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LotjaGi4g1v0334900.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0334900
Transcript ID LotjaGi4g1v0334900.2
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Calcium-dependent lipid-binding family protein isoform protein; TAIR: AT1G48090.4 calcium-dependent lipid-binding family protein; Swiss-Prot: sp|Q709C8|VP13C_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 13C; TrEMBL-Plants: tr|A0A072V2R4|A0A072V2R4_MEDTR Calcium-dependent lipid-binding-like protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0334900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:71425799..71485584) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTTTGCAGTAATCCAGGCCATCCATTTTCTTCAGGTTTGACTTTGGCCAAGCTTGCTGCTGTTACAATGGATGAACAGGG GAATGAAACTTTTGATACCAGTGGGGCGTTGGATAGATTGAGGAAGGTGAGCAGTTCCTTGATCTGCTAATTTTATGAAC AATCTATTGGCGGTTAACTCTGACTTGGCAACCCTAATAGAGAGACATGCCAAGATTGTTTTTCACTTTTTCTATTCAGT AAAGCTTCTTGTCTTAGTGTGTTATATTATATGTTTTAGTTTGTTGACTTGTATTTCTTTCTTTTGTGTTGGTTGGTTGT ATATAATTGTTTTTGCAATATTTCAGAATTTAGTGGCCCACCTATACATTGTAATGGTACCATGCTAGATTTTTTTTGTT TAGGCAAATGTTAGTTGTTAGTAATGTTAGTAAATTAGTCCTCCTCAGGGTTCGAACCCTGAACCCTTCACCCTTCATCC CACCCAACCCTTATGTCCCTAGCTCTTACCACTTGAGCTATCCTTCGGGACTGGTACCATGCTAGATGATAATCATAATT CTAGAAAAATATACATGTTTTGCTTTGTTGTCCAATATCTTGATGGCTTGAGTTGGAGTTTAGTAGGTCCATGGGAAATT TCTGCCCGGGCGGCCTATGCATTTCGCACGGTTGGTTGTAGAGATATTAATAAGGCCATTGCTTGGCAGCTTAAGCATTT GGGATGACTTGGTTCCAAAAATGTTAATAGAACTTTCTGATATATAGTGATGAGTGATCCTGGTTTCTTCCACTTCTAAT TTATTCAAATGTTTAGCTAACAGTTCAAGTGAGCTTGTGTATTGTTCGCAGCAGTGCAACTGATTTTGGTTTGAAATTTA TTTTGTTCTCATGACAGTCAGTTCACCTTGAGAGGCTAGCTTTTTATCACGATTCTAATCGGCTTCCTTGGGAGATTGAT 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0334900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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CTTTCATTTTCTGTTGGACATGGTGCAAATATTCTTAAGAAGGTTGCTTCAGTGAGAATGTTTCATCAACCTTATGATAA TCAGAGTATTAGATCGTATCCACTAAGTAGAATGACTCAACAAAGCAATGTTGAAGCCATGCATGATGGATGCCTCATTA TTTCAACTTCTTATTTTGAAAGAAACACAATTGCTAACCTTCAAAAAGATATGGAAAGTGATAATGTTGGTGATCGAGAT ATAGGTTTGTGGGTGGGGCTTGGTCCAGAGTGTGAATGGGAGAGTATTCGATCTTTGCTCCCACTTTCTGTTGTTCCAAT ATCATTACAGAATGAATATATTGGTATGGAAGTTGTGATGAAAAATGGAAAGAAGCATGTAATTTTCAGGGGTCTTGTTA CAGTTGTGAACGACTCAGATGTTATGTTGAATATTTTGACATGTCACACATCTCATGGCCATGATCCCTCACTTGGAGCA AATGGTTCTAATACTGCAGTTGAAGAAGTCTTTCAAAATCAGTATTATCATCCGTCATCTGGTTGGGGTAGCAATGGGTC AGCTATGCACCATGATAATCCTGGACACTGGAGCACAAGGGACTTTTCACATTCATCTAAGGACTTCTTTGAACCTCCAC TTCCTCCTGGGTGGAAATGGGCTTCAGGTTGGTCCATAGATAAGTTTCAGTATGTTGACAAGGAAGGCTGGGCATATGGG CCTGACATTAAAAATTTTAGATGGCCTCCTACTTCATCAAAGTTTTCAACAAAATCAGCCTCTGATGTTGTGCGTCGACG GCGTTGGATTCGTACTAGACAAACCGTTTCTGAGCAAGGTATGGAATGCTTGCATAGTGGAGCAAGTACTGTGCAGCCTG GAGCTTCTGCTGTTTTATCTTGGAGAAGTACATTCAAGGGCTCTGACCAATGTTTGCAAGTTCAACCTAATTTTCATAAT TCTCAGCTCAAATACTCATGGGGTCAGGTGGTTGCTGTTGGTTCAAGTTATATATATAGCAAAGATCAGTTATTAGATCA AAGTTCTAGACAAACTTCTGTGACACCCAATCGTTTTTTGAAGCTAAATGAACTTGAGAAAAAGGATATACTTCTACGCT GCAATCCTAGTAGTGGAAGTAAACAGTTTTGGTTTAGTGTGGGTACAGATGCTGCAGTTCTTAATACTGAACTAAATATA CCTGTATATGATTGGAGAATATCAATTAATTCTCCTATGAAATTGGAGAACCGGCTTCCTTGTCCTGCTGAATTTTCAAT ATCGGAGAAAACAAAGGGAGGAAATTGTGTTGAGCGGCATCATGGCGTCATGTCTTCTCGTCAGAGTGTGCATATCTATT CAGCTGATATTCAAAAACCTTTGTATCTTACTTTATTTGTGCAGGGTGGCTGGATTATGGAAAAGGACCCAATTCTTATA CTGGATCCTTCTTTCTCAAATCACGTCTCATCCTTCTGGATGGTTCACCGGCAAAGTAAAAGGAAACTGCGTGTGAGCAT TGAACATGATGTGGGCGGGACAAGTGCTGCACCAAAAACCTGTAGACTCTTTGTCCCTTATTGGATTGTCAATGATTCTT CTCTAGCATTGGCATATCGTTTAGTGGAAGTGGAACCTTCGGAAAATGCAGAGGTGGATTCTGTCCCTCTCTCTAGGGCA GTGAAGTCTGCCAAGACAGCTTTGAAAAGTCCCATTAGCTCAATGGATAGAAGGCGTTCTAGTTCAAGGAAAAACCTACA AGTGCTTGAAGTTATTGAAGATAACAGCCCTTTTCCTAGCATGCTTTCTCCACAAGATTATGCCGGTCGTAGTGGAGTTA CAATGTTCCAATCTCAGAAAGATACATTCTTCTCTCCTAGGCTTGGCATTTCTGTTTCTATGCGCCAATCTGAAGTTTAT AGCTCTGGAATTTCTCTGCATGAACTGGAAAACAAGGAACGTATTGATGTCAAGGCTTTCAATTCTGATGGATCTTATTA CAAGCTTTCAGCAGTGTTGAACATGACTTCAGACAGAACAAAGGTGGTCCATTTCCAGCCACACACAATGTTCGTCAATA GGGTTGGATGTAGTCTCTGCCTACAGCAATGTGATACTCAGTCTTCTGTGTGGATCCAACCCACTGATCCTCCAAAACCC TTTGGGTGGCAGTCATCAGCTAAAGTTGAACTTTTGAAGTTGCGTATTGATGGATACAAATGGAGTACACCATTTAGCGT AAGCTATGAAGGTGTAATGCGCCTTATGCTGAAAAAAGATAGTGGAGATGAACCAATGCTATTAAGGGTAGCAGTAAGAA GTGGTGCCAAGAGATCACGCTTTGAAGTTATTTTTCGTCCAGATTCATTGTCAAGTCCTTACAGGATTGAAAATCGCTCC ATGTTCTTGCCCGTTCGCTTTCGTCAAGTTGATGGTATCGGTGATTCTTGGCAGCTGCTTCTTCCGAATTCTGCTGCTTC ATTTCTATGGGAAGATCTTGGTAGAAGACGTATATTGGAACTCTTTGTAGATGGAACTGACCCGGTGAAATCACTCAAGT ATGATATTGATGAAATTTCTGATCACCAGCCCATTCATGTAGCAGATGGGCCAACCAGAGCCTTGCGTGTTACTATTGTA AAGGAAGAGAGAGCCAATGTTGTGAAGATCAGTGATTGGATGCCTGAAACTGAACCTACCGGTGTTCTGAGCCGAAGACA ATCATCACCAATTGTTCACTCTCAAAAGCAACAATTGATGTCAATTACAGATTGTGAATTCCACATCAATTTTGATCTTG CTGAGCTTGGGATATCTATTACTGATCATACACCTGAGGAAATTTTGTACCTGTCTGTTCAGAATCTTGTTCTGGCGTAT TCAACTGGTTTGGGCTCCGGAATCAGTAGATTTAAACTTAGAATGTCTGGGCTACAAGTGGACAATCAACTGCCATTAAC TCCTATGCCAGTTCTCTTCAGGCCTCAGAGAGTGTCAGAAACTGATTATATCCTGAAATGTTCTGTTACAATGCAGTCAA ATGGATCACTGGATCTTTGTGTCTATCCATATATTGGTCTTCATGGGCCAGAAAATTCCACTGCCTTTTTGATAAACATT CATGAACCTATTATTTGGCACCTTCATGAAATGATCCAGAAGGTGAAGCTCAGTAGGCTGTATGATTCTCAAACAACTGC TGCATCAGTTGATCCAATCATTCAAATTGGTGTCCTTAATATTTCGGAAGTTCGATTCAAAGTGTCAATGGCGATGTCAC CAAGTCAAAGACCAAGGGGTGTGCTTGGGTTCTGGGCATCCTTAATGACTGCATTGGGTAACACAGAAAATATGCCAGTT AGGATAAACCAGAGGTTTAATGAGAACATATGCATGAGGCAGAGTTCTATGATTAGCATGGCTATCTCAAATATCCGAAG GGATCTTCTAGGCCAACCACTTCAGCTGCTCTCAGGTGTTGATATATTGGGTAATGCAAGTAGTGCACTTGGACATATGA GTAAAGGTGTAGCTGCATTGTCTATGGATAAGAAGTTCATTCAAAGTCGGCAAAGACAGGAAAGCAAAGGTGTGGAGGAT TTTGGTGATGTTATAAGAGAGGGAGGGGGAGCATTTGCTAAAGGTTTATTCAGAGGGGTAACTGGCATTTTGACAAAGCC TCTTGAAGGAGCTAAAACGTCTGGTGTTGAGGGTTTTGTTCAGGGTGTTGGGAAGGGTATTATTGGTGCAGCTGCACAAC CAGTGAGTGGAGTTCTAGATCTTCTGTCAAAAACGACTGAAGGCGCTAATGCTATGAGAATGAAAATAGCATCTGCTATA ACATCTGAAGAACAACTTCTCCGGAGGAGGCTACCTCGTGTTATAAGTGGTGACAATTTGCTTCAACTATATGATGAGTA CAAAGCCCAAGGACAGGTCATACTACAGTTGGCAGAATCAGGTTCATTTTTTGGCCAGGTTGATCTATTCAAAGTTCGTG GAAAGTTTGCCTTATCAGATGCTTATGAAGATCACTTCATGCTTCCAAAGGGGAAAATCCTCATGGTCACGCATAGAAGA GTCATTCTATTGCAACAACCATCCAATATTATTGCTCAAAGGAAGTTCAGCCCTGCAAGAGATCCATGTTCAATACTGTG GGATATACTGTGGGATGACTTTGGTACAATGGAACTGACACATGGAAAAAAAGAGAACCCAAAAGCTCCCCCTTCGCGGC TCATTTTATATTCGCAGTCTAGATCATTGGATGTGAAAGAAAACACTCGCATCATAAAATGTAGCCCTGAAACACATCAA GCTCTTAAAGTTTACTCTGCAATTGACCACGCAGTGAACACTTATGGCCCTGGCGCATCAAAGTCTCTAATTTATTAA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0334900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDEQGNETFDTSGALDRLRKSVHLERLAFYHDSNRLPWEIDKRWEDISPHEWIEIFEDGINEPTGDHKLVSKWAMNRTYL VYPINAVLQYHRLGNQERTDPEIPFEKASLVLTDVSLTLTEAQYYDWIKLLEAVSRYKTYMEVSHLRPTVPISKAPYLWW QYAAQASLQQQKMCYRLSWDQIRNLCQLRRRYIQLYVASLQHSSDNNHTELREIEKDLDSKVILLWRLLAHAKVESVKSK VAAEERKIKKKSWFSFRWHADTEETSLDDVSEEQQVTEERLTKEEWHAINKLLSYQPAEELMLRSAKDMQNMFQFLVTVS IGQAALRIISVNQVEIVCGRFEQLHVSTKFKHRSVYCDVLLKFYGLSAPEGSLTQSVYSEQKVNALVASFVHLPIGENID WRLSATIAPCHVTVLMESINRVLEFLKRSKAVSPTVALETATALQLKFEEVTRRAQEQFQMVLEEQSRFAFDIDLDAPKV RVPLRTSGSERCDSHFLLDFGHFTLHTAESQSDDQRQNLYSRFYISGRDIAAFFTDCGSDSGSCSLVEPNYDGQIMNSPI TKEDENVYSLIDRCGMAVLVNQIKVPHPNYPSTLISIQVPNLWIHFSPERYFRIMELLNILYETMETCSQPTADSCQSKL APWSPADLATDGRILVWKGIGNSVATWHPCFLVLSGSYLYMFESAKSQSYQRYLSMAGRQILDVPPTNIGGSPFCIAVST RGMDIQKALESSTTWILDFRDDEEKCSWFKGLIQATYQASTLLSVDVLGNSEGDAAPFNVLNTTTSKPADIVINGALVEF KLFIYGKAGDSIDGELDETLLLEVVADGGKVHVILAGGDLTVKMKLHSLKIKDELQGRLSVAPSYLAVSVLKNETLSSSS GSFDSHGKDMSLGLPDDDDSFMDALSEFMSQTDVGYLHNMDLDQQGLMGIASDFESLENLIHEKEIEKGKGTPREVYYEA EGSDTSNFVSLSFSTRSSGSPDYNGIDTQMCVRMSKLEFFCNRPTIVALISFGLDISSGNKMTSHTSETSPERPSVKERT DEKGRVKGLLGFGKERVVFYLNMNVDSVTIFLNKEDDSQLAKLVQESFLMDLKVHPSSLSIDGTLGNFRLCDTSLGTDQC WDWLCDIRNPGVDSLIKFKFNSYSAEDDDYEGYDYSLQGQLSAVRIVFLYRFVQEIMVYFMELASPHTEEAIKLVDKVGG FEWLIQKYEIDGATSLKLDLALETPIIVVPRNSMSKDFIQLDLGKLQIKNEFSWYGSREEDPSAVHIDLLHAQILGINMS VGIDGFLGKPMIREGQGLDIFVRRSLRDVFRKVPTFSLEVKVDLLHGIISDKEYKVILDCTYMNLSEEPRLPASFRGGKS GSRDTIRLLVDKVNLNSQNLLSQTVTIVTVVVNHALLELCNGTDGESPLAHIAVSLEGLWVSYRMTSLSETDLFVTIPKF SILDVRPDTKPEMRLMLGSSTDASKQAVTGKVPFSFNPGSFRRTTSEAGIDDMPISTMFLMDYRWRMSSQSFVIRLQQPR VLVVPDFLLAVTEFFVPALGALTGREETMDPKNDPINRNVSIVLMESVYKQKDDVMHLSPSRQLVADCVGIDEYTYDGCG KVICLSVETDAKEVRGTRFRPIIVIGRGKRLRFVNVKIENGSLLRKYTYLNNDSSYSITIEDGVEIVAPCNLTSGDEKSL DNLNQTSGTTIYSQYESNGTQSFTLETQVVSSEFTFYDGSKSFLDDSSYGEKLVRAKLDMSFMYASKEKDTWIRALLKDF TVEAGSGLVILDPVDISGGYTSVKDKTSISLISTDICIHLSLSAASLILNLQSQASAALNFGNANPLVQCTNFDRIWVSE KESGSNNNITFWRPQAPANYVILGDCVTSRPIPPSQAVMAVSNTYGRVRKPVDFHLIGSFLNIQGHGGNEGQSITDNDCS LWMPIAPPGYTALGCVAHVGSQPPPNHVVHCLRSDLVTSAKYSDCLFNITSNNQFTSGFSIWRLDNAVGSFFAHSSIGFP LKNKCYDLNHLLVWSSNRGPLISPISDFNSDRENNNQQTSANVNTSGWEILKSISKATNFYMSTPNFERIWWDKGSDLRR PVSIWRPIARRGYAVLGDCITEGLEPPALGIIFKNDNPDISSKPVQFTKVSHIVGKGVEEVFFWFPIAPPGYVSLGCVVS RTDEAPHADLFCCPRMDLVSQGNIHEVPLSRSSSSRAPQSWSIWKVENQACTFLARSDLKKPSSRLAYIIGDSVKPKTRE NINAELKLRYFSLTMLDSLCGMMRPLFDTTITNIKLATHGGLDGMNAVLISSIVASTFNAQLEAWEPLVEPFDGIFKFET FDTNEQSPLGLGKRIRISATSILNVNISAANLESSVGSILSWRRQLELEQKASKLNAEGCGQQITGENTTFSALDEDDLQ TVIVENRLGCDVFVKKVEHDIDTVDKLHHGDCASVWIPPPRFSNRLNVAHESREARYYVAVQILEAKGLPIIDDGNSHNF FCALRLVVDSQASEQQKLFPQSARTKCVKPVISRINSLDEGRVKWNELFIFEVPRKAPSKLEIEVTNLAAKAGKGDVVGA LSFSVGHGANILKKVASVRMFHQPYDNQSIRSYPLSRMTQQSNVEAMHDGCLIISTSYFERNTIANLQKDMESDNVGDRD IGLWVGLGPECEWESIRSLLPLSVVPISLQNEYIGMEVVMKNGKKHVIFRGLVTVVNDSDVMLNILTCHTSHGHDPSLGA NGSNTAVEEVFQNQYYHPSSGWGSNGSAMHHDNPGHWSTRDFSHSSKDFFEPPLPPGWKWASGWSIDKFQYVDKEGWAYG PDIKNFRWPPTSSKFSTKSASDVVRRRRWIRTRQTVSEQGMECLHSGASTVQPGASAVLSWRSTFKGSDQCLQVQPNFHN SQLKYSWGQVVAVGSSYIYSKDQLLDQSSRQTSVTPNRFLKLNELEKKDILLRCNPSSGSKQFWFSVGTDAAVLNTELNI PVYDWRISINSPMKLENRLPCPAEFSISEKTKGGNCVERHHGVMSSRQSVHIYSADIQKPLYLTLFVQGGWIMEKDPILI LDPSFSNHVSSFWMVHRQSKRKLRVSIEHDVGGTSAAPKTCRLFVPYWIVNDSSLALAYRLVEVEPSENAEVDSVPLSRA VKSAKTALKSPISSMDRRRSSSRKNLQVLEVIEDNSPFPSMLSPQDYAGRSGVTMFQSQKDTFFSPRLGISVSMRQSEVY SSGISLHELENKERIDVKAFNSDGSYYKLSAVLNMTSDRTKVVHFQPHTMFVNRVGCSLCLQQCDTQSSVWIQPTDPPKP FGWQSSAKVELLKLRIDGYKWSTPFSVSYEGVMRLMLKKDSGDEPMLLRVAVRSGAKRSRFEVIFRPDSLSSPYRIENRS MFLPVRFRQVDGIGDSWQLLLPNSAASFLWEDLGRRRILELFVDGTDPVKSLKYDIDEISDHQPIHVADGPTRALRVTIV KEERANVVKISDWMPETEPTGVLSRRQSSPIVHSQKQQLMSITDCEFHINFDLAELGISITDHTPEEILYLSVQNLVLAY STGLGSGISRFKLRMSGLQVDNQLPLTPMPVLFRPQRVSETDYILKCSVTMQSNGSLDLCVYPYIGLHGPENSTAFLINI HEPIIWHLHEMIQKVKLSRLYDSQTTAASVDPIIQIGVLNISEVRFKVSMAMSPSQRPRGVLGFWASLMTALGNTENMPV RINQRFNENICMRQSSMISMAISNIRRDLLGQPLQLLSGVDILGNASSALGHMSKGVAALSMDKKFIQSRQRQESKGVED FGDVIREGGGAFAKGLFRGVTGILTKPLEGAKTSGVEGFVQGVGKGIIGAAAQPVSGVLDLLSKTTEGANAMRMKIASAI TSEEQLLRRRLPRVISGDNLLQLYDEYKAQGQVILQLAESGSFFGQVDLFKVRGKFALSDAYEDHFMLPKGKILMVTHRR VILLQQPSNIIAQRKFSPARDPCSILWDILWDDFGTMELTHGKKENPKAPPSRLILYSQSRSLDVKENTRIIKCSPETHQ ALKVYSAIDHAVNTYGPGASKSLIY 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Pfam 1 197 197 8.5E-41
Pfam 392 619 228 1.5E-38
PANTHER 466 1870 1405 0.0
ProSiteProfiles 647 757 111 8.92
SMART 648 759 112 7.5E-6
CDD 651 752 102 0.00142248
Gene3D 654 760 107 4.7E-7
SUPERFAMILY 661 759 99 3.42E-9
Pfam 663 756 94 4.5E-6
MobiDBLite 1021 1042 22 -
Pfam 1814 1984 171 2.4E-16
Pfam 2119 2207 89 3.0E-8
SUPERFAMILY 2440 2566 127 1.87E-6
Gene3D 2442 2583 142 2.7E-7
ProSiteProfiles 2459 2562 104 9.776
CDD 2461 2565 105 1.04052E-6
Pfam 3083 3373 291 1.3E-14
Pfam 3637 3740 104 5.5E-7

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0334900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…