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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0067600 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0067600.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | glycine-tRNA ligase; TAIR: AT3G48110.1 glycine-tRNA ligase; Swiss-Prot: sp|Q8L785|SYGM2_ARATH Glycine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2; TrEMBL-Plants: tr|K7KEC9|K7KEC9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0067600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:7355025..7389209) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CACTCTTCATCTTCTTCTTCTACGAACCCCAACACTGCTCCTCGCAAGGCATCCTCCGTCACCTTCCAGCAAGCCATTCA ACGCCTTCAGGTCTTACCAGCTCCTCCCCAAGCTCCCATTTTTCATTTTTTTAGCAAATTTTGTGTTTTGTTCAGCTTGT GAGTAGTCAATTGCAAAAGGGTCACATTATCTGCCAATTGCAAAAGTGTCAAGTTTGTGTTTTGTTTAGCTTGTGAGCAG CCAATTGCAAAAGGGTCACTTTATCTGCCATTTTTTTATTAAAAAGTGTTTTTTTGTTGTTCTTGTTCATGTTGCAGGAA TATTGGGCTTCTGTTGGATGTTCCATAATGCAATGTAGCAACACAGAGGTAATTATTTTGCTGCATTGCCATTGCCATTG TCCATTCAATTGTTTTTCAAAGTAGTTTTTTTCCTCCACAGTTAGTATGATAGGATAATGTGGTGCCATTTGGTGATTAA CTTGGCTGATCCCATCTAGTGAAAAAAGAAGTTTTTTTAATATTATTATTGCTTGGTTTTAAGCTTTGACTTCTTGAGAT GAAGTCCAGTTTCGAATTTTTGGTTGTGTAAAATTATGTGTGAACAATACATGTTGCCAATAGTGGTTGTATTGTGTTTC TTTTTCTCCTTGGTTTTGTTTGTGTTTTCTGCAATGCAATAGGCTAGGTATGGGTTTCCATATGGTGGAGTTATTGCCAC TAGTTAAATTACCAGGATAACATTTTAAAAGTCCTTAATGTACAGTGGAATGTTTGTGTTTGGATTTTGGTCTGCAACAG CTGCTTTAATATGTTTTAAGTCTACAGGTTATATCTATCCTACTGATTCATTCTCTTGTAATAATTGTCTTTGATACATA TTTATTTTTGGATCTATTGAGCAGGTTGGAGCTGGGACTATGAATCCTCTTACATATTTAAGGGTTCTTGGTCCAGAACC 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TGAATCTAATGTAAGCACTTTCAAATATTCTTCCATGGTAACAATAAAAATTGACTTAGAAATACTGGTTCTTTAAAGGA ATAGTTATTGTAGGTCTATTTTCTTCTTAAATGTAGTCTTATTACAAATGCTGGAATTTAAAATTATGGTTACATCTATA TAAATTGTATTTTTTACATTAAGTATAGCCAGGGACGGACCTAGGTAGGGTAAAATGGGGGAGTCGCCCCCAAGAGAAAT TTCTGAATAAAATACTAGATAGTATTCAAATGTTGTTTTTGCCCTCTTATTAACTTTTAATTCTGCATCTTTGAACTAGT CACTCTTAATTTTGCTTAATATGTTCAATTTTCGCCCCCTTACCCATGTTTTCTGGTTCCCTCCCTGAGTATGCCATCTA TATTACCTGCAGTTTGAGTTGGATTGCTATGACAGAAAAATTTAATGGGAAAGAGTACTCTAATTTTACTTTTTGTGTTA ATTTAGGATGATGACAAGATCAGAGAAAACAGGCTAGCGCTGCTAAAAGGAATTGCTGAACTCCCTAAAGGAATAGCAGA CCTTACAGTTATACCAGGATTTTAA
CDS sequence (LotjaGi3g1v0067600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAATGTAGCAACACAGAGGTTGGAGCTGGGACTATGAATCCTCTTACATATTTAAGGGTTCTTGGTCCAGAACCATG GAATGTTGCGTATGTGGAACCTAGCATCCGCCCTGATGATAGTCGATATGGAGAAAACCCAAATAGGCTCCAAAGACACA CTCAGTTTCAGGTGATATTGAAGCCTGATCCTGGAAATTCGCAGGACCTTTTTATCCACAGCCTTTCAGCTTTAGGTATT GATGTTACTGCGCATGATATACGATTTGTGGAGGACAACTGGGAGAGTCCGGTTCTTGGTGCTTGGGGTTTGGGTTGGGA AGTCTGGATGGATGGGATGGAGATTACTCAATTCACCTACTTTCAGCAGGCTGGAAGTCTCCCGTTATCTCCTGTATCTG TGGAAATCACTTATGGCCTTGAGCGTATCCTGATGTCGCTGCAGGGAGTTGATCACTTCAAAAAGATAAAATATTCTGAT GGAATTACATATGGGGAACTGTTCTTGGAGAATGAAAAGGAAATGAGTGCGTATTACTTGGAGCATGCCAGTGTTGATCA TGTTCAAAAACATTTTGATTTCTTTGAGGAGGAAGCTCGTTGCTTGCTTTCTTCAGGCCTTGCAATCCCTGCGTATGATC AACTTCTGAAAACGTCTCATGCTTTTAATATCTTGGACTCTCGAGGCTTTGTTGGAGTAACAGAGCGTGCTCGATATTTT GGTCGCATGCGTAGTTTAGCTCGGCAGTGTGCACAACTTTGGCTGAAGACCAGGGAGATGCTTGGCTTCCCCCTTGGTCT CATCTCTGAACCTGATCAAATTGTATTACCAAAGGAAGTTTTGGAGGCTGCGTGTGAGAAGGTGCATGATCATTCAAGAG CATTTGTTCTTGAAATTGGAACTGAAGAGCTGCCACCTCACGATGTTGTTGATGCAAGCAAACAACTGAAAGATTTAATG TTGCAATTACTGGAACAGCAGAGGTTAAAGCATGGTGAAGTGCAAGTTTTCGGCACCCCTCGTAGATTAGTGGTTGCTGT TGAAAATCTTTTCACAAAACAAACAGAAAAGGAGGTTGAAATTCGAGGGCCTCCTGTTTCAAAAGCATTTGATCATGAAG GAAATCCAACAAAGGCCATTGAGGGTTTTTCACGTAGATACTCTGTTCCGCTGGATTTGGTGTACAGAAAGGTTGATGGG AAAACAGAATATGTATACGCTCGTATAAAAGAGTCTTCAAGACATGCTTTGGAGGTTTTGTCCGAAGATTTGCCTGCTAC TATTGCTAAAATTTCTTTTCCAAAGACAATGCGTTGGAATTCACAGGTGATGTTTAGCAGGCCTATTCGTTGGATTCTGG CCCTGCATGGACAAGCAGTAGTCCCATTTATATTTTCTGGGGTGATGAGTGGAAACTTGTCTTGTGGTCTTCGTAATACT GCTTCAGCCGTTGTCCAGGTAGAAAATGCAGAATCATATTCATTTGCAATGAAAAATGCGGGAATCAATGTTGCAGTTGA GGACCGTAAGAAAATTATTGTTGAGCGATCTAATACATTAGCAGAAAGTGTAAATGGCCAAATTCTTATTCCAAATGGTT TGCTGGATGAGGTTGTGAATCTTGTTGAGGCACCTGTTCCAGTGCTTGGAAAGTTTAAAGAAACCTTCTTAGATCTTCCG AAAGAACTTTTGATTATGGTTATGCAAAAGCATCAGAAGTATTTTGCTATATGTGATGCTGATGGGAAATTGTTGCCATA CTTTATAGCTGTTGCGAATGGTGGAATTGATGAGACTACAGTGAGGAAAGGAAATGAATCTGTGCTCAGGGCTCGCTACG AAGATGCTAAGTTCTTTTATGAGATGGACACTCGAAAAAGGTTTTCAGAATTCCGAGAGCAACTGAAAAATATTCTCTTT CATGAGAAGCTTGGAACCATGCTGGATAAAATTACTCGTGTTGAAAACTTGGTTACTAAGCTAAGTTGCATCCTGGATAT CGGTGAAGATATGCTACAAATTATCCAGGATGCTGCCTCACTTGCTATGTCTGATCTTGCCACTGCAGTTGTCACTGAAT TTACCTCACTTTCAGGAGTTATGGGGCGTCACTATGCCCTTAGAGATGGATACTCTATTGCAGAGGCTTTATTCGAGATC ACGCTTCCTAGATTCTCTGGTGACATTCTTCCCAATAGCGATGCTGGCATAGTTTTGGCAATTGCTGATAGGTTAGATAG CCTGGTAGGTTTATTTACTGCTGGCTGTCAACCTAGTTCCTCAAATGATCCATTTGGTCTGCGGAGAATCTCATATGGTC TTGTGCAATTATTGGTAGAAAGGAATAAAAATCTAGATTTTAAAGAGGCTCTGGAACTTGCTGCAGCTGTCCAGCCCCTT AAAGCAGATCCTCATTTGATAGATGAAGTACATCAATTTGTTACTCGAAGATTAGAGCAATTTCTGGTTGACAAGGGGGT GAGTCCAGAATTTGTTCGTTCCATCCTTGCAGAGAGGGCAAATTTTCCCTGTCTAGCCGCAAAATCTGCATATAAAATGG AAGAATTATCAAAAGGCAAGCTTTTCCCCAAAGTAGTGGAAGCATACTCTCGGCCAACAAGAATTGTCCGTGGGAAGGAA ATTGAGCTTCATATGGAGGTGGACGTGGCTGCTTTTGAGACAAATGAAGAAAGAGTTTTGTGGAGCACATTTTTGTCAGT CAAAAAGAGTATCAATCCTGGTATTGACATCGATGATTTTGTAGATATTTCATCTCAGCTTGTACAGCCTCTTGAGGATT TCTTTAATAATGTCTTCGTAATGGTGGATGATGACAAGATCAGAGAAAACAGGCTAGCGCTGCTAAAAGGAATTGCTGAA CTCCCTAAAGGAATAGCAGACCTTACAGTTATACCAGGATTTTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0067600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQCSNTEVGAGTMNPLTYLRVLGPEPWNVAYVEPSIRPDDSRYGENPNRLQRHTQFQVILKPDPGNSQDLFIHSLSALGI DVTAHDIRFVEDNWESPVLGAWGLGWEVWMDGMEITQFTYFQQAGSLPLSPVSVEITYGLERILMSLQGVDHFKKIKYSD GITYGELFLENEKEMSAYYLEHASVDHVQKHFDFFEEEARCLLSSGLAIPAYDQLLKTSHAFNILDSRGFVGVTERARYF GRMRSLARQCAQLWLKTREMLGFPLGLISEPDQIVLPKEVLEAACEKVHDHSRAFVLEIGTEELPPHDVVDASKQLKDLM LQLLEQQRLKHGEVQVFGTPRRLVVAVENLFTKQTEKEVEIRGPPVSKAFDHEGNPTKAIEGFSRRYSVPLDLVYRKVDG KTEYVYARIKESSRHALEVLSEDLPATIAKISFPKTMRWNSQVMFSRPIRWILALHGQAVVPFIFSGVMSGNLSCGLRNT ASAVVQVENAESYSFAMKNAGINVAVEDRKKIIVERSNTLAESVNGQILIPNGLLDEVVNLVEAPVPVLGKFKETFLDLP KELLIMVMQKHQKYFAICDADGKLLPYFIAVANGGIDETTVRKGNESVLRARYEDAKFFYEMDTRKRFSEFREQLKNILF HEKLGTMLDKITRVENLVTKLSCILDIGEDMLQIIQDAASLAMSDLATAVVTEFTSLSGVMGRHYALRDGYSIAEALFEI TLPRFSGDILPNSDAGIVLAIADRLDSLVGLFTAGCQPSSSNDPFGLRRISYGLVQLLVERNKNLDFKEALELAAAVQPL KADPHLIDEVHQFVTRRLEQFLVDKGVSPEFVRSILAERANFPCLAAKSAYKMEELSKGKLFPKVVEAYSRPTRIVRGKE IELHMEVDVAAFETNEERVLWSTFLSVKKSINPGIDIDDFVDISSQLVQPLEDFFNNVFVMVDDDKIRENRLALLKGIAE LPKGIADLTVIPGF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 183 | 183 | 2.2E-94 | – | |
| TIGRFAM | 1 | 265 | 265 | 6.1E-115 | ||
| ProSiteProfiles | 1 | 255 | 255 | 74.21 | ||
| SUPERFAMILY | 2 | 259 | 258 | 1.07E-106 | – | |
| Pfam | 2 | 259 | 258 | 2.8E-121 | ||
| PRINTS | 34 | 49 | 16 | 2.5E-57 | ||
| PRINTS | 55 | 75 | 21 | 2.5E-57 | ||
| PRINTS | 86 | 110 | 25 | 2.5E-57 | ||
| PRINTS | 112 | 132 | 21 | 2.5E-57 | ||
| PRINTS | 135 | 150 | 16 | 2.5E-57 | ||
| Gene3D | 184 | 263 | 80 | 3.4E-32 | – | |
| PRINTS | 220 | 236 | 17 | 2.5E-57 | ||
| PANTHER | 225 | 974 | 750 | 0.0 | ||
| TIGRFAM | 292 | 971 | 680 | 2.6E-176 | ||
| Hamap | 292 | 971 | 680 | 21.9 | ||
| Pfam | 295 | 837 | 543 | 1.9E-177 | ||
| SUPERFAMILY | 622 | 774 | 153 | 4.81E-10 | – | |
| ProSiteProfiles | 649 | 936 | 288 | 42.208 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleotide binding | Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose. | ||
| Molecular function | Glycine-tRNA ligase activity | Catalysis of the reaction: ATP + glycine + tRNA(Gly) = AMP + diphosphate + glycyl-tRNA(Gly). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Cellular component | Cytoplasm | All of the contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures. | ||
| Biological process | Glycyl-tRNA aminoacylation | The process of coupling glycine to glycyl-tRNA, catalyzed by glycyl-tRNA synthetase. The glycyll-tRNA synthetase is a class-II synthetase. The activated amino acid is transferred to the 3'-OH group of a glycine-accepting tRNA. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0067600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…