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LotjaGi1g1v0634400.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0634400
Transcript ID LotjaGi1g1v0634400.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description DNA-directed RNA polymerase subunit; TAIR: AT5G60040.1 nuclear RNA polymerase C1; Swiss-Prot: sp|F4JXF9|NRPC1_ARATH DNA-directed RNA polymerase III subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|I1LK95|I1LK95_SOYBN DNA-directed RNA polymerase subunit; Found in the gene: LotjaGi1g1v0634400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:118862767..118895025) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TGATTTTGATTGTGTGGCCCATATGAAGAACGCCGTCACCATTGGATTAGTCTAACGGTCAGGAACGTTGCTGTAGAGGT GTGCAATTCCGTGCGCATCAAGTACTACCCCACTCCCTTCAGTTCAAGCCATTCTCACTATTACACACTGATCGCGCGCC AAAGAAAACCCTAAACCCTTCTTCTCTGTTCGCAGCGAGAAACAAGAAGAAGAAAAAACAATGAGCCACGCTAGAACCGA AGGCGTAACATTCACGAAGGAACCCTACATCGAAGATGAAGGACCACGCAGAATGTGAGTTAGCCAATTTCGTTATGCCC CTCTCTTCCTTCGTTAACTTCGCTTTTCGCAAACTCTGTGTTTGATTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGCAGGAAGAG CATGAAATTCTCCACGCTCTCAGAATCAGAAATTGGCAAAATCGCCGCTGTTCAAGTCTACAGTAGCAAATTCTATGATA GCAACCTAAAACCCATCGAGGGTGGCTTGTTGGATTCCCACATGGTACTCTCTACGTTTCTATTGCTTGTTTAGTTTTGA AAATTATTGCCTAGGTGGCGTTCTCTTTGTAAGATGTGTCGTTTTTGTTTCGTTCGCGATTCTGGTGTGGTTTGGCATAT AGTTTTGTCGTGTGTATTGGGTCCGCCGTGAATCTGGAGTTGTTTAGAATTTCTAACTACAAAACAATGCACTACTATAT AGGGTTTATGATGATGAGATGGCTGATTTTGTAGTATGAAGGTATGGATGAAGTGAATACCTGTTCAATTTGCGAACAGG TTTTATAGATTATGACTTATTCGACTTGGGCCATTATGTGAGTTATGGTTGATTGATAGATACTGTTTATTTACCAGGTG ATGCTTGTTAAGTGAAATTGCTCAGTTGAAGTCAAATTAATTATTGAGAGGGAATGTAGGAAGCTTCATAAAGCACGGGA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0634400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAGCCACGCTAGAACCGAAGGCGTAACATTCACGAAGGAACCCTACATCGAAGATGAAGGACCACGCAGAATGAAGAG CATGAAATTCTCCACGCTCTCAGAATCAGAAATTGGCAAAATCGCCGCTGTTCAAGTCTACAGTAGCAAATTCTATGATA GCAACCTAAAACCCATCGAGGGTGGCTTGTTGGATTCCCACATGGGCCCTGCTAGTAGGCAGATTGTCTGTGCAACATGC AATGGGGGCTATGCTGAATGTCAAGGGCACTACGGATACTTACCCCTTGCCCTTCCTGTTTTCAATGTTGGATACTTAAA TACTATTGTTGAAATACTGAAGTGCATTTGTAAGGGTTGTGCTCGTATTCTCCTTGATGAAGAAACCCGATTTTTTTTTT TGAAGAAAATGAGAAGCACCAAGGATGAACTGCAGAAGATTAAGTTGCTTAAACAATCCATATTAAAAAAATGTAGCAGA GTCGTGAAATGCCCATATTGTGGATATACTAATGGTTTAGTAAAGAAGGTTCCAGCATCGCTGAGCATCGTTCATGATTG CTCAAAATGTAACAACGATATTGTTGCAGAGCTCCAGTCAGCATTTTCTTGTATAAGGGAGTATAGGGTGACCTTCAACA TAACCTCTCGAATGCTGAACGCTCTCCATGCTCTTTCTCTGTTCAGGAGGATGCTTGATGAGGACTGTGAATTACTTTAT GTTGCTGAAAGACCAGAGAAGCTCATCATAACAAACATTGCTGTGCCACCTATAGCTATTCGACCTTCGGTGATAACGGA AGGGACACGAAGCAATGAAAATGACATAACGGTGAAACTAAAGAAAATAATCGAAGAAAATGCTGGTTTACGCCAAGAAG TAGAAGAATCAAAAGGCTCATCCAAAAGTCTGGAGCGCTGGGAGTTGCTCCAGATCGAGGTTGGTCAGTACATAAATAGT GATGTTCGTGGTCAACCACAACAGGGCCAGGAGAAGAAGAAATTGGATGGTTTTGTTCAGCGCCTTAAGGGGAAGCAGGG GCGTTTCCGTGGCAACTTATCAGGGAAACGTGTTGAATTTACTGGCAGGACAGTAATTTCACCAGATCCTAATCTAAAGA TTACTGAGGTTGCAATACCCATCCATATGGCTATTATTTTGAGTTACCCTGAGCGTGTTACACGTCACAATAAAGAGAAG TTGAGACAATGTGTGAGAAATGGTCTTTATAAGTATCCTGGTGCAAGGCAGGTTAACCGTGTTGGAGGTCCCAAATGGAG CTTACATTCTGATAATAGGAAGCGTCTTGCTGATGAACTGAAAGAAGGTGATATTGTTGATCGTCATTTGGAAGATGGAG ACGTTGTTCTCTTCAACAGACAGCCAAGCCTACATAGGATGTCTATGATGTCTCACAGGGCTAGGATTATGCCTTGGAGA ACTCTGAGATTCAATGAATCTGTATGTAACCCATATAATGCTGACTTTGATGGTGATGAGATGAACATACATGTTCCCCA AACCGAGGAGGCACGAACAGAGGCTATTTTGCTTATGACGGTGCAAAACAATTTGTGCACACCAAAAAATGGCGAAATTC TAGTTGCCTCAACTCAAGACTTCTTAACCTCTTCCTTTCTCATAACTAGGAAAGATACTTTTTATGATCGTTCTACTTTT TCACTTATTTGCTCATACATGGGAGATGGCATGGATCATATTGAACTGCCAACTCCTGCAATTATCAAGCCAGTTGAGTT ATGGAGTGGTAAACAGTTATTTAGTGTTTTATTGCGCCCACATGCAAATGTGAGGGTATATGTGAACCTTACTGTTAAGG AGAAGACATACAGCACAAAGCTTGATGACAGGAGAAGAGAGTTTAAAACCATGTGCCCAAATGATGGATTTGTTTATTTT CGCAATAGTGAGCTGATCTCTGGACAACTTGGAAAGGTTACATTAGGAAATGGCAATAAGGATGGACTTTTCTCTGTGCT ACTAAGAGACTATAAAGCACAAGCGGCTGCTTCTTGCATGAATCGTCTAGCTAAATTGAGTGCTCGGTGGATAGGCAATC ATGGGTTCACCATAGGCATTGAAGATGTCCAACCGAAAGACATACTGATCAACAGGAAGGATGAAACAATTTCAGATGGT TACAGAAAGTGTGATGATTTTATAGAAGCTTTCAATAAAGGAAAGCTAGAACTCAAAGCTGGTTGTGATGCTGCTCAAAC ATTAGAGGCTCTGATAACTGGTGTATTAAATGGCCTACGTGATACGGCAGGGAAGGTATGCATGCAAACCCTGCACTGGA GAAATAGTCCATTGATCATGTCGCAGTGTGGCTCCAAAGGATCTCCTATCAATATCAGTCAAATGATTGCCTGTGTTGGT CAACAATCAGTTGGAGGTTGTCGTGCCGCTAATGGGTTCATAGATCGGAGTCTTCCTCATTTCCCTAAAAAAGCAAAAAC CCCTGCAGCTAAAGGTTTTGTTGCTAATTCCTTTTTCAGTGGATTGTCAGCTACTGAGTTTTTCTTCCATACAATGGGAG GGAGAGAGGGGCTCACTGATACAGCGGTTAAAACTGCAGACACTGGATACATGTCTCGTAGATTAATGAAAGCTCTGGAG GATTTATTTTTACATTATGATGACACTGTGAGAGGTGCTGCTAGTAATATTGTTCAATTTTGTTATGGAGATGATGGCAT GGATCCAGCAGGGATGGAAGGAAAAGATGGGAAACCATTAAATTTTGAGCGGTTGTTTCTCAGAAGCAAGGCGATATGTC CTAGTGATGGAGACGATGTAATCTTACCTTACTCAGATGTGTGTAAAGTTGTTCATGAGAAGCTTTCAGAGGATGATATA AAGTCAGAGGTGGGCTCGGCTTTCGTGAGTTCTCTACAATCCTTTGTCAAAGACCGTTCAAGATTGACAGAAGCTTTCAG TGAGGAAGATTCTAAAAATCTGAATAACTTTATTCAGAGGATATCTGGGATCACTCGTAGACAACTAGAGGTTTTCCTGG ATAATTGTGTATCTCGTTATCTTTCCAAAAGAATTGAGGCGGGAACTCCAGTAGGCGCAATTGGAGCTCATAGTATTGGA GAGCCTGGGACCCAGATGACTTTGAAAACTTTTCACTTTGCTGGGGTTGCAAGCATGAATATTACTCTTGGAGTTCCTCG CATCAGAGAAATAATAAATGCAGCCGCGAATATCAGTACACCTATCATCACTGCTTTTCTTGAGGCGGATGATAATGCAA ATACTGCAAGGATGGTGAAGGGTCGCATAGAAAAAACAAATCTGGGCCAGGTTGCGAAGAGTATCAAAGAAGTTAGGACT TTCAAATCAGCATCACTTGTTATCACACTGGACATGGAAAGAATCCGAGATGCACATCTGAATATTGATGCTAATACCGT AATAGAATCAATTTTGCAAACTAAAAAATTAAAATTGAAACCAGAGCACATTAAGCGTTTGGATGGTCATAAGCTTGAAG TTGTTCCCCAAGTTGCTGATAGAAAAAAAATCCATTTTCAACTTAATTCTCTCAGAAATTTGCTTCAATTTGTTGTAGTA AAGGGAATTGGAACTGCTGAGCGAGTTGTTATCAGTAAAGAAGAAGATAAAGCGACAAAGGTTGAAAAATTCCAGTTACT GGTCGAAGGAAGGGGCCTTCGAGACATTATGGGAATCGAAGGGGTCGATGGACGTAAAACTGTTAGCAATCATATCATGG AAGTATGTGAGACTCTGGGAATTGAAGCTGCCAGAAAGAAAATCATTGAAGAGATTCAGTATACAATGGGAAGTCATGGA ATGAGTATAGACATACGCCATATTATGCTTCTAGCAGATGTGATGACGAATAGGGGTCATGTCCTTGGAGTGACAAGATT TGGAATTCAAAATATGGGCAGAAGTGTATTAATGCTCGCATCATTTGAGAAGACATCAGATCATCTTTTTGACGCATCCA GACATGGGAAGGAGAACCCAATTGAAGGAGTGAGTGAATGCATAATCATGGGTATACCAATTCATATAGGCACTGGAATG ATCAAAGTCAAACAAAGGTTGGATCAACCGGAGTTGCCTCAAAGAACCAATCCTATTCTATCTTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0634400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSHARTEGVTFTKEPYIEDEGPRRMKSMKFSTLSESEIGKIAAVQVYSSKFYDSNLKPIEGGLLDSHMGPASRQIVCATC NGGYAECQGHYGYLPLALPVFNVGYLNTIVEILKCICKGCARILLDEETRFFFLKKMRSTKDELQKIKLLKQSILKKCSR VVKCPYCGYTNGLVKKVPASLSIVHDCSKCNNDIVAELQSAFSCIREYRVTFNITSRMLNALHALSLFRRMLDEDCELLY VAERPEKLIITNIAVPPIAIRPSVITEGTRSNENDITVKLKKIIEENAGLRQEVEESKGSSKSLERWELLQIEVGQYINS DVRGQPQQGQEKKKLDGFVQRLKGKQGRFRGNLSGKRVEFTGRTVISPDPNLKITEVAIPIHMAIILSYPERVTRHNKEK LRQCVRNGLYKYPGARQVNRVGGPKWSLHSDNRKRLADELKEGDIVDRHLEDGDVVLFNRQPSLHRMSMMSHRARIMPWR TLRFNESVCNPYNADFDGDEMNIHVPQTEEARTEAILLMTVQNNLCTPKNGEILVASTQDFLTSSFLITRKDTFYDRSTF SLICSYMGDGMDHIELPTPAIIKPVELWSGKQLFSVLLRPHANVRVYVNLTVKEKTYSTKLDDRRREFKTMCPNDGFVYF RNSELISGQLGKVTLGNGNKDGLFSVLLRDYKAQAAASCMNRLAKLSARWIGNHGFTIGIEDVQPKDILINRKDETISDG YRKCDDFIEAFNKGKLELKAGCDAAQTLEALITGVLNGLRDTAGKVCMQTLHWRNSPLIMSQCGSKGSPINISQMIACVG QQSVGGCRAANGFIDRSLPHFPKKAKTPAAKGFVANSFFSGLSATEFFFHTMGGREGLTDTAVKTADTGYMSRRLMKALE DLFLHYDDTVRGAASNIVQFCYGDDGMDPAGMEGKDGKPLNFERLFLRSKAICPSDGDDVILPYSDVCKVVHEKLSEDDI KSEVGSAFVSSLQSFVKDRSRLTEAFSEEDSKNLNNFIQRISGITRRQLEVFLDNCVSRYLSKRIEAGTPVGAIGAHSIG EPGTQMTLKTFHFAGVASMNITLGVPRIREIINAAANISTPIITAFLEADDNANTARMVKGRIEKTNLGQVAKSIKEVRT FKSASLVITLDMERIRDAHLNIDANTVIESILQTKKLKLKPEHIKRLDGHKLEVVPQVADRKKIHFQLNSLRNLLQFVVV KGIGTAERVVISKEEDKATKVEKFQLLVEGRGLRDIMGIEGVDGRKTVSNHIMEVCETLGIEAARKKIIEEIQYTMGSHG MSIDIRHIMLLADVMTNRGHVLGVTRFGIQNMGRSVLMLASFEKTSDHLFDASRHGKENPIEGVSECIIMGIPIHIGTGM IKVKQRLDQPELPQRTNPILS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D 14 133 120 5.2E-22
SUPERFAMILY 21 1366 1346 0.0
PANTHER 21 1366 1346 0.0
PANTHER 21 1366 1346 0.0
Pfam 23 353 331 4.7E-77
CDD 33 891 859 0.0
SMART 246 549 304 2.1E-155
Coils 280 300 21 -
Gene3D 345 515 171 3.4E-73
Pfam 355 521 167 2.5E-71
Gene3D 388 452 65 3.4E-73
Pfam 524 703 180 1.0E-32
Gene3D 527 695 169 1.8E-103
Gene3D 696 842 147 1.8E-103
Pfam 729 834 106 1.3E-27
Pfam 841 1313 473 1.9E-86
Gene3D 880 930 51 1.7E-11
CDD 1019 1361 343 5.814E-162
Gene3D 1316 1361 46 1.2E-19

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).
Molecular function DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity Catalysis of the reaction: nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1). Utilizes a DNA template, i.e. the catalysis of DNA-template-directed extension of the 3'-end of an RNA strand by one nucleotide at a time. Can initiate a chain 'de novo'.
Biological process Transcription, DNA-templated The cellular synthesis of RNA on a template of DNA.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0634400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…