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LotjaGi3g1v0344900.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0344900
Transcript ID LotjaGi3g1v0344900.1
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Calcium-transporting ATPase; TAIR: AT3G21180.1 autoinhibited Ca(2+)-ATPase 9; Swiss-Prot: sp|Q9LU41|ACA9_ARATH Calcium-transporting ATPase 9, plasma membrane-type; TrEMBL-Plants: tr|A0A151RP99|A0A151RP99_CAJCA Calcium-transporting ATPase; Found in the gene: LotjaGi3g1v0344900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:72228957..72248342) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CGACGGGGAAGTTTCCGCGAAATTTCTTGGCTTCGTTTCCAACACTCAGCCTCAGCCAGTCTTCTCGAAGTCAATTTTCT AATCTTTAATTTGAAGAAACACAACAACAATCCCTTTCTCTTTTCGATCTTCTTCTTTTTCCACAGCAATAAATTGATGC TTTGATATCCCTACGGCGATCCAAATCTCTCGTTCACATTGTAAACTGCGCGCTCATGCACAATCGTACTCATTCTTTCT CTCACGGTATTCACTATTTATATATGCTTCTCTTAAATTACTTCTGTTTTCCATCGCACAGTAGTTGTTATCACTCATGT CGTTGTTCATCAAACTCTTAGCCGCATCAACCCACTAAGCCTTTTTGTTCTGTACTTAAATTCAACAAGTAATTTTGGTA TTTGAAACTTGCTTCAACAAAACGCTAGATTAGAATCTTCCACTTAGCAAGATGAAAGGAGTGGTGGGTAGTAACCTGGA ATGACATTTAGATTTCCAAATCATATACTACCATATATATATGTGATTACTTTTGTTATTGGCTATTATATATGAGAACT TAACTTCATGTGGTATTCAAGTTGGGTTTGTGGATTTTGTGATGGTTTTTATAATGGTTTGTTAACCCGTATTATCATCA GATGAAAAGACCCATATATATATATATATATATATTCTCACATTATATGTTTATTATGGTTACCCCATTAAGATAACAAG CACAATTACATATAAGGAATGAGAATGATAATCTTACTTACTCTCACCTACTAATGTAATCTGTTTTTTTTTTTGACCAA GCAAAATTTTATTAAAGAAAAAAGACTGAAGTCTTAATACAGAATACAAGGCAATTATACTAACAATGCCCACAAATCAA ACTCTTTAGTGCAATCTTGCTTTGCTAAGGCATCTTCAAAGTGATTTGCCTCTCTATAAATATGTCATATACCCCAAAGG 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ATCAGGTTAGTTCGCTCAACTGCATTAGCATTTGATTATTACAATTCTGGAAGTATCAATGAATTATGCGTTCATGCTCT TGGTATAATCCAGAGTTGAACAAGCTAAAAATTTCCGTAAAATGCTCTAAAATCTTCATAAATATAACCATTGCTTTTGC CATCTGACAGCTGGCCTCTTGCTATAGCTGGAAAATTCATTCCAGTTCCTAAAACACCATTGTCCCGTTACATCTTGAGG CCACTTAGGAGATTGAGGAGGTCTCGTGCTGCACAACAATAGGCATTGGTTCCTGAAATGGATCGTCTGCAGTTTATACT AAGCTAACGCCTGACAAGTAACAATACATATTACTAGTCCATATTGCTGATAAGCTTTACTTCTAGAGTTTGAATATAAT GTATATTCAATATATTATCCCAAAGGGAATTTAAGCATAAAGCAATCGTTATGTGGTGCCTAAACCTATGCCTCTTAATT GTTTAACAATTTTTGGGTCAAGTGTACATTGTAACATTTCTAGAAATTGTTAGAATTGCTAGAGTATAAATAGTTTCAAA CTGACTTTCTAGCACTGGCAAGGTTCGATTACTTGAGAGCTGAAGTAGAGAAACAAAATTCATTATAGCAAGAAATGAAA ACTCTCGCAGTACAATTACTGAATTAGTATGATCTGTCATTGTTTTTCTTTTTCATTTGTTCATCCACAAATGGATCCTT AACACGTAATCTCACTTCAAAATAATTCAAAACCTGAAGCCTGAGCTCGTAAACTTCATAATTAAACTCTGTTACTAAAC CTATTCCGTTTTTATAGACAACGGTGTTCCTTACCAGCAGCATGTGAACACAAGAAAACCTCTCAGGATTGGTTGAGGAA AAATATATTCCAAAAACAGTCTGGTGCACGTTGGTCTCAAAAAAACGCCGTCTGTGGGAATCGAACCCACGACCACGTGG TTAAAAGCCACGCGCTCTACCAGCTGAGCTAAGACGGCTGTTAATAGTTTCTTGAGTAATCGATTTAATATCCCTACGGT AATCTCTACCCTTCAAAGTTAACCATCATAAATTTCACCTTTTTTCCTTTGGTATCAACTCATTTATCTAATCAAGAAAA ATAAGAAGATATGCTGTAATCCTCCA 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0344900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTTCTCCTCCGCCTTCCGCCTCCGATTCCAACGGCCACTTCGCCGTCAACATCCCTCGGCACCACCCTGACCACAC CGACGACGACGCTCCTCACCGCCAAGATGACGACGACGAACTCATCGATCCAGATGATCCTTTTGATATCACTCAAACCA AGAATGCATCGCACGACACGCTCAGGCGTTGGAGACAAGCAGCGCTCGTGCTCAATGCGTCCAGGCGTTTTAGATATACT CTGGACTTGAAGAAGGAAGAGGAGAAAGAGCAAAAGAAAAGCTTGATTAGAGCCCATGCACAAGTCATAAGAGCTGCACT GCTTTTCAGATTGGCTGGTGAACGGGAGCTAGTGATAAGCACAGCAGCGACACCTGCAACGCCAGTTGGTGACTATACAG TTGGATTAGAACAGCTTGCTTCAATGTCTAAGGATCAAAATGTTGCTGCTTTACAACAATATGGAGGGATTAAAGGCTTA TCAAATTTACTAAAATCAAATCCAGATAAAGGTATTAGTGGAGATGATGGTGATCTATTGAAAAGGAAAAATGCATTTGG AACTAATACATATCCTCGGAAGAAAGGGAGAAGTTTCTGGAGGTTTTTATGGGAGGCTTGGCAAGACTTGACTCTCATAA TATTGATTATAGCAGCTGCAGTGTCATTGGCACTTGGAATAAAAACAGAGGGTTTGGAAGAAGGATGGTATGATGGAGGA AGCATTGCTTTTGCAGTTTTGCTTGTCATTGTAGTTACAGCTGTCAGTGATTATCGGCAATCTCTGCAGTTTCAGAATTT GAATGCAGAGAAACAGAATATACAATTGGAGGTCATTAGAGGTGGGAGAACAATTAAAATTTCGATATTTGAGATTGTTG TGGGTGATGTTATCCCCCTCAAAATAGGAGATCAGGTTCCTGCTGATGGAGTACTAATAACCAGCCATTCACTAGCAATT GATGAATCCAGTATGACTGGTGAAAGCAAGATTGTTCATAAGGATCACAAAACACCCTTTTTGATGTCTGGTTGCAAAGT AGCAGATGGAGTTGGTGTTATGCTGGTAACCGGTGTTGGTATAAACACTGAGTGGGGATTGTTGATGGCAAGTATCTCAG AGGATACTGGAGAAGAGACTCCATTACAGGTACGTTTGAATGGAGTGGCGACTTTTATTGGTATAGTTGGGCTTTCTGTA GCAGTTTTAGTGCTTGCAGTCCTCCTGGGCAGATACTTTTCCGGCCATACAAAAGATTTAGATGAAAAACCTCAATTTGT AGCTGGAAAGACTAGTATTAGCGATGCAGTAGATGGGGTCATCAAAATTTTTACCATTGCAGTCACAATTGTGGTTGTTG CAGTGCCTGAAGGTCTTCCTTTGGCTGTTACCTTAACCCTGGCATATTCAATGCGGAAAATGATGGCAGACAAAGCCTTG GTACGAAGGCTGTCAGCCTGCGAAACTATGGGCTCTGCTACAACAATTTGCAGTGATAAGACTGGAACATTGACCTTAAA TCAGATGACTGTCGTTGAGGCATATGTTGGGAGGAAGAAACTAGATCCAGCGGATGACTCATCAAAGTTGGATCGAGAAG TATTATCTCTGATAAATGAGGGCATTGCACAGAATACAACTGGAAATATTTTTGTGCCCAAGGATGGTGGAGAGACAGAG GTGTCAGGATCTCCTACAGAGAAGGCCATTCTGTCATGGGCGGTCAAGTTGGGTATGAATTTTGATCTTGTCAGATCTAA TTCAACTGTTCTTCATGTCTTCCCTTTCAATTCTGAGAAAAAGCGAGGTGGTGTTGCTTTGAAGCTGGGGGACTCTGGAG TACATATACACTGGAAAGGAGCTGCAGAGATAGTTCTTGGAACATGTACCCAATATCTTGATTCAAATGGTGACTTGCAA TCCATTGAACAAGAGAAGGCATTTTTCAAGGAGGCTATTGATGACATGGCTGCTCGCAGCTTACGTTGTGTTGCCATTGC ATACAGATCATATGAGTTAGATGAAGTTCCATCTAACGAGGAGGACTTAGACCAATGGACCTTGCCAGAGCATGAGCTTG TTTTGCTTGCTATTGTTGGAATAAAGGATCCTTGTCGCCCTGGCGTCAAAGATGCTGTAAAATTATGCACTGATGCTGGT GTTAAGGTACGCATGGTTACTGGTGACAACCTTCAAACAGCAAAGGCAATAGCTTTGGAGTGTGGGATACTGGCTTCAAT TGAAGATGCTGTTGAGCCAAATATAATTGAAGGAAAGACATTCCGTGAGTTATCTGAAAAAGAAAGGGAACAAATTGTTA AGAAAATAACGGTGATGGGGAGGTCTTCTCCTAATGATAAGCTTTTGCTTGTGCAAGCACTACGTAAAGGAGGTGAAGTT GTTGCTGTAACTGGAGATGGCACCAATGATGCTCCTGCACTTCATGAGGCAGATATTGGTCTTTCTATGGGCATCCAAGG AACTGAAGTTGCAAAAGAAAGCTCAGATATCATAATCCTGGATGATAATTTTGCTTCAGTGGTAAAGGTTGTCCGCTGGG GCCGCTCTGTATATGCAAATATTCAGAAATTTATCCAGTTCCAGCTTACTGTTAATGTTGCTGCTCTTGTAATTAATGTT GTGGCATCAATAACTTCTGGTGATGTTCCCTTAAATGCAGTACAGCTTTTGTGGGTCAACCTTATCATGGACACACTTGG GGCCCTTGCATTGGCTACTGAACCACCAACAGACAATCTAATGAACAGATCACCAGTTGGCCGAAGGGAACCTCTTATTA CGAATGTCATGTGGAGAAACTTGCTCGTTCAGGCTATCTATCAAATCACTGTTCTTCTCGTTCTTAACTTCCGCGGTGAA AGTATTCTACCAAAGCAAGATACTAGAGCTCACGCTTTTCAAGTGAAGAATACTTTAATATTCAACGCATTTGTCATGTG CCAAATATTCAACGAGTTCAATGCTCGGAAACCTGAGGAAATGAATGTCTTCCGAGGAGTGACCAAGAACCGTCTCTTCA TGGGAATTGTTGTAATGACCTTTATACTACAGATAATCATCATTGAGTTCCTTGGAAAGTTCACCGATACAGTGAGGCTT AATTGGACGCTGTGGCTTGCTTCTCTCCTTATTGGCCTTATCAGCTGGCCTCTTGCTATAGCTGGAAAATTCATTCCAGT TCCTAAAACACCATTGTCCCGTTACATCTTGAGGCCACTTAGGAGATTGAGGAGGTCTCGTGCTGCACAACAATAG 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0344900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MASPPPSASDSNGHFAVNIPRHHPDHTDDDAPHRQDDDDELIDPDDPFDITQTKNASHDTLRRWRQAALVLNASRRFRYT LDLKKEEEKEQKKSLIRAHAQVIRAALLFRLAGERELVISTAATPATPVGDYTVGLEQLASMSKDQNVAALQQYGGIKGL SNLLKSNPDKGISGDDGDLLKRKNAFGTNTYPRKKGRSFWRFLWEAWQDLTLIILIIAAAVSLALGIKTEGLEEGWYDGG SIAFAVLLVIVVTAVSDYRQSLQFQNLNAEKQNIQLEVIRGGRTIKISIFEIVVGDVIPLKIGDQVPADGVLITSHSLAI DESSMTGESKIVHKDHKTPFLMSGCKVADGVGVMLVTGVGINTEWGLLMASISEDTGEETPLQVRLNGVATFIGIVGLSV AVLVLAVLLGRYFSGHTKDLDEKPQFVAGKTSISDAVDGVIKIFTIAVTIVVVAVPEGLPLAVTLTLAYSMRKMMADKAL VRRLSACETMGSATTICSDKTGTLTLNQMTVVEAYVGRKKLDPADDSSKLDREVLSLINEGIAQNTTGNIFVPKDGGETE VSGSPTEKAILSWAVKLGMNFDLVRSNSTVLHVFPFNSEKKRGGVALKLGDSGVHIHWKGAAEIVLGTCTQYLDSNGDLQ SIEQEKAFFKEAIDDMAARSLRCVAIAYRSYELDEVPSNEEDLDQWTLPEHELVLLAIVGIKDPCRPGVKDAVKLCTDAG VKVRMVTGDNLQTAKAIALECGILASIEDAVEPNIIEGKTFRELSEKEREQIVKKITVMGRSSPNDKLLLVQALRKGGEV VAVTGDGTNDAPALHEADIGLSMGIQGTEVAKESSDIIILDDNFASVVKVVRWGRSVYANIQKFIQFQLTVNVAALVINV VASITSGDVPLNAVQLLWVNLIMDTLGALALATEPPTDNLMNRSPVGRREPLITNVMWRNLLVQAIYQITVLLVLNFRGE SILPKQDTRAHAFQVKNTLIFNAFVMCQIFNEFNARKPEEMNVFRGVTKNRLFMGIVVMTFILQIIIIEFLGKFTDTVRL NWTLWLASLLIGLISWPLAIAGKFIPVPKTPLSRYILRPLRRLRRSRAAQQ 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 57 57 -
Phobius 1 201 201 -
MobiDBLite 19 33 15 -
Pfam 45 88 44 1.3E-17
PANTHER 52 1074 1023 0.0
PANTHER 52 1074 1023 0.0
Gene3D 56 111 56 2.2E-29
TIGRFAM 144 1067 924 0.0
SMART 153 227 75 5.1E-4
SUPERFAMILY 154 1067 914 6.8E-120
Pfam 155 222 68 7.5E-12
Gene3D 166 375 210 3.5E-213
CDD 179 937 759 0.0
TMHMM 202 224 23 -
Phobius 202 227 26 -
Gene3D 205 1054 850 3.5E-213
Phobius 228 238 11 -
Phobius 239 258 20 -
TMHMM 239 256 18 -
PRINTS 240 260 21 1.3E-10
Phobius 259 388 130 -
Pfam 275 475 201 7.7E-37
SUPERFAMILY 275 370 96 5.62E-24
PRINTS 321 335 15 1.1E-34
TMHMM 351 373 23 -
TMHMM 388 410 23 -
Phobius 389 413 25 -
Phobius 414 442 29 -
TIGRFAM 435 522 88 6.0E-23
Phobius 443 469 27 -
TMHMM 443 465 23 -
Phobius 470 863 394 -
SFLD 479 856 378 0.0
SFLD 479 856 378 0.0
PRINTS 490 511 22 1.3E-10
Pfam 494 818 325 6.3E-18
Gene3D 494 849 356 3.5E-213
SUPERFAMILY 495 909 415 4.12E-57
PRINTS 497 511 15 1.1E-34
ProSitePatterns 499 505 7 -
SUPERFAMILY 504 701 198 1.11E-37
Gene3D 507 704 198 3.5E-213
PRINTS 616 634 19 1.3E-10
Coils 639 659 21 -
PRINTS 697 708 12 1.1E-34
PRINTS 719 729 11 1.1E-34
TIGRFAM 771 885 115 2.2E-31
PRINTS 804 823 20 1.1E-34
PRINTS 828 840 13 1.1E-34
Phobius 864 884 21 -
Phobius 885 895 11 -
Pfam 889 1064 176 1.0E-44
Phobius 896 915 20 -
Phobius 916 935 20 -
Phobius 936 955 20 -
Phobius 956 974 19 -
Phobius 975 991 17 -
Phobius 992 1011 20 -
Phobius 1012 1032 21 -
TMHMM 1012 1031 20 -
Phobius 1033 1043 11 -
TMHMM 1038 1060 23 -
Phobius 1044 1065 22 -
Phobius 1066 1091 26 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleotide binding Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose.
Molecular function Calcium-transporting ATPase activity Enables the transfer of a solute or solutes from one side of a membrane to the other according to the reaction: ATP + H2O + Ca2+(cis) = ADP + phosphate + Ca2+(trans).
Molecular function Calmodulin binding Interacting selectively and non-covalently with calmodulin, a calcium-binding protein with many roles, both in the calcium-bound and calcium-free states.
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Cellular component Membrane A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it.
Cellular component Integral component of membrane The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane.
Biological process Calcium ion transmembrane transport A process in which a calcium ion is transported from one side of a membrane to the other by means of some agent such as a transporter or pore.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0344900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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