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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0067600 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0067600.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Glycine-tRNA ligase, beta subunit; TAIR: AT3G48110.1 glycine-tRNA ligase; Swiss-Prot: sp|Q8L785|SYGM2_ARATH Glycine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2; TrEMBL-Plants: tr|K7KEC9|K7KEC9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0067600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:7356601..7389209) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGGTATGTGGAACCTAGCATCCGCCCTGATGATAGTCGATATGGAGAAAACCCAAATAGGCTCCAAAGACACACTCAGTT TCAGGTCAAGTTAGATATTCTGATCAAATTTCAGAATTTGAAATTATTAGATTTCTTTTCTAGGATAACGCATTATTATT TCTACCATTGAATCGCTGGCTGTTGTCTGATCTCAGGTGATATTGAAGCCTGATCCTGGAAATTCGCAGGACCTTTTTAT CCACAGCCTTTCAGCTTTAGGTAGTGATTGGGTTTAATGTTCTCTGAATCAACTCAATTAATTCTCGTGTTAAATTTCTA TTAGAGTATACTACTCGTGTTAAGTAAAGCTACTGATTGTAGCTGAGTTAGTGTGTTAGTTATGCTTGCTTAGCTGTCAA GCTTAGCTGGCATAACAGAATTTAGAGTTAGTTGTTAGAGTTTGTTAGAACTGTTAGCTTGTTCATCAAGCTTCATATTC TTCTATAAATACTGAACTATGGTTCATTGTATCACCAACTTTGAAATGAATGAATTAGATTTACAGAGTTCTGAGTTTTC AACATGGTATCAAGAGCAGGTCACGATCCTTGAGATCTCTCTCGATTTTATTTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTCATGGCTG AAGAAATTCCAGAGATTCCGATCCCGATTCCAGTTCCAGTGGCTCAACCGCAGTTGAGTTCATCCACGCTTGTTCACAAG CTTACGTTGAAGCTTGATGATACAAATTTTCTTTCATGGAAGCAGCATGTGGAAGGGATCGTTCGCACTCACAGGTTGCA GAGTTTCCTTTCTCATCCTGAGATTCCACCACGATTTCTCACTGAAGAAGATCGTGTGAATGCAGTGGAGAATCCTGCAT ATCAAGTCTGGGAGCAGCAAGATTCTGCTCTGTTTACGTGGTTACTTTCTTCGCTTTCACCATCAGTGCTTCCTACTGTG 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ATGGATGGGATGGAGATTACTCAATTCACCTACTTTCAGCAGGCTGGAAGTCTCCCGTTATCTCCTGTATCTGTGGAAAT CACTTATGGCCTTGAGCGTATCCTGATGTCGCTGCAGGGAGTTGATCACTTCAAAAAGATAAAATATTCTGATGGAATTA CATATGGGGAACTGTTCTTGGAGAATGAAAAGGAAATGAGTGCGTATTACTTGGAGCATGCCAGTGTTGATCATGTTCAA AAACATTTTGATTTCTTTGAGGAGGAAGCTCGTTGCTTGCTTTCTTCAGGCCTTGCAATCCCTGCGTATGATCAACTTCT GAAAACGTCTCATGCTTTTAATATCTTGGACTCTCGAGGCTTTGTTGGAGTAACAGAGCGTGCTCGATATTTTGGTCGCA TGCGTAGTTTAGCTCGGCAGTGTGCACAACTTTGGCTGAAGACCAGGGAGATGCTTGGCTTCCCCCTTGGTCTCATCTCT GAACCTGATCAAATTGTATTACCAAAGGAAGTTTTGGAGGCTGCGTGTGAGAAGGTGCATGATCATTCAAGAGCATTTGT TCTTGAAATTGGAACTGAAGAGCTGCCACCTCACGATGTTGTTGATGCAAGCAAACAACTGAAAGATTTAATGTTGCAAT TACTGGAACAGCAGAGGTTAAAGCATGGTGAAGTGCAAGTTTTCGGCACCCCTCGTAGATTAGTGGTTGCTGTTGAAAAT CTTTTCACAAAACAAACAGAAAAGGAGGTTGAAATTCGAGGGCCTCCTGTTTCAAAAGCATTTGATCATGAAGGAAATCC AACAAAGGCCATTGAGGGTTTTTCACGTAGATACTCTGTTCCGCTGGATTTGGTGTACAGAAAGGTTGATGGGAAAACAG AATATGTATACGCTCGTATAAAAGAGTCTTCAAGACATGCTTTGGAGGTTTTGTCCGAAGATTTGCCTGCTACTATTGCT AAAATTTCTTTTCCAAAGACAATGCGTTGGAATTCACAGGTGATGTTTAGCAGGCCTATTCGTTGGATTCTGGCCCTGCA TGGACAAGCAGTAGTCCCATTTATATTTTCTGGGGTGATGAGTGGAAACTTGTCTTGTGGTCTTCGTAATACTGCTTCAG CCGTTGTCCAGGTAGAAAATGCAGAATCATATTCATTTGCAATGAAAAATGCGGGAATCAATGTTGCAGTTGAGGACCGT AAGAAAATTATTGTTGAGCGATCTAATACATTAGCAGAAAGTGTAAATGGCCAAATTCTTATTCCAAATGGTTTGCTGGA TGAGGTTGTGAATCTTGTTGAGGCACCTGTTCCAGTGCTTGGAAAGTTTAAAGAAACCTTCTTAGATCTTCCGAAAGAAC TTTTGATTATGGTTATGCAAAAGCATCAGAAGTATTTTGCTATATGTGATGCTGATGGGAAATTGTTGCCATACTTTATA GCTGTTGCGAATGGTGGAATTGATGAGACTACAGTGAGGAAAGGAAATGAATCTGTGCTCAGGGCTCGCTACGAAGATGC TAAGTTCTTTTATGAGATGGACACTCGAAAAAGGTTTTCAGAATTCCGAGAGCAACTGAAAAATATTCTCTTTCATGAGA AGCTTGGAACCATGCTGGATAAAATTACTCGTGTTGAAAACTTGGTTACTAAGCTAAGTTGCATCCTGGATATCGGTGAA GATATGCTACAAATTATCCAGGATGCTGCCTCACTTGCTATGTCTGATCTTGCCACTGCAGTTGTCACTGAATTTACCTC ACTTTCAGGAGTTATGGGGCGTCACTATGCCCTTAGAGATGGATACTCTGTGCAGATTGCAGAGGCTTTATTCGAGATCA CGCTTCCTAGATTCTCTGGTGACATTCTTCCCAATAGCGATGCTGGCATAGTTTTGGCAATTGCTGATAGGTTAGATAGC CTGGTAGGTTTATTTACTGCTGGCTGTCAACCTAGTTCCTCAAATGATCCATTTGGTCTGCGGAGAATCTCATATGGTCT TGTGCAATTATTGGTAGAAAGGAATAAAAATCTAGATTTTAAAGAGGCTCTGGAACTTGCTGCAGCTGTCCAGCCCCTTA AAGCAGATCCTCATTTGATAGATGAAGTACATCAATTTGTTACTCGAAGATTAGAGCAATTTCTGGTTGACAAGGGGGTG AGTCCAGAATTTGTTCGTTCCATCCTTGCAGAGAGGGCAAATTTTCCCTGTCTAGCCGCAAAATCTGCATATAAAATGGA AGAATTATCAAAAGGCAAGCTTTTCCCCAAAGTAGTGGAAGCATACTCTCGGCCAACAAGAATTGTCCGTGGGAAGGAAA TTGAGCTTCATATGGAGGTGGACGTGGCTGCTTTTGAGACAAATGAAGAAAGAGTTTTGTGGAGCACATTTTTGTCAGTC AAAAAGAGTATCAATCCTGGTATTGACATCGATGATTTTGTAGATATTTCATCTCAGCTTGTACAGCCTCTTGAGGATTT CTTTAATAATGTCTTCGTAATGGTGGATGATGACAAGATCAGAGAAAACAGGCTAGCGCTGCTAAAAGGAATTGCTGAAC TCCCTAAAGGAATAGCAGACCTTACAGTTATACCAGGATTTTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0067600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDGMEITQFTYFQQAGSLPLSPVSVEITYGLERILMSLQGVDHFKKIKYSDGITYGELFLENEKEMSAYYLEHASVDHVQ KHFDFFEEEARCLLSSGLAIPAYDQLLKTSHAFNILDSRGFVGVTERARYFGRMRSLARQCAQLWLKTREMLGFPLGLIS EPDQIVLPKEVLEAACEKVHDHSRAFVLEIGTEELPPHDVVDASKQLKDLMLQLLEQQRLKHGEVQVFGTPRRLVVAVEN LFTKQTEKEVEIRGPPVSKAFDHEGNPTKAIEGFSRRYSVPLDLVYRKVDGKTEYVYARIKESSRHALEVLSEDLPATIA KISFPKTMRWNSQVMFSRPIRWILALHGQAVVPFIFSGVMSGNLSCGLRNTASAVVQVENAESYSFAMKNAGINVAVEDR KKIIVERSNTLAESVNGQILIPNGLLDEVVNLVEAPVPVLGKFKETFLDLPKELLIMVMQKHQKYFAICDADGKLLPYFI AVANGGIDETTVRKGNESVLRARYEDAKFFYEMDTRKRFSEFREQLKNILFHEKLGTMLDKITRVENLVTKLSCILDIGE DMLQIIQDAASLAMSDLATAVVTEFTSLSGVMGRHYALRDGYSVQIAEALFEITLPRFSGDILPNSDAGIVLAIADRLDS LVGLFTAGCQPSSSNDPFGLRRISYGLVQLLVERNKNLDFKEALELAAAVQPLKADPHLIDEVHQFVTRRLEQFLVDKGV SPEFVRSILAERANFPCLAAKSAYKMEELSKGKLFPKVVEAYSRPTRIVRGKEIELHMEVDVAAFETNEERVLWSTFLSV KKSINPGIDIDDFVDISSQLVQPLEDFFNNVFVMVDDDKIRENRLALLKGIAELPKGIADLTVIPGF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 74 | 74 | 7.4E-30 | – | |
| SUPERFAMILY | 1 | 150 | 150 | 2.14E-50 | – | |
| Pfam | 1 | 150 | 150 | 7.6E-56 | ||
| ProSiteProfiles | 1 | 146 | 146 | 32.395 | ||
| Gene3D | 75 | 154 | 80 | 2.9E-32 | – | |
| PANTHER | 116 | 867 | 752 | 0.0 | ||
| TIGRFAM | 183 | 864 | 682 | 1.6E-178 | ||
| Hamap | 183 | 864 | 682 | 22.253 | ||
| Pfam | 186 | 730 | 545 | 8.3E-180 | ||
| PRINTS | 187 | 200 | 14 | 1.4E-29 | ||
| PRINTS | 230 | 242 | 13 | 1.4E-29 | ||
| PRINTS | 424 | 439 | 16 | 1.4E-29 | ||
| PRINTS | 495 | 511 | 17 | 1.4E-29 | ||
| SUPERFAMILY | 513 | 667 | 155 | 1.03E-10 | – | |
| ProSiteProfiles | 540 | 829 | 290 | 48.05 | ||
| PRINTS | 574 | 593 | 20 | 1.4E-29 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleotide binding | Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose. | ||
| Molecular function | Glycine-tRNA ligase activity | Catalysis of the reaction: ATP + glycine + tRNA(Gly) = AMP + diphosphate + glycyl-tRNA(Gly). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Cellular component | Cytoplasm | All of the contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures. | ||
| Biological process | Glycyl-tRNA aminoacylation | The process of coupling glycine to glycyl-tRNA, catalyzed by glycyl-tRNA synthetase. The glycyll-tRNA synthetase is a class-II synthetase. The activated amino acid is transferred to the 3'-OH group of a glycine-accepting tRNA. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0067600.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…