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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0367400 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0367400.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Pentatricopeptide repeat-containing protein family; TAIR: AT5G39710.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9FIX3|PP407_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710; TrEMBL-Plants: tr|V7C741|V7C741_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0367400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:86474702..86490368) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTCTCGCGTCGTGGACAGACATTGCAATTTGCAACTGCAACAATGGAGGAGAAGAGCGACGTGGATCCTCCTCCTTCTT CTTCCTTCAAGCTTCTGGCGTCGTTTCCTTCTGGTCTCTCTCCCTCACAGGTTCTTTCAACTTCGTGAAATCTGCACCTG CTTCACCATTATACCTAGCCAATTCATTTCTCGCTTTTGAAGGTTTCTGTGAATCTCACCGACGCTTACGATCGAATCCC CCACCCTGATCTCACCTTGGAAAATTCCATCTCTGAGGTCAATCGCATTCGCTTAACATTGTATTGATAATGTATACATG TATTGGCATTATTGCTAGCTAAGCTTGTTAGATGTTTCCGTTTTGCAGATATGGGTGCAGAGGAGTCTCAAAAATCAATC GCTCTTCAATGGGAAGAAGTTCAGGGTATGTTCTGCCTTATATATTGATCAAACATTCTTTCTTGAAGTGCTCCTGAGAA TTTTACACTAAGTAATGATCATACATGCAGTGGTATTAAGAGTTTAGTAATAGAAAATTAGGTTGCTGAATTGTTGAGGG GTTAATGCCATACTATATAGGTATCTTTCTTTATTAACATGTGTTTTCTTAGGTCCCCTATAGGATTAGCTTGGTTTCGT ATAAGTGTTTATTCATAAGTTTACTTGAGAAACTTATTGAAATCAGCTCAAAATAACTAATAGATTATAGGTATAAGTTC TTATTAATAACTAATAAGCTAATTTGAGAAACTTATAAAAATAAGCATATGAGAGCTTATGTGTAGGTTATAAGCTATTT CACACGCTTAACGAAACAGTTTGATTATATGCTTATGCTATAAGATAGGCTCAAATAAGCTCTTCCAAGCGCATCCAAAT TCTAGCTGCTTTACCGTGACCTATAAATGCTTGGGTGATTAGTGATCACTAATTTGTGTTTGGCATATTTTGATGATTTG 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TGGTATCATTAGCATTTTCCTTATGCCGGATAGGAAATATATTAAAAGAATTAATGGGTTGTAAATTTGTTTATACAAAC ATCCAATTATTTGCTCTCGGCGCGCCACTGTCTCGGAGAGTTGCCGGAGGAGTTGCTAGCATTAAATTTGTAAATTTTTT TATTGAGTTTCCTAGATTACCCATCAACTTCTCTCTCCAAATTAATTTCTTTTTAAAATTACATTATCTCTTTCATATTA AATATGAGGGTAAGTTTGTAAAAAATTATTAAATGCAACATTGGTATTATAAAGTGACTTATATTTT
CDS sequence (LotjaGi2g1v0367400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGCTCCTCAAAACCTTTCGCGCCATGCTCCGACACGGCATGCCGCCGCCGAACGTCATGATCCGCGGCTTCGCCGG CGCTGTGAACTTGCAACCAGAATCGAAGGAGGTGGGGACAGCGTTTGGGTTGTTGAAATCAATGACTGAGAAGAGTGTGG TGCCAAATTTGGTTTCGTTCAATGCGGTTGTTCAGGGTTTATGCGAGGAAGGTAGGATTGAAGAGGCTCAGAAGGTGGTC GAGGAGATGAATCGGAAGGGTTTAGCCCCTGATGAGAACACTTACATGTCTCTGTTTGAGCTGCTCTGCGACAAGAGGAA GGTAGATAAGGCTCGCAAGGTTTTGAGTGAAATGATTGATACTGGGTTTTCACCCTCGGTTGCTACATACAAAAACCTTA TTCATTGGTCGAAGGTTGAGGAGGCTGTGGGGATTTTGAGGGACATGCATGAGAGGGGTTTGTCCCCTGATGTTGTTACT TATAACACACTTATTTCCAAGTTTTGCACACTCAAGGAGCCGGAGCTGGAGAAAGCGCTTGAAATGAAGGCGGAGATGGT TCATAAGGGCATCTTGCCTGATGCTGACACATATTATCTGCTTATACGTTCCCTGTGCCTGCAGCAAAGACTGTCTGAAG CTTTTGATCTCTTCCGAGAGATGCTGCGCGCGGGTGTGTCGCCAGAAAAGAAGACTTATGCTGGTTTAATGAATGCTTAT CGTCTTGAAGGTCAATTCAGTAAGGCTTTTCAGTTGCAAGATGAAATGATACACAAGGGGTTTTTGCCTGGGATTTCACC GACTCATGTTACATACAACACCATTATTCATGGCCTTTGCTTATTGGACCGGGCTGAGGAGGCTCTGGGGATTTTGAGGG GCATGCCTAAGATTGGGTTGTCCCCTGATGCTGTAAGTTATTGCACTGTTATATCCGGGTTTTGTCGAATCCGGGAGCCG GGGAAGGCTTATAAGTTGAAGGTGGAGATGGATAAAAAGAGGATCTCGTGGCTGGGGCTATGGGGGCTGTATGAAGACAC ACACAAATCAGTTATGCAAGGCCTGTCGGATGAGGATACTTTTTCGAATTTGATGAGTGATTATTTAGCTGAAGGTAACT TGGAAAAGGCTTATAATTTGGAACGTGAAATTAACGACTTTGCTTATTTGCCAGTTGATGTTCACTATAGTGTGTTTTTG AATGGACTTAATAAGAAAGCTAGGATAACAGAAGCTAAGGAGCATCTTTTGTGGTTTATTTCTCATGTGTGTTTGCGTAT GCCGACTTTTATAATATATGATACTTTGATAGAGAACTGCTGTAATAATGAATTTAAGAGTGTGGTAGGGCTTGTCAAAG GTTTCGGAATGAGGGGTTTAGTGAATGAAGCCGCCAGAGCTCGTGTCACAATGTTTGAGGGGAATTATAAGCCAGATGGA GCCGTTTATAATTTATTAATATTTGAACATTCTAGATGTCGTAATGTTCATAAGGCGTATGATATGTACATGGAGATGGT GCATTATGGTTTTGCTCCTCATATGTTCTCTGTACGTGCTCTTATTTGGGCTCTATATCATGGTGGAAGGTACAATAAGA TGATTTGGGTAATTCAAAACACATTGAGGAGCTGTAATCTCAATGATTCCGAGCTACTTAAAGTACTTAATGAAATTGAC GTCAAGGAAGGTGAAACTGGGGCTCTTGAGGTTGTGCTAGCTGAAATAGCCATGGATGGGCTGTTACTTGATGGTGGAAA GTGTTCATATGCTTCAGCAAGAACCTAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0367400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKLLKTFRAMLRHGMPPPNVMIRGFAGAVNLQPESKEVGTAFGLLKSMTEKSVVPNLVSFNAVVQGLCEEGRIEEAQKVV EEMNRKGLAPDENTYMSLFELLCDKRKVDKARKVLSEMIDTGFSPSVATYKNLIHWSKVEEAVGILRDMHERGLSPDVVT YNTLISKFCTLKEPELEKALEMKAEMVHKGILPDADTYYLLIRSLCLQQRLSEAFDLFREMLRAGVSPEKKTYAGLMNAY RLEGQFSKAFQLQDEMIHKGFLPGISPTHVTYNTIIHGLCLLDRAEEALGILRGMPKIGLSPDAVSYCTVISGFCRIREP GKAYKLKVEMDKKRISWLGLWGLYEDTHKSVMQGLSDEDTFSNLMSDYLAEGNLEKAYNLEREINDFAYLPVDVHYSVFL NGLNKKARITEAKEHLLWFISHVCLRMPTFIIYDTLIENCCNNEFKSVVGLVKGFGMRGLVNEAARARVTMFEGNYKPDG AVYNLLIFEHSRCRNVHKAYDMYMEMVHYGFAPHMFSVRALIWALYHGGRYNKMIWVIQNTLRSCNLNDSELLKVLNEID VKEGETGALEVVLAEIAMDGLLLDGGKCSYASART
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 138 | 138 | 1.0E-28 | ||
| PANTHER | 36 | 256 | 221 | 4.4E-103 | – | |
| Pfam | 55 | 103 | 49 | 1.0E-13 | ||
| ProSiteProfiles | 56 | 90 | 35 | 13.395 | ||
| TIGRFAM | 58 | 92 | 35 | 8.4E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 61 | 259 | 199 | 4.55E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 91 | 125 | 35 | 11.356 | ||
| TIGRFAM | 94 | 127 | 34 | 1.2E-5 | ||
| TIGRFAM | 133 | 158 | 26 | 9.9E-4 | ||
| Gene3D | 139 | 261 | 123 | 3.0E-31 | ||
| Pfam | 156 | 206 | 51 | 5.7E-13 | ||
| ProSiteProfiles | 157 | 193 | 37 | 11.038 | ||
| TIGRFAM | 159 | 195 | 37 | 1.2E-4 | ||
| PANTHER | 181 | 415 | 235 | 4.4E-103 | – | |
| ProSiteProfiles | 194 | 228 | 35 | 12.112 | ||
| TIGRFAM | 197 | 228 | 32 | 1.9E-7 | ||
| ProSiteProfiles | 229 | 263 | 35 | 10.084 | ||
| TIGRFAM | 232 | 264 | 33 | 2.0E-5 | ||
| Pfam | 232 | 261 | 30 | 0.012 | ||
| Gene3D | 262 | 336 | 75 | 1.5E-16 | ||
| Pfam | 267 | 316 | 50 | 6.4E-12 | ||
| ProSiteProfiles | 268 | 302 | 35 | 11.038 | ||
| TIGRFAM | 270 | 304 | 35 | 1.1E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 303 | 337 | 35 | 9.142 | ||
| TIGRFAM | 305 | 336 | 32 | 1.1E-4 | ||
| PANTHER | 355 | 555 | 201 | 4.4E-103 | – | |
| ProSiteProfiles | 357 | 391 | 35 | 8.21 | ||
| Gene3D | 428 | 577 | 150 | 4.3E-12 | ||
| ProSiteProfiles | 444 | 478 | 35 | 5.799 | ||
| ProSiteProfiles | 479 | 513 | 35 | 9.854 | ||
| Pfam | 482 | 511 | 30 | 0.013 | ||
| TIGRFAM | 482 | 513 | 32 | 0.0012 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0367400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…