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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0098200 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0098200.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Tetratricopeptide repeat protein 13; TAIR: AT4G37460.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4JS25|SRFR1_ARATH Suppressor of RPS4-RLD 1; TrEMBL-Plants: tr|I1MVQ3|I1MVQ3_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0098200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:13281055..13296793) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAGCACCGCTGCTATCTATCTAGCACTCGCCTTCTTCCCAATTTCCAGTCCTGCACCTGTTAAGTGTTAACTAACCACTG CACAACACAACAACTGCCCCAACTTTCACATTCACTGAACCCAGTCACAATTCAAAACACCGATTCCCTGCACCTCACTC ACTCACTCACTCACTCATGGCTCCTGCTGCAACCTCCGAGCGAGTCGAGTTAACTCGGTTCTGCGCCTCCAAGGACTGGT CCAAGGCCATTCGAGTTCTCGATTCTCTCATTTCTCGCTCCGCTTCAATCCAAGACATATGGTGCGTATTCCACACACTT CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTTCTCCATTTTCCATTATTGATTGAATGCCTAATTGCATTTTTCTTCGTTTCTT CAGCAACCGTGCCTTTTGCTACAGCAAATTGGAGCTCCACAAGCATGTGATCAAGGACTGTGATAGAGCGCTTCAGCTTG ATCCTGCGTTTCTTCAACCTCATATTCTCAAAGGTGTTGTATCCAATTCAATTCAATTCACTGTTTCTTCCTTTTGTTTT TGGTGTGATTGAATTTAGGTTTTTCTTACCTGTATCAAATCGCATATGTAACTCGTTATTTCAGAGTAAAATGCACTATG AATTGAAAATTTACGCTGCTGCCGCCGCTGACTTTATCCGAAAAATTTGTTCGATTTTCTATCCCCTGGGGCATTTTAAC ATTTTTCTGCTTCTTGTGATTAGTTAAATAGTTGAATTAGGGTTACAACGATTGCGCTCTGAAACCAATGCAGTAGAGGG AAAAGGAAATTTAAACTTACTTAACTGAAGTAAGAACGGAGTTGATTGATGCATATCATGTTGGAATTTTTCTTGATTCT ATAATGGATTTGTTCATGCTGTTTATGGATTAGCAATTTAGCATCATGTGATCCTTCTTGTTTACGATGAAATTTCGTTG 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ATCTGGGTTCCTATGGGTTCGATTGTGTGTATTTAAACATGGAGATGAAACTTTCTCTGAAGGTGATGTATGTGTTGCGT ATTCAGGGAATGCGTTTTCTTTTGGGTTTGAATTTATGGGCTTTCTAGTGTGCCATGTTGTGCCTTTGATGAATATGAAC ATTTGTTGAGTTGTAGGGTTTATTTTTTGGGTTTCTATTACTCTTTCTCGGTTTGAAGATTTTGTTTTCTAGGATTTTGT TCTTGAATACAGGTTTGGGGCTTTCATTTTCTGTAATTTTTTTCTTGTTTTGGGTGTTCAATTTTCTAGAGATGGTGAAG AATAAGGTGGAAATGTAGATGAAGATGAAGAACATGGTGCAGATGAACATGGTGAAGAT
CDS sequence (LotjaGi4g1v0098200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTCCTGCTGCAACCTCCGAGCGAGTCGAGTTAACTCGGTTCTGCGCCTCCAAGGACTGGTCCAAGGCCATTCGAGT TCTCGATTCTCTCATTTCTCGCTCCGCTTCAATCCAAGACATATGCAACCGTGCCTTTTGCTACAGCAAATTGGAGCTCC ACAAGCATGTGATCAAGGACTGTGATAGAGCGCTTCAGCTTGATCCTGCGTTTCTTCAACCTCATATTCTCAAAGGTTGC GCGCTCTCGGAGCTGGGAAGGAAAGCAGATGCTTTGTTGGTGTGGGAGCAAGGCTATGAGCATGCTCTGCATCACTCTGG GGATTTGAGGCAGCTTCTAGAACTTGAAGAGCTTTTGAGGACAGCAAAACAAGGCAACGATGCACTGAGTGAAACCCGTG CGGCATCTGTGCCACTTTCTGAATCAGGTTCTCTGAGTAATGGGAACTCGAGTGAAACTGATAAGAATCAAGATAGGTTG GCTCAGTTATGTGGTGATGCTTGTGATAAATCTGAGATATGCCTGAAGTCAATTGATAACTCTGACCCGAAAAATGAATT GCATGATGAAGATAGAGAGACTTATAAATCTGATGCCCAAGTGAATGGAAGCCCTGATGTTCTTGATTCACTATCTTATG CTTCTGAATCATGTAATGACTCAAGTGACTCTTCAGAATCAGGCGTTAAAGTATCTGCCAATAGTAGCGACTCAATTAAT GTCACTGAAAGTTTTAGAAACCCAATCAGTAAATTTATTTTTCCCTGTGAAATAAAAGATGAAGCAAGAAAGAATAAGAA GTTCTGTCTTACTCGGATTTCAAAGACAAATTCCATAAGTATAGATTTTCGACTCTCCAGGGGTATATCAGAGGTTAATG AAGGAAAATATGCTCAGGCCATATCCATTTTTGACCAGATATTGAAAAAGGACCCTGCATACCCTGAGGCATTGATAGGA AGAGGGACTGCATATGCATTCCAGAGAGAAATTGATGCTGCTATAGCTGATTTTACAAAGGCTATACAATTTAATCCATT GGCCAGTGAGGCATGGACAAGGAGAGGTCAGGCCCGGGCAGCCTTGGGAGAGTTTGCTGAGGCTATTGAAGACATGACTA AAGCTTTAGAGCTTGAACCCAACTCTGCAGATATCTTACATGAGAGAGGGATGGTCAATTTCAAGTTTAAAGAGTTTGGT GCTGCTGTTGAAGACCTTTCAGCTTGTTTGATTCTAGATAAGGATAATAGCTCCGCCTACACATATTTGGGTTTAGCACT ATCTTCAATTGGTGATTATAAGAAAGCTGAAGAAGCCCATCTAAAAGCACTTCAACTTGACAGAAATTTCCTTGAAGCAT GGGCACATCTGATTCAGTTCTATCATGATCTAGCAAATGCAACTAAAGCTCATGAATGTCTAAATGAGGTGCTACGAATT GACGAGAGATTTGCAGGAGGGTATCATTTGCGTGGCGTTTTGTTTCATGCAATGGGTGAGCATAGGAAAGCTATCAAGGA TTTAACAAGGGGCTTGAGCATTGATGGCACCAACATTGACTGTTTATATTTAAGAGCTTCCTGCTACCAAGCTGTTGGAC AATACAAAGAGGCGGTCAAGGATTATGATGCTGCACTGAATTTGGATTCGGACTCAATGGAGAAGTTTGCGCTACAATGC CTTGCCTTTTATCAGAAGGAGATTACTCTGTACACAGCCTCAAAGTTTAACAATGATTTTTGCTGGTTCGATATTGATGG AGATATTGATGCACTTTTTAAGGAGTACTGGTGCAAGAGATTGCATCCAAAGAATGTATGTGAAAAGGTGTTCAGACAAC CTCCTTTGCGTGATTCTTTAAGGAAGGGAAAGCTTAGAAAGCAAGAATTTACTATTACAAAGCAGAAGGCTGCTCTTCTA CAGGCTGCAGACTCCATTGGCAAGAAAATCCAGTATGATTGTCCTGGATTCCTGCCTAATAGACGTCAGCATCGGATGGC AGGACTTGCTGCTATTGAAATTGCTCAGAAGGTCTCAAAGGCTTGGCGTTCCCTGCATGCTGAATGGAAATATTCTAAAG GCAACTCAAAGAATGGAAAACGGGCCAAGCGAAGGGAAAGAATTAACAGGCCCAGTCAAAACAGGGGAGGTGTTGGTTGC AGTACGAGCAGTACCTTGGAAACATCTTTACATGGCACTGTAGATGATAGATCATCCAGCTGTACAATGTCATGGCAAGA TGTTTACTCATTAGCTGTTAGATGGAGACAGATTTCTGAGCCTTGTGACCCTGTTATGTGGGTGAACAAGCTAAGTAAAG ACTTGAATTCTGGAATTGGTTCTCATACACCTATGATTCTTGGGCAAGCCAAAGTTGTTCGTTACTTTCCTAATTATGAA AGGACATTGGATCTTGCGAAGACTGTCATGAAAGAAAGATCATTTGTGTACAGCAACACAGATGAGATGATCAATCTTTC CAAAGATGGAAAATTAGAACAGGTCATGCTAGCAAAATCGTGCTCTGATCTTTATAGAGTTATTGGTGAGGATTTCTGGT TGGCTACCTCGTGCAACAGTACTGCATTTGAAGGGAAGCAGCTTGAAGGGACAAGGATAACCCTTGAAAAAAAGGGGGAA CATGGGTTTGACTTTGCTATTAGAACACCTTGTACATCTGCTAGATGGGAAGATTTTGACGCAGAAATGGAAGTGGCATG GGAAACTCTCTGCAGTGCCTACTGTGGTGAAAATTATGGATCTACTGATTTCAACGTGCTTGAAGACGTGCGAAATGCAA TTCTAAGAATGACATATTACTGGTATAACTTTAGGCCCCTCTATAAGGGATCTGCTGCGGTTGGATTTGTAGTTATGCAG GGTTTGTTGCTTGCTGCCAATATGGAGTTCACAGGAAGCATCCCACAGGGTTTACAAGTTGATTTGGAAGCAATTTTGAG CTCTGATACAAACTCCTTTGTAGATTCTGTTGAAACGTGGCTATACCCATCTCTGAAGTTGACAACCTTATGGAAAGGCT ACCCTGATATTGTGTCAACTTTTGAAACAATAGGGTCCGTCGTTGCTGCTTTGAGTTTTTCTGACGATTTTTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0098200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAPAATSERVELTRFCASKDWSKAIRVLDSLISRSASIQDICNRAFCYSKLELHKHVIKDCDRALQLDPAFLQPHILKGC ALSELGRKADALLVWEQGYEHALHHSGDLRQLLELEELLRTAKQGNDALSETRAASVPLSESGSLSNGNSSETDKNQDRL AQLCGDACDKSEICLKSIDNSDPKNELHDEDRETYKSDAQVNGSPDVLDSLSYASESCNDSSDSSESGVKVSANSSDSIN VTESFRNPISKFIFPCEIKDEARKNKKFCLTRISKTNSISIDFRLSRGISEVNEGKYAQAISIFDQILKKDPAYPEALIG RGTAYAFQREIDAAIADFTKAIQFNPLASEAWTRRGQARAALGEFAEAIEDMTKALELEPNSADILHERGMVNFKFKEFG AAVEDLSACLILDKDNSSAYTYLGLALSSIGDYKKAEEAHLKALQLDRNFLEAWAHLIQFYHDLANATKAHECLNEVLRI DERFAGGYHLRGVLFHAMGEHRKAIKDLTRGLSIDGTNIDCLYLRASCYQAVGQYKEAVKDYDAALNLDSDSMEKFALQC LAFYQKEITLYTASKFNNDFCWFDIDGDIDALFKEYWCKRLHPKNVCEKVFRQPPLRDSLRKGKLRKQEFTITKQKAALL QAADSIGKKIQYDCPGFLPNRRQHRMAGLAAIEIAQKVSKAWRSLHAEWKYSKGNSKNGKRAKRRERINRPSQNRGGVGC STSSTLETSLHGTVDDRSSSCTMSWQDVYSLAVRWRQISEPCDPVMWVNKLSKDLNSGIGSHTPMILGQAKVVRYFPNYE RTLDLAKTVMKERSFVYSNTDEMINLSKDGKLEQVMLAKSCSDLYRVIGEDFWLATSCNSTAFEGKQLEGTRITLEKKGE HGFDFAIRTPCTSARWEDFDAEMEVAWETLCSAYCGENYGSTDFNVLEDVRNAILRMTYYWYNFRPLYKGSAAVGFVVMQ GLLLAANMEFTGSIPQGLQVDLEAILSSDTNSFVDSVETWLYPSLKLTTLWKGYPDIVSTFETIGSVVAALSFSDDF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 3 | 146 | 144 | 4.4E-15 | ||
| PANTHER | 6 | 1036 | 1031 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 37 | 554 | 518 | 2.4E-45 | ||
| ProSiteProfiles | 38 | 71 | 34 | 5.192 | ||
| SMART | 38 | 71 | 34 | 0.022 | ||
| SMART | 72 | 105 | 34 | 220.0 | ||
| Coils | 112 | 132 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 127 | 156 | 30 | - | – | |
| MobiDBLite | 179 | 233 | 55 | - | – | |
| MobiDBLite | 179 | 197 | 19 | - | – | |
| MobiDBLite | 198 | 233 | 36 | - | – | |
| Gene3D | 260 | 382 | 123 | 2.8E-28 | ||
| ProSiteProfiles | 281 | 552 | 272 | 58.273 | ||
| ProSiteProfiles | 281 | 314 | 34 | 7.995 | ||
| SMART | 281 | 314 | 34 | 3.1 | ||
| Pfam | 286 | 346 | 61 | 1.2E-6 | – | |
| SMART | 315 | 348 | 34 | 0.0033 | ||
| ProSiteProfiles | 315 | 348 | 34 | 9.883 | ||
| SMART | 349 | 382 | 34 | 8.5E-6 | ||
| ProSiteProfiles | 349 | 382 | 34 | 12.803 | ||
| Pfam | 350 | 381 | 32 | 4.4E-7 | ||
| SMART | 383 | 416 | 34 | 1.1 | ||
| Gene3D | 383 | 462 | 80 | 3.5E-14 | ||
| ProSiteProfiles | 383 | 416 | 34 | 6.874 | ||
| SMART | 417 | 450 | 34 | 1.9E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 417 | 450 | 34 | 10.237 | ||
| Pfam | 419 | 449 | 31 | 0.0061 | ||
| SMART | 451 | 484 | 34 | 44.0 | ||
| ProSiteProfiles | 451 | 484 | 34 | 6.579 | ||
| Gene3D | 463 | 569 | 107 | 2.1E-19 | ||
| ProSiteProfiles | 485 | 518 | 34 | 7.965 | ||
| SMART | 485 | 518 | 34 | 0.003 | ||
| SMART | 519 | 552 | 34 | 2.2E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 519 | 552 | 34 | 9.44 | ||
| Pfam | 520 | 551 | 32 | 5.6E-5 | ||
| MobiDBLite | 693 | 739 | 47 | - | – | |
| MobiDBLite | 714 | 739 | 26 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0098200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…