAAGACAACTGATACAGA GACACTTCTATTGGAGTTTCCTTATCAACCTCTTTGGACTAACGTTTACGTACGTAATAAGGCTAGGGCCACCGTTCCAT TGCTATGGAGTCGTGTGCAGGTGCAAGGACAGATAAGTATCTTGCAGGGTGGAGTTTTGAGCTTTGGGCTGCCACACTAC GCTACGTCAGAGTTCGAGTTATGGGCTGAAGAACTTCTGATGAGTGATTCTGTGATGAAGGTATATGGAGCTCTACGCAT GTCTGTAAAAATGTTCTTGATGTGGAACTCAAAAATGCTCATAGATGGTGGGGAAGATATAACGGTGGCAACTTCTTTGC TTGAGGCTAGTAATTTGATTGTTCTCCGGGGGTCTTCTGTGATACATTCTAATGCAAACCTCGGAGTTCACGGACAAGGT CTACTTAATTTATCAGGCCCAGGAGATTGGATTGAGGCACAACGTTTGGTTTTATCCCTATTTTATAGTATTCATGTTGG GCCTGGTTCTGTCTTGCGTGGTCCATTGGAGAATGCAACGACTGATGATGTTACTCCAGAGCTTTACTGTGACAACAAAG GTTGCCCCTATGAGTTGCTTCATCCTCCTGAAGATTGCAATGTGAACTCGTCCTTGTCATTCACACTTCAGATCTGCCGG GTTGAGGACATCCTTGTCGAAGGCCTTATAAAAGGTTCTGTTGTTCATTTCCATAGGGCAAGGACCATAACTGTTGAATC TTCTGGAATAATATCTTCATCTGGAATGGGCTGTACTGGTGGTTTGGGCCGTGGAAATATTCTAAGTAATGGTATCGGCA GTGGTGGTGGGCATGGTGGTAAAGGTGGGGATGCATGTTATAATGATAACTGTGTTCATGGTGGCATTTCTTATGGGTCT CCAGACCTGCCCTGTGAACTTGGTAGTGGAAGTGGAAATGGCAGCTCAACCGGTACCACAGCTGGGGGTGGGATCATAGT CATTGGATCGTTAGAACATCCTCTGTCAAGTTTGTCAATTCAAGGTTCTGTAAATGCTGATGGGGGAAATTTTGAACCAG CAATTGGAAAAGAAAAATTTGCAATTTTTAACAATTTAACGGGAGCTCCTGGGGGTGGATCTGGTGGCACTATACTATTG TTTCTCCACACCCTTGCCATTGGTGAATCAGCTATTCTTTCTAGTATGGGGGGATATAGCATTTCTAATGGAGCTGGTGG TGGAGGTGGCGGAAGAATTCATTTTCATTGGTCTGACATTCCCACCGGAGATGTATATCTGCCCATTGCTAGTGTGAAAG GAGACATTCAGACTGGCGGTGGAAAGGGTAAAGGCCTGGGTGGCTCTGGAGCAAATGGGACCACAACTGGGAAGGCTTGC CCCAAAGGGCTCTACGGTACATTTTGTGAGGAATGTCCAGCAGGCACTTACAAGAATGTTACTGGATCTGATAAATCACT TTGCCATATTTGTCCTGTTCATGAGCTTCCTCATCGTGCTGTTTATACTTCAGTCCGAGGTGGTATTACTGACACCCCTT GCCCTTATCAATGCGTTTCGGACAGATATCACATGCCGGACTGTTATACAGCTCTTGAAGAACTAATTTACACTTTCGGT GGACCCTGGTTATTCGGTCTTTTTCTTACCGGTCTCTTGATCCTGTTAGCACTGGTGCTTAGTGTCGCAAGAATGAAATT TGTTGGGGTTGATGAATTACCAGGACCAGCTCCCACCCAGCAGGGTTCTCAAATAGATCATTCCTTCCCTTTCCTGGAGT CACTAAATGAGGTCTTAGAAACAAACAGAGTGGAAGAGTCCCAGAGTCACGTTCATAGGATGTACTTCATGGGACCCAAT ACTTTCAGTGAGCCCTGGCATCTGCCACATACACCTTCGGAACAAATACAGGATATTGTTTACGAGAGTGCGTTCAATAC ATTTGTGGATGAGATTAATGCTATAGCAGCTTATCAATGGTGGGAGGGAGCAATATATAGTGTTCTCTCTGCTCTTGGAT ATCCGCTTGCAGTGTCTTGGCAACAATGGCGCAGGAGATTGAAGTTGCAGCGTTTGCGTGAGTTTGTTCGATCAGAGTAT GATCATGCTTGCCTTCGTTCTTGCCGGTCACGAGCTCTCTATGAAGGAATCAAGGTAAATGCAACTTCTGACTTGATGCT TGCTTATGTTGACTTCTTCCTTGGTGGGGATGAAAAGAGGACAGATCTTCCTCCTCGATTACATGAAAGGTTCCCAATGG CATTGCTTTTTGGAGGTGATGGTAGTTATATGGCTCCATTCTCCCTTCACAATGATAATATCATTACCAGCCTCATGAGT CAGTCAGTTCAACCTACAACGTGGTATCGATTGGTTGCTGGGCTGAATGCACAACTGCGGTTAGTTCGCCGTGGACGACT AAGAGTAACATTTCGACCTGTTCTCAGATGGCTTGAGACTCATGCCAATCCTGCTTTGGGTGTCCATGGTGTACGTGTTG ATCTGGCCTGGTTTCAGGCTACAAGTCTTCGCTATTGTCACTATGGGCTTGTAATTTATCCTATTGAAAGTGGAGATTCT GTGCCCGCTGGAGGAAGTATCGACGGGGCTTTAAGAACTGAGGAAAGATCGCGTGCTCAGAGTGTCAAGAAGGAACATCC TTTGGGGCTTGCAAGCAATGCCCACTTAAGCCCTGGTGGAAGAATGGAGGACAATTATATGAGGCGAAAGATGCATGGAG TTGTTTTAGATGTAAACAATTTGCAGATGCTTGATGAGAAGAGAGATATCTTTTATTTTCTCTCTTTCATACTTCAGAAT ACAAAACCTGTTGGGCATCAGGATCTTGTTGGTTTAGTGATCTCAATGTTGCTTCTAGGAGATTTTAGTTTAGCATTACT TACGCTGCTTCAGTTGTATTCAATTTCTTTGGCGGATGTCTTTCTTGTATTGTTTATATTACCTTTTGGCATTCTTCTCC CATTTCCTGTTGGAATCAATGCTCTATTCAGTCATGGACCAAGGCGTTCTGCAGGCCTAGCACGTCTCTATGCTCTGTGG AACATTACATCGTTTATAAATGTTGTGGTTGCATTACTTTGTGGATATATTCATTACAACTCTCAATCGTCTTCCAGTAA AAAACACCCCAGCATTCAGCCATGGAATATCATGGACGAAAATGAATGGTGGATTTTCCCAGTTGGATTGGTTTTATGTA AATTATTCCAGTCTCAACTCATCAATTGGCATGTTGCCAATCTGGAAATTCAAGACCGTTCCTTGTATAGTAACGATTTT GAGCTGTTCTGGCAGTCATGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0410100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MARYRFRRLRFLVVAFAVVVFSRQCACDDEFSVTDLDWSVFHQDYSPPAPPPPPPHPPSVSCVDDLGGVGTLDTTCKITE DANLTRGVYIAGEGNFNILPGVRFHCEIPGCWITVNVTGNFSLGSNASIVTGAFELESEYAVFENGSVVNTTCMAGDPPP QTSGTPQGVDGGGGGYGGRGAGCLVDTKKLPEDVWGGDAYSWSSLQNPSSFGSRGASTSKESEYGGLGGGVVRLTIHKIV EMNASLLAEGGDGGNKGGGGSGGSIYIKAYRMTGNGIISACGGNGFAGGGGGRVSVDVFSRHDEPKISVHGGSSYACPEN AGAAGTLYDAVPRSLIVDNHNKTTDTETLLLEFPYQPLWTNVYVRNKARATVPLLWSRVQVQGQISILQGGVLSFGLPHY ATSEFELWAEELLMSDSVMKVYGALRMSVKMFLMWNSKMLIDGGEDITVATSLLEASNLIVLRGSSVIHSNANLGVHGQG LLNLSGPGDWIEAQRLVLSLFYSIHVGPGSVLRGPLENATTDDVTPELYCDNKGCPYELLHPPEDCNVNSSLSFTLQICR VEDILVEGLIKGSVVHFHRARTITVESSGIISSSGMGCTGGLGRGNILSNGIGSGGGHGGKGGDACYNDNCVHGGISYGS PDLPCELGSGSGNGSSTGTTAGGGIIVIGSLEHPLSSLSIQGSVNADGGNFEPAIGKEKFAIFNNLTGAPGGGSGGTILL FLHTLAIGESAILSSMGGYSISNGAGGGGGGRIHFHWSDIPTGDVYLPIASVKGDIQTGGGKGKGLGGSGANGTTTGKAC PKGLYGTFCEECPAGTYKNVTGSDKSLCHICPVHELPHRAVYTSVRGGITDTPCPYQCVSDRYHMPDCYTALEELIYTFG GPWLFGLFLTGLLILLALVLSVARMKFVGVDELPGPAPTQQGSQIDHSFPFLESLNEVLETNRVEESQSHVHRMYFMGPN TFSEPWHLPHTPSEQIQDIVYESAFNTFVDEINAIAAYQWWEGAIYSVLSALGYPLAVSWQQWRRRLKLQRLREFVRSEY DHACLRSCRSRALYEGIKVNATSDLMLAYVDFFLGGDEKRTDLPPRLHERFPMALLFGGDGSYMAPFSLHNDNIITSLMS QSVQPTTWYRLVAGLNAQLRLVRRGRLRVTFRPVLRWLETHANPALGVHGVRVDLAWFQATSLRYCHYGLVIYPIESGDS VPAGGSIDGALRTEERSRAQSVKKEHPLGLASNAHLSPGGRMEDNYMRRKMHGVVLDVNNLQMLDEKRDIFYFLSFILQN TKPVGHQDLVGLVISMLLLGDFSLALLTLLQLYSISLADVFLVLFILPFGILLPFPVGINALFSHGPRRSAGLARLYALW NITSFINVVVALLCGYIHYNSQSSSSKKHPSIQPWNIMDENEWWIFPVGLVLCKLFQSQLINWHVANLEIQDRSLYSNDF ELFWQS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SignalP_GRAM_NEGATIVE | 1 | 26 | 26 | - | – | |
| SignalP_EUK | 1 | 27 | 27 | - | – | |
| SignalP_GRAM_POSITIVE | 1 | 26 | 26 | - | – | |
| Phobius | 1 | 10 | 10 | - | – | |
| Phobius | 1 | 27 | 27 | - | – | |
| PANTHER | 10 | 1446 | 1437 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 10 | 1446 | 1437 | 0.0 | – | |
| Phobius | 11 | 22 | 12 | - | – | |
| Phobius | 23 | 27 | 5 | - | – | |
| Phobius | 28 | 882 | 855 | - | – | |
| SMART | 806 | 858 | 53 | 0.0013 | ||
| TMHMM | 881 | 903 | 23 | - | – | |
| Phobius | 883 | 903 | 21 | - | – | |
| Phobius | 904 | 1288 | 385 | - | – | |
| TMHMM | 1289 | 1311 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1289 | 1314 | 26 | - | – | |
| Phobius | 1315 | 1319 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1320 | 1344 | 25 | - | – | |
| TMHMM | 1321 | 1343 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1345 | 1355 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 1356 | 1378 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1356 | 1379 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1380 | 1446 | 67 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0410100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…