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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0063100 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0063100.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent DNA helicase family protein; TAIR: AT2G01440.1 DEAD/DEAH box RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|F4INA9|RECG_ARATH ATP-dependent DNA helicase homolog RECG, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|G7I947|G7I947_MEDTR ATP-dependent DNA helicase RecG; Found in the gene: LotjaGi2g1v0063100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:14597475..14632804) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAACAAGCCCCAACTCCTTACCAACCGACCACATCTTACATGCTCGTTCATAAACCAAATCCTAAGACTGAGAAGACGCC AAATCCATAAGATCCACCCTAGCAGACGTAGTGCAAGACACATCCAATGCAACTATGGCATCAGAACCAACAACAACCTG AAGCACAATCTTAACCCAAATTCTTGACAAAAACTACTTTTTAACCCAAATTCGGTTTTCATTGAAAGTGATTTTAATGA AAATCCCCAGACACCGATAACCTCCGCCCAACACCATACACCATTCTTTCCCTGTCACCGTTCCGACACCCACCTAGCTG CCGCAGCACTTTCGACGCAGACAACGTTGCAAATTGCAATGGTAATTCCTCACTCAACCTCTGTTCTTTCAAATTCACCA CATCACTTCTCATTTGAACATGGTGGTGTTTTTCATGCTCGCGTTTTTCACTTCAATTTTCTTGATTTTCCTGAAGTGGC CTCTTCAGTCTTTTCAGTGTTTCAGTTGCAAGCAACTCAGAAATGTTGTGGTCTTTCAAGGCAAGGGAAGTTGTTATTCA ACCTTTTTCAGTAGGAGGATGAGGTATGAGTATGCTGCATGCATTGTTCTTGTTTTATGATATAAGTGAAAGTTCAGGGC ACTAGGGTTTCATGTTTCCGTGCCTCTTGTTGTTGCAGGTGTGGTAATTTTCTCCCTTTGAAATATTCAAAATGGTGTTA CCGGATGAAACACAAGTTTCCAGAGAAGAAGGTTGTGGAAATGGAACCGTGTGGTGGAAGGGGGAGCAGTTTAAAGTTGC GTAATCAGGTAGGTTAACGGTATTTTATGTTGGTAGCTGTCATGTTTTGGTCGCGTTTTTTACTGTGTTTGATGAAAAGT TGAAAGGATTTCTAATTTGTTATTTGATTTTGACTTTCTAAGTGGTTGAATGTTTTTTCTTTTCATTATGAAAGATGAAG 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TTGGTATATGGATACCATCGTTAGGGGTGCGTTGTTTGGGTTTCTTGAAGTGTTTTAGCTAGGGCGGTTCAGCGGTTCTT TGTTGAGCTGGCCGTTTGCTTGGTTTCTTTATTTCCTTTGGCTTTTTAGTTTTCTATTGTTTGGCTTTTCTTGGGTTAGC CTATTTGTTGGGTTTTCTTTTTCAATCTCTTTGTAGATTATGATCTCACTACTATCTATATAATGTTCTTTCATTTAAAT TACTACAATATGAATTTCCAATTGTCCAAAATTGATTGTTTGCAGAAAATTTTAAGTGCTTCCCATGATTTGGAGCGATT TCCTGCACTTAAACGGGAGCTTAGCATGAGACAGCCACTTTGCTTGCTAGGTGATTGATTAAGTTTTGATGTGGTATTCA AAAGTTACCATGTTTCATTGTGGTAATTTTGATCATGTAATTAATTTGATGGGCTTTTTTGTTATGTAAACAAGATCTAA CCTTTAGGAAGCTGTTTATATCTTTAAAAGTACACATTTTTTTGTCCTGTTTAGGCCATGATGCTTCCTTGTATCCCGTT TGTAGCAATCCTTGTAAATATTTAAAGACATGTAAGATCTTTGTAAGCTTACTCTTGTTTCTTTTCACTTGTATATTTCT TTCTAGTTATTTGATTTCCTTCATGTTTAATAGGTGGCAAGGAAATTGTTGTATTCATGTATAAATCATACTTGAACCGA AGTTGTTACACCCTATAAATACATATCTACTTGATACCCAGATGTGAAAA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0063100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCTTTTCAGTGTTTCAGTTGCAAGCAACTCAGAAATGTTGTGGTCTTTCAAGGCAAGGGAAGTTGTTATTCAACCTT TTTCAGTAGGAGGATGAGGTGTGGTAATTTTCTCCCTTTGAAATATTCAAAATGGTGTTACCGGATGAAACACAAGTTTC CAGAGAAGAAGGTTGTGGAAATGGAACCGTGTGGTGGAAGGGGGAGCAGTTTAAAGTTGCGTAATCAGGTATTTGCTCTC TTGGATTATAACAAAATGAGTCTGAAAGATGTATTAGATGATTCAGACATCTCCTTGATATGTAAGACATTTCCATCAAT TACTTTGGGTAATGCTCCTAAAGTGGATTTGTACGATGGGACTGAATTGGAATCTGAAACCACAAACAGTTCAGCAACAG AAGATTCAGAACAGTGTTTTTCAGATTCTTCAGAGGCAAGGTGGGTGCAAAATACTCTCCCTGAAGCTCAGTCTCCGGTG TATGTTGATCATTCTAGTGTATTATCTTCCTCGTTACAAAAAGATGGCTCTTGTCCTTTAATACCTCAGCCAATGTCTTC AATATGTGAAGAAAATTTGGATCGAGTTATTAAGGAGGTTTCTCAAGAGAAACTGGGGCTGCAGTCACAATCAAATGTAA CACCTAATGACTTATTTCTTGACGAATCTATAAGTTGCTTCCCTGGATTAAGTAAGAGGCACTGCCGACAGCTAGATGAC TGTGGGTTTCACACGTTTCGGAAATTGCTGCATCATTTTCCGCGATCATATGCTAATCTTCAGAATGCGCATGCTAAAAT TGACGATGGGCAGTATTTGATTTTTGTTGGAAAAGTCTTATCTTCAAGGGGAGTCAAAGCTAATTGTTCATTTTCATTTC TTGAGGTGATTGTGGGTTGTCAGATTACAGACAGTGAATCAGCTTCAGGGCATGTGACAGGCAATGCTATTGATGGGCAA GAGAAAACAATTTATTTGCATTTGAAGAAATTTTTTCGTGGCTCACGTTTTACGTTTAAACCTTTTCTTAGTAGTATTGC AAATAAGTATCGAGAGGGAGACATAGCATGTGTGAGTGGCAAGGTCAGGACTATGCGTGCTGAAGATCACTATGAGATGA GAGAATATAATATTGATGTGCTTGAAGATGGAAAAGAATTATCATTTTGTGCTAAAGAGCGGCCATATCCTATCTACCCT TCAAAAGGGGGACTGAACCCAACTTTTCTGAGGGACATTATTGCAAGAGCTTTACAAGCCTTGGCTGTCAATATTGATCC AATTCCTAAAGATATCACAGAGCAATTTGGACTGTTAAGTCTTCGTGATGCATACTTTGGAATTCACAAACCGAAGGATA TAAATGAAGCTGATTTGGCCCGCAAGAGAATTATATTTGATGAATTTTTTTACCTCCAGTTAGGACGCTTATTCCAAATG CTTGAAGGTCTTGGTACACAAATAGAGAAGGATGGATTGCTAGATAAGTATAGAAGACCAGAAAATAATGCTGTGTGTAC AGAGGAATGGTCCTGTCTCACCAAGAAAGTTTTGGAGCTCCTTCCATACACTCTTACTTCTAGTCAACTGCAAGCTGTTT CAGAAATTATTTGGGATTTGAAAAGGCCAGTTCCTATGAATCGGTTACTGCAGGGTGATGTTGGATGCGGGAAAACTGTT GTAGCTTTTCTGGCATGCATGGAGGTTCTCGGATCTGGCTATCAGGCTGCTTTCATGGTTCCAACTGAGTTGCTTGCAAT CCAACATTATGAACATTTGCTTAATTTGCTTGAAAACTTGGATGAGGTCGAGTTCAAGCCAACTGTCGCTTTACTTACTG GTTCAACTCCACTAAAACAATCGCGGATTATTCGTAAGGGTATCCAGACTGGAGAAATTTCAATGGTCATAGGAACCCAT AGTTTGATAGCAGAAAGTGTGGAATTTTTAGCCTTACGCATTGCTGTGGTGGATGAGCAGCATCGCTTTGGTGTGATTCA AAGAGGAAGATTTAACAGTAAGTTATTTTGTACTTCTTCAATTTCCAGTGTGGAAGATGCCGTTACAGATAGGCCCTCAA GGAATGATGCATATATGGCTCCACATGTTCTTGCTATGTCTGCTACTCCCATCCCAAGGACACTTGCACTTGCTTTATAT GGGGATATGTCACTGACACAGATAACTGACTTACCTCCAGGAAGAATTCCTGTTCAAACATATACCATTGAAGGAAATGA CAAAGGATTCGAGGATGTCTACAAGATGATGATGAATGAGTTGGAAGACGGGGGAAAAGTTTATCTTGTCTACCCAATTA TTGAACTCTCTGAGCAGTTGCCTCAGCTTCGTGCTGCTTCTGCAGATTTTGAAGCTATGTCAAACCGGTTTCATGGATAC AATTGTGGTTTACTACATGGAAAAATGAAAAGTGATGAAAAAGAAGAAACGTTAAAAAAGTTTAGGACTGGAGAAATGCA TATACTACTTGCCACACAAGTAATTGAAATTGGTGTTGACGTTCCAGACGCATCTATGATGGTTGTGTTGAATTCTGAGA GGTTTGGAATTGCCCAATTACACCAACTCAGGGGACGAGTTGGTCGCGGAACACGGCAGTCAAAATGTATACTAGTAGCG TCGACTGCAAGTAGCCTAAATCGTTTGAAAGTACTGGAGCAATCATCAGATGGGTTCCATCTTGCTAATATGGACCTTTT ATTGCGTGGACCTGGTGACTTGCTTGGGAAGAAACAATCTGGACATCTTCCTGAGTTTCCTATTACCCGATTGGAAGTTG ATGGAAATATTTTACAAGAAGCACACGTTGCGGCACTGAAAATTTTAAGTGCTTCCCATGATTTGGAGCGATTTCCTGCA CTTAAACGGGAGCTTAGCATGAGACAGCCACTTTGCTTGCTAGGTGATTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0063100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSFQCFSCKQLRNVVVFQGKGSCYSTFFSRRMRCGNFLPLKYSKWCYRMKHKFPEKKVVEMEPCGGRGSSLKLRNQVFAL LDYNKMSLKDVLDDSDISLICKTFPSITLGNAPKVDLYDGTELESETTNSSATEDSEQCFSDSSEARWVQNTLPEAQSPV YVDHSSVLSSSLQKDGSCPLIPQPMSSICEENLDRVIKEVSQEKLGLQSQSNVTPNDLFLDESISCFPGLSKRHCRQLDD CGFHTFRKLLHHFPRSYANLQNAHAKIDDGQYLIFVGKVLSSRGVKANCSFSFLEVIVGCQITDSESASGHVTGNAIDGQ EKTIYLHLKKFFRGSRFTFKPFLSSIANKYREGDIACVSGKVRTMRAEDHYEMREYNIDVLEDGKELSFCAKERPYPIYP SKGGLNPTFLRDIIARALQALAVNIDPIPKDITEQFGLLSLRDAYFGIHKPKDINEADLARKRIIFDEFFYLQLGRLFQM LEGLGTQIEKDGLLDKYRRPENNAVCTEEWSCLTKKVLELLPYTLTSSQLQAVSEIIWDLKRPVPMNRLLQGDVGCGKTV VAFLACMEVLGSGYQAAFMVPTELLAIQHYEHLLNLLENLDEVEFKPTVALLTGSTPLKQSRIIRKGIQTGEISMVIGTH SLIAESVEFLALRIAVVDEQHRFGVIQRGRFNSKLFCTSSISSVEDAVTDRPSRNDAYMAPHVLAMSATPIPRTLALALY GDMSLTQITDLPPGRIPVQTYTIEGNDKGFEDVYKMMMNELEDGGKVYLVYPIIELSEQLPQLRAASADFEAMSNRFHGY NCGLLHGKMKSDEKEETLKKFRTGEMHILLATQVIEIGVDVPDASMMVVLNSERFGIAQLHQLRGRVGRGTRQSKCILVA STASSLNRLKVLEQSSDGFHLANMDLLLRGPGDLLGKKQSGHLPEFPITRLEVDGNILQEAHVAALKILSASHDLERFPA LKRELSMRQPLCLLGD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 219 | 422 | 204 | 1.42E-12 | ||
| TIGRFAM | 241 | 944 | 704 | 1.2E-219 | ||
| SUPERFAMILY | 426 | 732 | 307 | 1.04E-50 | ||
| CDD | 464 | 732 | 269 | 4.96939E-100 | – | |
| Gene3D | 481 | 729 | 249 | 1.7E-70 | – | |
| PANTHER | 519 | 924 | 406 | 1.6E-94 | – | |
| PANTHER | 519 | 924 | 406 | 1.6E-94 | – | |
| SMART | 521 | 739 | 219 | 1.0E-29 | ||
| ProSiteProfiles | 539 | 728 | 190 | 18.632 | ||
| Pfam | 546 | 713 | 168 | 3.1E-12 | ||
| SUPERFAMILY | 732 | 925 | 194 | 4.17E-37 | ||
| CDD | 737 | 894 | 158 | 2.4265E-56 | – | |
| Gene3D | 738 | 909 | 172 | 5.9E-47 | – | |
| ProSiteProfiles | 752 | 907 | 156 | 15.359 | ||
| Pfam | 755 | 870 | 116 | 3.9E-18 | ||
| SMART | 774 | 871 | 98 | 1.8E-19 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | DNA helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA helix. | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Biological process | DNA repair | The process of restoring DNA after damage. Genomes are subject to damage by chemical and physical agents in the environment (e.g. UV and ionizing radiations, chemical mutagens, fungal and bacterial toxins, etc.) and by free radicals or alkylating agents endogenously generated in metabolism. DNA is also damaged because of errors during its replication. A variety of different DNA repair pathways have been reported that include direct reversal, base excision repair, nucleotide excision repair, photoreactivation, bypass, double-strand break repair pathway, and mismatch repair pathway. | ||
| Biological process | DNA recombination | Any process in which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents. In eukaryotes genetic recombination can occur by chromosome assortment, intrachromosomal recombination, or nonreciprocal interchromosomal recombination. Interchromosomal recombination occurs by crossing over. In bacteria it may occur by genetic transformation, conjugation, transduction, or F-duction. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0063100.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…