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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0073100 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0073100.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Autophagy-related protein 2; TAIR: AT3G19190.2 autophagy 2; Swiss-Prot: sp|F8S296|ATG2_ARATH Autophagy-related protein 2; TrEMBL-Plants: tr|G7JLA6|G7JLA6_MEDTR Autophagy protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0073100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:9270973..9284317) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ACGGAAAACCGAACCAAAAAGCAGAATATTAGAAAAGGAACATGATAGAGTTAAGTCAAGTTGATATTGAGATTTTAAAA ACCTTATAAAACATCTTCATCAATTTCTTCGTTGTTGCGTATGGAGGAGGAGCTTTCTCGTAGTTGGTCGCCGCCACCGC AAAACATCGCAACCCACCGTCATCCTCCTTCTTCTCCGATTTCACGGTTTCAGCCGGAACCCTAATTCCTCAATTTCCCC CAATTTCGAAGAAACCACCACCCACCATCACCATGTGGAACATTGCGAAATCAGCGGAAGCCATGTTCTCCCGCTGGGCA CTCAAGAGGGTTTTCAAATTCTTCCTCAAGAAGAAATTGGGGCAGTTCATTCTCGGTGACATCGACCTTGACCAGCTCGA TGTTCAGCTCTCTCAGGGTACCATTCAGCTCACCGATCTCGCTCTCAATCTCGACTTCATCAACGCCAAGGTAATGCACT GATGCTTCTGTTTATCATGTTTTATAAGTTTCTTTTTGTTTCCCTCAATTTTCGTCGGTTGTTGATGTTGATGAGTGTAG TAATATATTGCATATATTTGCTTGAGATTATTGATGCTTCTTTGACATGAGTTGTCCTAGGGATTAATTATTAGATTAAG CCAAATGCTAACTAGTTCCCGACAGTTAGGATCGTAATATAACTACGCCCAATTATACGATCGAACGTAGCTTTGATACC ATTTATTAGGTTTATAAGTGTTAGACAATTGATATACTGGAAGAGTATTGGATCAACTAGAAGAAGGGTGTAGTGTTATT GGCTTTGGTTCTTTGTAGTAGAAGCTAGCAAATAAACCAAGTAACCAACGCTAGCTAAGGTTTCAAAAATAGCAAGTTTT TATTCTCTCAATTGGTTAAGGGCTTAAGGGATCTGGTTAGTAGGACCCTGAGATTAATTATACTGGTAGAAACTATGGGG 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0073100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTGGAACATTGCGAAATCAGCGGAAGCCATGTTCTCCCGCTGGGCACTCAAGAGGGTTTTCAAATTCTTCCTCAAGAA GAAATTGGGGCAGTTCATTCTCGGTGACATCGACCTTGACCAGCTCGATGTTCAGCTCTCTCAGGGTACCATTCAGCTCA CCGATCTCGCTCTCAATCTCGACTTCATCAACGCCAAGTTGAGCAAGACAGCATCTGTTATGGTCAAAGAAGGATCAATT GGCTACCTGTTGGTTAAAATGCCTTGGAGTGGTAAAGGTTGTGAGGTTGAACTCAATGAGCTCGAACTAGTAGTTGCTCC ATGCACAGATAGAATCTCAACTACTGAGGATGAAACTTGTGGCTCTGTCGATAATGATAATTGTCACTTCAGATATAACT CAACTAGGACTGAGCATGAAATAGCAGATGATGCTCTCAAATCAACTTTGGTAGACGTTCACGAAGGTGTGAAAACTATT GCAAAGATGGTAAAGTGGTTGCTTACAAGCTTCCATGTGAAAATAACAAACATAATTGTTGCATTTGATCCATCTTTAGA CAATGAAGAGAAGAAAGCAAATTGTCATCATACCTTAGTTCTACGAATTTCTGAAATTCAATGCGGAACAAGTCTTTCTG AAGATGTTGGTTCAAGTGTTGATGTCCTTGGAATAAGCCAGTTAACAAACTTTGTAAAGTTTCATGGGGCAGTGCTTGAA CTTCTCAAAATAGATAATGATGATAACCAGTTATCCTTTCAACATGTATCAAAAGTAGGGTGTGGTGAACCTGTTTTGGG ATCAAATAGAACCACATGTCCAGTCATAACCGGGAAGCAAGACGGATTTGGTGGAAATATAAAATTAAGTATTCCTTGGA AGAATGGATCTTTGGACATACGCAAGGTGGATGCAGATATTTGTGTTGATCCTGTAGTGTTAAGATTTCAACCTAGCACA 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GTTAGACCAGATCCTCTAACTCCCCTTGAGGAGTACAGATTAAATGTTGCTGTTCTACCTATGCTATTACATCTACATCA GCGCCAGCTTGATTTTCTTATTGATTTCTTTGGGAGAAAAAACACATTGAATGATCAGTTTCCCAATAATTGTCAAGATT TGGAGGGTTCAAAATCTGTGCCCGAGAATAGTAAAGATCCTGCTTGTCATTCAATTGCACAAGAGGCATTGCTTCCTTAC TTCCAGGCAAGTGGTGTTCTAGAACATGATTATATTTTTAATTTCTTGTTTAGCTTGAACTAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0073100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MWNIAKSAEAMFSRWALKRVFKFFLKKKLGQFILGDIDLDQLDVQLSQGTIQLTDLALNLDFINAKLSKTASVMVKEGSI GYLLVKMPWSGKGCEVELNELELVVAPCTDRISTTEDETCGSVDNDNCHFRYNSTRTEHEIADDALKSTLVDVHEGVKTI AKMVKWLLTSFHVKITNIIVAFDPSLDNEEKKANCHHTLVLRISEIQCGTSLSEDVGSSVDVLGISQLTNFVKFHGAVLE LLKIDNDDNQLSFQHVSKVGCGEPVLGSNRTTCPVITGKQDGFGGNIKLSIPWKNGSLDIRKVDADICVDPVVLRFQPST IKWLLQSWETLKKLNNDGKGCRSNNLRGPAQLNSTLCPSTLDSVNNVTSGTITGHGSLPTEGVSLTHPEPLTHLISDWVP FSTHLSHKDGIQELDFGASVDQFFECFDGMRNSQSALGSSGMWNWTCSVFSAITAASSLASGSLHIPSEQQHVETNLRTT SAGISVVLSFFDEENNFYDLKIWNTAGLQIDYLAAECHEIDVALRVSPQGMTLDGRVKELEVANFMNIGIDAKNRNALVY HLQAKVLDALPLCSAYNIDSDSLIGEAATDLPFGNKDCLLKVMLFKTSGVTNCKFTLQSSSSDGSLTGMSSFSLNLPPFI LWVIFPVINVITNLLEEIGKSLEVNNKAKGVLSEASDEKCGSSRSDLKEGFSPSVTSFSTTECSHGDISISSARVVLCFP FERVGDDASSFFWEKFIAFDFTSSSPSNKGCTPDGSQASNASSKERVPSAAARSLQLNFCDLDIYLITSTSNDCGKINYD VPNEKFSASCFLSIARKRGCFSVVRVVWQGGQVTGPWIAKKARLFANSEQSRGKDDIAGRGYEFASVSTVKDLEDWKSQT QQELILSSSCLVHVHLFQALINVNDSQYKDIHHLLLQLLNALTCVPSQEAIVEKEPSVPQSSIFMECDSVEIVISKDTSE IIRSSIKSELPGQWHQFKLKVQKFELLSVTNTGGIKAASFFRLTHGEGKLSGFITGVPDHEFLLITCNNSSVKRGNGGGS NALSSRCAGCDIMYLSDPENSHNITSIAVSCGTVIAVGGRLDWFDVISSFFILPAPNTKDAGDTSVSAKEQNLSYTTSFV LSLIDIAFSYEPYMKNLVVVQTEVLISEPGFSCVKEDMGGQSVSCLLAASSLTLSNSSLADSAESVFQIRVQDLGFLLHL ISDLNSLPSTYSVESLQKTGYVKVAQEAFLEAILKLNCANGLLWELELSKSHLNVETCYDTTATLIRLASQLQQLFAPDV EESIVHLQNRWDTVQQAQQRSEFNNESKNLTRDMLASTSEQSSPKQFSKDGSSIAGLMDEICEDVFQVNDNNTRQSCYFD PGSCMPLDGSMIEVGNMNLDGPEVLSPELTLSESVPLIGQEGNHASFLQDGCFPEIIESYCLSDLRPLSELSSNKLRNVE HRNIDRGSGGWYGGSSLKVLENHISEENEKTGLKAADQGMLLSNDSPSHKEICGRVILNKIDIRWKMYGGSDWLYLGKKG QHCGRNTSVCLELALSGMKFQYDIFPVGGLHVSKMSVSVQDFYLFDRSQDAPWILVLGYYHSKGHPRESYSKSFKLDLEA VRPDPLTPLEEYRLNVAVLPMLLHLHQRQLDFLIDFFGRKNTLNDQFPNNCQDLEGSKSVPENSKDPACHSIAQEALLPY FQASGVLEHDYIFNFLFSLN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 11 | 1682 | 1672 | 0.0 | ||
| PANTHER | 11 | 1682 | 1672 | 0.0 | ||
| Pfam | 18 | 117 | 100 | 3.3E-13 | ||
| MobiDBLite | 744 | 765 | 22 | - | – | |
| Pfam | 1208 | 1279 | 72 | 9.0E-7 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Autophagy | The cellular catabolic process in which cells digest parts of their own cytoplasm; allows for both recycling of macromolecular constituents under conditions of cellular stress and remodeling the intracellular structure for cell differentiation. | ||
| Biological process | Autophagy of peroxisome | The process in which peroxisomes are delivered to the vacuole and degraded in response to changing nutrient conditions. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0073100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…