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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0242600 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0242600.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transportin-3; TAIR: AT5G62600.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q8GUL2|MOS14_ARATH Transportin MOS14; TrEMBL-Plants: tr|A0A0L9TRZ7|A0A0L9TRZ7_PHAAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0242600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:59107098..59120115) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGTTGACCAAACGTCAACTCATCAAACGGCTGAAAAACGATCGATCGCCATCATCATCCTCTTCCTCACCGGGCGCCAAA AACCCCTTTCGTCGCTTTATCAACAAACCTGACTCATTTCAAACCACGACGACGACGAAGCACTCACTCACCAAATTCCA AAATCCAAAACAGATAGAGATAAACCAGAGCTCAGAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAGATTCAGCTTTGGTTTCCGCGA TTCGATTTCGATTTGACCATGGAGCTTCAGAATACTGTGAAAGAAGCCCTAAATGCACTGTACCATCACCCTGATGATAC CGTTCGCATGCAAGCCGATCGCTACCTCCAGGAATTCCAGCGAACTTTGGATGCGTGGCAGGTGCTTTCTTCAATCCAAT CTCTGCTTTCTCAATTCGTTCTTATCTCTTTCCCTTCACGCCGATTCGATGATTCTTCTGCTTTATTTCGAGATGCTCAA TTTGATTTCATCGTTTTTTTTTTTTGCTGATTCTGGAGCTTTGAACTTTGCTGCAAGTTAGCTAGTTGTGTGTTACGGAA CCGTTTCTATTTCCGTGGCAATTTTTGTGGGTTTTGATGAGATGCTTAGGGCTTTTGTTTTTGCTTTTTGAACTGTGACC TTGGTAATTCAGTGCTGAGGCGCAATTTTGAACGTGCTTTGGTTGATTTCTGTAGGTGGCTGATAATTTGCTTCATGATC CCAGTAGCAATCTGGAAACCTTGATATTTTGCTCGCAGACTTTACGAAGCAAGGTAAGCTCTGAAGTTGTTAATGCTTAA GAATGTTGAATGTTGATTTCTGACTGCGAAATTCTTACCTAGAAGGGTTCTTTTTCTTAGTTTTTGAGTTGTTTATGTAT GAGTTAGGTTCAACGGGACTTTGAGGAACTACCTGCGACAGCATTCCGGCCTTTGCGCGACTCATTAAATGTGAGTGAGT 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GGAAGTTGCTTCACATCCTGAATATGATATTGCTTCAATGACTTTCAACTTTTGGCATAGTCTTCAGTTGAACTTGACTA AAAAGTAACGTTTCTCCTCTTTAAAGTAATGTCTTTTTGGCAATTGAATCAATCAGATTGTAAAAATGATTATTGCATAA TGCCATAATCTGACAGGGAGTCCTATATCTCATATGGTACTGAAGCATGCATTGAAGCTGAGAGAAATAGGAGGCTGCAG GTTTTTCGTCCTGCTTATGAGTCGCTTGTCTCACTGGTGAGTGTTCCTGGTTGGAAATTGAATTGAAATTTTCATCTGAA GCCATTGAACCCCCTGAATAGTTCATCGGTGGAAGTCATCATGTCATTGTGCTACTGTAGAATCTATTTTGTTATTATCT GTATCTAAATAAAAATAACACCCACTCTTCTTTTAGTTATTTATAATATGATTCTCAACATTGTTGTAGCATTGTAAGAG ATAATATTTTTCCTGCATCATCAGTTCACCTACATAGTACTCTTTTTTTACTCTTCTTTATTTCCAGTTATGACCAGATT GTGTAATTGTTACTAATTTTGTTAAAAAAATATTTTGATGGATGTTTTACAGGTTAGCTATCGGGTTCAATATCCTGAAG ATTATCAAGACCTTTCATATGAGGATCTTAAGGAATTTAAGCAGACTAAATATGGTAATGGGTTAGTGTAACGGGCTAAT GGTGTTGCAATGCATATGTTGGTTTACCTCTGTTATTTCTTGTTATTATACACTGGATTGATTCTACTAAGGGGTACATG TATTGTCCTAAACAACACTATTTTAGGATGGAATATTTCATTCTGTCCTTTTTTCTTCCATACATATCACAATGAGAACA GAACAATAGAAAACAGAAACAAAATGACAGGAATTAGAGAATAGATTCAACAGAACAGGACAGAATAGAATAAGAGAGAA AGTAATAAGGAGAAAAGGGATAGACAGAGTGAGAAAAAGGATTTGAATGACACAGAAGAAAGAGAGATTGACAAAGGAAA AGAAAGTCAGTTGTTAGCTCATCTGTAAAGGGAGATACTCGGGAAAGGGAGATCACTGGAGCAGGGGGTCGCTGGAGATG GAAGACGAGAGGTGAGATGGTAGGCTAAGTGAAAATAGCAATGAGTATGAGGGGCTGGTTTGACAGTTGAGGCACAACTG TTTCTCTGTTAGGGTTTTGTGGGTCATGGGCTACCGGGTAGAAAAGGGCTTGGTCTATTGTATCCATCTCTTTTTTCTTT TCGTTTTTCATATGTTGCCATTTCCAATGAACTGCCATTGCCCTCTATTAAAAAATCACCACACCATCATGACCTTCATT TGGCATGTTGCTAAAATTCTGCCTTTGGTGCCATTTGACAACACTTTTGACTTTTGACATCAATTTGGTCCTACATTGAT ACTTATTTCACGCCAAGAATGGCCATATTGATGCCCAAAATCTTTGGAGGACCAACCTGATCTCCCATGTATCTTTGGAG GAAAGATTTCCTCGGTAATGTGTGTCCTTTTTTAATTCTTTTTGGAGGGCATCTTATCCCCTGTATTTGTTTCCTTTCTC TTTAAATAGTCTTTAATTCAGAAAAATAAGAGGTTTGCCATATTAGGTAACAGATAGAGAATTCCTTTCGGTGTGATTTT CATGTGCATGTGATATTGGCTTTCTCATCTGTGGGAAATTTTGAGCAATCACACCTATAACTAAACAATTTTAGTCACTG AAGTCTGAAACATGAAGTTAGTTTTGAGATAACTTCACTGGTCAATTCAAGTGATGTTAGGACTTAGGACTTAGCAGATG CTCATTGCATCTGTTTGCCACATTCTATTACTTACCATTAAGCTTTGTTGCTCAGTCTCTTTAAATATTGGAACTACCAA 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TTGTTGTCCCCATTATTCTATTAAAAAGTTTAATTTCAGCACATTGTAAGTCATAGGTGAGCCTGTGCATTGTCCAGATT TTAAGCTCAATGGTCTGTTGTATAAGGTGGCATGTTAAAAATATAATATAAAAACCATTAATGTATTTTCACCCAGGTTC ATGACAAGTTCCACTTAACAAAATCCTGCATCATTGTGCTTCTAACTTTTGTCTTGCTATAGATGAAATTCTGTCAGCAT TTAGGACATCTGTGGATATTTGGGCACACATTTAGAGCCAAAGAACCTGACATGTCATGTGGTTTGTGTTAAACTCCAAC TGCAGATGAAAATTTGCATTACGAAAAAAGATGCAATGGTTTCTTTTTCTTTTTTTTCAAATTCTCCCTGTATCTTAATA TTTTTATTAAATATATAAGAAAGCATTCTTGTCATATGACTCCGCCTTGTAGGAGATTGTAGTATCCATACTGTAAAATT GATGCCCTTTTACAATATTTTTTTAAATATTGTAGTAATCAGTAAGAGAGTGAGTTTTAGTATAAAAAACTTGGAGGATG GTTCTTGATATCTGACCATACCCTAGGAATATAATTTAATTTCCCCTTGTGTCTATATTTAATCTCTATCATTTAACTTA ATGCATAGTAGGGCATTATGGCGTCTTGTAATCCATATAATCAACTCTACTTATTGAGAAAAGGCTTGGTTGTTGTTATG CATATTTAAACTTCACTATCTTTTTGATATACTGATAATTTGCCCGTTGTTTTACAAAATCAGTTTTTGAAATTTGAATA GGTATTTAGGTGGGCACTCATGTCTTATTACTTCATTTCCACTTCAACATAGCGCCAATGTGCTTTTTATCCTATGTACA TTTGTTTGTTGTATGCAATTTAGGATCACTCTGATGTTTGATTTGTGTCGTAGTGTGTCTGTGAGTGGGTACACACAATG 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TCAAATATTCGAGAAATACCAAAAATATTTCTATTGCTCTCCCTTTTGCATTGTTGTCCCTTCCTTTTTAGCATCTAAGC TTGATTCAGTACCTAGGGAGACTACTACTGTATAGTTCATTTGTTAGATTATGGATCTATCATCCCTTCACCGTTAGAGA ATTCTTCCATTGCATGTTATGCTCAATAGACTACTAAACTAGGTTGCTGTAACTTTGGTGGTTGGTATCTTACATTTCAG ATATTTGGTTCTGATCCATCTTGTGCTGACTACCTGAAGAGTTTGATTGAGGCACTATTCCAGCACACAACTCGTCTTCT CACAAATATTCAGGTGTGATTGAAGTGACATTGCTTCAGCACTTCCTTTTAGATCTATTATTAGTGTTTGAATGTTTAAT CACATTTTTTCCTGCAGGAATTCACAGCCCGGCCTGATATAGCAGATGACTGTTTTCTGTTGGCTTCAAGGTGTATTCGC TACTGTCCTCAGCTATTTATTCCCTCATCTGTTTTTCCCTCATTAGTTGATTGCTCTATGATTGGGATCACAGTACAGCA TAGGTATAATCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTAACACACACACACACACACAAACACACACCCGTACACACAATGATGAAAG AATCCTCCTCCATTCTTCTAAAATGGTATTATGTGCATTCTTAGTCTTTTTTTTTTTCGTTATTGTTTATTTTTGAGATA CTAGGAATCCTGTGGCAAGTTTTCGTGCTGCTGCTTGTCTCAGTTCCTCCCTGCCCGCATAATTGTTGGCAATTTACAAT TTCTATTTCTGTTTTTTCTTATGGTTGAGTTTGAATTAGATTATTGAGAGTATATTAGCTTTGCCACATGTTCTTTGTAC TGCGATGTATCTTTAGCGCTTTGAAGTATGGTTGTTTACCTTCTGCGAATTTTGCAGAGAGGCTTCCAATTCCATATTGC 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0242600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGCTTCAGAATACTGTGAAAGAAGCCCTAAATGCACTGTACCATCACCCTGATGATACCGTTCGCATGCAAGCCGA TCGCTACCTCCAGGAATTCCAGCGAACTTTGGATGCGTGGCAGGTGGCTGATAATTTGCTTCATGATCCCAGTAGCAATC TGGAAACCTTGATATTTTGCTCGCAGACTTTACGAAGCAAGGTTCAACGGGACTTTGAGGAACTACCTGCGACAGCATTC CGGCCTTTGCGCGACTCATTAAATAACTTGCTGAAAAAGTTTCATAAGGGTCCTCCAAAAGTCAGAACTCAGATTAGCAT TGCAGTGGCTGCATTGGCTGTCCACGTGCCTGCAGAAGACTGGGGGGATGGTGGTATAGTGAAATGGCTTAGGGATGAGA TGGATTCCCATCCTGAATATATACCGGGATTCTTGGAGCTACTTACAGTTTTACCGGAGGAAGTATTAAACTATAAGATA GCAGCTCGTCCAGAAAGGCGCCGTCAATTTGAAAAAGAGCTTACTTCTCAATTGGAGGTTGCTCTTAATATCTTGACAGC TTGTTTGGCTATTTCTGAGCTTAAGGAGCAGGTTCTTGAGGCATTTGCTTCGTGGCTTCGCCTAAAGCATGGGATTCCCG GATCTGTTCTTAGTTCTCATCCATTAGTCTTGACAGCACTGTCAAGCTTAAATTCTGATTTACTGTCAGAGGCTTCTGTA AATGTGATTTTGGAGTTGATACACTACACTGCTGTGGCAAACATAGATGGTGTTTCTGCAAATATGCCCTTGATTCAAGT CATTGTACCTCAAGTTATGAATCTGAAAGCACAGCTTAGTGATTCTACAAAGGATGAGGAAGATGTGAAGGCGATTGCTA GGTTATTTGCGGATATGGGTGATTCTTATGTGGAACTAATCGCTACTGGTTCAGATGAATCAATGTTAATCGTGCAGGCC TTGTTGGAAGTTGCTTCACATCCTGAATATGATATTGCTTCAATGACTTTCAACTTTTGGCATAGTCTTCAGTTGAACTT GACTAAAAAGGAGTCCTATATCTCATATGGTACTGAAGCATGCATTGAAGCTGAGAGAAATAGGAGGCTGCAGGTTTTTC GTCCTGCTTATGAGTCGCTTGTCTCACTGGTTAGCTATCGGGTTCAATATCCTGAAGATTATCAAGACCTTTCATATGAG GATCTTAAGGAATTTAAGCAGACTAAATATGCTGTTGCGGATGTATTAACGGATGCAGCATCAGTTCTTAGTGGTGATGC CACACTTAGAATTCTTTACATGAAACTTCTTGAGGCTGTATCTGGCCATGGTAATAGTGAACAAAAGGAATGGCGTCCAG CAGAGGCTGCTTTGTTCTGTATTCGGGCTATATCCAATTATGTTTCAGTTGTTGAAGCAGAAGTAATGCCTCAGATCATG GCTTTACTTCCAAAGCTTCCTCACCAACCCCAACTACTTCAGACAGTGTGTTTAACTATTGGAGCATATTCAAAATGGCT TGATTCTGCATCCTGTGGAGTGTCTATACTCCCTTCAGTGTTAGATATCCTAATGAATGGCATGGGTACATCTGAAGACT GCGCAGCTGCTGCCGCCTTGGCTTTTAGACACATCTGTGATGACTGCCGGAAAAAGCTTTGTGGATGCTTAGAGGGTCTA TTCCACATCTACAATAGGTCAGTTAATGGGGAAGATAGTTTCAAAGTTCCTGCTGAGGACTCGTTGCATCTGGTTGAAGC ATTAAGTATGGTTGTTACTGAGCTCCCTCCAGATGATGCTAAGAGAGCTCTTGAGGCATTATGCATACCAGTCATATCTC CTTTACAGGAAGCTATCAATCAAGGTCCAGAAGTCTTAAATAAAAGACCGTCTCGTCAGTTAACAATTCATATAGATCGA TTTGCGTACATCTTTAGGTATGTAAATCATCCTCAAGTTGTGGCAGATGCTATTCAACGTCTCTGGCCAATTTTTAAAGC TATTTTTGATCTTCGTGCTTGGGACATGAGAACAATGGAATCTCTCTGCCGAGCATGTAAATATGCAGTGAGAACTTCTG GAAGGTTCATGGGGCTCACAATTGGTGCCATGCTGGAAGAGATTCAGAGTCTATATAGGCAGCACCACCAGCCATGCTTT CTTTATCTTTCTAGTGAAGTTATAAAGATATTTGGTTCTGATCCATCTTGTGCTGACTACCTGAAGAGTTTGATTGAGGC ACTATTCCAGCACACAACTCGTCTTCTCACAAATATTCAGGAATTCACAGCCCGGCCTGATATAGCAGATGACTGTTTTC TGTTGGCTTCAAGGTGTATTCGCTACTGTCCTCAGCTATTTATTCCCTCATCTGTTTTTCCCTCATTAGTTGATTGCTCT ATGATTGGGATCACAGTACAGCATAGAGAGGCTTCCAATTCCATATTGCATTTCTTGGCTGATATTTTTGATCTTGGAAA CTCAACTGTTGGGGAGCAATTTATACCCTACAGAGATAGTGTAATTATTCCTCGAGGTCCCAGCATTACCAGAATTTTGA TTGCTTCATTAACTGGAGCACTTCCGAAATCTCGAGTTGATGTGGTAGCGTACACATTACTGTCATTAACTCGATCATAT GGGATGCAAGCAGTGGAATGGGCAAAGAAATGTGTTGTTTTAATTCCATCAACAGCTGCCACAGACGTGGAACGATCAAG ATTCTTAAAAGCACTTTCTGATGTGGCTTCTGGGGGTGATACTAATGGACTATCTGTTCCCATTGAAGAGCTTGCGGATG TCTGCCGGCGCAACAGAGCAGTTCAGGAAATAGTTCAAGAAGCTTTGAGACCACTGGAGCTGAATTTGGTGAGTGTATCA TAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0242600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MELQNTVKEALNALYHHPDDTVRMQADRYLQEFQRTLDAWQVADNLLHDPSSNLETLIFCSQTLRSKVQRDFEELPATAF RPLRDSLNNLLKKFHKGPPKVRTQISIAVAALAVHVPAEDWGDGGIVKWLRDEMDSHPEYIPGFLELLTVLPEEVLNYKI AARPERRRQFEKELTSQLEVALNILTACLAISELKEQVLEAFASWLRLKHGIPGSVLSSHPLVLTALSSLNSDLLSEASV NVILELIHYTAVANIDGVSANMPLIQVIVPQVMNLKAQLSDSTKDEEDVKAIARLFADMGDSYVELIATGSDESMLIVQA LLEVASHPEYDIASMTFNFWHSLQLNLTKKESYISYGTEACIEAERNRRLQVFRPAYESLVSLVSYRVQYPEDYQDLSYE DLKEFKQTKYAVADVLTDAASVLSGDATLRILYMKLLEAVSGHGNSEQKEWRPAEAALFCIRAISNYVSVVEAEVMPQIM ALLPKLPHQPQLLQTVCLTIGAYSKWLDSASCGVSILPSVLDILMNGMGTSEDCAAAAALAFRHICDDCRKKLCGCLEGL FHIYNRSVNGEDSFKVPAEDSLHLVEALSMVVTELPPDDAKRALEALCIPVISPLQEAINQGPEVLNKRPSRQLTIHIDR FAYIFRYVNHPQVVADAIQRLWPIFKAIFDLRAWDMRTMESLCRACKYAVRTSGRFMGLTIGAMLEEIQSLYRQHHQPCF LYLSSEVIKIFGSDPSCADYLKSLIEALFQHTTRLLTNIQEFTARPDIADDCFLLASRCIRYCPQLFIPSSVFPSLVDCS MIGITVQHREASNSILHFLADIFDLGNSTVGEQFIPYRDSVIIPRGPSITRILIASLTGALPKSRVDVVAYTLLSLTRSY GMQAVEWAKKCVVLIPSTAATDVERSRFLKALSDVASGGDTNGLSVPIEELADVCRRNRAVQEIVQEALRPLELNLVSVS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 1 | 835 | 835 | 2.13E-67 | ||
| Gene3D | 2 | 933 | 932 | 1.3E-257 | ||
| PANTHER | 5 | 950 | 946 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 5 | 950 | 946 | 0.0 | – | |
| SMART | 26 | 93 | 68 | 0.0026 | ||
| Pfam | 98 | 243 | 146 | 1.4E-18 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Intracellular protein transport | The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell. | ||
| Molecular function | Ran GTPase binding | Interacting selectively and non-covalently with Ran, a conserved Ras-like GTP-binding protein, implicated in nucleocytoplasmic transport, cell cycle progression, spindle assembly, nuclear organization and nuclear envelope (NE) assembly. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0242600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…