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LotjaGi3g1v0395200.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0395200
Transcript ID LotjaGi3g1v0395200.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Clustered mitochondria protein; TAIR: AT1G01320.2 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4JKH6|TSS_ARATH Protein TSS; TrEMBL-Plants: tr|A0A072TYM9|A0A072TYM9_MEDTR Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit; Found in the gene: LotjaGi3g1v0395200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:79505637..79520364) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTGCCATAAAACGCCATTTTATCACTCTGACGATTGAATCTCAGCCCTTCCTTCCTTATCATACCACCCTCCCCACCTAT ATCTCTCTGCTTCCCTCTGCCATTTTTCTTCCTCTATCAACTTTTCCTCCTTCTAGTGGATGAAAGCTTCAACTCAAAAA CCTCTGTGATGTTCATGCAGTTTAATCCCCATTATTTCTCTGCATAAACACTCATTTTCAGTCTGTACTTTACACTTATC TGTTTCAGTGGCTTAGTCAATTACTTCATAAACGCATTAAATACACCTCTTCAATAATCGAAGTCCTTTATATAAAGGCT TCAGCTTTTTGCTTTGGTAATTCTTTTGCTATTCTGCAATATTCAATAGACACCCTTTGGCATTTCTCTGCAGATTATGA ATAGTTGCTGCTGCATATATTGTTTTTATACTCTAACTTGTGTTCTTCTGTGAATGCTTAGTGACAGAAAGCTTCAATTT CTAGTTTTTTTTCCTCAATTTCAAAGGAGTTGAAAATGGCACCAAGAAACACTCGCGGAAAGGCTAAGGGTGAGAAGAAG AAGAAGGAAGAAAAGGGTAACAAATTCTGAATCTGAACAGTTTTTTAATATACCATTTGGTTAAAACAGAGGATAAGCAC TTCTGGAACTTGTTGGTGTAACTTAATTGTTTCTTTGTTGTAATTTTTGCAGTTCTTCCAGTTGTGATAGATGTCACTGT GAACCTTGTCGATGAAACTCAAGTTGTTCTCAAGGTTTGTTTTAGTCCAATTGGGTAAAAATTGAAAAGATAAGGTTTAA GTGCAAGAGTGCAAGATAAGGTTTAAGTGCGTGTTTGGATAACGATTAGAAAGTATGAAAACGGAAAAATAACGCATCTT AAAATACTTTTTATTGAAATAATAACTATTTCAACATAAGACGCCTCATTTTTCTCTATTCATATTTTTTAATGGGTATT 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GTGGAGCAGCTTTCATGCTAATCATCTACTCATCTTGCTCAGTCTGCAGGTTACTGCTGTCTGTTTTGGGGTTTCGGAGG CACCTTCAAGGTGAAAATTTTGGTTCTTCATGGAGTTAGACAGTTTTTGATATAATGAATTACGAGACCGAGACTTTCTA ATCATTATTATTCTTTCTTGCTACACCATAGTCGATGGTTTTGAATTTTGATAATTAATTCGGTTCAATTGTATATACAT TCTTAATATTTGGTTGACTTGTTATTGAATTGTTCCAACTGGAATAATGTGAAGGAACATATCAATGAAAATCACTAATT GTTGGTTTAGGTACACAATAGCGTTCAGTATATTTTCATTTCAAGTATGTAGAAGGCAGGTACATAGTTCCAGATTCATA CTTACTGGAGTGAACATTGGTTAATGAGTTGCAGAACGGTTAACCCACCCAACCACTTCATTTAGCATCAGTTAAAGTGC TATTGCATATCTTATGCATGATTTTAAATTGTGGTTCCGGTTGCAGTTGCCTGATCATTGAAATTGTGGCAAATTATGGA CAAACGCAGCTAATATGACTGGAATTACTGTTGTGATGGGGTTGCGGGTACCGGAATAAGTTTGATGTTGTGGCCGCAAT TACAGTTGTTGAATGCAATTTATAACCTTGTTAAGTACACATGGCACCAAAAGCACAAGTTTTTTTTTTTTCTTCCATTC CTGACATTAGAACCGGTCAACCTGAGGTACCCTGAATATATGTTCCTCACCACTCATCAAATTTGGCAACCCATGAGCTC CTTTTCCTTTTCTTGCTGTGATCTCTAACCCTAAGTCTCTTATTAATGTCATTATTCTTGCTAGTCCTAGTAACTTCTAT GCCTTTCCCTAAAGCATGTTTTAGAGATCTTACCGCCGATTGCCAATTCCTCATGCTTTCCCTTAAATAGCTTCCTGGCC 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0395200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCACCAAGAAACACTCGCGGAAAGGCTAAGGGTGAGAAGAAGAAGAAGGAAGAAAAGGTTCTTCCAGTTGTGATAGA TGTCACTGTGAACCTTGTCGATGAAACTCAAGTTGTTCTCAAGGGCATATCAACTGATAGAACAATAGATGTTCGTCGAC TTTTAACAGTTAATACAGAGACATGTCATATCACTAATTTCTCCCTATCACATGAGGTTAGAGGGCCTCGTTTGAAGGAT TCGGTGGATGTTTCCGCACTGAAGCCCTGCTTCCTCACTCTAGTGGAAGAGGATTACGATGAAGAACGAGCGGTGGCTCA CGTCCGAAGACTCCTCGACATCGTCGCCTGCACCACCACCTTCGGTCCGTCGTCGACGCCGAAGAATGCCGCCACCACCG CGCCGAAGTCCAAACCTCCGCCGGCCAATCCGTCACCGAAAGATGCCACCGCGGCGGCGGCGGCAGCCGCAGCAGACGGA GACGGCGAGATAAGCCACTCTTGCCCTAAGCTGGACAGTTTCTACGAGTTTTTCTCGCTTTCGAATCTCACTGCACCGAT CCAATATGTGAAGAAAGCTGCGAGGCGCCACGTGGAGGAGATAGCAGAGGCTGATCATCTGTTTTCGCTCGATGTGAAGC TGTGTAATGGGAAAGTGGTGCATGTTGAAGCTTGCAGAAAGGGGTTTTATAGCATTGGGAAGCAGCGGATTCTGTGTCAC AATCTTGTTGATTTGTTGAGACAGCTTAGCAGAGCTTTTGACCATGCGTACGATGATCTCTTGAAGGCATTTCTAGAACG CAACAAGTTTGGGAATCTCCCCTATGGCTTCAGAGCCAACACATGGCTTGTTCCTCCTATTGCAGCTCATTCACAATCAG TTTTTCCTTCTCTCCCTGTGGAGGATGAAACTTGGGGTGGAAATGGTGGTGGTCTTGGAAGAGACGGGAAATTTGATTTG ATTCCTTGGGCCAATAAATTTTCATATATTGCATCTATGTCTTGCAAGACAGCAGAAGAAAGGCAAATTCGTGATAGAAA AGCATTTCTACTGCACAGCCTGTTTGTTGATGTTGCCATTTTCAGAGCAATTAGAGCTGTTAAACATGTTATGGAAGAGC ACAATTTTAGCTGCTCGGCTGCAGAAAATGGAATTATTTACACTGAGAAAGTAGGTGACTTGAGTATCAGAATCTTGAAA GATGGTTCTGTGGCGAGCTGTAAGATTGATACCAAGATTGATGGAGTTGAAGCTACTGGAGTAAATCAAAAGGATTTATT AGAACGAAATCTACTGAAAGGAATCACAGCTGATGAAAATACAGCAGCTCATGATATTACCACTTTAGGTGTTGTCAATG TAAGATATTGTGGTTATGTGGTTGTTGTGAAAGTTGAAGATGGAGGCTCTGAAAATAACAATTCTCCATCTGATCAAAAT GATGAATTGTTTGATCAGCCAGAGGGTGGTGCCAACGCACTAAACATTAACAGTTTAAGATTACTTCTTCACAGCACAAC CCAACCAGAGAACAATAAGCAGATGACTCAGACACAAATGTTTGAAGAGCTTAGTGGTTCCAATGCTTTTGTGGAGAAAC TGATTAAAGAAAGCCTTTCTAAGCTTGAGGAAGAGGAACTGGGTTTGGACTATTTCGTAAGATGGGAGCTTGGAGCTTGC TGGATACAACATTTGCAAGACCAAAACAGTGCAGACAAAGACAAGAAACCATCTTTGGAGAAAGCTAAGAATGAAATGAA GGTCGAGGGTCTTGGGAAACCGCTCAAGGCCCTCAAGAATAATAAAAAGAAATCTGATTCAAGCAATACTATGCTTGCAT CTGAATATTCAAAGCCTAATCAGGAGGTTGAAAATGCTCCATTGCCCTCAATTGAATCCCAGCCTGATACCACTGCAGCT GATAATGAACTTTTGCTAAAAGGGATATTATCTGCAGCAGCTTTTACCCGATTGAAAGAATCAGGAGCTGGACTTCACTG CAAGTCTATTCAAGATTTGATCAACTTATCTCGGAAATATTACCTGGATGTTGCTATCCCTAAACTGGTAGCAGATTTTG GCTCATTGGAACTCTCTCCAGTTGATGGCCGCACCCTAACTGATTTTATGCATACTCGTGGTCTACGCATGCAATCTCTT GGACATGTTGTCAAGCTTTCGGAAAAGCTTTCACATGTGCAGTCACTTTGTATTCATGAGATGATAGTTCGAGCTTTCAA GCACATCCTTAGGGCAGTGATTTCTGCCGTTGTTGACAAGGAGAAAATGGCTACATCAATAGCTGGTGCATTGAATTTGC TACTTGGTGTTCCTGAAAATAGAGAATCAGATAAATCATGCGAACTTCACCCCATTGTATGGAGATGGCTAGTATTGTTT TTGAAGAAACGGTTTGACTGGGATCTTAGCAGGTTAAATTACAAAGATGTGAGGAAATTTGCAATTTTACGAGGCTTGTG TCACAAGGTGGGAATTGAGCTTGCTCCAAGGGATTTTGATATGGATTCTCCATTTCCCTTCCAAAAATCTGACATTGTCA GCTTGGTCCCAGTTCACAAGCAAGCAGCATGCTCATCTGCAGATGGAAGGCAGCTCCTAGAGTCATCCAAGACAGCTTTA GATAAGGGAAAGCTTGAAGATGCTGTTACCTATGGGACAAAGGCTCTTGCAAAGCTGGTAGCAGTTTGTGGTCCCTACCA TCGGATGACAGCGGGAGCATACAGCCTCCTTGCTGTAGTTTTATATCATACTGGAGACTTCAATCAGGCGACAATTTATC AACAAAAAGCTTTGGATATCAATGAGAGAGAGTTAGGTCTGGATCATCCTGATACCATGAAGAGCTATGGGGATCTTGCA GTTTTCTATTACAGACTTCAACACACAGAGCTGGCTCTGAAGTATGTGAAGCGTGCTTTATATCTGTTGCATCTGACTTG TGGTCCATCTCATCCAAATACTGCTGCAACATACATTAATGTTGCTATGATGGAGGAGGGTTTAGGAAATGTACATGTTG CTCTCAGATATCTTCACAAAGCATTAAAGTGCAACCAAAGATTACTTGGTGCAGATCATATTCAGACAGCTGCAAGTTAT CATGCAATAGCAATAGCACTCTCATTGATGGAAGCATACCCATTGAGTGTGCAGCATGAGCAAACAACTTTGCAAATTCT CCGAACAAAACTTGGCCCTGACGACTTGCGTACACAGGATGCTGCAGCTTGGCTTGAGTATTTTGAGTCCAAGGCTTTTG AACAACAAGAAGCTGCTCGTAATGGTACTCGAAAACCTGATGCATCAATAGCTAGCAAGGGTCATCTAAGTGTGTCAGAT CTTCTTGACTACATTAATCCTAATCACGATTCCAAAGGGAGGGATGCAGCAGCCAAGAGAAGAAGCCAGGTTAAGGCTTC AACCTACCAGAACATTGACTCAGCAAGTTCTGATGAGTCTTCAAAAGAAATTCAAAAAGAGGTTTCAGATGAAGATGTAC CTATACCTGACCCAGGAGGTAGTGCAGATTCTGAGCCTGAGAACAACTCTGCACCTGACTCAGAAGAGCATATTTGTGAA AAGATATCTGATGAAAAGCCACAAATGTCTGGTCAAATACTGTCTGAAGCTCCTGCTGATGGAGATGATGGATGGCAACC TGTTCAAAGACCAAGATCAGCTGGCTCATATGGTCGGCGACTGAAGCAGAAACGGCTTGGAAAAGTTCATAATTATCAGA AGAATGTTGAAACTAGTGCAGAATACCCTTTGGGAAGGAGTGATAATCAGAATAGTAGGTATTATTTCTTGAAGAAGCGG TCAATGTACCATGGGGGCTCTGCAGATAATCATGCTTTCAACATCACCCAAGGCTCTAAATTTGGAAGGAAAGTAGTCAA AGCTGTTACATACAGGGTTAAGTCTATGCCCTCAGCTCCCAAGACTGCTTCAGATGAGACATTAGAAATTGGTGACAAGC AACTAAGTTCTCATTCAGAACTTGATTCTAATGATGACCATCCAATTAAGACTTCAGTAGTTAGTCTTGGAAAATCTCCT TCGTACAAGGAAGTAGCATTGGCTCCTCCGGGGACAATCTCCAAGTTCCAGGTCTATAATCCTCAAAGTGAGATTCCTGA ATGCCGTGAACATGATGTTGGAAAACATAAAGAGGAAGATGTTGAAGCTCATAAAAGTATTAATCCAACCCCGAAGGAGG TAAATGATATGTCTCAAGAGAAGTGTGATGATCCTTTATCAGATTCTGTAGATGATACACAAGATGATATTGTGGTTGCT CCTGAAAAGAAAGCGGAAAGTCAGTTGATTGAAGTTGTACAAGAAAATTCTGGGAGTGCTGAGGTCCTTGAATCTGTGGA TGTTGATGCTCAAGGAACAGATGATAATAGCATAGTGATTGATGCTGTACAGAATCATTTGGAGTCTTACAAACAAGAAC CTAATGCAACTAATTCATCTGGCAGTTTTGAACCTAGTGATGATACAAAGTCCAATTCACCAGGTGGTGATGATTCATCA TCAAGTCCGAGTCATGCCGGGGTCATCGCCTATAAGAAATTGTCTGCATCTGCTGCTCCATTCAACCCGTCACCTGCCAT TGCACGTGCTGCTCCAATTGCCATGAATATAACTCATCTTTCTGGTCCTGGTCCTGTTCCTGCTATTGGCCCCTGGGCAC TAAACATGCCGGGACCTGCTACTTTGCTACCTGCAGGTACCCCAATGTGTTCCTCTCCACACCACGCATATCCATCACCT CCCACAACACCAAATATGATTCAACCATTGCCTTTCATGTATCCTCCTTTTACCCAACCTCAGTCAATACCAACCAACAA CTTTCCGGTCAGTAATGCCTTTCATGCCAATCATTTTACATGGCAATGTAATTTGAACCCCGCCATATCTAAGTTTGGTC CCAGTGCAGTTTGGCCTGGTTGTCATCCTATGGAATTTTCTCATCCGGTACCTATTGTTGAACCAATCCCTGATATCATT TCAGAGCCACAAGTGCAGTATCATGCAGTTGAAAGTCCCCGTTCAGCTTCAGTTCTGCCTGAGGATATTGATAACATAGG GGATTCCAATAAAGAGATAAAAGCTTTAACATCCGAGGCAAGTGAAGATGAAGTGGTGAGAGCTGGTTCGGAAAGTATAA AAGAAAATGGTAATCCAAATTTTCCTGGGACAGAAAATGCTGAGAACAAGCCAAATCTAAACATTGGCTCGAATGGCAGC AGTAGCAGCAGTGAAACAAACATGGATGGTGAGAAAACATTCAGCATTTTGATTCGAGGAAAGAGAAACCGAAAGCAGAC TCTCAGAATGCCAATAAGTTTGCTTACACGGCCTCATGGCTCTCAGTCGTTTAAGGTCATATATAACCGTGTAGTTAGAG GAAGTGATGCTCCCAAGTCCATCAATTTCTCTTCAAGTAAACATTGTACAGCTACTGCTTAA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0395200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAPRNTRGKAKGEKKKKEEKVLPVVIDVTVNLVDETQVVLKGISTDRTIDVRRLLTVNTETCHITNFSLSHEVRGPRLKD SVDVSALKPCFLTLVEEDYDEERAVAHVRRLLDIVACTTTFGPSSTPKNAATTAPKSKPPPANPSPKDATAAAAAAAADG DGEISHSCPKLDSFYEFFSLSNLTAPIQYVKKAARRHVEEIAEADHLFSLDVKLCNGKVVHVEACRKGFYSIGKQRILCH NLVDLLRQLSRAFDHAYDDLLKAFLERNKFGNLPYGFRANTWLVPPIAAHSQSVFPSLPVEDETWGGNGGGLGRDGKFDL IPWANKFSYIASMSCKTAEERQIRDRKAFLLHSLFVDVAIFRAIRAVKHVMEEHNFSCSAAENGIIYTEKVGDLSIRILK DGSVASCKIDTKIDGVEATGVNQKDLLERNLLKGITADENTAAHDITTLGVVNVRYCGYVVVVKVEDGGSENNNSPSDQN DELFDQPEGGANALNINSLRLLLHSTTQPENNKQMTQTQMFEELSGSNAFVEKLIKESLSKLEEEELGLDYFVRWELGAC WIQHLQDQNSADKDKKPSLEKAKNEMKVEGLGKPLKALKNNKKKSDSSNTMLASEYSKPNQEVENAPLPSIESQPDTTAA DNELLLKGILSAAAFTRLKESGAGLHCKSIQDLINLSRKYYLDVAIPKLVADFGSLELSPVDGRTLTDFMHTRGLRMQSL GHVVKLSEKLSHVQSLCIHEMIVRAFKHILRAVISAVVDKEKMATSIAGALNLLLGVPENRESDKSCELHPIVWRWLVLF LKKRFDWDLSRLNYKDVRKFAILRGLCHKVGIELAPRDFDMDSPFPFQKSDIVSLVPVHKQAACSSADGRQLLESSKTAL DKGKLEDAVTYGTKALAKLVAVCGPYHRMTAGAYSLLAVVLYHTGDFNQATIYQQKALDINERELGLDHPDTMKSYGDLA VFYYRLQHTELALKYVKRALYLLHLTCGPSHPNTAATYINVAMMEEGLGNVHVALRYLHKALKCNQRLLGADHIQTAASY HAIAIALSLMEAYPLSVQHEQTTLQILRTKLGPDDLRTQDAAAWLEYFESKAFEQQEAARNGTRKPDASIASKGHLSVSD LLDYINPNHDSKGRDAAAKRRSQVKASTYQNIDSASSDESSKEIQKEVSDEDVPIPDPGGSADSEPENNSAPDSEEHICE KISDEKPQMSGQILSEAPADGDDGWQPVQRPRSAGSYGRRLKQKRLGKVHNYQKNVETSAEYPLGRSDNQNSRYYFLKKR SMYHGGSADNHAFNITQGSKFGRKVVKAVTYRVKSMPSAPKTASDETLEIGDKQLSSHSELDSNDDHPIKTSVVSLGKSP SYKEVALAPPGTISKFQVYNPQSEIPECREHDVGKHKEEDVEAHKSINPTPKEVNDMSQEKCDDPLSDSVDDTQDDIVVA PEKKAESQLIEVVQENSGSAEVLESVDVDAQGTDDNSIVIDAVQNHLESYKQEPNATNSSGSFEPSDDTKSNSPGGDDSS SSPSHAGVIAYKKLSASAAPFNPSPAIARAAPIAMNITHLSGPGPVPAIGPWALNMPGPATLLPAGTPMCSSPHHAYPSP PTTPNMIQPLPFMYPPFTQPQSIPTNNFPVSNAFHANHFTWQCNLNPAISKFGPSAVWPGCHPMEFSHPVPIVEPIPDII SEPQVQYHAVESPRSASVLPEDIDNIGDSNKEIKALTSEASEDEVVRAGSESIKENGNPNFPGTENAENKPNLNIGSNGS SSSSETNMDGEKTFSILIRGKRNRKQTLRMPISLLTRPHGSQSFKVIYNRVVRGSDAPKSINFSSSKHCTATA 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 1827 1827 0.0
PANTHER 1 1827 1827 0.0
Pfam 49 115 67 2.1E-7
MobiDBLite 123 149 27 -
SUPERFAMILY 180 271 92 1.01E-6
ProSiteProfiles 301 576 276 25.263
MobiDBLite 468 482 15 -
MobiDBLite 468 489 22 -
MobiDBLite 568 636 69 -
MobiDBLite 568 592 25 -
MobiDBLite 604 636 33 -
Pfam 698 840 143 2.0E-22
CDD 700 841 142 9.38595E-39
Gene3D 870 984 115 1.4E-21
SUPERFAMILY 877 982 106 2.4E-13
Pfam 910 980 71 2.8E-13
SMART 911 944 34 0.28
ProSiteProfiles 911 1028 118 12.292
ProSiteProfiles 911 944 34 8.437
SUPERFAMILY 948 1075 128 2.28E-13
ProSiteProfiles 953 986 34 6.284
SMART 953 986 34 73.0
Gene3D 985 1170 186 2.8E-16
Pfam 994 1068 75 5.3E-12
SMART 995 1028 34 24.0
ProSiteProfiles 995 1028 34 6.52
MobiDBLite 1123 1240 118 -
MobiDBLite 1127 1141 15 -
MobiDBLite 1143 1158 16 -
MobiDBLite 1159 1173 15 -
MobiDBLite 1190 1204 15 -
MobiDBLite 1314 1355 42 -
MobiDBLite 1326 1347 22 -
MobiDBLite 1393 1442 50 -
MobiDBLite 1393 1409 17 -
MobiDBLite 1454 1475 22 -
MobiDBLite 1490 1525 36 -
MobiDBLite 1718 1769 52 -
MobiDBLite 1733 1769 37 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0395200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…