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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0700900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0700900.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | CLIP-associating-like protein; TAIR: AT2G20190.1 CLIP-associated protein; Swiss-Prot: sp|Q8RWY6|CLASP_ARATH CLIP-associated protein; TrEMBL-Plants: tr|I1JPB4|I1JPB4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0700900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:126892954..126910972) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCTATAAGAAATAAATCATTTTGTTAAGCATCCTTAGGCTGTTCAAACATAATAAACCCTACACCCAAATTCATAATATA ACTACTTCATGTAGAAGCAAGGGAAGACCTGGCATTGTTGAAAAGGCGGAATTTAATCCAATAGACATCGGTGAAGGGCT CACAATCCTCTGCATCCATTGGGTTACACCTAAAGAATGAAGCTATTTGAGAAAAACAAGGAGAATAAAGGCGCACTCTG CAAAGTCATTAAATAGACTTACTCCTCAATCTCTCCATAGGATGAAAACAATTTCCTCAAATCATCTCCGCAACCTAATG CTGGAACATTCCGTACAATCAAATATCTGTACACTCCAAAAAAAAAACACAATTCAATAAGGTTCCAAACACTGATATGA AAACCAAGCAATATATAAAAGTGATGAAATCATCAATTTGATGGGTAATAGAAGGAACTGACCTGGATTCATCGCAGACC GTGTAGACGCGAACCGCAGGGGACTCATCTTTGTAACGAGGCATCTATACGGAGGAATTGAAAGAAAAAGGTGCATGAAG AGCTTATGTGTAGCACTGGAGACAATGAGGGTAAAATTGATAAATCATGGGTTATAGAGGTTAGCCCAGCCGACATAAAA CACACAGAGCCAAAAAGCCGAGATGCATGTGCGTTAAAATGTTATAAATAACTTCAGCCACAAATGATAGAAAACTTGAG GTAGAAAATCACAAATTGGCACATAACATAGATCAAATCAAAAGCATAACTTCCATTTCATACTCCTAAAATTTCATAGA ATGTCTTCTCTTACAACAAGGTGTTTTTTTGCAGCTTTCTATTTATGAGAATAAAATTGAGGCATTTGCAGTTGGCAAAA CACTATATGCGGCAAATCATAATTTTCTGTCAGGAGAACAAAATTCCAACCTACATATCCATCAAAATGTAACAAAATAC 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0700900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGGAAGCGCTGGAACTCGCACGCGCCAAGGACACCAAGGAGAGGATGGCGGGCGTCGAGCGTCTCTACCAGCTTCT AGAATCTTCCAGAAAGAGCCTCACCTCCTCCGAAGTCACCACACTCGTCGACTCCTGCTACGATCTCTTGAAGGACAACA ACTTCCGCATCTCGCAGGGCGCGCTTCAGGCACTCGCCTCCGCCGCCATCCTCTCCGGCGAGCACTTCAAGCTCCACTTC AACGCCCTCCTTCCCGCCGTCGTCGACCGTCTTGGCGACGCCAAACAGCCTGTTCGCGACGCCGCACGGCGGCTCTTGCT CACACTCATGGAGGTTTCTTCTCCTACAATAATTGTTGAAAGAGCAGGGTCCTGTGCCTGGGCACACAAAAGCTGGAGAG TCAGAGAGGAGTTTACACGAACTGTCACATCTGCAATTAATCTATTTGCATCTACTGAGCTTCCGCTTCAACGGGCTATC CTCCCTCCTGTATTGCTGTTGCTGAATGATCCAAATCCTGCTGTTAGGGACGCAGCTATTTTGTGTATTGAGGAGATGTA CACACAAGCTGGGTCTCAATTTCGTGATGAACTTCACCGCCATAATCTTCCTTCATCTTTGGTGAAAGATATTAATGCTA GGCTTGAGGGAATTCAACCAAAAGTTCGATCCTCAGATGGTATTCCAAGTGGTTATGCTACTGGCGAAGTTAAGCCTTTG AGTGTTACTACCAAGAAAGGTAGTCCGAAGGCCAAAAATTCATCAAGGGAGACGTCTCTTTTTGGAGCAGGAGAAGGTGA TATCACTGAGAAACCCATAGACCCTATCAAGGTATACTCAGATAAGGAGTTGGTCAGGGAAATTGAGAAGATTGCATCTA CCCTTGTGCCTGAGAAAGACTGGTCAATTCGTATTGCTGCTTTGCAGAGAGTTGAAGGTCTTGTTCTAGGAGGTGCTGCT GATTATCCATGTTTTCGTGGAGTCCTGAAGCAACTTGTTGGACCATTAAGTACCCAACTATCAGACAGAAGGTCTACCAT TGTGAAGCAGGCTTGCCATTTATTGTGCTTTTTGTCAAAGGAGCTCTTGGGTGATTTTGAAGCATGTGCTGAAACGTTTA TACCAGTCCTTTTCAAGCTGGTTGTGATTACTGTGCTTGTAATTGCAGAGTCTTCCGATAACTGCATAAAAACGATGTTG CGCAACTGTAAAGTTGCTCGTGTGCTTCCCCGTATAGCTGACTGTGCAAAAAATGATCGCAATGCAGTACTTCGTGGAAG GTGTTGCGAATATGCTCTTTTGGTCCTAGAACATTGGCCAGATGCACCTGAAATTCACCGGTCAGCTGATTTATATGAGG ATATGATAAAGTGTTGTGTTTCAGACGCAATGAGTGAGGTACGATCTACTGCAAGGATGTGCTACAGAATGTTTGCAAAA ACTTGGCCAGAGCGTTCTCGTCGCCTATTTTCATCCTTTGATCCTGTAATTCAACGGTTAATAAATGAAGAAGATGGAGG AATACATAGGCGACATGCTTCACCTTCCATTCGGGATAGAGGTGCGCTGATGTCACTACCCAGTCAGGCCACTGCTCCCT CAAATCTACCTGGTTATGGAACTTCTGCTATTGTTGCAATGGACAGAAGTTCAAATTTATCATCAGGGACCTCTATCTCC TCTGGTGTATTTCTTTCACAAGCTAAGTCACTTGGTAAGGGTACGGAACGTAGTTTGGAAAGTGTGTTGCATGCAAGTAA ACAGAAGGTCAGTGCTATTGAAAGCATGCTTAGAGGCTTGGATTTGTCTGATAAGCATAATTCATCTTCTCTCCGGTCAT CAAGTTTGGATCTAGAAGTTGACCCTCCATCATCTCGTGATCCACCTTTCCCTGCTGTTGTGTCTGCATCTAATCATCTG CCAAACTCTTCAAGAACAGAATCGACTGCTTCTAGTGTCATTAAAGGTAGTCACCGGAATGGTGGTCTGGGTTTGTCTGA TATAATCACTCAAATTCAAGCTTCCAAAGATTCTGCCAAGTTATCATATCATAGTAATGTTGGTGTTGAATCATCATCGT CGTCTTATTTGACTAAAAGGCCTTCTGAACGACTAGAAGAAAGACGTTCTGCTGATGACGGTAGTGATATTAGGGAGGCT AGGCGATTTATGAACCACAACACTGATAAGCAGTACTTTGATGCCCTTTATAGAGATGGGAACTTTAGGGATTCACATAA TAGTTACGTGCCTAATTTTCAGAGGCCTCTATTGAGAAAGAATGTAGCTGGACGTATGTCTGCTGGCCGGAGGAGGAGTT TTGATGAAAACCAGCTATCTCTTGGAGAGATGTCAAGTTATGCGGATGGTCCGACATCTCTTCATGAAGCATTGAGTGAA GGACTTCGTTCAGGCTCTGACTGGTCTGCTAGGGTTGCTGCCTTTAACTATGTTCACTCTTTGTTACAGCAAGGTCCAAA GGGAACTATTGAAGTTGTGCAGAACTTTGAGAAGGTAATGAAGTTGTTTTTCCAGCACTTAGATGATCCCCACCATAAAG TTGCACAAGCTGCTCTTTCAACACTTGCAGATATTGTTCCAGCATGCCGAAAGCCTTTTGAGGGTTACATGGAAAGAATA TTACCCCATGTGTTTTCTCGGTTAATTGACCCTAAAGAGCTTGTTAGACAGCCATGTTCGACAACTTTGGAAGTTGTTAG CAAAACTTACAGTGTTGATTCTCTCTTGCCTGCATTGTTACGCTCACTTGATGAACAAAGGTCTCCAAAGGCTAAGTTGG CTGTTATTGAATTCGCAATCAGTTCTTTTAACAAACATGCAATGAATGCCGAAGGTGCTGGTAATATTGGCATCCTAAAA TTATGGCTTGCTAAGCTAACCCCATTAGTTTATGACAAAAATACAAAGCTTAAAGAAGCAGCTATCACATGCATTATATC TGTGTACTCCCACTTTGATTCAGCTGCAGTTCTTAATTTTATTCTTAGTTTGTCAGTTGAAGAACAAAATTCTTTGAGAC GAGCCCTTAAACAATACACCCCTCGCATTGAAGTAGACCTAATGAACTATCTGCAGAGCAAGAAAGAGAGACAGCGTTCT AAGGCTTCCTATGATCCATCTGATGTTGTGGGAACATCCTCTGACGATGGACATGTTGGTTTCTCCCGGAAAGCTCATTA CCTTGGAAGGTATTCCGTTGGTTCCCTTGACAGTGATGGTGGCAGGAAGTGGAGTTCCCAAGATTCAATGCTGATGAAAG CCAGTCTTGGTCAAGCATCTTCTATTGAAACTCAGGAACATCCTAACCATAATATTGAGGCTGATGCTAATAGTGGTTGT CATGGTTCAAAAACTGAAGATCTTGCTTATTCTGTCTATCCAAGGGGTCAAAACTTTAGTGCTCAAACTAGCCAACTTGG ACATGTGGACAGTAGCATGAACTTTGAGGGTCTTTCAACTCCTCGTCTAGATGTTAACAGTGTGATGTCATTAGATCATT TAAATGCTTCTGAAGGTTATGTACATGATAAAGAACATCCTTCTGAAGTGGAACTTAATCATCATTCAGTTGAAGCTGTA AATATTAACTCCATGGTAGACACAGGACCCAGCATTCCTCAAATTCTTCATATGATATGCAGTGGGGGTGATGGAAGCCC TATTTCAACTAAACAGACTGCTCTTCAACAGCTAGTTGAAGCTTCTATAGCAAACGACCATTCTGTTTGGACCAAGTACT TCAATCAAATTTTGACAGCTGTGCTTGAGGTACTGGATGATTCGGATTCCTCAGTCAGAGAGCTTGCTCTATCATTGATA GTTGAAATGCTTAAAAACCAGAAAGATACCATGGAGAATTCAGTTGAGGTTGTAATTGAGAAGCTGCTTCATGTTACTAA GGATATCATTCCAAAGGTCTCAAATGAAGCAGAGCACTGCCTAACGATTGTTTTATCTCATTATGATCTATTCAGATGTT TAAGTGTTATTGTCCCTCTACTGGTAACTGAGGATGAGAAAACACTTGTCACTTGCATAAATTGCTTAACAAAGCTTGTG GGCAGGCTCTCTCAGGAGGAATTGATGGCTCAGTTACCCTCATTTCTGCCTGCTCTTTTTGAAGCCTTTGGAAACCAGAG TGCAGATGTTCGTAAGACTGTTGTTTTCTGTCTCGTGGATATTTATATCATGCTTGGGAAAGCATTCTTGCCATATCTGC AAGGCCTTAACACCACACAGTTGAAGCTCGTCACCATATATGCAAATCGAATCTCACAAGCCAGGACAGGCAAAGCAATT GATGCTATTCAAGATTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0700900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEALELARAKDTKERMAGVERLYQLLESSRKSLTSSEVTTLVDSCYDLLKDNNFRISQGALQALASAAILSGEHFKLHF NALLPAVVDRLGDAKQPVRDAARRLLLTLMEVSSPTIIVERAGSCAWAHKSWRVREEFTRTVTSAINLFASTELPLQRAI LPPVLLLLNDPNPAVRDAAILCIEEMYTQAGSQFRDELHRHNLPSSLVKDINARLEGIQPKVRSSDGIPSGYATGEVKPL SVTTKKGSPKAKNSSRETSLFGAGEGDITEKPIDPIKVYSDKELVREIEKIASTLVPEKDWSIRIAALQRVEGLVLGGAA DYPCFRGVLKQLVGPLSTQLSDRRSTIVKQACHLLCFLSKELLGDFEACAETFIPVLFKLVVITVLVIAESSDNCIKTML RNCKVARVLPRIADCAKNDRNAVLRGRCCEYALLVLEHWPDAPEIHRSADLYEDMIKCCVSDAMSEVRSTARMCYRMFAK TWPERSRRLFSSFDPVIQRLINEEDGGIHRRHASPSIRDRGALMSLPSQATAPSNLPGYGTSAIVAMDRSSNLSSGTSIS SGVFLSQAKSLGKGTERSLESVLHASKQKVSAIESMLRGLDLSDKHNSSSLRSSSLDLEVDPPSSRDPPFPAVVSASNHL PNSSRTESTASSVIKGSHRNGGLGLSDIITQIQASKDSAKLSYHSNVGVESSSSSYLTKRPSERLEERRSADDGSDIREA RRFMNHNTDKQYFDALYRDGNFRDSHNSYVPNFQRPLLRKNVAGRMSAGRRRSFDENQLSLGEMSSYADGPTSLHEALSE GLRSGSDWSARVAAFNYVHSLLQQGPKGTIEVVQNFEKVMKLFFQHLDDPHHKVAQAALSTLADIVPACRKPFEGYMERI LPHVFSRLIDPKELVRQPCSTTLEVVSKTYSVDSLLPALLRSLDEQRSPKAKLAVIEFAISSFNKHAMNAEGAGNIGILK LWLAKLTPLVYDKNTKLKEAAITCIISVYSHFDSAAVLNFILSLSVEEQNSLRRALKQYTPRIEVDLMNYLQSKKERQRS KASYDPSDVVGTSSDDGHVGFSRKAHYLGRYSVGSLDSDGGRKWSSQDSMLMKASLGQASSIETQEHPNHNIEADANSGC HGSKTEDLAYSVYPRGQNFSAQTSQLGHVDSSMNFEGLSTPRLDVNSVMSLDHLNASEGYVHDKEHPSEVELNHHSVEAV NINSMVDTGPSIPQILHMICSGGDGSPISTKQTALQQLVEASIANDHSVWTKYFNQILTAVLEVLDDSDSSVRELALSLI VEMLKNQKDTMENSVEVVIEKLLHVTKDIIPKVSNEAEHCLTIVLSHYDLFRCLSVIVPLLVTEDEKTLVTCINCLTKLV GRLSQEELMAQLPSFLPALFEAFGNQSADVRKTVVFCLVDIYIMLGKAFLPYLQGLNTTQLKLVTIYANRISQARTGKAI DAIQD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1437 | 1437 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1437 | 1437 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 1 | 226 | 226 | 9.8E-67 | ||
| SMART | 3 | 224 | 222 | 1.8E-39 | ||
| SUPERFAMILY | 5 | 402 | 398 | 2.19E-27 | ||
| ProSiteProfiles | 83 | 121 | 39 | 9.168 | ||
| ProSiteProfiles | 160 | 198 | 39 | 9.309 | ||
| Pfam | 160 | 187 | 28 | 4.1E-5 | ||
| MobiDBLite | 242 | 264 | 23 | - | – | |
| MobiDBLite | 246 | 260 | 15 | - | – | |
| Gene3D | 267 | 504 | 238 | 6.4E-61 | ||
| SMART | 283 | 515 | 233 | 7.9E-4 | ||
| Pfam | 286 | 501 | 216 | 1.3E-46 | ||
| SUPERFAMILY | 294 | 1435 | 1142 | 1.12E-62 | ||
| MobiDBLite | 603 | 620 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 603 | 656 | 54 | - | – | |
| MobiDBLite | 636 | 656 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 690 | 718 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 700 | 718 | 19 | - | – | |
| SMART | 783 | 1025 | 243 | 2.5E-21 | ||
| Gene3D | 796 | 1020 | 225 | 3.5E-44 | ||
| Pfam | 802 | 996 | 195 | 2.1E-10 | ||
| MobiDBLite | 1034 | 1056 | 23 | - | – | |
| SMART | 1201 | 1437 | 237 | 3.3E-16 | ||
| Gene3D | 1216 | 1428 | 213 | 8.2E-31 | ||
| Pfam | 1231 | 1318 | 88 | 6.6E-5 | ||
| Coils | 1281 | 1301 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0700900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…