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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0700900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0700900.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | CLIP-associating-like protein; TAIR: AT2G20190.1 CLIP-associated protein; Swiss-Prot: sp|Q8RWY6|CLASP_ARATH CLIP-associated protein; TrEMBL-Plants: tr|I1JPB4|I1JPB4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0700900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:126892954..126910972) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCTATAAGAAATAAATCATTTTGTTAAGCATCCTTAGGCTGTTCAAACATAATAAACCCTACACCCAAATTCATAATATA ACTACTTCATGTAGAAGCAAGGGAAGACCTGGCATTGTTGAAAAGGCGGAATTTAATCCAATAGACATCGGTGAAGGGCT CACAATCCTCTGCATCCATTGGGTTACACCTAAAGAATGAAGCTATTTGAGAAAAACAAGGAGAATAAAGGCGCACTCTG CAAAGTCATTAAATAGACTTACTCCTCAATCTCTCCATAGGATGAAAACAATTTCCTCAAATCATCTCCGCAACCTAATG CTGGAACATTCCGTACAATCAAATATCTGTACACTCCAAAAAAAAAACACAATTCAATAAGGTTCCAAACACTGATATGA AAACCAAGCAATATATAAAAGTGATGAAATCATCAATTTGATGGGTAATAGAAGGAACTGACCTGGATTCATCGCAGACC GTGTAGACGCGAACCGCAGGGGACTCATCTTTGTAACGAGGCATCTATACGGAGGAATTGAAAGAAAAAGGTGCATGAAG AGCTTATGTGTAGCACTGGAGACAATGAGGGTAAAATTGATAAATCATGGGTTATAGAGGTTAGCCCAGCCGACATAAAA CACACAGAGCCAAAAAGCCGAGATGCATGTGCGTTAAAATGTTATAAATAACTTCAGCCACAAATGATAGAAAACTTGAG GTAGAAAATCACAAATTGGCACATAACATAGATCAAATCAAAAGCATAACTTCCATTTCATACTCCTAAAATTTCATAGA ATGTCTTCTCTTACAACAAGGTGTTTTTTTGCAGCTTTCTATTTATGAGAATAAAATTGAGGCATTTGCAGTTGGCAAAA CACTATATGCGGCAAATCATAATTTTCTGTCAGGAGAACAAAATTCCAACCTACATATCCATCAAAATGTAACAAAATAC 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GAAGTGCAAGATTATGAGGTGGAACGTCTTATGGTGCTCCCACTGCGGCCATTGCCCCATTGCATGTGGATTAGGCGTGG AATGTTGAGCACCAAGTTGAGGATTAGAGCATTCATTATTTTATGCTTACAGGCATCGTGATCGCGATTAAATATCACAA CTTAGTTGCAACAGGCCCAAATATGGGACCTAGACCACCTATCCCTGCAAATAACTCGATATATGCTTGAGGCATCGTCA CCTCTTCAACACTTCATAATTGCGGATGAGGTCACACCATTGGCATCCTTGAGAAAAAGTTTCGTAAGCCTCAAAGTATT GAATTGCATACCATAGGCTCAAACCTTGTTATGCAATTATGAAATGTTTGTGAATGCAATGCTTTTTGTGCGAGTATTAG ACCTAATTGTTTGTTGGAATTTTCCTTGGACGCTCAGAGAAAGTTATTCCTTAATTAATTTCGAGCGCTACCATTGTGGT AAGTGACAACTTGACATTTCATTTTGGCCATAATTTAGGAGTTGCCTTGCTCTTCCCACACTCTTGCATGAGTTCATCAT GGAGAAAATGAGCGAATTAATACATTATCACGCGTTTACAAGACGTGGCTTTTGTCCCAAATCCCAACCTAAATATTCAA CTCCATATCATTGTGAAATTCATCAAAGAAGGAAACCCTTTTTTCCCTTTAATTTTCTATGAATAAGTTTCCCACCAAGG CGGAGTTCCATAACAAGGT
CDS sequence (LotjaGi1g1v0700900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGGAAGCGCTGGAACTCGCACGCGCCAAGGACACCAAGGAGAGGATGGCGGGCGTCGAGCGTCTCTACCAGCTTCT AGAATCTTCCAGAAAGAGCCTCACCTCCTCCGAAGTCACCACACTCGTCGACTCCTGCTACGATCTCTTGAAGGACAACA ACTTCCGCATCTCGCAGGGCGCGCTTCAGGCACTCGCCTCCGCCGCCATCCTCTCCGGCGAGCACTTCAAGCTCCACTTC AACGCCCTCCTTCCCGCCGTCGTCGACCGTCTTGGCGACGCCAAACAGCCTGTTCGCGACGCCGCACGGCGGCTCTTGCT CACACTCATGGAGGTTTCTTCTCCTACAATAATTGTTGAAAGAGCAGGGTCCTGTGCCTGGGCACACAAAAGCTGGAGAG TCAGAGAGGAGTTTACACGAACTGTCACATCTGCAATTAATCTATTTGCATCTACTGAGCTTCCGCTTCAACGGGCTATC CTCCCTCCTGTATTGCTGTTGCTGAATGATCCAAATCCTGCTGTTAGGGACGCAGCTATTTTGTGTATTGAGGAGATGTA CACACAAGCTGGGTCTCAATTTCGTGATGAACTTCACCGCCATAATCTTCCTTCATCTTTGGTGAAAGATATTAATGCTA GGCTTGAGGGAATTCAACCAAAAGTTCGATCCTCAGATGGTATTCCAAGTGGTTATGCTACTGGCGAAGTTAAGCCTTTG AGTGTTACTACCAAGAAAGGTAGTCCGAAGGCCAAAAATTCATCAAGGGAGACGTCTCTTTTTGGAGGAGAAGGTGATAT CACTGAGAAACCCATAGACCCTATCAAGGTATACTCAGATAAGGAGTTGGTCAGGGAAATTGAGAAGATTGCATCTACCC TTGTGCCTGAGAAAGACTGGTCAATTCGTATTGCTGCTTTGCAGAGAGTTGAAGGTCTTGTTCTAGGAGGTGCTGCTGAT TATCCATGTTTTCGTGGAGTCCTGAAGCAACTTGTTGGACCATTAAGTACCCAACTATCAGACAGAAGGTCTACCATTGT GAAGCAGGCTTGCCATTTATTGTGCTTTTTGTCAAAGGAGCTCTTGGGTGATTTTGAAGCATGTGCTGAAACGTTTATAC CAGTCCTTTTCAAGCTGGTTGTGATTACTGTGCTTGTAATTGCAGAGTCTTCCGATAACTGCATAAAAACGATGTTGCGC AACTGTAAAGTTGCTCGTGTGCTTCCCCGTATAGCTGACTGTGCAAAAAATGATCGCAATGCAGTACTTCGTGGAAGGTG TTGCGAATATGCTCTTTTGGTCCTAGAACATTGGCCAGATGCACCTGAAATTCACCGGTCAGCTGATTTATATGAGGATA TGATAAAGTGTTGTGTTTCAGACGCAATGAGTGAGGTACGATCTACTGCAAGGATGTGCTACAGAATGTTTGCAAAAACT TGGCCAGAGCGTTCTCGTCGCCTATTTTCATCCTTTGATCCTGTAATTCAACGGTTAATAAATGAAGAAGATGGAGGAAT ACATAGGCGACATGCTTCACCTTCCATTCGGGATAGAGGTGCGCTGATGTCACTACCCAGTCAGGCCACTGCTCCCTCAA ATCTACCTGGTTATGGAACTTCTGCTATTGTTGCAATGGACAGAAGTTCAAATTTATCATCAGGGACCTCTATCTCCTCT GGTGTATTTCTTTCACAAGCTAAGTCACTTGGTAAGGGTACGGAACGTAGTTTGGAAAGTGTGTTGCATGCAAGTAAACA GAAGGTCAGTGCTATTGAAAGCATGCTTAGAGGCTTGGATTTGTCTGATAAGCATAATTCATCTTCTCTCCGGTCATCAA GTTTGGATCTAGAAGTTGACCCTCCATCATCTCGTGATCCACCTTTCCCTGCTGTTGTGTCTGCATCTAATCATCTGCCA AACTCTTCAAGAACAGAATCGACTGCTTCTAGTGTCATTAAAGGTAGTCACCGGAATGGTGGTCTGGGTTTGTCTGATAT AATCACTCAAATTCAAGCTTCCAAAGATTCTGCCAAGTTATCATATCATAGTAATGTTGGTGTTGAATCATCATCGTCGT CTTATTTGACTAAAAGGCCTTCTGAACGACTAGAAGAAAGACGTTCTGCTGATGACGGTAGTGATATTAGGGAGGCTAGG CGATTTATGAACCACAACACTGATAAGCAGTACTTTGATGCCCTTTATAGAGATGGGAACTTTAGGGATTCACATAATAG TTACGTGCCTAATTTTCAGAGGCCTCTATTGAGAAAGAATGTAGCTGGACGTATGTCTGCTGGCCGGAGGAGGAGTTTTG ATGAAAACCAGCTATCTCTTGGAGAGATGTCAAGTTATGCGGATGGTCCGACATCTCTTCATGAAGCATTGAGTGAAGGA CTTCGTTCAGGCTCTGACTGGTCTGCTAGGGTTGCTGCCTTTAACTATGTTCACTCTTTGTTACAGCAAGGTCCAAAGGG AACTATTGAAGTTGTGCAGAACTTTGAGAAGGTAATGAAGTTGTTTTTCCAGCACTTAGATGATCCCCACCATAAAGTTG CACAAGCTGCTCTTTCAACACTTGCAGATATTGTTCCAGCATGCCGAAAGCCTTTTGAGGGTTACATGGAAAGAATATTA CCCCATGTGTTTTCTCGGTTAATTGACCCTAAAGAGCTTGTTAGACAGCCATGTTCGACAACTTTGGAAGTTGTTAGCAA AACTTACAGTGTTGATTCTCTCTTGCCTGCATTGTTACGCTCACTTGATGAACAAAGGTCTCCAAAGGCTAAGTTGGCTG TTATTGAATTCGCAATCAGTTCTTTTAACAAACATGCAATGAATGCCGAAGGTGCTGGTAATATTGGCATCCTAAAATTA TGGCTTGCTAAGCTAACCCCATTAGTTTATGACAAAAATACAAAGCTTAAAGAAGCAGCTATCACATGCATTATATCTGT GTACTCCCACTTTGATTCAGCTGCAGTTCTTAATTTTATTCTTAGTTTGTCAGTTGAAGAACAAAATTCTTTGAGACGAG CCCTTAAACAATACACCCCTCGCATTGAAGTAGACCTAATGAACTATCTGCAGAGCAAGAAAGAGAGACAGCGTTCTAAG GCTTCCTATGATCCATCTGATGTTGTGGGAACATCCTCTGACGATGGACATGTTGGTTTCTCCCGGAAAGCTCATTACCT TGGAAGGTATTCCGTTGGTTCCCTTGACAGTGATGGTGGCAGGAAGTGGAGTTCCCAAGATTCAATGCTGATGAAAGCCA GTCTTGGTCAAGCATCTTCTATTGAAACTCAGGAACATCCTAACCATAATATTGAGGCTGATGCTAATAGTGGTTGTCAT GGTTCAAAAACTGAAGATCTTGCTTATTCTGTCTATCCAAGGGGTCAAAACTTTAGTGCTCAAACTAGCCAACTTGGACA TGTGGACAGTAGCATGAACTTTGAGGGTCTTTCAACTCCTCGTCTAGATGTTAACAGTGTGATGTCATTAGATCATTTAA ATGCTTCTGAAGGTTATGTACATGATAAAGAACATCCTTCTGAAGTGGAACTTAATCATCATTCAGTTGAAGCTGTAAAT ATTAACTCCATGGTAGACACAGGACCCAGCATTCCTCAAATTCTTCATATGATATGCAGTGGGGGTGATGGAAGCCCTAT TTCAACTAAACAGACTGCTCTTCAACAGCTAGTTGAAGCTTCTATAGCAAACGACCATTCTGTTTGGACCAAGTACTTCA ATCAAATTTTGACAGCTGTGCTTGAGGTACTGGATGATTCGGATTCCTCAGTCAGAGAGCTTGCTCTATCATTGATAGTT GAAATGCTTAAAAACCAGAAAGATACCATGGAGAATTCAGTTGAGGTTGTAATTGAGAAGCTGCTTCATGTTACTAAGGA TATCATTCCAAAGGTCTCAAATGAAGCAGAGCACTGCCTAACGATTGTTTTATCTCATTATGATCTATTCAGATGTTTAA GTGTTATTGTCCCTCTACTGGTAACTGAGGATGAGAAAACACTTGTCACTTGCATAAATTGCTTAACAAAGCTTGTGGGC AGGCTCTCTCAGGAGGAATTGATGGCTCAGTTACCCTCATTTCTGCCTGCTCTTTTTGAAGCCTTTGGAAACCAGAGTGC AGATGTTCGTAAGACTGTTGTTTTCTGTCTCGTGGATATTTATATCATGCTTGGGAAAGCATTCTTGCCATATCTGCAAG GCCTTAACACCACACAGTTGAAGCTCGTCACCATATATGCAAATCGAATCTCACAAGCCAGGACAGGCAAAGCAATTGAT GCTATTCAAGATTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0700900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEALELARAKDTKERMAGVERLYQLLESSRKSLTSSEVTTLVDSCYDLLKDNNFRISQGALQALASAAILSGEHFKLHF NALLPAVVDRLGDAKQPVRDAARRLLLTLMEVSSPTIIVERAGSCAWAHKSWRVREEFTRTVTSAINLFASTELPLQRAI LPPVLLLLNDPNPAVRDAAILCIEEMYTQAGSQFRDELHRHNLPSSLVKDINARLEGIQPKVRSSDGIPSGYATGEVKPL SVTTKKGSPKAKNSSRETSLFGGEGDITEKPIDPIKVYSDKELVREIEKIASTLVPEKDWSIRIAALQRVEGLVLGGAAD YPCFRGVLKQLVGPLSTQLSDRRSTIVKQACHLLCFLSKELLGDFEACAETFIPVLFKLVVITVLVIAESSDNCIKTMLR NCKVARVLPRIADCAKNDRNAVLRGRCCEYALLVLEHWPDAPEIHRSADLYEDMIKCCVSDAMSEVRSTARMCYRMFAKT WPERSRRLFSSFDPVIQRLINEEDGGIHRRHASPSIRDRGALMSLPSQATAPSNLPGYGTSAIVAMDRSSNLSSGTSISS GVFLSQAKSLGKGTERSLESVLHASKQKVSAIESMLRGLDLSDKHNSSSLRSSSLDLEVDPPSSRDPPFPAVVSASNHLP NSSRTESTASSVIKGSHRNGGLGLSDIITQIQASKDSAKLSYHSNVGVESSSSSYLTKRPSERLEERRSADDGSDIREAR RFMNHNTDKQYFDALYRDGNFRDSHNSYVPNFQRPLLRKNVAGRMSAGRRRSFDENQLSLGEMSSYADGPTSLHEALSEG LRSGSDWSARVAAFNYVHSLLQQGPKGTIEVVQNFEKVMKLFFQHLDDPHHKVAQAALSTLADIVPACRKPFEGYMERIL PHVFSRLIDPKELVRQPCSTTLEVVSKTYSVDSLLPALLRSLDEQRSPKAKLAVIEFAISSFNKHAMNAEGAGNIGILKL WLAKLTPLVYDKNTKLKEAAITCIISVYSHFDSAAVLNFILSLSVEEQNSLRRALKQYTPRIEVDLMNYLQSKKERQRSK ASYDPSDVVGTSSDDGHVGFSRKAHYLGRYSVGSLDSDGGRKWSSQDSMLMKASLGQASSIETQEHPNHNIEADANSGCH GSKTEDLAYSVYPRGQNFSAQTSQLGHVDSSMNFEGLSTPRLDVNSVMSLDHLNASEGYVHDKEHPSEVELNHHSVEAVN INSMVDTGPSIPQILHMICSGGDGSPISTKQTALQQLVEASIANDHSVWTKYFNQILTAVLEVLDDSDSSVRELALSLIV EMLKNQKDTMENSVEVVIEKLLHVTKDIIPKVSNEAEHCLTIVLSHYDLFRCLSVIVPLLVTEDEKTLVTCINCLTKLVG RLSQEELMAQLPSFLPALFEAFGNQSADVRKTVVFCLVDIYIMLGKAFLPYLQGLNTTQLKLVTIYANRISQARTGKAID AIQD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1436 | 1436 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 1 | 226 | 226 | 9.8E-67 | ||
| PANTHER | 1 | 1436 | 1436 | 0.0 | – | |
| SMART | 3 | 224 | 222 | 1.8E-39 | ||
| SUPERFAMILY | 5 | 401 | 397 | 2.13E-27 | ||
| ProSiteProfiles | 83 | 121 | 39 | 9.168 | ||
| ProSiteProfiles | 160 | 198 | 39 | 9.309 | ||
| Pfam | 160 | 187 | 28 | 4.1E-5 | ||
| MobiDBLite | 226 | 264 | 39 | - | – | |
| MobiDBLite | 246 | 261 | 16 | - | – | |
| Gene3D | 266 | 503 | 238 | 6.4E-61 | ||
| SMART | 282 | 514 | 233 | 7.9E-4 | ||
| Pfam | 285 | 500 | 216 | 1.3E-46 | ||
| SUPERFAMILY | 293 | 1434 | 1142 | 6.26E-63 | ||
| MobiDBLite | 602 | 619 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 602 | 655 | 54 | - | – | |
| MobiDBLite | 635 | 655 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 689 | 718 | 30 | - | – | |
| MobiDBLite | 699 | 718 | 20 | - | – | |
| SMART | 782 | 1024 | 243 | 2.5E-21 | ||
| Gene3D | 795 | 1019 | 225 | 3.5E-44 | ||
| Pfam | 801 | 995 | 195 | 2.1E-10 | ||
| MobiDBLite | 1033 | 1055 | 23 | - | – | |
| SMART | 1200 | 1436 | 237 | 3.3E-16 | ||
| Gene3D | 1215 | 1427 | 213 | 8.2E-31 | ||
| Pfam | 1230 | 1317 | 88 | 6.6E-5 | ||
| Coils | 1280 | 1300 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0700900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…