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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0063100 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0063100.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent DNA helicase family protein; TAIR: AT2G01440.1 DEAD/DEAH box RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|F4INA9|RECG_ARATH ATP-dependent DNA helicase homolog RECG, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|G7I947|G7I947_MEDTR ATP-dependent DNA helicase RecG; Found in the gene: LotjaGi2g1v0063100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:14597446..14632821) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAATGCCGAACCATTCCAAACAAGCCCCAACTCCTTACCAACCGACCACATCTTACATGCTCGTTCATAAACCAAATCCT AAGACTGAGAAGACGCCAAATCCATAAGATCCACCCTAGCAGACGTAGTGCAAGACACATCCAATGCAACTATGGCATCA GAACCAACAACAACCTGAAGCACAATCTTAACCCAAATTCTTGACAAAAACTACTTTTTAACCCAAATTCGGTTTTCATT GAAAGTGATTTTAATGAAAATCCCCAGACACCGATAACCTCCGCCCAACACCATACACCATTCTTTCCCTGTCACCGTTC CGACACCCACCTAGCTGCCGCAGCACTTTCGACGCAGACAACGTTGCAAATTGCAATGGTAATTCCTCACTCAACCTCTG TTCTTTCAAATTCACCACATCACTTCTCATTTGAACATGGTGGTGTTTTTCATGCTCGCGTTTTTCACTTCAATTTTCTT GATTTTCCTGAAGTGGCCTCTTCAGTCTTTTCAGTGTTTCAGTTGCAAGCAACTCAGAAATGTTGTGGTCTTTCAAGGCA AGGGAAGTTGTTATTCAACCTTTTTCAGTAGGAGGATGAGGTATGAGTATGCTGCATGCATTGTTCTTGTTTTATGATAT AAGTGAAAGTTCAGGGCACTAGGGTTTCATGTTTCCGTGCCTCTTGTTGTTGCAGGTGTGGTAATTTTCTCCCTTTGAAA TATTCAAAATGGTGTTACCGGATGAAACACAAGTTTCCAGAGAAGAAGGTTGTGGAAATGGAACCGTGTGGTGGAAGGGG GAGCAGTTTAAAGTTGCGTAATCAGGTAGGTTAACGGTATTTTATGTTGGTAGCTGTCATGTTTTGGTCGCGTTTTTTAC TGTGTTTGATGAAAAGTTGAAAGGATTTCTAATTTGTTATTTGATTTTGACTTTCTAAGTGGTTGAATGTTTTTTCTTTT 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GGAGCTTTTCTTGGTTGTTGGTATATGGATACCATCGTTAGGGGTGCGTTGTTTGGGTTTCTTGAAGTGTTTTAGCTAGG GCGGTTCAGCGGTTCTTTGTTGAGCTGGCCGTTTGCTTGGTTTCTTTATTTCCTTTGGCTTTTTAGTTTTCTATTGTTTG GCTTTTCTTGGGTTAGCCTATTTGTTGGGTTTTCTTTTTCAATCTCTTTGTAGATTATGATCTCACTACTATCTATATAA TGTTCTTTCATTTAAATTACTACAATATGAATTTCCAATTGTCCAAAATTGATTGTTTGCAGAAAATTTTAAGTGCTTCC CATGATTTGGAGCGATTTCCTGCACTTAAACGGGAGCTTAGCATGAGACAGCCACTTTGCTTGCTAGGTGATTGATTAAG TTTTGATGTGGTATTCAAAAGTTACCATGTTTCATTGTGGTAATTTTGATCATGTAATTAATTTGATGGGCTTTTTTGTT ATGTAAACAAGATCTAACCTTTAGGAAGCTGTTTATATCTTTAAAAGTACACATTTTTTTGTCCTGTTTAGGCCATGATG CTTCCTTGTATCCCGTTTGTAGCAATCCTTGTAAATATTTAAAGACATGTAAGATCTTTGTAAGCTTACTCTTGTTTCTT TTCACTTGTATATTTCTTTCTAGTTATTTGATTTCCTTCATGTTTAATAGGTGGCAAGGAAATTGTTGTATTCATGTATA AATCATACTTGAACCGAAGTTGTTACACCCTATAAATACATATCTACTTGATACCCAGATGTGAAAAATCATACCAAATA CTGTGGCTCCTAATTG
CDS sequence (LotjaGi2g1v0063100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTGGCCTCTTCAGTCTTTTCAGTGTTTCAGTTGCAAGCAACTCAGAAATGTTGTGGTCTTTCAAGGCAAGGGAAGTTG TTATTCAACCTTTTTCAGTAGGAGGATGAGGTGTGGTAATTTTCTCCCTTTGAAATATTCAAAATGGTGTTACCGGATGA AACACAAGTTTCCAGAGAAGAAGGTTGTGGAAATGGAACCGTGTGGTGGAAGGGGGAGCAGTTTAAAGTTGCGTAATCAG GTATTTGCTCTCTTGGATTATAACAAAATGAGTCTGAAAGATGTATTAGATGATTCAGACATCTCCTTGATATGTAAGAC ATTTCCATCAATTACTTTGGGTAATGCTCCTAAAGTGGATTTGTACGATGGGACTGAATTGGAATCTGAAACCACAAACA GTTCAGCAACAGAAGATTCAGAACAGTGTTTTTCAGATTCTTCAGAGGCAAGGTGGGTGCAAAATACTCTCCCTGAAGCT CAGTCTCCGGTGTATGTTGATCATTCTAGTGTATTATCTTCCTCGTTACAAAAAGATGGCTCTTGTCCTTTAATACCTCA GCCAATGTCTTCAATATGTGAAGAAAATTTGGATCGAGTTATTAAGGAGGTTTCTCAAGAGAAACTGGGGCTGCAGTCAC AATCAAATGTAACACCTAATGACTTATTTCTTGACGAATCTATAAGTTGCTTCCCTGGATTAAGTAAGAGGCACTGCCGA CAGCTAGATGACTGTGGGTTTCACACGTTTCGGAAATTGCTGCATCATTTTCCGCGATCATATGCTAATCTTCAGAATGC GCATGCTAAAATTGACGATGGGCAGTATTTGATTTTTGTTGGAAAAGTCTTATCTTCAAGGGGAGTCAAAGCTAATTGTT CATTTTCATTTCTTGAGGTGATTGTGGGTTGTCAGATTACAGACAGTGAATCAGCTTCAGGGCATGTGACAGGCAATGCT ATTGATGGGCAAGAGAAAACAATTTATTTGCATTTGAAGAAATTTTTTCGTGGCTCACGTTTTACGTTTAAACCTTTTCT TAGTAGTATTGCAAATAAGTATCGAGAGGGAGACATAGCATGTGTGAGTGGCAAGGTCAGGACTATGCGTGCTGAAGATC ACTATGAGATGAGAGAATATAATATTGATGTGCTTGAAGATGGAAAAGAATTATCATTTTGTGCTAAAGAGCGGCCATAT CCTATCTACCCTTCAAAAGGGGGACTGAACCCAACTTTTCTGAGGGACATTATTGCAAGAGCTTTACAAGCCTTGGCTGT CAATATTGATCCAATTCCTAAAGATATCACAGAGCAATTTGGACTGTTAAGTCTTCGTGATGCATACTTTGGAATTCACA AACCGAAGGATATAAATGAAGCTGATTTGGCCCGCAAGAGAATTATATTTGATGAATTTTTTTACCTCCAGTTAGGACGC TTATTCCAAATGCTTGAAGGTCTTGGTACACAAATAGAGAAGGATGGATTGCTAGATAAGTATAGAAGACCAGAAAATAA TGCTGTGTGTACAGAGGAATGGTCCTGTCTCACCAAGAAAGTTTTGGAGCTCCTTCCATACACTCTTACTTCTAGTCAAC TGCAAGCTGTTTCAGAAATTATTTGGGATTTGAAAAGGCCAGTTCCTATGAATCGGTTACTGCAGGGTGATGTTGGATGC GGGAAAACTGTTGTAGCTTTTCTGGCATGCATGGAGGTTCTCGGATCTGGCTATCAGGCTGCTTTCATGGTTCCAACTGA GTTGCTTGCAATCCAACATTATGAACATTTGCTTAATTTGCTTGAAAACTTGGATGAGGTCGAGTTCAAGCCAACTGTCG CTTTACTTACTGGTTCAACTCCACTAAAACAATCGCGGATTATTCGTAAGGGTATCCAGACTGGAGAAATTTCAATGGTC ATAGGAACCCATAGTTTGATAGCAGAAAGTGTGGAATTTTTAGCCTTACGCATTGCTGTGGTGGATGAGCAGCATCGCTT TGGTGTGATTCAAAGAGGAAGATTTAACAGTAAGTTATTTTGTACTTCTTCAATTTCCAGTGTGGAAGATGCCGTTACAG ATAGGCCCTCAAGGAATGATGCATATATGGCTCCACATGTTCTTGCTATGTCTGCTACTCCCATCCCAAGGACACTTGCA CTTGCTTTATATGGGGATATGTCACTGACACAGATAACTGACTTACCTCCAGGAAGAATTCCTGTTCAAACATATACCAT TGAAGGAAATGACAAAGGATTCGAGGATGTCTACAAGATGATGATGAATGAGTTGGAAGACGGGGGAAAAGTTTATCTTG TCTACCCAATTATTGAACTCTCTGAGCAGTTGCCTCAGCTTCGTGCTGCTTCTGCAGATTTTGAAGCTATGTCAAACCGG TTTCATGGATACAATTGTGGTTTACTACATGGAAAAATGAAAAGTGATGAAAAAGAAGAAACGTTAAAAAAGTTTAGGAC TGGAGAAATGCATATACTACTTGCCACACAAGTAATTGAAATTGGTGTTGACGTTCCAGACGCATCTATGATGGTTGTGT TGAATTCTGAGAGGTTTGGAATTGCCCAATTACACCAACTCAGGGGACGAGTTGGTCGCGGAACACGGCAGTCAAAATGT ATACTAGTAGCGTCGACTGCAAGTAGCCTAAATCGTTTGAAAGTACTGGAGCAATCATCAGATGGGTTCCATCTTGCTAA TATGGACCTTTTATTGCGTGGACCTGGTGACTTGCTTGGGAAGAAACAATCTGGACATCTTCCTGAGTTTCCTATTACCC GATTGGAAGTTGATGGAAATATTTTACAAGAAGCACACGTTGCGGCACTGAAAATTTTAAGTGCTTCCCATGATTTGGAG CGATTTCCTGCACTTAAACGGGAGCTTAGCATGAGACAGCCACTTTGCTTGCTAGGTGATTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0063100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MWPLQSFQCFSCKQLRNVVVFQGKGSCYSTFFSRRMRCGNFLPLKYSKWCYRMKHKFPEKKVVEMEPCGGRGSSLKLRNQ VFALLDYNKMSLKDVLDDSDISLICKTFPSITLGNAPKVDLYDGTELESETTNSSATEDSEQCFSDSSEARWVQNTLPEA QSPVYVDHSSVLSSSLQKDGSCPLIPQPMSSICEENLDRVIKEVSQEKLGLQSQSNVTPNDLFLDESISCFPGLSKRHCR QLDDCGFHTFRKLLHHFPRSYANLQNAHAKIDDGQYLIFVGKVLSSRGVKANCSFSFLEVIVGCQITDSESASGHVTGNA IDGQEKTIYLHLKKFFRGSRFTFKPFLSSIANKYREGDIACVSGKVRTMRAEDHYEMREYNIDVLEDGKELSFCAKERPY PIYPSKGGLNPTFLRDIIARALQALAVNIDPIPKDITEQFGLLSLRDAYFGIHKPKDINEADLARKRIIFDEFFYLQLGR LFQMLEGLGTQIEKDGLLDKYRRPENNAVCTEEWSCLTKKVLELLPYTLTSSQLQAVSEIIWDLKRPVPMNRLLQGDVGC GKTVVAFLACMEVLGSGYQAAFMVPTELLAIQHYEHLLNLLENLDEVEFKPTVALLTGSTPLKQSRIIRKGIQTGEISMV IGTHSLIAESVEFLALRIAVVDEQHRFGVIQRGRFNSKLFCTSSISSVEDAVTDRPSRNDAYMAPHVLAMSATPIPRTLA LALYGDMSLTQITDLPPGRIPVQTYTIEGNDKGFEDVYKMMMNELEDGGKVYLVYPIIELSEQLPQLRAASADFEAMSNR FHGYNCGLLHGKMKSDEKEETLKKFRTGEMHILLATQVIEIGVDVPDASMMVVLNSERFGIAQLHQLRGRVGRGTRQSKC ILVASTASSLNRLKVLEQSSDGFHLANMDLLLRGPGDLLGKKQSGHLPEFPITRLEVDGNILQEAHVAALKILSASHDLE RFPALKRELSMRQPLCLLGD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 223 | 426 | 204 | 1.44E-12 | ||
| TIGRFAM | 245 | 948 | 704 | 1.2E-219 | ||
| SUPERFAMILY | 430 | 736 | 307 | 1.04E-50 | ||
| CDD | 468 | 736 | 269 | 4.94602E-100 | – | |
| Gene3D | 485 | 733 | 249 | 1.7E-70 | – | |
| PANTHER | 523 | 928 | 406 | 1.6E-94 | – | |
| PANTHER | 523 | 928 | 406 | 1.6E-94 | – | |
| SMART | 525 | 743 | 219 | 1.0E-29 | ||
| ProSiteProfiles | 543 | 732 | 190 | 18.632 | ||
| Pfam | 550 | 717 | 168 | 3.2E-12 | ||
| SUPERFAMILY | 736 | 929 | 194 | 4.17E-37 | ||
| CDD | 741 | 898 | 158 | 2.46292E-56 | – | |
| Gene3D | 742 | 913 | 172 | 5.9E-47 | – | |
| ProSiteProfiles | 756 | 911 | 156 | 15.359 | ||
| Pfam | 759 | 874 | 116 | 3.9E-18 | ||
| SMART | 778 | 875 | 98 | 1.8E-19 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | DNA helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA helix. | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Biological process | DNA repair | The process of restoring DNA after damage. Genomes are subject to damage by chemical and physical agents in the environment (e.g. UV and ionizing radiations, chemical mutagens, fungal and bacterial toxins, etc.) and by free radicals or alkylating agents endogenously generated in metabolism. DNA is also damaged because of errors during its replication. A variety of different DNA repair pathways have been reported that include direct reversal, base excision repair, nucleotide excision repair, photoreactivation, bypass, double-strand break repair pathway, and mismatch repair pathway. | ||
| Biological process | DNA recombination | Any process in which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents. In eukaryotes genetic recombination can occur by chromosome assortment, intrachromosomal recombination, or nonreciprocal interchromosomal recombination. Interchromosomal recombination occurs by crossing over. In bacteria it may occur by genetic transformation, conjugation, transduction, or F-duction. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0063100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…