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LotjaGi3g1v0395200.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0395200
Transcript ID LotjaGi3g1v0395200.3
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Clustered mitochondria protein; TAIR: AT1G01320.2 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4JKH6|TSS_ARATH Protein TSS; TrEMBL-Plants: tr|A0A072TYM9|A0A072TYM9_MEDTR Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit; Found in the gene: LotjaGi3g1v0395200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:79505649..79519794) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GCCATTTTATCACTCTGACGATTGAATCTCAGCCCTTCCTTCCTTATCATACCACCCTCCCCACCTATATCTCTCTGCTT CCCTCTGCCATTTTTCTTCCTCTATCAACTTTTCCTCCTTCTAGTGGATGAAAGCTTCAACTCAAAAACCTCTGTGATGT TCATGCAGTTTAATCCCCATTATTTCTCTGCATAAACACTCATTTTCAGTCTGTACTTTACACTTATCTGTTTCAGTGGC TTAGTCAATTACTTCATAAACGCATTAAATACACCTCTTCAATAATCGAAGTCCTTTATATAAAGGCTTCAGCTTTTTGC TTTGGTAATTCTTTTGCTATTCTGCAATATTCAATAGACACCCTTTGGCATTTCTCTGCAGATTATGAATAGTTGCTGCT GCATATATTGTTTTTATACTCTAACTTGTGTTCTTCTGTGAATGCTTAGTGACAGAAAGCTTCAATTTCTAGTTTTTTTT CCTCAATTTCAAAGGAGTTGAAAATGGCACCAAGAAACACTCGCGGAAAGGCTAAGGGTGAGAAGAAGAAGAAGGAAGAA AAGGGTAACAAATTCTGAATCTGAACAGTTTTTTAATATACCATTTGGTTAAAACAGAGGATAAGCACTTCTGGAACTTG TTGGTGTAACTTAATTGTTTCTTTGTTGTAATTTTTGCAGTTCTTCCAGTTGTGATAGATGTCACTGTGAACCTTGTCGA TGAAACTCAAGTTGTTCTCAAGGTTTGTTTTAGTCCAATTGGGTAAAAATTGAAAAGATAAGGTTTAAGTGCAAGAGTGC AAGATAAGGTTTAAGTGCGTGTTTGGATAACGATTAGAAAGTATGAAAACGGAAAAATAACGCATCTTAAAATACTTTTT ATTGAAATAATAACTATTTCAACATAAGACGCCTCATTTTTCTCTATTCATATTTTTTAATGGGTATTCAAAAGATGTCT 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0395200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCACCAAGAAACACTCGCGGAAAGGCTAAGGGTGAGAAGAAGAAGAAGGAAGAAAAGGTTCTTCCAGTTGTGATAGA TGTCACTGTGAACCTTGTCGATGAAACTCAAGTTGTTCTCAAGCAGGGCATATCAACTGATAGAACAATAGATGTTCGTC GACTTTTAACAGTTAATACAGAGACATGTCATATCACTAATTTCTCCCTATCACATGAGGTTAGAGGGCCTCGTTTGAAG GATTCGGTGGATGTTTCCGCACTGAAGCCCTGCTTCCTCACTCTAGTGGAAGAGGATTACGATGAAGAACGAGCGGTGGC TCACGTCCGAAGACTCCTCGACATCGTCGCCTGCACCACCACCTTCGGTCCGTCGTCGACGCCGAAGAATGCCGCCACCA CCGCGCCGAAGTCCAAACCTCCGCCGGCCAATCCGTCACCGAAAGATGCCACCGCGGCGGCGGCGGCAGCCGCAGCAGAC GGAGACGGCGAGATAAGCCACTCTTGCCCTAAGCTGGACAGTTTCTACGAGTTTTTCTCGCTTTCGAATCTCACTGCACC GATCCAATATGTGAAGAAAGCTGCGAGGCGCCACGTGGAGGAGATAGCAGAGGCTGATCATCTGTTTTCGCTCGATGTGA AGCTGTGTAATGGGAAAGTGGTGCATGTTGAAGCTTGCAGAAAGGGGTTTTATAGCATTGGGAAGCAGCGGATTCTGTGT CACAATCTTGTTGATTTGTTGAGACAGCTTAGCAGAGCTTTTGACCATGCGTACGATGATCTCTTGAAGGCATTTCTAGA ACGCAACAAGTTTGGGAATCTCCCCTATGGCTTCAGAGCCAACACATGGCTTGTTCCTCCTATTGCAGCTCATTCACAAT CAGTTTTTCCTTCTCTCCCTGTGGAGGATGAAACTTGGGGTGGAAATGGTGGTGGTCTTGGAAGAGACGGGAAATTTGAT 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GCTGATAATGAACTTTTGCTAAAAGGGATATTATCTGCAGCAGCTTTTACCCGATTGAAAGAATCAGGAGCTGGACTTCA CTGCAAGTCTATTCAAGATTTGATCAACTTATCTCGGAAATATTACCTGGATGTTGCTATCCCTAAACTGGTAGCAGATT TTGGCTCATTGGAACTCTCTCCAGTTGATGGCCGCACCCTAACTGATTTTATGCATACTCGTGGTCTACGCATGCAATCT CTTGGACATGTTGTCAAGCTTTCGGAAAAGCTTTCACATGTGCAGTCACTTTGTATTCATGAGATGATAGTTCGAGCTTT CAAGCACATCCTTAGGGCAGTGATTTCTGCCGTTGTTGACAAGGAGAAAATGGCTACATCAATAGCTGGTGCATTGAATT TGCTACTTGGTGTTCCTGAAAATAGAGAATCAGATAAATCATGCGAACTTCACCCCATTGTATGGAGATGGCTAGTATTG TTTTTGAAGAAACGGTTTGACTGGGATCTTAGCAGGTTAAATTACAAAGATGTGAGGAAATTTGCAATTTTACGAGGCTT GTGTCACAAGGTGGGAATTGAGCTTGCTCCAAGGGATTTTGATATGGATTCTCCATTTCCCTTCCAAAAATCTGACATTG TCAGCTTGGTCCCAGTTCACAAGCAAGCAGCATGCTCATCTGCAGATGGAAGGCAGCTCCTAGAGTCATCCAAGACAGCT TTAGATAAGGGAAAGCTTGAAGATGCTGTTACCTATGGGACAAAGGCTCTTGCAAAGCTGGTAGCAGTTTGTGGTCCCTA CCATCGGATGACAGCGGGAGCATACAGCCTCCTTGCTGTAGTTTTATATCATACTGGAGACTTCAATCAGGCGACAATTT ATCAACAAAAAGCTTTGGATATCAATGAGAGAGAGTTAGGTCTGGATCATCCTGATACCATGAAGAGCTATGGGGATCTT GCAGTTTTCTATTACAGACTTCAACACACAGAGCTGGCTCTGAAGTATGTGAAGCGTGCTTTATATCTGTTGCATCTGAC TTGTGGTCCATCTCATCCAAATACTGCTGCAACATACATTAATGTTGCTATGATGGAGGAGGGTTTAGGAAATGTACATG TTGCTCTCAGATATCTTCACAAAGCATTAAAGTGCAACCAAAGATTACTTGGTGCAGATCATATTCAGACAGCTGCAAGT TATCATGCAATAGCAATAGCACTCTCATTGATGGAAGCATACCCATTGAGTGTGCAGCATGAGCAAACAACTTTGCAAAT TCTCCGAACAAAACTTGGCCCTGACGACTTGCGTACACAGGATGCTGCAGCTTGGCTTGAGTATTTTGAGTCCAAGGCTT TTGAACAACAAGAAGCTGCTCGTAATGGTACTCGAAAACCTGATGCATCAATAGCTAGCAAGGGTCATCTAAGTGTGTCA GATCTTCTTGACTACATTAATCCTAATCACGATTCCAAAGGGAGGGATGCAGCAGCCAAGAGAAGAAGCCAGGTTAAGGC TTCAACCTACCAGAACATTGACTCAGCAAGTTCTGATGAGTCTTCAAAAGAAATTCAAAAAGAGGTTTCAGATGAAGATG TACCTATACCTGACCCAGGAGGTAGTGCAGATTCTGAGCCTGAGAACAACTCTGCACCTGACTCAGAAGAGCATATTTGT GAAAAGATATCTGATGAAAAGCCACAAATGTCTGGTCAAATACTGTCTGAAGCTCCTGCTGATGGAGATGATGGATGGCA ACCTGTTCAAAGACCAAGATCAGCTGGCTCATATGGTCGGCGACTGAAGCAGAAACGGCTTGGAAAAGTTCATAATTATC AGAAGAATGTTGAAACTAGTGCAGAATACCCTTTGGGAAGGAGTGATAATCAGAATAGTAGGTATTATTTCTTGAAGAAG CGGTCAATGTACCATGGGGGCTCTGCAGATAATCATGCTTTCAACATCACCCAAGGCTCTAAATTTGGAAGGAAAGTAGT CAAAGCTGTTACATACAGGGTTAAGTCTATGCCCTCAGCTCCCAAGACTGCTTCAGATGAGACATTAGAAATTGGTGACA AGCAACTAAGTTCTCATTCAGAACTTGATTCTAATGATGACCATCCAATTAAGACTTCAGTAGTTAGTCTTGGAAAATCT CCTTCGTACAAGGAAGTAGCATTGGCTCCTCCGGGGACAATCTCCAAGTTCCAGGTCTATAATCCTCAAAGTGAGATTCC TGAATGCCGTGAACATGATGTTGGAAAACATAAAGAGGAAGATGTTGAAGCTCATAAAAGTATTAATCCAACCCCGAAGG AGGTAAATGATATGTCTCAAGAGAAGTGTGATGATCCTTTATCAGATTCTGTAGATGATACACAAGATGATATTGTGGTT GCTCCTGAAAAGAAAGCGGAAAGTCAGTTGATTGAAGTTGTACAAGAAAATTCTGGGAGTGCTGAGGTCCTTGAATCTGT GGATGTTGATGCTCAAGGAACAGATGATAATAGCATAGTGATTGATGCTGTACAGAATCATTTGGAGTCTTACAAACAAG AACCTAATGCAACTAATTCATCTGGCAGTTTTGAACCTAGTGATGATACAAAGTCCAATTCACCAGGTGGTGATGATTCA TCATCAAGTCCGAGTCATGCCGGGGTCATCGCCTATAAGAAATTGTCTGCATCTGCTGCTCCATTCAACCCGTCACCTGC CATTGCACGTGCTGCTCCAATTGCCATGAATATAACTCATCTTTCTGGTCCTGGTCCTGTTCCTGCTATTGGCCCCTGGG CACTAAACATGCCGGGACCTGCTACTTTGCTACCTGCAGGTACCCCAATGTGTTCCTCTCCACACCACGCATATCCATCA CCTCCCACAACACCAAATATGATTCAACCATTGCCTTTCATGTATCCTCCTTTTACCCAACCTCAGTCAATACCAACCAA CAACTTTCCGGTCAGTAATGCCTTTCATGCCAATCATTTTACATGGCAATGTAATTTGAACCCCGCCATATCTAAGTTTG GTCCCAGTGCAGTTTGGCCTGGTTGTCATCCTATGGAATTTTCTCATCCGGTACCTATTGTTGAACCAATCCCTGATATC ATTTCAGAGCCACAAGTGCAGTATCATGCAGTTGAAAGTCCCCGTTCAGCTTCAGTTCTGCCTGAGGATATTGATAACAT AGGGGATTCCAATAAAGAGATAAAAGCTTTAACATCCGAGGCAAGTGAAGATGAAGTGGTGAGAGCTGGTTCGGAAAGTA TAAAAGAAAATGGTAATCCAAATTTTCCTGGGACAGAAAATGCTGAGAACAAGCCAAATCTAAACATTGGCTCGAATGGC AGCAGTAGCAGCAGTGAAACAAACATGGATGGTGAGAAAACATTCAGCATTTTGATTCGAGGAAAGAGAAACCGAAAGCA GACTCTCAGAATGCCAATAAGTTTGCTTACACGGCCTCATGGCTCTCAGTCGTTTAAGGTCATATATAACCGTGTAGTTA GAGGAAGTGATGCTCCCAAGTCCATCAATTTCTCTTCAAGTAAACATTGTACAGCTACTGCTTAA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0395200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAPRNTRGKAKGEKKKKEEKVLPVVIDVTVNLVDETQVVLKQGISTDRTIDVRRLLTVNTETCHITNFSLSHEVRGPRLK DSVDVSALKPCFLTLVEEDYDEERAVAHVRRLLDIVACTTTFGPSSTPKNAATTAPKSKPPPANPSPKDATAAAAAAAAD GDGEISHSCPKLDSFYEFFSLSNLTAPIQYVKKAARRHVEEIAEADHLFSLDVKLCNGKVVHVEACRKGFYSIGKQRILC HNLVDLLRQLSRAFDHAYDDLLKAFLERNKFGNLPYGFRANTWLVPPIAAHSQSVFPSLPVEDETWGGNGGGLGRDGKFD LIPWANKFSYIASMSCKTAEERQIRDRKAFLLHSLFVDVAIFRAIRAVKHVMEEHNFSCSAAENGIIYTEKVGDLSIRIL KDGSVASCKIDTKIDGVEATGVNQKDLLERNLLKGITADENTAAHDITTLGVVNVRYCGYVVVVKVEDGGSENNNSPSDQ NDELFDQPEGGANALNINSLRLLLHSTTQPENNKQMTQTQMFEELSGSNAFVEKLIKESLSKLEEEELGLDYFVRWELGA CWIQHLQDQNSADKDKKPSLEKAKNEMKVEGLGKPLKALKNNKKKSDSSNTMLASEYSKPNQEVENAPLPSIESQPDTTA ADNELLLKGILSAAAFTRLKESGAGLHCKSIQDLINLSRKYYLDVAIPKLVADFGSLELSPVDGRTLTDFMHTRGLRMQS LGHVVKLSEKLSHVQSLCIHEMIVRAFKHILRAVISAVVDKEKMATSIAGALNLLLGVPENRESDKSCELHPIVWRWLVL FLKKRFDWDLSRLNYKDVRKFAILRGLCHKVGIELAPRDFDMDSPFPFQKSDIVSLVPVHKQAACSSADGRQLLESSKTA LDKGKLEDAVTYGTKALAKLVAVCGPYHRMTAGAYSLLAVVLYHTGDFNQATIYQQKALDINERELGLDHPDTMKSYGDL AVFYYRLQHTELALKYVKRALYLLHLTCGPSHPNTAATYINVAMMEEGLGNVHVALRYLHKALKCNQRLLGADHIQTAAS YHAIAIALSLMEAYPLSVQHEQTTLQILRTKLGPDDLRTQDAAAWLEYFESKAFEQQEAARNGTRKPDASIASKGHLSVS DLLDYINPNHDSKGRDAAAKRRSQVKASTYQNIDSASSDESSKEIQKEVSDEDVPIPDPGGSADSEPENNSAPDSEEHIC EKISDEKPQMSGQILSEAPADGDDGWQPVQRPRSAGSYGRRLKQKRLGKVHNYQKNVETSAEYPLGRSDNQNSRYYFLKK RSMYHGGSADNHAFNITQGSKFGRKVVKAVTYRVKSMPSAPKTASDETLEIGDKQLSSHSELDSNDDHPIKTSVVSLGKS PSYKEVALAPPGTISKFQVYNPQSEIPECREHDVGKHKEEDVEAHKSINPTPKEVNDMSQEKCDDPLSDSVDDTQDDIVV APEKKAESQLIEVVQENSGSAEVLESVDVDAQGTDDNSIVIDAVQNHLESYKQEPNATNSSGSFEPSDDTKSNSPGGDDS SSSPSHAGVIAYKKLSASAAPFNPSPAIARAAPIAMNITHLSGPGPVPAIGPWALNMPGPATLLPAGTPMCSSPHHAYPS PPTTPNMIQPLPFMYPPFTQPQSIPTNNFPVSNAFHANHFTWQCNLNPAISKFGPSAVWPGCHPMEFSHPVPIVEPIPDI ISEPQVQYHAVESPRSASVLPEDIDNIGDSNKEIKALTSEASEDEVVRAGSESIKENGNPNFPGTENAENKPNLNIGSNG SSSSSETNMDGEKTFSILIRGKRNRKQTLRMPISLLTRPHGSQSFKVIYNRVVRGSDAPKSINFSSSKHCTATA 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 1828 1828 0.0
PANTHER 1 1828 1828 0.0
Pfam 50 116 67 2.1E-7
MobiDBLite 124 157 34 -
SUPERFAMILY 181 272 92 1.01E-6
ProSiteProfiles 302 577 276 25.263
MobiDBLite 469 483 15 -
MobiDBLite 469 490 22 -
MobiDBLite 569 637 69 -
MobiDBLite 569 593 25 -
MobiDBLite 605 637 33 -
Pfam 699 841 143 2.0E-22
CDD 701 842 142 9.39135E-39
Gene3D 871 985 115 1.4E-21
SUPERFAMILY 878 983 106 2.4E-13
Pfam 911 981 71 2.8E-13
ProSiteProfiles 912 1029 118 12.292
ProSiteProfiles 912 945 34 8.437
SMART 912 945 34 0.28
SUPERFAMILY 949 1076 128 2.28E-13
SMART 954 987 34 73.0
ProSiteProfiles 954 987 34 6.284
Gene3D 986 1171 186 2.8E-16
Pfam 995 1069 75 5.3E-12
ProSiteProfiles 996 1029 34 6.52
SMART 996 1029 34 24.0
MobiDBLite 1124 1241 118 -
MobiDBLite 1128 1142 15 -
MobiDBLite 1144 1159 16 -
MobiDBLite 1160 1174 15 -
MobiDBLite 1191 1205 15 -
MobiDBLite 1315 1356 42 -
MobiDBLite 1327 1348 22 -
MobiDBLite 1394 1410 17 -
MobiDBLite 1394 1476 83 -
MobiDBLite 1491 1526 36 -
MobiDBLite 1719 1770 52 -
MobiDBLite 1734 1770 37 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0395200.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…