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LotjaGi3g1v0150700.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0150700
Transcript ID LotjaGi3g1v0150700.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative; TAIR: AT4G04790.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q6NQ81|PP304_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04790, mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|G7JF19|G7JF19_MEDTR PPR containing plant-like protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0150700
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:20261491..20284206) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATTTTTTCCTATGTGCCCGGGCATCTAGGTATACTAAATAAAACCTTGTATTGTGCACTTTTGGAAGAAACTTTGCATGA GCTTCTTCACCATATTCACCATTCATTCACACACATTACACATAACACTCTTTTTTGCTACCTTTTCGTTTTTGTTTCTT GTTGCAAACTCCATTTCTTCTTTCTTCTTCTATTTCCCACTTCAACTCGAAAATCATTCAGAAAAAGTAGAACAATTTCT TCATTTTTTGAAGCAAACATCAAATTCATCTTCATCTTCTTCTTCTTCACATTGTAGCCTAGATGCGCGTTCGAAAACTA TGCACTCTCAGCTCCTATTTCCGTTCAAATTTACACCGCAAACCCAAATTCGAACTCGCCATTTCCAATATAGTCTCTTC TCCTGAACCCCATCACGATTCCACTTCAGACTTTCAACTCTCAACTCTCAAACTCCACCGTGCTTCTACCCCAGGTGCTT TAAACTATAAACCCACATCAAAGTTTCAATTTTTACCCATACCCACATTTTAGTTTTTGTTAAAAGTTATTGATGCGGTT TATTGCTTTAATGGGTCTTGTTTTCTGGAGCTGAATGAGCAAAAAGTGTTGTTTTTGTTTGCTTTCTGTGTTGTTGGGCT ATTTTTGTGTGTGACAATTTTGGTTTTTTGATGTTTTGGTGCAGAGGATTCGTCTGATTCGGATGTTGCGACGACTCAGC TTGCATCTATTATATTGCCTTGTAAGTGTTTGTGAAATTTACTGTGTGAGTTTGAGTTTTGGATTTTACTCTAGGATGAT GAGGGGAGTAGGGGTTTCGAATATGGCTATGGTTTTCTTGTTATCTTATATCGGTTTTGTGCGCGCGCGCGCTGTTTCTG TTTGTAGCGCCTCCGGTAAAGAAGCTTGTTTCTGAGGAAAATGGTAAAGAAGAAAAAGACAGAAGAATACTAGAGATACC 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ATATAGTTTTCTTCCATATACCCTCATTCTTAAAAGAACGAGTTCTAGATTACATAATACAAACAATAAATAAATTATTT AGGTTCTAAGAAAAAATACATTAATTTTTTAGGTGGTTACATTTAAATCATGACAGGTGGCTGTTGGCGAGTTCAAGCTC AGTTTTGAACTTATTGGCTGCTTGTGGACATTAGCACGTTGTATTTATGGAGATTAGGCCAGGCCATTTGCCCAACACAT TGCTTTCTTATTTTACAATTCTCTTCTAGATCGTAGTAATAATTTTTGTAGATGATATCTTAGTAAGAATGTCTGTTAAT AATGGTATGATTATCATATACTAATTGTATGATCTTTAACTGCTGAAATGACCTTTCAAGATGATTTAGGAGGTCTTCCA TTGTCGATATGTGGAAGGATTGCAGTGCACTTTTGAGTATATTTGCTTCTTCCTTTTTTTCAGTTCTGGTTGCCTAGGGG GATTGTTTTATATTTGTTTTGGTACTTCTATTTCTCTCGATGACTTCTTATTTAATAAAAAAGCATTCAGATGAAACTTT GGAAATTCTTTCAAATATTGCATTCCTTTTCTCACGATGTCTGAAATTTTGTAGAAAAACATCAGTGGTGGGCTGAGTGT CCTCAAACATATGCGAGAGGCCAATGTAAAACCTGATTCACAGACTTTCAGCTATTTGATTACCAATTGTCAAAGTGAAG AGGATATAATCAAGGTAAGCCAAGTATGATAGTATTATAGTAATAGTGTAATACTTCACTCTAAATTGGGTGTAAACTAT TATGTTTTGATCGTGTTGTACTTTTTCATCAAATGTTTTTGTCCAACAGTTACTGCAACTTTTAATGTTTACTTTGTCTT CAAGATTAATTGTTTATGGATGTAGTCATGTAGACATGTTGAAAATATGTAAAGAGTGTTGAAATTCATTGTATAGGCTA GTCAAATCATATAATTATGTAATTAGGATATTTGTGATTTGTCTAATTATTGCTTTCCTGTATATGTAATTCAACCCCTG GTATGTGGTTGAGACACTGATTTTATGGAATGTCTTTTGTTTTCACTTTACTTGACATCCTCTACCGTTTAGTTGAGACT CAATTTCATCAGATATCTTGTTTTCTCTATGATAGTAGTGCTATAATGCACTTTCGATAACTACGTTTATGCCCAAACTA TAAACACCATCAGTTTTTAATTGTTCATTTGATGTATACATTCTAGTAGCTTCACCAAAGCAGTTTTGATGTATTTATGT AACTAAAACTCTATTAACAGAAATGATGAGTTACTTGATGTATCGATAATTTTGAGTTTCTAATTAAAATATTTCCATGT AGTATTATGAAGAATTGAAGCTATCAGGAATCCAAGCTACAAAGCAAATTTTTATGGCGCTTATTAATGCATATGCAGCT TGTGGCGAATTTGAGAAGGCAAAACAGGTATAGGTGCAAGCAGCAAGGGTGCTACCCGGCATTACATTTACATGGACCAA AATGGGTGTATATGCATTATGAAAGGCTTAAATAACTAGATGATTGAACCATCATACTAACTGCGTTTATTGTCATCTTT ACATAATTACTTCTGACAGTAATTTTAATCTAACCAAATTGCTATATTTAAACATTATTGATTTCTGAACTAGTAGGTTG TAGACTTGACTTCAAAATCCTTTGAGGGCTGAGTGGGGATTATTTTGGGGAAGTTTGAACTCTGCTAATTCTGCCAACTC CAGTTCTGTTTAGTTTTTTAATGACACGTCTGCTACAAATACAATAGATGTTTTCTCTTCTTTGTAAATATTCTCAGTCT GTTTTATTCTAGATATCCACTATTCATGCCTTCCATTTTCAGACTATATTTATTAAATTGACATATTATCACAAATGCTA TACATTTGTCAAAAGATCTGTTTTTACAATTTTACTTACAAAAATAAACCCTTAAAATATGGTCCTGAACAGCTCATACA TTTTAGTTTAGACATGATATATTAAACTATTTTCTCCTGCCTTGAATCAGCTCATGTACTATGAACTGCGAATAGAGTTT CCTACAGGTTATACGAAATAATTGAATTATCTTTAGTAAATACTAAAAATTAGCCAAATTAATTAATTTCTTCATTATGC GTAATGCTATGCTTTTCTATAGTTTCCTTTTGGGTTGACTTTGTAAAGGACTGGGCATTTTGTAAATCTCTTCTTTCTTC ACAGTTTCCTTTTGGATTGCAGGTAGTTTTAGATTCAGAAGTACCACACAAGTACTTACATGAAATAAAGAGTGTGCTTA TCTCCGCTCTTGCATCACACAAGCAATTGCCCGAGGCGCTTCTTATATACGAGGAGGTCAAGAAGGCCGGACTTGGTGTG GAGCCAAAAGCTGTTATAAGTCTCATTGTAAGGTTTTGTATTATCAGTGATTTGTAGATCTCCTACTTTCAACTTAATAA CTTATTACCGGACATTCTTAGGAAGAATTGACTCAATTAAGTGGAGAGTTGGATGGGTTGCTTCTTCTACTCAAGGAATT GAGTGATCTAGACTATTGGGTTGATGGTTGCTTCAGGGTTATCAAGTATTGTGTTCAGAACAATCATTTAAGGTTTATTT TGCCCCCTCCTATATTGAATTTGTCTGCATTGATCTTGAATTTGCTCATGTTCATGTTTCATTGTATATGCGTCAGTTCT GCTATTGTGCTGTTCAAACAACTCAAGGATAAGTTCGAAAGTGATGAAATACAATTGGAAGTTCTATTTGACTCTGTAAG TTCTGGTTTCCTCCTGACTTAATTTTTATAGATTTTTGACATTGTAATAATGAATATGTTGAGTTATGATCAAAGTCTGT ACATGTATTGAATTGTGAAATGGAGATTGACAAAGTTTAGTCTAGTTTTCATCCTTTTCATCATGATTTTTGTTCTGACT GGCTGGCGCATTATTAATATCAACTTTGTCCATGCATGTATAGGTATTTTCTGTAATTGCGTCGTCCAAGTCCACACATC TACAGTTTGGCCTCGACTTGCTTTGGGCAATCAAGGATGAGATTGGCCTTATTCCTTCAAGGCAGAGTCTTGATTTTCTT CTAAGTGCTTGTGCCAATGCTGGAGATTTGAATAATGCTCGTTTGATTTGGAGAGAATATGAGGTTGCTGGATTTCCTTA CAATGTATTAAGTTACTTGAGGTAAGTTCTAAGCCTGTTTGAGTTTTTCAAAATTATTTCCCTTTGCCTCCTAGTATTAT TTCCATGAGCAATGCTATTATTCATGAAGGATCATTGCGTGATACACACACGAAATCAAAAGTTGTCAGTTGATTAGTTT TTTTTTAAATAAATGAAAATTTAAATCAAACAATCAGGCAGTTACAAATGATTTGTTTACTCTTGTGCGGTATTATTTCG TAATAATAATCATCACTGTTATTTCCACTGTTGTAGGATGTATCAGGCACTTTTAGCATCAGGAGATCATAGATCTGCCA ACCTTATGCTCAAAAAAATTCCAAAAGATGATATGGAGGTCTGTTCTGTCATCTTATCTTGTCAAAACACGTACTCTGCT AATGACAATCTTAACTCTGTAGAAGTGAAGAAACCGAAAGGAAAGAAAAAGAAGAAAAAGAAGAAAAAGTGTAGTGTAGA GAGGTAGAGAGATTAATGTCTTGCACATTTTCATTTGGCTTAAGAATGTGCTTCAGCGGGTGAAGTATTTGACATGTTAT CCACATTTTTGGTCTAGTTAATTGCGTGGTCGCCTGCGCTGCATGCTATGCTCATTCCATATTTTTATTTTGTTACTAGT TGGGTGATTCATGCTTCATGGCGCCACAGGTTATACTCGTGATATGAAATATTTTAGTTTTTCATAAGTAATTATATAAG TAATCTCTATGAAGAAACCGAAATTGAAGGAGGGTAAAATTTATACAAATTTCTATTTGGAGAGGGAAATTAAAAGTACG TTCATATTAGAATAAGGCTTAATTTTTTAATGCTTTTTGTCCCTATACTTTCTAAAGGAGTAATTTTAATCTCTAGTTTT ATTTGCATCCAAGTAAAATCTGGTTGCTGGGAAGAAATGTTTATTAACAAAATTGCGGATTTTCATATAGATTTATATGT AATGCAAATGTGAGGAAATCCTTAATATAAAGCTTTGTATAAGCCTATCCTGAGTAGATAAAAGTTGTGCTTTCATATGT TGTCCTTAACAAATAATAGTCATGAAGATATGCGTGTGGGGCGATTGATTGATAGAGTGAGAAACTTGGAGGCATCTAAT ATGGGAAAAAATTTCTTTGTGTAAGATTACACAACCAAATAAATTGACCATTTTACCCTTACTCCAAAAATTAATTCCAC CTTCATCCTTCCCATCATCCTCCGCCCCAAGCACCGCCGAGCTCAACCGCAGTTCCACCATGATCACACCACTGCAAGCT TCACACCCAGTGAACCAAATCTCTTCCATCTTCTCCTCTTCGACCACTGCACCGCTCTCTTCAACATTAAAGTTTGAATC TTTTTCCCCTTTACATAACCAGCTCTCATTCTTTAAGAGCCACTTTGTCTCAACAAACCCATTTTCGGAACCATCTGTTT CAGAACCTTCAACCAATTTGAAGAAGTCATTTCGATTATAAATCAGAAACCGGTGCCCAGTGAACTTACAAAGCCAACCA CCACAACCTATAAATCAAAATGCAAGCTTTACATAAAAGAGGGTGAAAGGAATGAACTTTTAGCACCCCACTACCCACAC ATGTATAAACCTCCAGAATCCATAATCTGAGATTGAATCGTTGATGCTAATATGAGGAATTTTTAGATCTGCTTCCAATC TTCATCGGAGGGGTCAAAGTTTGGTGGAGGAGGAATTTTCAGATCTGCATGAGCAAGTGGAGGTGTGGTGATCGGTGGGG AGGATGGGAAGGAGAAGAGTGGTTTGCGGTGGGGCTGGGTTGCAGTGAAGGAGAAGGAGAACGGTTACGGTGGGGGTGGC TTGCAGTGAGAGAGATACTGGGTTTTTTGGGTTGAAGATGATGAAGATGATGGAGATGGAATTAATTTTTGGAGTAAGGG TAGAAAGGACATTTTGTTGGGTTGTGCAAGGTTGCACAAAGTTATTTTTGTCCATATTAGATTTTCCCGAGAAACTTATG CTTTGTTTGGTTTTGGAGAGAATGAGTTAAGAGAGGAAGAGAGATTAGAGAATGTAAGTATGTGACTAGAGGGAAAGATG TGAGAAATAGAGCAGATTTTGTAAATGATTTAGTATGATTGAAATGGAAGAGTAAGATAAGAGATAGAAAGATGAGAGAA TGTAAGTTGTATTTTTCTTCAGAAACATTTGTATCTATGTGACGGTTTGTTTGGCCAAATTATCTTTTTAGTGTGG 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0150700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCGCGTTCGAAAACTATGCACTCTCAGCTCCTATTTCCGTTCAAATTTACACCGCAAACCCAAATTCGAACTCGCCAT TTCCAATATAGTCTCTTCTCCTGAACCCCATCACGATTCCACTTCAGACTTTCAACTCTCAACTCTCAAACTCCACCGTG CTTCTACCCCAGAGGATTCGTCTGATTCGGATGTTGCGACGACTCAGCTTGCATCTATTATATTGCCTTCGCCTCCGGTA AAGAAGCTTGTTTCTGAGGAAAATGGTAAAGAAGAAAAAGACAGAAGAATACTAGAGATACCATGGGTACCGGATGTTCC TAGTGGGGATATTTCAGTTAAGCGGAAGGAGGTATCTCGTGAGAGGAAACAAAAATGGGTATTTAAATACAGTAACGAGG ACCGTTCTGACAGGTTACTTGGTATGTGCGCGAAAAGACTAGGATCTAAAGCTACTGTTGAGGTGTTTGGCCATCTGGGT CGGGAAACAGGTCTGAAAGAGTACAATAAGTTGATACAATTGTGTGTAAAGAAGGCTAGGGGAGCTGATGATGAAGACAT TGCTATAGAAGAATTGAGTAAGGCTTTTCACCTTCTCAAATTAATGAGGGAATATGGTTTCCCACTAGGAGAGCAAACAT ACCGCCCAATTCTTCAGTATCTAATTGACTTGGGTATGGTTCGAGAATTTGAACTTTTCTCTGATGTTATCAAAGCTGAG AATGCCAGTTCGACTTCACGGTTGGGTTACTATGAAATGATGCTGTGGTTAGGAGTTAACCATGAAGAAATGATCCGGGA TATTTGTGAATATATTACAGTTGAAGACAGTGAAGACACTACTGCTTTACGAGAAAGTTACTTATTGGCTCTTTGTGAAA GTGATCGAAAGACGCAGATTTTGGATGTGTTGAAAAATATAGACATAACAAAGCTTACATCTGTGGAATCTAGATCGAAT ATATTCCAAGCCTTAGGAAGGCTACAGCTGGAATCTGATGCAGAGAATTTACTGTTGGATTTGAGAGCAAGCGATCAAGA TCCGGATGATATTTCAAACTTCATTGCTAGTTTTGCTGTTAGCATTCCAAATTTAGCGGCTGAAGATATAATCGTGAAAG TCGAGAATTTGCATGAAGTATTGGATGTTTTGCCTTCAATGTCATCGTATAAAAAGCTTATTCAGTATTGTTGTGGCTTA CTAAAGGTGGATACAGCCGTTGATATTGTTGATAAAATGTGTGAAGCAGGCTTTACGTTGTCTACTCAGGTGTTACAATC CATATTACACATTTGTGAGGAAACTTATGATTATATTTTGGTTCATCGAATCTATTCCATCATATGTCGCCACCATTTGG GGTTGAATAATGAAATATGCAGGAGTTTGGTCTACTTTTTTGTGAGGTTAAAAGATTTTAAAGGTGCGTACAAGATGATT GAGGACTTGCAGAAAATGAATTTTATACCTACTGCAGCCATGTACAATGCTATAATGGGAGGATACTTTCGGGAGAAAAA CATCAGTGGTGGGCTGAGTGTCCTCAAACATATGCGAGAGGCCAATGTAAAACCTGATTCACAGACTTTCAGCTATTTGA TTACCAATTGTCAAAGTGAAGAGGATATAATCAAGTATTATGAAGAATTGAAGCTATCAGGAATCCAAGCTACAAAGCAA ATTTTTATGGCGCTTATTAATGCATATGCAGCTTGTGGCGAATTTGAGAAGGCAAAACAGGTAGTTTTAGATTCAGAAGT ACCACACAAGTACTTACATGAAATAAAGAGTGTGCTTATCTCCGCTCTTGCATCACACAAGCAATTGCCCGAGGCGCTTC TTATATACGAGGAGGTCAAGAAGGCCGGACTTGGTGTGGAGCCAAAAGCTGTTATAAGTCTCATTGAAGAATTGACTCAA TTAAGTGGAGAGTTGGATGGGTTGCTTCTTCTACTCAAGGAATTGAGTGATCTAGACTATTGGGTTGATGGTTGCTTCAG GGTTATCAAGTATTGTGTTCAGAACAATCATTTAAGTTCTGCTATTGTGCTGTTCAAACAACTCAAGGATAAGTTCGAAA GTGATGAAATACAATTGGAAGTTCTATTTGACTCTGTATTTTCTGTAATTGCGTCGTCCAAGTCCACACATCTACAGTTT GGCCTCGACTTGCTTTGGGCAATCAAGGATGAGATTGGCCTTATTCCTTCAAGGCAGAGTCTTGATTTTCTTCTAAGTGC TTGTGCCAATGCTGGAGATTTGAATAATGCTCGTTTGATTTGGAGAGAATATGAGGTTGCTGGATTTCCTTACAATGTAT TAAGTTACTTGAGGATGTATCAGGCACTTTTAGCATCAGGAGATCATAGATCTGCCAACCTTATGCTCAAAAAAATTCCA AAAGATGATATGGAGGTCTGTTCTGTCATCTTATCTTGTCAAAACACGTACTCTGCTAATGACAATCTTAACTCTGTAGA AGTGAAGAAACCGAAAGGAAAGAAAAAGAAGAAAAAGAAGAAAAAGTGTAGTGTAGAGAGGTAG 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0150700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MRVRKLCTLSSYFRSNLHRKPKFELAISNIVSSPEPHHDSTSDFQLSTLKLHRASTPEDSSDSDVATTQLASIILPSPPV KKLVSEENGKEEKDRRILEIPWVPDVPSGDISVKRKEVSRERKQKWVFKYSNEDRSDRLLGMCAKRLGSKATVEVFGHLG RETGLKEYNKLIQLCVKKARGADDEDIAIEELSKAFHLLKLMREYGFPLGEQTYRPILQYLIDLGMVREFELFSDVIKAE NASSTSRLGYYEMMLWLGVNHEEMIRDICEYITVEDSEDTTALRESYLLALCESDRKTQILDVLKNIDITKLTSVESRSN IFQALGRLQLESDAENLLLDLRASDQDPDDISNFIASFAVSIPNLAAEDIIVKVENLHEVLDVLPSMSSYKKLIQYCCGL LKVDTAVDIVDKMCEAGFTLSTQVLQSILHICEETYDYILVHRIYSIICRHHLGLNNEICRSLVYFFVRLKDFKGAYKMI EDLQKMNFIPTAAMYNAIMGGYFREKNISGGLSVLKHMREANVKPDSQTFSYLITNCQSEEDIIKYYEELKLSGIQATKQ IFMALINAYAACGEFEKAKQVVLDSEVPHKYLHEIKSVLISALASHKQLPEALLIYEEVKKAGLGVEPKAVISLIEELTQ LSGELDGLLLLLKELSDLDYWVDGCFRVIKYCVQNNHLSSAIVLFKQLKDKFESDEIQLEVLFDSVFSVIASSKSTHLQF GLDLLWAIKDEIGLIPSRQSLDFLLSACANAGDLNNARLIWREYEVAGFPYNVLSYLRMYQALLASGDHRSANLMLKKIP KDDMEVCSVILSCQNTYSANDNLNSVEVKKPKGKKKKKKKKKCSVER 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 6 832 827 0.0
PANTHER 6 832 827 0.0
ProSiteProfiles 314 348 35 5.371
ProSiteProfiles 386 420 35 8.122
Pfam 388 550 163 1.1E-10
Gene3D 437 540 104 2.7E-15
ProSiteProfiles 456 490 35 7.618
ProSiteProfiles 491 525 35 10.095
TIGRFAM 494 527 34 7.7E-7
Gene3D 541 664 124 1.9E-9
ProSiteProfiles 558 590 33 6.106
Pfam 562 581 20 0.4
ProSiteProfiles 592 626 35 6.577
Pfam 597 624 28 0.083
Gene3D 665 846 182 3.0E-12
ProSiteProfiles 737 771 35 6.796
ProSiteProfiles 772 806 35 6.106
MobiDBLite 827 847 21 -
MobiDBLite 830 847 18 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0150700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…